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OPENSEQ.org
Sitanan
Genes: A B A+B
Length: 577 600 1064
Sequences: 2126 1433 898
Seq/Len: 3.68 2.39 0.84
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.74
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.09 0.00
2 0.00 0.09 0.00
5 0.00 0.09 0.00
10 0.00 0.09 0.00
20 0.00 0.09 0.02
100 0.00 0.09 0.13
∞ 0.01 0.09 0.76
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
151_I 532_S 1.67 0.82 0.06
336_Y 574_V 1.47 0.69 0.04
96_F 111_V 1.42 0.66 0.03
107_S 576_Q 1.40 0.64 0.03
209_V 560_R 1.28 0.54 0.02
36_K 171_E 1.27 0.53 0.02
48_L 49_F 1.22 0.49 0.02
497_I 382_I 1.19 0.46 0.02
127_V 425_S 1.18 0.45 0.02
202_P 184_I 1.18 0.45 0.02
455_I 162_V 1.16 0.44 0.01
339_Y 168_A 1.15 0.43 0.01
41_R 93_R 1.14 0.41 0.01
320_Y 30_I 1.14 0.41 0.01
485_M 238_E 1.14 0.41 0.01
449_F 441_N 1.14 0.41 0.01
487_V 162_V 1.13 0.41 0.01
314_M 495_T 1.13 0.41 0.01
16_F 37_Y 1.11 0.39 0.01
221_V 158_F 1.11 0.39 0.01
296_T 537_V 1.10 0.39 0.01
178_T 195_L 1.10 0.38 0.01
422_E 478_A 1.10 0.38 0.01
209_V 71_L 1.09 0.38 0.01
50_C 81_S 1.09 0.38 0.01
484_E 66_F 1.09 0.37 0.01
441_Q 86_V 1.09 0.37 0.01
370_M 273_Y 1.09 0.37 0.01
261_V 552_P 1.08 0.37 0.01
192_G 391_L 1.07 0.36 0.01
485_M 580_R 1.07 0.36 0.01
428_D 574_V 1.07 0.36 0.01
339_Y 145_Y 1.06 0.35 0.01
189_S 530_S 1.06 0.35 0.01
332_V 187_T 1.06 0.35 0.01
381_L 38_Q 1.06 0.35 0.01
111_T 67_I 1.05 0.35 0.01
246_E 56_E 1.05 0.35 0.01
34_E 561_I 1.05 0.34 0.01
469_F 270_V 1.05 0.34 0.01
333_A 123_G 1.04 0.34 0.01
442_K 37_Y 1.04 0.34 0.01
331_R 130_A 1.04 0.33 0.01
439_G 192_V 1.03 0.33 0.01
449_F 509_S 1.02 0.32 0.01
393_V 389_F 1.02 0.32 0.01
60_V 385_I 1.02 0.32 0.01
209_V 559_G 1.01 0.32 0.01
210_Q 514_M 1.01 0.31 0.01
161_H 177_K 1.01 0.31 0.01
252_I 275_I 1.01 0.31 0.01
370_M 186_R 1.01 0.31 0.01
432_P 574_V 1.00 0.31 0.01
508_I 574_V 1.00 0.30 0.01
107_S 124_T 1.00 0.30 0.01
164_K 416_L 1.00 0.30 0.01
400_Q 495_T 0.99 0.30 0.01
83_I 144_V 0.99 0.30 0.01
406_I 182_V 0.99 0.30 0.01
127_V 573_V 0.99 0.30 0.01
35_I 539_R 0.99 0.30 0.01
160_T 37_Y 0.99 0.30 0.01
350_E 431_V 0.99 0.29 0.01
151_I 16_S 0.99 0.29 0.01
276_V 25_E 0.98 0.29 0.01
201_T 232_A 0.98 0.29 0.01
26_E 200_G 0.98 0.29 0.01
396_D 537_V 0.98 0.29 0.01
308_V 46_R 0.97 0.28 0.01
337_F 266_D 0.96 0.28 0.01
222_R 578_N 0.96 0.28 0.01
13_Q 171_E 0.96 0.28 0.01
339_Y 451_I 0.96 0.28 0.01
240_N 138_L 0.96 0.28 0.01
145_D 439_D 0.96 0.28 0.01
410_K 102_E 0.96 0.27 0.01
150_I 378_P 0.96 0.27 0.01
55_Y 561_I 0.96 0.27 0.01
123_K 582_D 0.95 0.27 0.01
521_L 379_A 0.95 0.27 0.01
387_H 452_R 0.95 0.27 0.01
194_R 523_P 0.95 0.27 0.01
96_F 144_V 0.94 0.26 0.01
465_M 583_D 0.94 0.26 0.01
225_I 572_Y 0.94 0.26 0.01
456_E 560_R 0.94 0.26 0.01
306_L 280_H 0.94 0.26 0.01
101_I 49_F 0.93 0.26 0.01
310_D 168_A 0.93 0.26 0.01
375_I 173_E 0.93 0.25 0.01
190_M 474_T 0.93 0.25 0.01
165_I 391_L 0.93 0.25 0.01
83_I 374_K 0.93 0.25 0.01
221_V 571_N 0.93 0.25 0.01
196_L 32_I 0.92 0.25 0.01
420_E 79_E 0.92 0.25 0.01
178_T 269_N 0.92 0.25 0.01
155_Q 124_T 0.92 0.24 0.01
130_V 371_E 0.92 0.24 0.01
92_I 121_D 0.92 0.24 0.01
338_T 26_L 0.92 0.24 0.01
73_K 21_S 0.92 0.24 0.01
264_A 66_F 0.92 0.24 0.01
236_Y 543_I 0.91 0.24 0.01
509_S 449_I 0.91 0.24 0.01
296_T 71_L 0.91 0.24 0.01
445_M 92_L 0.91 0.24 0.01
399_S 96_V 0.91 0.24 0.01
401_M 49_F 0.91 0.24 0.01
387_H 389_F 0.90 0.24 0.01
337_F 478_A 0.90 0.23 0.01
23_Q 102_E 0.90 0.23 0.01
393_V 262_P 0.90 0.23 0.01
199_I 258_R 0.90 0.23 0.01
151_I 582_D 0.90 0.23 0.01
469_F 134_I 0.90 0.23 0.01
145_D 233_L 0.90 0.23 0.01
419_F 126_I 0.90 0.23 0.01
174_V 37_Y 0.89 0.23 0.01
320_Y 262_P 0.89 0.23 0.01
302_N 130_A 0.89 0.23 0.01
35_I 236_I 0.89 0.23 0.01
77_L 121_D 0.89 0.23 0.01
387_H 177_K 0.89 0.23 0.01
350_E 134_I 0.89 0.23 0.01
267_K 375_N 0.89 0.23 0.01
245_I 110_D 0.89 0.22 0.01
373_L 224_D 0.88 0.22 0.01
309_F 170_L 0.88 0.22 0.01
529_G 415_L 0.88 0.22 0.01
359_F 278_K 0.88 0.22 0.01
193_V 197_R 0.88 0.22 0.01
302_N 52_I 0.88 0.22 0.01
465_M 32_I 0.88 0.22 0.01
141_V 16_S 0.88 0.22 0.01
475_E 126_I 0.88 0.22 0.01
223_E 191_P 0.87 0.22 0.01
21_P 18_A 0.87 0.22 0.01
380_N 57_D 0.87 0.21 0.01
229_L 432_R 0.87 0.21 0.01
308_V 497_E 0.87 0.21 0.01
39_M 265_Y 0.87 0.21 0.01
442_K 147_S 0.87 0.21 0.01
349_A 87_T 0.87 0.21 0.01
452_V 531_L 0.87 0.21 0.01
102_N 126_I 0.87 0.21 0.01
93_K 385_I 0.87 0.21 0.01
3_G 180_V 0.86 0.21 0.01
209_V 184_I 0.86 0.21 0.01
150_I 532_S 0.86 0.21 0.01
91_T 411_S 0.86 0.21 0.01
165_I 532_S 0.86 0.21 0.01
189_S 63_S 0.86 0.21 0.01
199_I 190_L 0.86 0.21 0.01
408_E 585_G 0.86 0.21 0.01
486_K 533_S 0.86 0.21 0.01
193_V 65_E 0.86 0.21 0.01
479_L 260_F 0.86 0.21 0.01
221_V 582_D 0.86 0.21 0.01
357_K 197_R 0.86 0.21 0.01
83_I 425_S 0.86 0.21 0.01
506_L 231_K 0.86 0.21 0.01
113_K 537_V 0.86 0.21 0.01
409_R 455_I 0.86 0.21 0.01
89_Y 381_I 0.86 0.21 0.01
400_Q 77_P 0.86 0.21 0.01
232_G 388_F 0.86 0.21 0.01
114_E 375_N 0.85 0.21 0.01
30_R 47_E 0.85 0.21 0.01
101_I 150_V 0.85 0.21 0.01
90_E 250_N 0.85 0.21 0.01
103_I 162_V 0.85 0.21 0.01
364_S 28_N 0.85 0.20 0.01
390_I 574_V 0.85 0.20 0.01
22_Y 497_E 0.85 0.20 0.01
280_F 424_L 0.85 0.20 0.01
485_M 571_N 0.85 0.20 0.01
246_E 162_V 0.85 0.20 0.01
447_K 562_D 0.85 0.20 0.01
43_R 195_L 0.85 0.20 0.01
421_T 411_S 0.85 0.20 0.01
2_K 580_R 0.85 0.20 0.01
332_V 451_I 0.85 0.20 0.01
221_V 549_R 0.85 0.20 0.01
346_T 539_R 0.84 0.20 0.01
119_I 389_F 0.84 0.20 0.01
103_I 578_N 0.84 0.20 0.01
396_D 544_E 0.84 0.20 0.01
378_A 523_P 0.84 0.20 0.01
267_K 91_P 0.84 0.20 0.01
480_F 195_L 0.84 0.20 0.01
130_V 176_A 0.84 0.20 0.01
160_T 543_I 0.84 0.20 0.01
9_D 171_E 0.84 0.20 0.01
339_Y 47_E 0.84 0.20 0.01
96_F 173_E 0.84 0.20 0.01
91_T 275_I 0.84 0.20 0.01
150_I 535_A 0.84 0.20 0.01
369_A 439_D 0.84 0.20 0.01
307_I 563_Y 0.84 0.20 0.01
36_K 176_A 0.84 0.20 0.01
272_E 574_V 0.84 0.20 0.01
196_L 269_N 0.84 0.20 0.01
55_Y 532_S 0.84 0.20 0.01
395_F 172_Y 0.84 0.20 0.01
34_E 100_N 0.84 0.20 0.01
256_V 568_E 0.83 0.20 0.01
296_T 111_V 0.83 0.20 0.01
308_V 144_V 0.83 0.19 0.01
307_I 562_D 0.83 0.19 0.01
442_K 187_T 0.83 0.19 0.01
452_V 388_F 0.83 0.19 0.01
106_L 378_P 0.83 0.19 0.01
259_A 594_A 0.83 0.19 0.01
286_D 179_V 0.83 0.19 0.01
400_Q 255_L 0.83 0.19 0.01
431_I 49_F 0.83 0.19 0.01
161_H 432_R 0.83 0.19 0.01
312_D 173_E 0.83 0.19 0.01
392_S 236_I 0.83 0.19 0.01
174_V 66_F 0.83 0.19 0.01
445_M 258_R 0.83 0.19 0.01
55_Y 262_P 0.82 0.19 0.01
106_L 49_F 0.82 0.19 0.01
91_T 580_R 0.82 0.19 0.01
41_R 582_D 0.82 0.19 0.01
318_Q 274_K 0.82 0.19 0.01
143_Y 501_M 0.82 0.19 0.01
103_I 537_V 0.82 0.19 0.01
273_L 123_G 0.82 0.19 0.01
430_Y 82_K 0.82 0.19 0.01
229_L 52_I 0.82 0.19 0.01
144_K 35_S 0.82 0.19 0.01
127_V 540_F 0.82 0.19 0.00
111_T 589_D 0.82 0.18 0.00
201_T 372_E 0.82 0.18 0.00
380_N 545_T 0.82 0.18 0.00
189_S 449_I 0.82 0.18 0.00
155_Q 563_Y 0.82 0.18 0.00
410_K 149_K 0.81 0.18 0.00
248_K 88_Y 0.81 0.18 0.00
486_K 231_K 0.81 0.18 0.00
252_I 81_S 0.81 0.18 0.00
83_I 28_N 0.81 0.18 0.00
6_F 134_I 0.81 0.18 0.00
237_F 545_T 0.81 0.18 0.00
281_L 464_S 0.81 0.18 0.00
138_S 89_S 0.81 0.18 0.00
189_S 180_V 0.81 0.18 0.00
151_I 588_I 0.81 0.18 0.00
354_Q 565_T 0.81 0.18 0.00
237_F 35_S 0.81 0.18 0.00
136_L 586_A 0.81 0.18 0.00
199_I 77_P 0.81 0.18 0.00
441_Q 30_I 0.81 0.18 0.00
411_G 121_D 0.81 0.18 0.00
298_V 424_L 0.81 0.18 0.00
317_S 158_F 0.81 0.18 0.00
30_R 586_A 0.81 0.18 0.00
255_L 96_V 0.81 0.18 0.00
229_L 37_Y 0.81 0.18 0.00
187_H 409_L 0.80 0.18 0.00
212_Y 532_S 0.80 0.18 0.00
177_L 134_I 0.80 0.18 0.00
103_I 280_H 0.80 0.18 0.00
67_K 171_E 0.80 0.18 0.00
101_I 126_I 0.80 0.18 0.00
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91_T 57_D 0.78 0.17 0.00
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110_R 146_F 0.78 0.16 0.00
106_L 458_I 0.78 0.16 0.00
449_F 373_I 0.78 0.16 0.00
113_K 126_I 0.77 0.16 0.00
35_I 545_T 0.77 0.16 0.00
6_F 240_L 0.77 0.16 0.00
35_I 209_D 0.77 0.16 0.00
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151_I 283_N 0.77 0.16 0.00
100_P 69_Y 0.77 0.16 0.00
488_Y 25_E 0.77 0.16 0.00
55_Y 478_A 0.77 0.16 0.00
229_L 539_R 0.77 0.16 0.00
151_I 378_P 0.77 0.16 0.00
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210_Q 82_K 0.77 0.16 0.00
101_I 32_I 0.77 0.16 0.00
192_G 145_Y 0.77 0.16 0.00
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247_R 280_H 0.77 0.16 0.00
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187_H 599_E 0.76 0.16 0.00
127_V 588_I 0.76 0.16 0.00
455_I 386_S 0.76 0.16 0.00
279_S 431_V 0.76 0.16 0.00
221_V 533_S 0.76 0.16 0.00
31_S 282_K 0.76 0.16 0.00
508_I 156_K 0.76 0.16 0.00
105_L 32_I 0.76 0.16 0.00
176_T 259_F 0.76 0.16 0.00
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242_V 246_P 0.76 0.16 0.00
381_L 228_N 0.76 0.16 0.00
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397_L 56_E 0.76 0.16 0.00
114_E 587_F 0.76 0.16 0.00
190_M 294_L 0.76 0.16 0.00
448_R 50_Q 0.76 0.16 0.00
290_S 194_V 0.76 0.16 0.00
117_E 578_N 0.76 0.16 0.00
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469_F 278_K 0.76 0.16 0.00
477_E 599_E 0.76 0.15 0.00
31_S 195_L 0.76 0.15 0.00
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83_I 156_K 0.76 0.15 0.00
139_K 588_I 0.76 0.15 0.00
17_E 278_K 0.76 0.15 0.00
287_V 158_F 0.75 0.15 0.00
201_T 144_V 0.75 0.15 0.00
165_I 50_Q 0.75 0.15 0.00
486_K 514_M 0.75 0.15 0.00
177_L 110_D 0.75 0.15 0.00
389_F 58_F 0.75 0.15 0.00
400_Q 171_E 0.75 0.15 0.00
277_M 110_D 0.75 0.15 0.00
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385_Q 158_F 0.75 0.15 0.00
431_I 532_S 0.75 0.15 0.00
445_M 149_K 0.75 0.15 0.00
13_Q 444_T 0.75 0.15 0.00
296_T 249_E 0.75 0.15 0.00
145_D 556_K 0.75 0.15 0.00
150_I 38_Q 0.75 0.15 0.00
475_E 89_S 0.75 0.15 0.00
102_N 38_Q 0.75 0.15 0.00
401_M 586_A 0.75 0.15 0.00
487_V 146_F 0.75 0.15 0.00
208_P 273_Y 0.75 0.15 0.00
277_M 497_E 0.75 0.15 0.00
389_F 459_K 0.75 0.15 0.00
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431_I 231_K 0.75 0.15 0.00
26_E 589_D 0.75 0.15 0.00
405_A 434_R 0.75 0.15 0.00
480_F 581_L 0.75 0.15 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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