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OPENSEQ.org
1mty(alpha_beta)
Genes: A B A+B
Length: 527 389 851
Sequences: 76 200 50
Seq/Len: 0.14 0.51 0.06
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.97
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.01 0.02
2 0.02 0.02 0.05
5 0.02 0.03 0.05
10 0.02 0.03 0.05
20 0.02 0.05 0.05
100 0.03 0.07 0.06
∞ 0.10 0.09 0.06
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
329_P 100_D 1.79 0.22 0.00
352_A 157_Y 1.70 0.20 0.00
408_F 183_G 1.57 0.16 0.00
60_F 185_D 1.57 0.16 0.00
202_L 326_E 1.52 0.15 0.00
75_D 306_D 1.44 0.14 0.00
450_D 187_I 1.41 0.13 0.00
29_H 100_D 1.38 0.12 0.00
329_P 241_W 1.36 0.12 0.00
307_R 261_R 1.35 0.12 0.00
482_I 205_P 1.34 0.12 0.00
224_A 191_Q 1.34 0.12 0.00
61_K 261_R 1.33 0.12 0.00
329_P 324_W 1.31 0.11 0.00
201_S 303_L 1.30 0.11 0.00
415_I 290_I 1.28 0.11 0.00
511_D 45_R 1.28 0.11 0.00
137_Y 171_L 1.26 0.10 0.00
516_N 47_T 1.26 0.10 0.00
351_Y 373_F 1.25 0.10 0.00
228_G 218_W 1.24 0.10 0.00
57_K 138_P 1.24 0.10 0.00
480_E 247_S 1.23 0.10 0.00
291_E 257_G 1.22 0.10 0.00
199_E 253_D 1.22 0.10 0.00
493_K 207_F 1.22 0.10 0.00
311_E 264_F 1.21 0.10 0.00
128_A 326_E 1.21 0.10 0.00
488_L 93_V 1.20 0.09 0.00
86_L 264_F 1.19 0.09 0.00
363_L 71_D 1.19 0.09 0.00
451_Q 60_A 1.19 0.09 0.00
115_Y 185_D 1.19 0.09 0.00
202_L 226_S 1.18 0.09 0.00
90_N 234_L 1.18 0.09 0.00
98_K 260_V 1.18 0.09 0.00
210_A 188_D 1.17 0.09 0.00
506_L 26_E 1.17 0.09 0.00
141_V 290_I 1.16 0.09 0.00
261_P 237_E 1.16 0.09 0.00
251_Y 100_D 1.16 0.09 0.00
296_F 279_F 1.16 0.09 0.00
31_W 346_T 1.15 0.09 0.00
261_P 264_F 1.15 0.09 0.00
513_K 209_E 1.15 0.09 0.00
523_V 144_F 1.15 0.09 0.00
329_P 273_G 1.14 0.09 0.00
448_F 193_I 1.14 0.09 0.00
510_D 97_K 1.14 0.08 0.00
75_D 168_R 1.14 0.08 0.00
30_R 129_A 1.13 0.08 0.00
444_Q 270_P 1.13 0.08 0.00
61_K 186_K 1.13 0.08 0.00
368_E 260_V 1.13 0.08 0.00
122_G 221_G 1.12 0.08 0.00
261_P 286_T 1.12 0.08 0.00
315_G 185_D 1.12 0.08 0.00
388_E 326_E 1.12 0.08 0.00
94_R 145_I 1.12 0.08 0.00
71_E 45_R 1.11 0.08 0.00
392_A 200_L 1.11 0.08 0.00
135_N 100_D 1.11 0.08 0.00
124_L 162_A 1.11 0.08 0.00
271_L 257_G 1.11 0.08 0.00
96_H 163_H 1.11 0.08 0.00
262_A 297_D 1.10 0.08 0.00
329_P 109_Y 1.10 0.08 0.00
388_E 147_R 1.10 0.08 0.00
202_L 47_T 1.10 0.08 0.00
367_E 311_D 1.10 0.08 0.00
315_G 335_F 1.10 0.08 0.00
318_I 205_P 1.10 0.08 0.00
444_Q 234_L 1.09 0.08 0.00
153_Y 51_A 1.09 0.08 0.00
82_L 264_F 1.09 0.08 0.00
523_V 244_S 1.09 0.08 0.00
60_F 109_Y 1.09 0.08 0.00
464_Y 80_R 1.09 0.08 0.00
168_H 290_I 1.08 0.08 0.00
275_F 185_D 1.08 0.08 0.00
513_K 354_A 1.08 0.08 0.00
501_V 232_E 1.08 0.08 0.00
132_E 200_L 1.08 0.08 0.00
169_N 47_T 1.07 0.08 0.00
512_I 241_W 1.07 0.08 0.00
71_E 335_F 1.07 0.08 0.00
512_I 330_A 1.07 0.08 0.00
448_F 253_D 1.07 0.08 0.00
391_R 152_F 1.07 0.08 0.00
295_K 90_L 1.07 0.07 0.00
128_A 71_D 1.07 0.07 0.00
446_H 297_D 1.07 0.07 0.00
291_E 186_K 1.06 0.07 0.00
299_E 261_R 1.06 0.07 0.00
519_F 120_T 1.06 0.07 0.00
508_T 269_A 1.06 0.07 0.00
315_G 110_V 1.06 0.07 0.00
185_K 338_L 1.06 0.07 0.00
253_T 171_L 1.05 0.07 0.00
247_M 110_V 1.05 0.07 0.00
516_N 354_A 1.05 0.07 0.00
78_Q 51_A 1.05 0.07 0.00
496_I 318_R 1.05 0.07 0.00
122_G 364_I 1.05 0.07 0.00
36_N 181_F 1.04 0.07 0.00
247_M 185_D 1.04 0.07 0.00
381_D 93_V 1.04 0.07 0.00
384_G 88_T 1.04 0.07 0.00
275_F 157_Y 1.04 0.07 0.00
63_I 124_L 1.04 0.07 0.00
247_M 335_F 1.04 0.07 0.00
497_A 338_L 1.04 0.07 0.00
283_T 188_D 1.04 0.07 0.00
309_V 157_Y 1.04 0.07 0.00
47_A 145_I 1.04 0.07 0.00
291_E 76_F 1.04 0.07 0.00
219_A 41_P 1.03 0.07 0.00
210_A 78_G 1.03 0.07 0.00
211_C 188_D 1.03 0.07 0.00
202_L 96_F 1.03 0.07 0.00
120_A 242_N 1.03 0.07 0.00
311_E 133_I 1.03 0.07 0.00
261_P 284_A 1.03 0.07 0.00
59_Q 259_F 1.03 0.07 0.00
161_N 250_A 1.03 0.07 0.00
506_L 136_M 1.03 0.07 0.00
400_S 205_P 1.03 0.07 0.00
444_Q 247_S 1.03 0.07 0.00
287_G 101_P 1.02 0.07 0.00
500_H 88_T 1.02 0.07 0.00
210_A 127_Y 1.02 0.07 0.00
206_L 120_T 1.02 0.07 0.00
142_L 273_G 1.02 0.07 0.00
497_A 238_V 1.02 0.07 0.00
202_L 346_T 1.02 0.07 0.00
182_K 164_S 1.02 0.07 0.00
125_W 202_K 1.01 0.07 0.00
85_A 144_F 1.01 0.07 0.00
516_N 311_D 1.01 0.07 0.00
364_P 78_G 1.01 0.07 0.00
311_E 237_E 1.01 0.07 0.00
403_I 201_A 1.01 0.07 0.00
315_G 174_V 1.01 0.07 0.00
352_A 171_L 1.01 0.07 0.00
151_C 335_F 1.01 0.07 0.00
157_Y 185_D 1.01 0.07 0.00
429_L 110_V 1.01 0.07 0.00
122_G 193_I 1.01 0.07 0.00
140_Q 240_D 1.01 0.07 0.00
140_Q 313_N 1.01 0.07 0.00
167_G 240_D 1.01 0.07 0.00
167_G 313_N 1.01 0.07 0.00
218_V 240_D 1.01 0.07 0.00
218_V 313_N 1.01 0.07 0.00
227_N 240_D 1.01 0.07 0.00
227_N 313_N 1.01 0.07 0.00
305_W 240_D 1.01 0.07 0.00
305_W 313_N 1.01 0.07 0.00
248_A 185_D 1.01 0.07 0.00
275_F 145_I 1.01 0.07 0.00
262_A 98_H 1.00 0.07 0.00
239_I 367_Y 1.00 0.07 0.00
161_N 281_I 1.00 0.07 0.00
271_L 308_E 1.00 0.07 0.00
247_M 174_V 1.00 0.07 0.00
461_P 109_Y 1.00 0.07 0.00
359_F 290_I 1.00 0.07 0.00
183_G 208_D 1.00 0.07 0.00
46_Y 47_T 1.00 0.07 0.00
142_L 23_A 1.00 0.07 0.00
512_I 200_L 1.00 0.07 0.00
308_W 50_E 1.00 0.07 0.00
308_W 140_W 1.00 0.07 0.00
379_W 50_E 1.00 0.07 0.00
379_W 140_W 1.00 0.07 0.00
424_P 218_W 1.00 0.07 0.00
315_G 160_F 1.00 0.07 0.00
493_K 208_D 1.00 0.07 0.00
99_W 98_H 1.00 0.07 0.00
85_A 251_V 0.99 0.07 0.00
459_A 281_I 0.99 0.07 0.00
99_W 190_A 0.99 0.07 0.00
247_M 160_F 0.99 0.07 0.00
106_V 305_D 0.99 0.07 0.00
49_K 267_R 0.99 0.07 0.00
335_A 151_A 0.99 0.07 0.00
58_E 259_F 0.99 0.07 0.00
60_F 48_E 0.99 0.07 0.00
513_K 108_P 0.99 0.07 0.00
523_V 333_R 0.99 0.07 0.00
307_R 190_A 0.99 0.07 0.00
341_W 251_V 0.99 0.07 0.00
522_P 173_D 0.99 0.07 0.00
168_H 287_Y 0.99 0.07 0.00
262_A 221_G 0.99 0.07 0.00
219_A 306_D 0.99 0.07 0.00
447_T 47_T 0.99 0.07 0.00
46_Y 130_D 0.99 0.07 0.00
174_T 120_T 0.98 0.07 0.00
71_E 111_K 0.98 0.07 0.00
251_Y 324_W 0.98 0.07 0.00
512_I 343_P 0.98 0.07 0.00
486_H 297_D 0.98 0.07 0.00
120_A 58_P 0.98 0.07 0.00
329_P 200_L 0.98 0.07 0.00
70_M 57_Q 0.98 0.07 0.00
70_M 274_D 0.98 0.07 0.00
77_R 57_Q 0.98 0.07 0.00
77_R 274_D 0.98 0.07 0.00
88_R 57_Q 0.98 0.07 0.00
88_R 274_D 0.98 0.07 0.00
196_D 57_Q 0.98 0.07 0.00
196_D 274_D 0.98 0.07 0.00
207_V 57_Q 0.98 0.07 0.00
207_V 274_D 0.98 0.07 0.00
249_N 57_Q 0.98 0.07 0.00
249_N 274_D 0.98 0.07 0.00
354_W 57_Q 0.98 0.07 0.00
354_W 274_D 0.98 0.07 0.00
373_E 57_Q 0.98 0.07 0.00
373_E 274_D 0.98 0.07 0.00
270_D 58_P 0.98 0.07 0.00
489_R 218_W 0.98 0.07 0.00
526_F 341_K 0.98 0.07 0.00
98_K 225_K 0.98 0.07 0.00
76_E 43_W 0.98 0.07 0.00
169_N 366_D 0.98 0.07 0.00
270_D 190_A 0.98 0.07 0.00
251_Y 173_D 0.97 0.07 0.00
186_R 338_L 0.97 0.07 0.00
316_I 71_D 0.97 0.07 0.00
115_Y 109_Y 0.97 0.07 0.00
397_D 227_A 0.97 0.07 0.00
509_L 170_A 0.97 0.07 0.00
115_Y 48_E 0.97 0.06 0.00
86_L 113_K 0.97 0.06 0.00
188_F 303_L 0.97 0.06 0.00
80_G 57_Q 0.97 0.06 0.00
80_G 274_D 0.97 0.06 0.00
312_D 57_Q 0.97 0.06 0.00
312_D 274_D 0.97 0.06 0.00
378_G 57_Q 0.97 0.06 0.00
378_G 274_D 0.97 0.06 0.00
161_N 326_E 0.97 0.06 0.00
85_A 321_T 0.97 0.06 0.00
191_G 175_T 0.97 0.06 0.00
231_I 286_T 0.97 0.06 0.00
497_A 347_T 0.97 0.06 0.00
524_K 19_V 0.97 0.06 0.00
511_D 48_E 0.97 0.06 0.00
449_S 324_W 0.97 0.06 0.00
527_N 137_N 0.96 0.06 0.00
161_N 54_V 0.96 0.06 0.00
75_D 41_P 0.96 0.06 0.00
27_E 264_F 0.96 0.06 0.00
420_V 100_D 0.96 0.06 0.00
161_N 317_M 0.96 0.06 0.00
247_M 265_F 0.96 0.06 0.00
25_A 356_L 0.96 0.06 0.00
210_A 259_F 0.96 0.06 0.00
60_F 111_K 0.96 0.06 0.00
202_L 237_E 0.96 0.06 0.00
324_Y 231_V 0.96 0.06 0.00
296_F 297_D 0.96 0.06 0.00
62_L 368_A 0.96 0.06 0.00
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37_W 140_W 0.90 0.06 0.00
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492_G 50_E 0.90 0.06 0.00
492_G 140_W 0.90 0.06 0.00
507_W 50_E 0.90 0.06 0.00
507_W 140_W 0.90 0.06 0.00
510_D 222_E 0.90 0.06 0.00
309_V 59_N 0.90 0.06 0.00
86_L 357_Y 0.90 0.06 0.00
127_S 272_F 0.90 0.06 0.00
287_G 99_R 0.90 0.06 0.00
326_V 279_F 0.90 0.06 0.00
122_G 102_L 0.90 0.06 0.00
389_E 25_P 0.90 0.06 0.00
141_V 188_D 0.90 0.06 0.00
329_P 170_A 0.90 0.06 0.00
201_S 201_A 0.90 0.06 0.00
448_F 51_A 0.90 0.06 0.00
418_D 188_D 0.90 0.06 0.00
53_A 107_A 0.90 0.06 0.00
514_R 353_T 0.90 0.06 0.00
390_W 284_A 0.90 0.06 0.00
46_Y 126_G 0.90 0.06 0.00
194_S 340_A 0.90 0.06 0.00
311_E 131_G 0.90 0.06 0.00
130_A 102_L 0.90 0.06 0.00
80_G 277_T 0.90 0.06 0.00
312_D 277_T 0.90 0.06 0.00
378_G 277_T 0.90 0.06 0.00
127_S 137_N 0.90 0.06 0.00
313_W 56_A 0.90 0.06 0.00
397_D 29_L 0.89 0.06 0.00
164_D 310_S 0.89 0.06 0.00
59_Q 188_D 0.89 0.06 0.00
151_C 149_W 0.89 0.06 0.00
518_V 366_D 0.89 0.06 0.00
202_L 44_K 0.89 0.06 0.00
99_W 261_R 0.89 0.06 0.00
493_K 213_V 0.89 0.06 0.00
363_L 276_L 0.89 0.06 0.00
134_K 355_S 0.89 0.06 0.00
52_M 199_F 0.89 0.06 0.00
365_D 108_P 0.89 0.06 0.00
85_A 200_L 0.89 0.06 0.00
61_K 303_L 0.89 0.06 0.00
149_H 326_E 0.89 0.06 0.00
444_Q 195_L 0.89 0.06 0.00
30_R 371_I 0.89 0.06 0.00
122_G 317_M 0.89 0.06 0.00
372_F 232_E 0.89 0.06 0.00
502_R 326_E 0.89 0.06 0.00
427_P 48_E 0.89 0.06 0.00
516_N 206_G 0.89 0.06 0.00
148_T 68_D 0.89 0.06 0.00
137_Y 48_E 0.89 0.06 0.00
139_A 46_L 0.89 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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