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OPENSEQ.org
cIm_M_20_1_cyt1_2_human
Genes: A B A+B
Length: 459 325 648
Sequences: 6342 747 137
Seq/Len: 13.82 2.3 0.21
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.52
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.02 0.00
2 0.00 0.02 0.00
5 0.00 0.02 0.00
10 0.00 0.02 0.00
20 0.00 0.02 0.00
100 0.00 0.02 0.02
∞ 0.01 0.02 0.17
Paired alignment generation
None of the genomes have hits within 20 Δgene.
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
351_L 138_V 1.68 0.43 0.00
414_T 200_I 1.67 0.43 0.00
115_L 137_G 1.58 0.38 0.00
270_I 264_S 1.57 0.37 0.00
64_P 170_K 1.40 0.28 0.00
282_L 281_E 1.26 0.21 0.00
115_L 145_A 1.23 0.20 0.00
385_T 213_S 1.23 0.20 0.00
139_Q 70_G 1.23 0.20 0.00
324_S 176_P 1.22 0.20 0.00
238_L 299_L 1.19 0.19 0.00
164_L 96_W 1.19 0.19 0.00
403_T 138_V 1.17 0.18 0.00
97_S 211_V 1.16 0.18 0.00
73_L 109_S 1.15 0.17 0.00
405_L 264_S 1.15 0.17 0.00
65_L 188_A 1.13 0.17 0.00
107_I 314_L 1.12 0.16 0.00
253_L 299_L 1.11 0.16 0.00
317_I 170_K 1.11 0.16 0.00
143_L 94_Y 1.11 0.16 0.00
382_L 127_M 1.11 0.16 0.00
351_L 303_V 1.10 0.15 0.00
120_I 242_I 1.09 0.15 0.00
348_L 109_S 1.09 0.15 0.00
165_I 266_I 1.09 0.15 0.00
360_L 271_C 1.09 0.15 0.00
94_L 114_F 1.09 0.15 0.00
82_R 127_M 1.07 0.15 0.00
135_R 281_E 1.06 0.14 0.00
407_S 266_I 1.06 0.14 0.00
158_L 304_Y 1.05 0.14 0.00
162_I 260_P 1.05 0.14 0.00
115_L 138_V 1.05 0.14 0.00
309_F 154_V 1.05 0.14 0.00
222_E 96_W 1.05 0.14 0.00
420_T 308_R 1.05 0.14 0.00
251_N 101_L 1.04 0.14 0.00
233_A 235_P 1.04 0.14 0.00
83_H 190_N 1.02 0.13 0.00
360_L 308_R 1.01 0.13 0.00
69_T 98_H 1.01 0.13 0.00
322_T 240_Q 1.01 0.13 0.00
337_T 190_N 1.00 0.13 0.00
416_W 192_A 1.00 0.13 0.00
93_K 303_V 1.00 0.13 0.00
303_I 297_A 0.99 0.12 0.00
195_M 116_V 0.99 0.12 0.00
238_L 284_H 0.99 0.12 0.00
263_V 171_L 0.98 0.12 0.00
412_T 140_Y 0.98 0.12 0.00
407_S 201_V 0.98 0.12 0.00
387_S 105_L 0.98 0.12 0.00
324_S 200_I 0.98 0.12 0.00
421_H 260_P 0.98 0.12 0.00
392_T 268_K 0.97 0.12 0.00
418_S 260_P 0.97 0.12 0.00
313_V 170_K 0.97 0.12 0.00
168_H 164_M 0.97 0.12 0.00
166_Y 201_V 0.96 0.12 0.00
61_L 257_D 0.96 0.12 0.00
341_I 254_E 0.96 0.12 0.00
361_L 154_V 0.96 0.12 0.00
407_S 261_A 0.96 0.12 0.00
253_L 179_Y 0.96 0.12 0.00
397_G 308_R 0.95 0.11 0.00
305_T 71_G 0.95 0.11 0.00
394_L 314_L 0.95 0.11 0.00
305_T 290_L 0.94 0.11 0.00
166_Y 224_G 0.94 0.11 0.00
69_T 306_I 0.94 0.11 0.00
141_E 96_W 0.94 0.11 0.00
73_L 132_Y 0.94 0.11 0.00
97_S 188_A 0.94 0.11 0.00
124_T 87_L 0.94 0.11 0.00
360_L 72_A 0.93 0.11 0.00
296_L 211_V 0.93 0.11 0.00
85_S 297_A 0.93 0.11 0.00
407_S 156_D 0.93 0.11 0.00
364_L 144_E 0.93 0.11 0.00
67_M 231_L 0.93 0.11 0.00
419_L 237_F 0.92 0.11 0.00
322_T 313_V 0.92 0.11 0.00
267_W 95_P 0.92 0.11 0.00
253_L 154_V 0.92 0.11 0.00
358_W 223_T 0.92 0.11 0.00
143_L 157_G 0.92 0.11 0.00
376_L 87_L 0.92 0.11 0.00
381_V 141_T 0.91 0.10 0.00
253_L 108_T 0.91 0.10 0.00
379_L 315_K 0.91 0.10 0.00
234_V 225_V 0.91 0.10 0.00
64_P 92_P 0.90 0.10 0.00
147_T 288_M 0.90 0.10 0.00
317_I 235_P 0.90 0.10 0.00
333_N 206_G 0.90 0.10 0.00
367_L 166_M 0.90 0.10 0.00
154_L 159_N 0.90 0.10 0.00
69_T 138_V 0.90 0.10 0.00
383_V 130_V 0.90 0.10 0.00
312_A 268_K 0.90 0.10 0.00
207_M 281_E 0.89 0.10 0.00
120_I 309_H 0.89 0.10 0.00
305_T 170_K 0.89 0.10 0.00
222_E 239_G 0.88 0.10 0.00
282_L 193_L 0.88 0.10 0.00
407_S 272_T 0.88 0.10 0.00
351_L 137_G 0.88 0.10 0.00
115_L 140_Y 0.87 0.10 0.00
366_N 137_G 0.87 0.10 0.00
313_V 206_G 0.87 0.10 0.00
78_M 209_D 0.87 0.10 0.00
366_N 291_K 0.87 0.10 0.00
343_I 221_P 0.87 0.10 0.00
382_L 144_E 0.87 0.10 0.00
422_H 144_E 0.87 0.10 0.00
277_L 182_S 0.87 0.10 0.00
147_T 68_A 0.87 0.10 0.00
409_Y 211_V 0.87 0.10 0.00
310_T 127_M 0.87 0.10 0.00
207_M 130_V 0.87 0.10 0.00
75_L 236_Y 0.87 0.10 0.00
310_T 139_C 0.87 0.10 0.00
409_Y 144_E 0.87 0.10 0.00
296_L 159_N 0.86 0.10 0.00
351_L 242_I 0.86 0.10 0.00
109_T 145_A 0.86 0.10 0.00
400_M 290_L 0.86 0.10 0.00
75_L 144_E 0.86 0.09 0.00
405_L 268_K 0.86 0.09 0.00
124_T 301_P 0.86 0.09 0.00
162_I 306_I 0.86 0.09 0.00
84_L 238_P 0.86 0.09 0.00
94_L 206_G 0.86 0.09 0.00
303_I 108_T 0.85 0.09 0.00
115_L 136_V 0.85 0.09 0.00
63_A 231_L 0.85 0.09 0.00
351_L 139_C 0.85 0.09 0.00
117_M 95_P 0.85 0.09 0.00
393_L 190_N 0.85 0.09 0.00
263_V 108_T 0.85 0.09 0.00
65_L 191_G 0.85 0.09 0.00
220_H 204_R 0.85 0.09 0.00
232_A 204_R 0.85 0.09 0.00
297_V 204_R 0.85 0.09 0.00
303_I 93_S 0.84 0.09 0.00
348_L 176_P 0.84 0.09 0.00
171_L 147_E 0.84 0.09 0.00
277_L 295_M 0.84 0.09 0.00
277_L 278_S 0.84 0.09 0.00
403_T 137_G 0.84 0.09 0.00
220_H 203_A 0.84 0.09 0.00
232_A 203_A 0.84 0.09 0.00
297_V 203_A 0.84 0.09 0.00
238_L 136_V 0.84 0.09 0.00
135_R 292_M 0.83 0.09 0.00
233_A 137_G 0.83 0.09 0.00
317_I 282_H 0.83 0.09 0.00
233_A 268_K 0.83 0.09 0.00
72_L 197_L 0.83 0.09 0.00
407_S 109_S 0.83 0.09 0.00
84_L 264_S 0.83 0.09 0.00
230_V 212_F 0.83 0.09 0.00
262_L 179_Y 0.82 0.09 0.00
177_L 182_S 0.82 0.09 0.00
66_L 277_A 0.82 0.09 0.00
337_T 138_V 0.82 0.09 0.00
326_L 210_Y 0.82 0.09 0.00
230_V 252_V 0.82 0.09 0.00
261_F 80_S 0.82 0.09 0.00
301_I 299_L 0.82 0.09 0.00
207_M 132_Y 0.82 0.09 0.00
79_A 140_Y 0.81 0.09 0.00
366_N 138_V 0.81 0.09 0.00
366_N 148_L 0.81 0.08 0.00
70_T 291_K 0.81 0.08 0.00
309_F 190_N 0.81 0.08 0.00
84_L 128_D 0.81 0.08 0.00
324_S 172_F 0.81 0.08 0.00
258_A 105_L 0.81 0.08 0.00
84_L 283_D 0.81 0.08 0.00
109_T 98_H 0.81 0.08 0.00
80_S 140_Y 0.81 0.08 0.00
315_L 156_D 0.81 0.08 0.00
277_L 307_K 0.81 0.08 0.00
163_A 188_A 0.81 0.08 0.00
262_L 229_E 0.81 0.08 0.00
388_W 122_A 0.81 0.08 0.00
277_L 144_E 0.81 0.08 0.00
305_T 119_Q 0.81 0.08 0.00
299_T 233_F 0.81 0.08 0.00
147_T 232_Y 0.81 0.08 0.00
305_T 245_A 0.81 0.08 0.00
403_T 139_C 0.80 0.08 0.00
57_S 105_L 0.80 0.08 0.00
143_L 158_P 0.80 0.08 0.00
248_L 143_D 0.80 0.08 0.00
58_S 69_A 0.80 0.08 0.00
85_S 70_G 0.80 0.08 0.00
314_I 314_L 0.80 0.08 0.00
234_V 298_L 0.80 0.08 0.00
165_I 201_V 0.80 0.08 0.00
305_T 315_K 0.80 0.08 0.00
383_V 240_Q 0.80 0.08 0.00
322_T 136_V 0.80 0.08 0.00
93_K 307_K 0.79 0.08 0.00
280_T 76_M 0.79 0.08 0.00
70_T 160_E 0.79 0.08 0.00
58_S 242_I 0.79 0.08 0.00
230_V 126_S 0.79 0.08 0.00
421_H 306_I 0.79 0.08 0.00
383_V 242_I 0.79 0.08 0.00
278_R 144_E 0.79 0.08 0.00
384_T 114_F 0.79 0.08 0.00
131_A 228_R 0.79 0.08 0.00
398_L 154_V 0.79 0.08 0.00
407_S 144_E 0.79 0.08 0.00
384_T 175_F 0.79 0.08 0.00
349_Q 152_V 0.79 0.08 0.00
418_S 261_A 0.79 0.08 0.00
334_Y 210_Y 0.79 0.08 0.00
392_T 256_D 0.78 0.08 0.00
321_L 271_C 0.78 0.08 0.00
185_E 184_A 0.78 0.08 0.00
69_T 137_G 0.78 0.08 0.00
296_L 172_F 0.78 0.08 0.00
416_W 168_P 0.78 0.08 0.00
387_S 164_M 0.78 0.08 0.00
77_I 305_T 0.78 0.08 0.00
81_Q 221_P 0.78 0.08 0.00
349_Q 266_I 0.78 0.08 0.00
388_W 257_D 0.78 0.08 0.00
82_R 268_K 0.78 0.08 0.00
257_M 293_L 0.78 0.08 0.00
154_L 146_K 0.78 0.08 0.00
73_L 153_E 0.78 0.08 0.00
222_E 240_Q 0.78 0.08 0.00
73_L 272_T 0.78 0.08 0.00
389_S 197_L 0.78 0.08 0.00
267_W 174_Y 0.78 0.08 0.00
235_L 229_E 0.78 0.08 0.00
393_L 264_S 0.78 0.08 0.00
382_L 314_L 0.77 0.08 0.00
386_F 161_D 0.77 0.08 0.00
165_I 260_P 0.77 0.08 0.00
415_Q 74_L 0.77 0.08 0.00
236_L 204_R 0.77 0.08 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
5740 0.23 cIm_M_4_1_cyt1_2_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-04, 1) B:(1E-02, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.00 Done - Shared
5736 0.21 cIm_M_20_1_cyt1_2_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 1) B:(1E-02, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.00 Done - Shared
5732 0.08 cIm_M_60_1_cyt1_2_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 1) B:(1E-02, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.00 Done - Shared
5731 0 cIm_M_60_1_cyt1_2_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 1) B:(1E-02, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed - Shared
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