May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
cIp_2_4_cytb_4_human
Genes: A B A+B
Length: 249 378 580
Sequences: 861 4516 145
Seq/Len: 3.46 11.95 0.25
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.75
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.00 0.00
2 0.01 0.00 0.00
5 0.01 0.00 0.00
10 0.01 0.00 0.00
20 0.01 0.00 0.00
100 0.01 0.00 0.01
∞ 0.01 0.00 0.23
Paired alignment generation
None of the genomes have hits within 20 Δgene.
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
231_L 188_I 1.56 0.41 0.00
136_T 44_Q 1.50 0.37 0.00
137_T 204_G 1.43 0.33 0.00
136_T 317_F 1.42 0.33 0.00
171_L 36_L 1.39 0.31 0.00
121_M 280_I 1.38 0.30 0.00
146_D 361_T 1.28 0.25 0.00
215_K 21_L 1.25 0.24 0.00
147_S 214_H 1.24 0.23 0.00
213_I 15_N 1.24 0.23 0.00
170_T 340_G 1.22 0.22 0.00
96_S 173_P 1.22 0.22 0.00
171_L 37_L 1.21 0.22 0.00
94_P 374_N 1.21 0.22 0.00
207_E 231_G 1.20 0.21 0.00
161_G 205_S 1.19 0.21 0.00
205_I 31_W 1.19 0.21 0.00
141_M 44_Q 1.19 0.21 0.00
131_H 343_V 1.19 0.21 0.00
169_F 285_P 1.19 0.21 0.00
59_N 364_I 1.17 0.20 0.00
171_L 32_N 1.16 0.20 0.00
204_I 364_I 1.15 0.20 0.00
190_D 322_Q 1.15 0.19 0.00
136_T 54_H 1.14 0.19 0.00
145_S 352_Q 1.13 0.19 0.00
171_L 93_C 1.13 0.19 0.00
205_I 156_I 1.13 0.19 0.00
108_P 288_L 1.11 0.18 0.00
94_P 311_K 1.10 0.17 0.00
147_S 169_S 1.10 0.17 0.00
147_S 218_I 1.09 0.17 0.00
226_E 30_W 1.09 0.17 0.00
226_E 171_D 1.06 0.16 0.00
51_T 5_R 1.06 0.16 0.00
93_L 302_A 1.06 0.16 0.00
164_T 284_V 1.05 0.16 0.00
156_L 35_S 1.05 0.16 0.00
122_Y 103_Y 1.04 0.15 0.00
77_A 164_I 1.04 0.15 0.00
233_S 127_A 1.04 0.15 0.00
84_D 37_L 1.03 0.15 0.00
228_A 211_I 1.03 0.15 0.00
101_V 232_L 1.02 0.15 0.00
204_I 320_L 1.02 0.15 0.00
204_I 252_D 1.02 0.15 0.00
66_I 221_H 1.02 0.14 0.00
156_L 37_L 1.01 0.14 0.00
208_L 322_Q 1.01 0.14 0.00
188_I 230_L 1.01 0.14 0.00
59_N 326_W 1.01 0.14 0.00
221_G 171_D 1.01 0.14 0.00
177_L 173_P 1.01 0.14 0.00
190_D 171_D 1.01 0.14 0.00
142_L 358_Y 1.01 0.14 0.00
150_E 190_A 1.00 0.14 0.00
82_V 345_Y 1.00 0.14 0.00
197_T 84_A 0.99 0.14 0.00
179_A 173_P 0.99 0.14 0.00
205_I 52_A 0.99 0.14 0.00
210_A 353_V 0.99 0.14 0.00
145_S 221_H 0.98 0.14 0.00
88_R 326_W 0.98 0.13 0.00
137_T 54_H 0.98 0.13 0.00
193_Y 82_L 0.97 0.13 0.00
136_T 12_K 0.97 0.13 0.00
208_L 205_S 0.97 0.13 0.00
106_Q 300_I 0.97 0.13 0.00
142_L 225_T 0.97 0.13 0.00
129_K 232_L 0.97 0.13 0.00
204_I 10_L 0.96 0.13 0.00
101_V 49_L 0.96 0.13 0.00
197_T 49_L 0.96 0.13 0.00
171_L 35_S 0.96 0.13 0.00
235_T 229_A 0.95 0.13 0.00
107_V 109_Y 0.95 0.13 0.00
69_N 364_I 0.95 0.13 0.00
206_D 185_L 0.95 0.13 0.00
142_L 302_A 0.95 0.12 0.00
214_P 328_L 0.95 0.12 0.00
233_S 78_I 0.94 0.12 0.00
191_N 124_M 0.94 0.12 0.00
94_P 337_W 0.94 0.12 0.00
198_A 40_C 0.93 0.12 0.00
60_Y 165_W 0.93 0.12 0.00
236_E 231_G 0.93 0.12 0.00
145_S 224_Y 0.93 0.12 0.00
129_K 311_K 0.92 0.12 0.00
186_V 54_H 0.92 0.12 0.00
55_F 332_L 0.92 0.12 0.00
129_K 192_L 0.92 0.12 0.00
226_E 211_I 0.92 0.12 0.00
132_I 155_Y 0.92 0.12 0.00
84_D 280_I 0.92 0.12 0.00
231_L 233_L 0.92 0.12 0.00
129_K 96_L 0.92 0.12 0.00
170_T 18_L 0.91 0.12 0.00
91_G 171_D 0.91 0.11 0.00
96_S 163_W 0.91 0.11 0.00
130_Y 242_L 0.90 0.11 0.00
66_I 205_S 0.90 0.11 0.00
85_L 18_L 0.90 0.11 0.00
237_P 371_L 0.90 0.11 0.00
231_L 59_A 0.90 0.11 0.00
79_V 231_G 0.90 0.11 0.00
85_L 85_N 0.90 0.11 0.00
82_V 315_M 0.89 0.11 0.00
191_N 315_M 0.89 0.11 0.00
142_L 101_G 0.89 0.11 0.00
148_I 205_S 0.89 0.11 0.00
150_E 114_N 0.89 0.11 0.00
159_K 368_T 0.89 0.11 0.00
122_Y 350_I 0.89 0.11 0.00
171_L 54_H 0.89 0.11 0.00
84_D 36_L 0.89 0.11 0.00
138_T 204_G 0.89 0.11 0.00
130_Y 364_I 0.88 0.11 0.00
187_Q 31_W 0.88 0.11 0.00
61_K 245_F 0.88 0.11 0.00
151_A 205_S 0.88 0.11 0.00
232_T 352_Q 0.88 0.11 0.00
108_P 57_P 0.87 0.10 0.00
210_A 60_S 0.87 0.10 0.00
235_T 17_S 0.87 0.10 0.00
228_A 155_Y 0.87 0.10 0.00
228_A 351_G 0.87 0.10 0.00
148_I 337_W 0.87 0.10 0.00
60_Y 332_L 0.87 0.10 0.00
236_E 49_L 0.86 0.10 0.00
122_Y 211_I 0.86 0.10 0.00
219_R 150_L 0.86 0.10 0.00
73_G 140_F 0.86 0.10 0.00
123_N 365_L 0.86 0.10 0.00
188_I 198_L 0.86 0.10 0.00
200_D 280_I 0.86 0.10 0.00
202_E 330_A 0.86 0.10 0.00
203_E 98_I 0.85 0.10 0.00
210_A 169_S 0.85 0.10 0.00
94_P 302_A 0.85 0.10 0.00
98_M 183_F 0.85 0.10 0.00
105_L 93_C 0.85 0.10 0.00
97_A 275_L 0.85 0.10 0.00
157_G 200_L 0.85 0.10 0.00
203_E 352_Q 0.85 0.10 0.00
226_E 331_D 0.85 0.10 0.00
163_T 112_T 0.85 0.10 0.00
67_V 180_T 0.85 0.10 0.00
212_K 185_L 0.85 0.10 0.00
98_M 124_M 0.85 0.10 0.00
81_P 353_V 0.85 0.10 0.00
210_A 185_L 0.85 0.10 0.00
130_Y 243_T 0.85 0.10 0.00
212_K 372_I 0.84 0.10 0.00
136_T 211_I 0.84 0.10 0.00
188_I 74_N 0.84 0.10 0.00
90_N 21_L 0.84 0.10 0.00
198_A 350_I 0.84 0.10 0.00
214_P 60_S 0.84 0.10 0.00
64_E 156_I 0.84 0.10 0.00
112_V 233_L 0.84 0.10 0.00
221_G 206_N 0.83 0.10 0.00
152_I 93_C 0.83 0.10 0.00
131_H 286_N 0.83 0.10 0.00
48_N 284_V 0.83 0.10 0.00
161_G 221_H 0.83 0.10 0.00
96_S 345_Y 0.83 0.10 0.00
156_L 209_L 0.83 0.10 0.00
218_P 171_D 0.83 0.10 0.00
187_Q 266_P 0.83 0.10 0.00
155_K 185_L 0.83 0.10 0.00
137_T 250_L 0.83 0.10 0.00
124_R 197_L 0.83 0.10 0.00
61_K 374_N 0.82 0.09 0.00
84_D 32_N 0.82 0.09 0.00
138_T 187_F 0.82 0.09 0.00
204_I 361_T 0.82 0.09 0.00
218_P 206_N 0.82 0.09 0.00
142_L 115_I 0.82 0.09 0.00
215_K 59_A 0.82 0.09 0.00
63_I 140_F 0.82 0.09 0.00
108_P 294_L 0.82 0.09 0.00
106_Q 49_L 0.82 0.09 0.00
60_Y 148_N 0.82 0.09 0.00
200_D 148_N 0.82 0.09 0.00
51_T 79_I 0.81 0.09 0.00
170_T 32_N 0.81 0.09 0.00
94_P 263_N 0.81 0.09 0.00
208_L 35_S 0.81 0.09 0.00
160_V 286_N 0.81 0.09 0.00
210_A 317_F 0.81 0.09 0.00
82_V 342_P 0.81 0.09 0.00
232_T 61_T 0.81 0.09 0.00
148_I 239_L 0.81 0.09 0.00
221_G 47_T 0.81 0.09 0.00
72_E 211_I 0.81 0.09 0.00
69_N 120_L 0.80 0.09 0.00
52_P 243_T 0.80 0.09 0.00
110_M 367_P 0.80 0.09 0.00
171_L 205_S 0.80 0.09 0.00
129_K 303_M 0.80 0.09 0.00
68_K 162_Q 0.80 0.09 0.00
104_V 351_G 0.80 0.09 0.00
162_E 320_L 0.80 0.09 0.00
103_E 114_N 0.80 0.09 0.00
209_K 293_A 0.80 0.09 0.00
101_V 322_Q 0.80 0.09 0.00
209_K 246_S 0.79 0.09 0.00
193_Y 47_T 0.79 0.09 0.00
136_T 209_L 0.79 0.09 0.00
73_G 85_N 0.79 0.09 0.00
149_L 295_L 0.79 0.09 0.00
115_V 321_S 0.79 0.09 0.00
132_I 370_S 0.79 0.09 0.00
235_T 190_A 0.79 0.09 0.00
221_G 74_N 0.79 0.09 0.00
182_N 275_L 0.79 0.09 0.00
130_Y 289_G 0.79 0.09 0.00
145_S 353_V 0.79 0.09 0.00
171_L 231_G 0.79 0.09 0.00
224_S 5_R 0.78 0.09 0.00
54_D 216_D 0.78 0.09 0.00
62_R 338_I 0.78 0.09 0.00
58_E 324_L 0.78 0.09 0.00
59_N 151_S 0.78 0.09 0.00
212_K 292_L 0.78 0.08 0.00
76_A 345_Y 0.78 0.08 0.00
64_E 371_L 0.78 0.08 0.00
203_E 168_Y 0.78 0.08 0.00
54_D 192_L 0.77 0.08 0.00
226_E 302_A 0.77 0.08 0.00
102_A 297_S 0.77 0.08 0.00
241_P 35_S 0.77 0.08 0.00
131_H 209_L 0.77 0.08 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
5865 0.25 cIp_2_4_cytb_4_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.00 Done - Shared
5864 0.39 cIp_2_40_cytb_40_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.00 Done - Shared
Page generated in 0.1041 seconds.