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OPENSEQ.org
cIm_J_40_cytb_40_human
Genes: A B A+B
Length: 174 378 552
Sequences: 292 4493 194
Seq/Len: 1.68 11.89 0.35
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.36
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.36
2 0.00 0.00 0.36
5 0.00 0.00 0.36
10 0.00 0.00 0.36
20 0.00 0.00 0.35
100 0.00 0.00 0.35
∞ 0.00 0.00 0.35
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
51_M 107_F 1.87 0.70 0.01
162_V 363_L 1.68 0.58 0.01
168_I 347_F 1.66 0.57 0.01
154_V 158_T 1.55 0.50 0.01
6_F 78_I 1.53 0.48 0.01
3_Y 212_T 1.48 0.45 0.01
19_F 315_M 1.48 0.44 0.01
77_E 95_F 1.46 0.43 0.01
93_L 340_G 1.45 0.42 0.01
152_L 107_F 1.44 0.41 0.00
85_G 23_T 1.42 0.40 0.00
126_I 209_L 1.38 0.38 0.00
152_L 365_L 1.38 0.37 0.00
38_V 195_L 1.37 0.37 0.00
148_Y 315_M 1.35 0.36 0.00
168_I 17_S 1.35 0.36 0.00
71_T 243_T 1.29 0.32 0.00
31_V 310_S 1.29 0.32 0.00
163_G 333_L 1.29 0.32 0.00
44_L 109_Y 1.28 0.32 0.00
71_T 23_T 1.28 0.31 0.00
3_Y 102_L 1.27 0.31 0.00
7_L 102_L 1.26 0.30 0.00
17_V 67_A 1.26 0.30 0.00
134_L 340_G 1.25 0.30 0.00
122_G 92_I 1.25 0.29 0.00
126_I 46_T 1.23 0.29 0.00
153_V 159_D 1.21 0.27 0.00
128_E 95_F 1.21 0.27 0.00
106_V 57_P 1.19 0.26 0.00
159_T 121_L 1.18 0.26 0.00
148_Y 229_A 1.18 0.26 0.00
2_M 324_L 1.16 0.25 0.00
44_L 310_S 1.16 0.25 0.00
41_V 325_Y 1.15 0.24 0.00
3_Y 159_D 1.15 0.24 0.00
58_I 181_F 1.15 0.24 0.00
2_M 129_M 1.15 0.24 0.00
122_G 315_M 1.13 0.23 0.00
89_L 43_L 1.13 0.23 0.00
30_L 29_A 1.12 0.22 0.00
104_L 331_D 1.12 0.22 0.00
93_L 376_M 1.11 0.22 0.00
147_D 4_M 1.10 0.21 0.00
144_A 92_I 1.10 0.21 0.00
96_L 67_A 1.09 0.21 0.00
170_I 243_T 1.08 0.21 0.00
64_M 7_I 1.07 0.20 0.00
153_V 214_H 1.07 0.20 0.00
3_Y 357_L 1.07 0.20 0.00
59_Y 230_L 1.07 0.20 0.00
86_V 315_M 1.07 0.20 0.00
85_G 327_L 1.07 0.20 0.00
20_S 212_T 1.07 0.20 0.00
168_I 95_F 1.06 0.20 0.00
135_I 315_M 1.06 0.20 0.00
96_L 240_M 1.06 0.20 0.00
50_Y 70_T 1.05 0.19 0.00
102_L 92_I 1.05 0.19 0.00
105_W 158_T 1.05 0.19 0.00
93_L 211_I 1.05 0.19 0.00
163_G 331_D 1.05 0.19 0.00
153_V 67_A 1.04 0.19 0.00
166_I 181_F 1.04 0.19 0.00
81_A 211_I 1.04 0.19 0.00
55_V 356_V 1.03 0.19 0.00
64_M 327_L 1.02 0.18 0.00
16_F 159_D 1.02 0.18 0.00
58_I 376_M 1.02 0.18 0.00
167_V 327_L 1.01 0.18 0.00
127_Y 211_I 1.01 0.18 0.00
48_G 257_T 1.00 0.17 0.00
149_G 57_P 1.00 0.17 0.00
45_N 371_L 1.00 0.17 0.00
17_V 233_L 0.99 0.17 0.00
37_V 313_Q 0.99 0.17 0.00
100_V 67_A 0.99 0.17 0.00
30_L 96_L 0.99 0.17 0.00
8_L 190_A 0.99 0.17 0.00
89_L 57_P 0.99 0.17 0.00
115_V 334_I 0.99 0.17 0.00
86_V 215_S 0.98 0.17 0.00
106_V 95_F 0.98 0.17 0.00
171_A 234_L 0.98 0.17 0.00
117_N 98_I 0.98 0.17 0.00
153_V 320_L 0.98 0.16 0.00
58_I 25_S 0.98 0.16 0.00
143_G 360_T 0.98 0.16 0.00
142_A 70_T 0.98 0.16 0.00
173_G 307_L 0.97 0.16 0.00
159_T 375_K 0.97 0.16 0.00
170_I 366_M 0.97 0.16 0.00
71_T 188_I 0.97 0.16 0.00
164_V 209_L 0.96 0.16 0.00
4_A 121_L 0.96 0.16 0.00
7_L 95_F 0.96 0.16 0.00
11_G 190_A 0.96 0.16 0.00
159_T 123_T 0.96 0.16 0.00
14_M 314_S 0.96 0.16 0.00
77_E 370_S 0.96 0.16 0.00
105_W 347_F 0.95 0.15 0.00
155_V 7_I 0.95 0.15 0.00
55_V 243_T 0.95 0.15 0.00
6_F 304_I 0.95 0.15 0.00
96_L 314_S 0.95 0.15 0.00
131_G 365_L 0.95 0.15 0.00
11_G 159_D 0.95 0.15 0.00
43_I 39_A 0.95 0.15 0.00
21_S 325_Y 0.95 0.15 0.00
17_V 316_M 0.95 0.15 0.00
64_M 310_S 0.94 0.15 0.00
43_I 13_L 0.94 0.15 0.00
135_I 325_Y 0.94 0.15 0.00
31_V 370_S 0.94 0.15 0.00
113_V 376_M 0.94 0.15 0.00
153_V 239_L 0.94 0.15 0.00
50_Y 10_L 0.93 0.15 0.00
7_L 295_L 0.93 0.15 0.00
107_K 370_S 0.93 0.15 0.00
159_T 4_M 0.93 0.15 0.00
135_I 57_P 0.93 0.14 0.00
170_I 129_M 0.93 0.14 0.00
41_V 357_L 0.93 0.14 0.00
136_R 212_T 0.93 0.14 0.00
110_D 215_S 0.93 0.14 0.00
95_G 296_L 0.92 0.14 0.00
134_L 315_M 0.92 0.14 0.00
33_I 121_L 0.92 0.14 0.00
144_A 189_I 0.92 0.14 0.00
124_W 89_M 0.92 0.14 0.00
121_V 158_T 0.92 0.14 0.00
142_A 180_T 0.91 0.14 0.00
98_M 117_I 0.91 0.14 0.00
143_G 315_M 0.91 0.14 0.00
143_G 226_I 0.91 0.14 0.00
34_V 306_I 0.91 0.14 0.00
43_I 158_T 0.91 0.14 0.00
139_P 315_M 0.90 0.14 0.00
110_D 329_A 0.90 0.14 0.00
59_Y 340_G 0.90 0.14 0.00
20_S 372_I 0.90 0.14 0.00
90_V 366_M 0.90 0.14 0.00
122_G 209_L 0.90 0.14 0.00
156_T 375_K 0.90 0.13 0.00
114_V 333_L 0.90 0.13 0.00
122_G 370_S 0.90 0.13 0.00
106_V 349_I 0.89 0.13 0.00
145_L 375_K 0.89 0.13 0.00
88_V 372_I 0.89 0.13 0.00
153_V 78_I 0.89 0.13 0.00
17_V 364_I 0.89 0.13 0.00
5_L 377_L 0.89 0.13 0.00
77_E 315_M 0.89 0.13 0.00
15_G 237_L 0.89 0.13 0.00
147_D 95_F 0.89 0.13 0.00
101_G 239_L 0.88 0.13 0.00
50_Y 180_T 0.88 0.13 0.00
137_E 191_A 0.88 0.13 0.00
144_A 375_K 0.88 0.13 0.00
2_M 7_I 0.88 0.13 0.00
135_I 176_T 0.88 0.13 0.00
128_E 236_I 0.88 0.13 0.00
136_R 310_S 0.88 0.13 0.00
5_L 70_T 0.88 0.13 0.00
110_D 98_I 0.88 0.13 0.00
4_A 43_L 0.87 0.13 0.00
153_V 327_L 0.87 0.13 0.00
126_I 345_Y 0.87 0.13 0.00
167_V 295_L 0.87 0.13 0.00
152_L 123_T 0.87 0.13 0.00
34_V 23_T 0.87 0.12 0.00
46_F 307_L 0.87 0.12 0.00
109_Y 329_A 0.87 0.12 0.00
46_F 214_H 0.87 0.12 0.00
163_G 292_L 0.87 0.12 0.00
93_L 11_M 0.86 0.12 0.00
83_G 78_I 0.86 0.12 0.00
135_I 209_L 0.86 0.12 0.00
58_I 324_L 0.86 0.12 0.00
12_L 180_T 0.86 0.12 0.00
138_D 327_L 0.86 0.12 0.00
142_A 372_I 0.85 0.12 0.00
145_L 235_F 0.85 0.12 0.00
11_G 357_L 0.85 0.12 0.00
139_P 109_Y 0.85 0.12 0.00
96_L 156_I 0.85 0.12 0.00
34_V 239_L 0.85 0.12 0.00
156_T 129_M 0.85 0.12 0.00
13_V 357_L 0.85 0.12 0.00
114_V 348_T 0.85 0.12 0.00
170_I 89_M 0.85 0.12 0.00
97_A 315_M 0.85 0.12 0.00
64_M 309_M 0.85 0.12 0.00
94_V 360_T 0.84 0.12 0.00
107_K 17_S 0.84 0.12 0.00
102_L 363_L 0.84 0.12 0.00
134_L 229_A 0.84 0.12 0.00
166_I 375_K 0.84 0.12 0.00
10_V 214_H 0.84 0.12 0.00
44_L 296_L 0.84 0.12 0.00
139_P 347_F 0.84 0.12 0.00
118_F 4_M 0.84 0.12 0.00
12_L 3_P 0.84 0.12 0.00
149_G 376_M 0.84 0.12 0.00
139_P 370_S 0.84 0.12 0.00
171_A 376_M 0.84 0.12 0.00
14_M 369_I 0.84 0.12 0.00
143_G 300_I 0.84 0.12 0.00
17_V 115_I 0.84 0.12 0.00
58_I 241_T 0.83 0.12 0.00
15_G 300_I 0.83 0.12 0.00
112_V 296_L 0.83 0.12 0.00
91_S 123_T 0.83 0.12 0.00
101_G 23_T 0.83 0.12 0.00
152_L 98_I 0.83 0.12 0.00
37_V 240_M 0.83 0.12 0.00
149_G 325_Y 0.83 0.12 0.00
12_L 4_M 0.83 0.12 0.00
50_Y 219_T 0.83 0.11 0.00
51_M 313_Q 0.83 0.11 0.00
153_V 217_K 0.83 0.11 0.00
12_L 345_Y 0.82 0.11 0.00
19_F 308_H 0.82 0.11 0.00
21_S 334_I 0.82 0.11 0.00
165_Y 303_M 0.82 0.11 0.00
33_I 345_Y 0.82 0.11 0.00
15_G 376_M 0.81 0.11 0.00
115_V 52_A 0.81 0.11 0.00
170_I 46_T 0.81 0.11 0.00
64_M 39_A 0.81 0.11 0.00
150_R 310_S 0.81 0.11 0.00
135_I 43_L 0.81 0.11 0.00
17_V 314_S 0.81 0.11 0.00
133_G 92_I 0.81 0.11 0.00
90_V 14_I 0.81 0.11 0.00
107_K 309_M 0.80 0.11 0.00
17_V 324_L 0.80 0.11 0.00
75_I 95_F 0.80 0.11 0.00
88_V 300_I 0.80 0.11 0.00
92_V 176_T 0.80 0.11 0.00
106_V 96_L 0.80 0.11 0.00
101_G 257_T 0.80 0.11 0.00
41_V 331_D 0.80 0.11 0.00
50_Y 3_P 0.80 0.11 0.00
123_S 16_H 0.80 0.11 0.00
33_I 160_L 0.80 0.10 0.00
89_L 162_Q 0.80 0.10 0.00
55_V 185_L 0.80 0.10 0.00
20_S 215_S 0.80 0.10 0.00
134_L 240_M 0.80 0.10 0.00
122_G 307_L 0.80 0.10 0.00
21_S 315_M 0.79 0.10 0.00
106_V 43_L 0.79 0.10 0.00
42_I 209_L 0.79 0.10 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
5763 0.35 cIm_J_40_cytb_40_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.01 Done - Shared
5757 7.25 cIm_J_4_cytb_4_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.03 Done - Shared
5756 7.57 cIm_J_2_cytb_2_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-02, 8) B:(1E-02, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.05 Done - Shared
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