May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
MFD600RNAP1193 bsubtilis
Genes: A B A+B
Length: 577 593 1063
Sequences: 2126 1403 803
Seq/Len: 3.68 2.37 0.76
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.67
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.09 0.00
2 0.00 0.09 0.00
5 0.00 0.09 0.00
10 0.00 0.09 0.00
20 0.00 0.09 0.02
100 0.00 0.09 0.12
∞ 0.01 0.09 0.69
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
375_I 446_D 1.38 0.60 0.00
308_V 87_A 1.32 0.54 0.00
92_I 178_S 1.29 0.52 0.00
339_Y 271_E 1.26 0.49 0.00
395_F 161_V 1.24 0.47 0.00
395_F 321_E 1.21 0.45 0.00
332_V 378_M 1.20 0.44 0.00
385_Q 255_T 1.19 0.43 0.00
443_I 307_Q 1.19 0.43 0.00
395_F 230_I 1.17 0.42 0.00
215_E 459_V 1.17 0.42 0.00
387_H 195_Y 1.17 0.41 0.00
169_K 335_I 1.17 0.41 0.00
225_I 287_I 1.16 0.41 0.00
151_I 54_E 1.15 0.40 0.00
339_Y 281_H 1.15 0.40 0.00
354_Q 171_Y 1.15 0.40 0.00
39_M 230_I 1.13 0.39 0.00
122_L 354_D 1.13 0.38 0.00
13_Q 174_A 1.13 0.38 0.00
318_Q 275_T 1.12 0.38 0.00
362_L 92_V 1.11 0.37 0.00
368_I 434_I 1.09 0.35 0.00
289_V 335_I 1.09 0.35 0.00
30_R 217_G 1.09 0.35 0.00
420_E 171_Y 1.08 0.34 0.00
255_L 171_Y 1.07 0.34 0.00
406_I 92_V 1.07 0.34 0.00
329_S 368_I 1.07 0.34 0.00
508_I 218_E 1.07 0.34 0.00
356_I 55_A 1.06 0.33 0.00
36_K 174_A 1.06 0.33 0.00
381_L 6_N 1.06 0.33 0.00
389_F 262_H 1.05 0.32 0.00
469_F 355_I 1.05 0.32 0.00
339_Y 270_R 1.04 0.32 0.00
308_V 162_G 1.04 0.32 0.00
100_P 212_D 1.03 0.31 0.00
31_S 353_I 1.03 0.31 0.00
281_L 495_I 1.03 0.30 0.00
320_Y 282_G 1.02 0.30 0.00
482_V 313_I 1.02 0.30 0.00
103_I 51_M 1.02 0.30 0.00
209_V 453_T 1.02 0.29 0.00
113_K 313_I 1.02 0.29 0.00
337_F 21_A 1.01 0.29 0.00
337_F 259_R 1.01 0.29 0.00
209_V 436_Y 1.01 0.29 0.00
201_T 31_N 1.00 0.29 0.00
389_F 212_D 1.00 0.29 0.00
9_D 174_A 1.00 0.29 0.00
176_T 503_V 1.00 0.28 0.00
2_K 87_A 1.00 0.28 0.00
270_E 254_L 1.00 0.28 0.00
131_I 278_R 1.00 0.28 0.00
145_D 6_N 1.00 0.28 0.00
374_T 251_V 0.99 0.28 0.00
31_S 162_G 0.99 0.28 0.00
236_Y 425_P 0.99 0.28 0.00
373_L 263_A 0.99 0.28 0.00
290_S 356_M 0.99 0.28 0.00
429_A 252_T 0.98 0.27 0.00
336_Y 432_V 0.98 0.27 0.00
359_F 300_E 0.98 0.27 0.00
433_E 115_F 0.98 0.27 0.00
106_L 24_A 0.97 0.27 0.00
259_A 252_T 0.97 0.26 0.00
235_V 371_V 0.97 0.26 0.00
174_V 193_E 0.97 0.26 0.00
296_T 68_K 0.96 0.26 0.00
189_S 15_P 0.96 0.26 0.00
9_D 136_V 0.96 0.26 0.00
92_I 190_I 0.96 0.26 0.00
215_E 171_Y 0.96 0.26 0.00
387_H 509_T 0.96 0.26 0.00
387_H 259_R 0.95 0.25 0.00
448_R 381_R 0.95 0.25 0.00
447_K 286_I 0.95 0.25 0.00
335_A 303_P 0.95 0.25 0.00
172_V 134_D 0.94 0.25 0.00
111_T 136_V 0.94 0.25 0.00
236_Y 349_D 0.94 0.25 0.00
71_D 230_I 0.94 0.24 0.00
345_L 141_I 0.94 0.24 0.00
55_Y 153_L 0.93 0.24 0.00
131_I 232_I 0.93 0.24 0.00
192_G 493_Q 0.93 0.24 0.00
49_L 148_M 0.93 0.24 0.00
67_K 231_R 0.93 0.23 0.00
238_L 163_F 0.93 0.23 0.00
44_P 349_D 0.93 0.23 0.00
111_T 371_V 0.92 0.23 0.00
83_I 445_D 0.92 0.23 0.00
290_S 262_H 0.92 0.23 0.00
97_Q 24_A 0.92 0.23 0.00
362_L 434_I 0.92 0.23 0.00
12_M 434_I 0.92 0.23 0.00
332_V 455_P 0.92 0.23 0.00
91_T 135_E 0.92 0.23 0.00
343_K 177_M 0.92 0.23 0.00
423_I 171_Y 0.92 0.23 0.00
485_M 58_V 0.91 0.23 0.00
430_Y 255_T 0.91 0.23 0.00
225_I 294_N 0.91 0.22 0.00
55_Y 267_E 0.91 0.22 0.00
24_E 275_T 0.90 0.22 0.00
312_D 22_A 0.90 0.22 0.00
424_D 368_I 0.90 0.22 0.00
13_Q 520_P 0.90 0.22 0.00
351_K 289_D 0.90 0.22 0.00
155_Q 31_N 0.90 0.22 0.00
55_Y 483_L 0.90 0.22 0.00
338_T 288_H 0.90 0.22 0.00
464_E 443_M 0.90 0.22 0.00
374_T 93_R 0.90 0.22 0.00
142_V 218_E 0.90 0.22 0.00
422_E 435_M 0.90 0.22 0.00
113_K 226_D 0.90 0.22 0.00
373_L 147_S 0.89 0.22 0.00
101_I 11_M 0.89 0.22 0.00
389_F 199_A 0.89 0.21 0.00
402_L 458_L 0.89 0.21 0.00
332_V 148_M 0.89 0.21 0.00
26_E 31_N 0.89 0.21 0.00
112_R 313_I 0.89 0.21 0.00
444_D 271_E 0.89 0.21 0.00
121_G 134_D 0.89 0.21 0.00
165_I 83_E 0.89 0.21 0.00
201_T 378_M 0.88 0.21 0.00
387_H 355_I 0.88 0.21 0.00
298_V 356_M 0.88 0.21 0.00
50_C 255_T 0.88 0.21 0.00
318_Q 176_I 0.88 0.21 0.00
320_Y 459_V 0.88 0.21 0.00
43_R 8_V 0.88 0.21 0.00
381_L 142_L 0.88 0.21 0.00
237_F 86_E 0.88 0.21 0.00
202_P 81_I 0.88 0.20 0.00
387_H 288_H 0.88 0.20 0.00
118_T 299_D 0.87 0.20 0.00
449_F 140_E 0.87 0.20 0.00
12_M 86_E 0.87 0.20 0.00
207_F 286_I 0.87 0.20 0.00
479_L 125_N 0.87 0.20 0.00
442_K 262_H 0.87 0.20 0.00
296_T 435_M 0.87 0.20 0.00
343_K 255_T 0.87 0.20 0.00
221_V 226_D 0.87 0.20 0.00
482_V 31_N 0.87 0.20 0.00
339_Y 195_Y 0.87 0.20 0.00
356_I 421_R 0.87 0.20 0.00
396_D 511_E 0.86 0.20 0.00
209_V 255_T 0.86 0.20 0.00
292_T 171_Y 0.86 0.20 0.00
242_V 230_I 0.86 0.19 0.00
401_M 313_I 0.85 0.19 0.00
284_E 291_K 0.85 0.19 0.00
212_Y 31_N 0.85 0.19 0.00
124_N 142_L 0.85 0.19 0.00
351_K 136_V 0.85 0.19 0.00
213_V 115_F 0.85 0.19 0.00
378_A 469_Q 0.85 0.19 0.00
426_E 291_K 0.85 0.19 0.00
458_K 31_N 0.85 0.19 0.00
351_K 316_K 0.85 0.19 0.00
326_V 312_Y 0.85 0.19 0.00
50_C 212_D 0.85 0.19 0.00
189_S 495_I 0.85 0.19 0.00
466_I 490_Y 0.85 0.19 0.00
449_F 238_D 0.85 0.19 0.00
331_R 535_L 0.84 0.19 0.00
406_I 503_V 0.84 0.19 0.00
378_A 503_V 0.84 0.19 0.00
209_V 8_V 0.84 0.19 0.00
460_E 134_D 0.84 0.19 0.00
493_R 354_D 0.84 0.19 0.00
217_N 123_C 0.84 0.18 0.00
314_M 529_K 0.84 0.18 0.00
402_L 23_T 0.84 0.18 0.00
331_R 428_N 0.84 0.18 0.00
151_I 135_E 0.84 0.18 0.00
199_I 213_I 0.84 0.18 0.00
370_M 515_K 0.83 0.18 0.00
210_Q 495_I 0.83 0.18 0.00
210_Q 157_R 0.83 0.18 0.00
374_T 408_G 0.83 0.18 0.00
234_Q 480_V 0.83 0.18 0.00
469_F 339_L 0.83 0.18 0.00
37_K 424_E 0.83 0.18 0.00
337_F 379_A 0.83 0.18 0.00
238_L 262_H 0.83 0.18 0.00
424_D 259_R 0.83 0.18 0.00
169_K 183_K 0.83 0.18 0.00
227_R 22_A 0.83 0.18 0.00
452_V 31_N 0.83 0.18 0.00
396_D 92_V 0.83 0.18 0.00
16_F 163_F 0.83 0.18 0.00
389_F 443_M 0.83 0.18 0.00
50_C 123_C 0.83 0.18 0.00
77_L 162_G 0.83 0.18 0.00
62_I 178_S 0.82 0.18 0.00
374_T 529_K 0.82 0.18 0.00
169_K 489_A 0.82 0.18 0.00
442_K 18_V 0.82 0.18 0.00
83_I 246_V 0.82 0.18 0.00
165_I 275_T 0.82 0.18 0.00
139_K 52_Q 0.82 0.18 0.00
138_S 10_Y 0.82 0.18 0.00
55_Y 424_E 0.82 0.18 0.00
431_I 230_I 0.82 0.18 0.00
444_D 259_R 0.82 0.18 0.00
286_D 142_L 0.82 0.18 0.00
390_I 153_L 0.82 0.18 0.00
189_S 295_R 0.82 0.17 0.00
173_D 252_T 0.82 0.17 0.00
89_Y 66_S 0.82 0.17 0.00
322_L 340_P 0.82 0.17 0.00
492_E 23_T 0.82 0.17 0.00
429_A 142_L 0.81 0.17 0.00
334_Y 335_I 0.81 0.17 0.00
497_I 127_R 0.81 0.17 0.00
99_Y 255_T 0.81 0.17 0.00
217_N 127_R 0.81 0.17 0.00
486_K 521_E 0.81 0.17 0.00
155_Q 341_E 0.81 0.17 0.00
298_V 415_T 0.81 0.17 0.00
168_I 51_M 0.81 0.17 0.00
267_K 453_T 0.81 0.17 0.00
29_L 115_F 0.81 0.17 0.00
103_I 316_K 0.81 0.17 0.00
443_I 262_H 0.81 0.17 0.00
384_A 335_I 0.81 0.17 0.00
156_R 118_S 0.81 0.17 0.00
22_Y 165_T 0.81 0.17 0.00
371_R 174_A 0.81 0.17 0.00
161_H 275_T 0.81 0.17 0.00
235_V 87_A 0.81 0.17 0.00
403_K 161_V 0.81 0.17 0.00
189_S 504_V 0.81 0.17 0.00
221_V 11_M 0.81 0.17 0.00
308_V 24_A 0.81 0.17 0.00
339_Y 310_R 0.81 0.17 0.00
497_I 430_V 0.81 0.17 0.00
34_E 484_E 0.80 0.17 0.00
433_E 490_Y 0.80 0.17 0.00
411_G 371_V 0.80 0.17 0.00
485_M 288_H 0.80 0.17 0.00
337_F 290_V 0.80 0.17 0.00
44_P 368_I 0.80 0.17 0.00
347_E 23_T 0.80 0.17 0.00
16_F 194_E 0.80 0.17 0.00
340_R 303_P 0.80 0.17 0.00
318_Q 537_S 0.80 0.17 0.00
102_N 136_V 0.80 0.17 0.00
421_T 356_M 0.80 0.17 0.00
472_Y 223_N 0.80 0.17 0.00
178_T 308_L 0.80 0.17 0.00
49_L 529_K 0.80 0.17 0.00
77_L 190_I 0.80 0.17 0.00
421_T 20_S 0.80 0.16 0.00
319_L 475_F 0.80 0.16 0.00
13_Q 414_K 0.80 0.16 0.00
217_N 179_E 0.80 0.16 0.00
505_R 41_A 0.80 0.16 0.00
16_F 169_Y 0.80 0.16 0.00
308_V 379_A 0.80 0.16 0.00
378_A 203_K 0.79 0.16 0.00
436_I 92_V 0.79 0.16 0.00
486_K 216_V 0.79 0.16 0.00
412_D 181_L 0.79 0.16 0.00
205_N 448_L 0.79 0.16 0.00
290_S 251_V 0.79 0.16 0.00
409_R 443_M 0.79 0.16 0.00
248_K 51_M 0.79 0.16 0.00
34_E 178_S 0.79 0.16 0.00
259_A 113_L 0.79 0.16 0.00
319_L 313_I 0.79 0.16 0.00
479_L 117_R 0.79 0.16 0.00
41_R 346_Y 0.79 0.16 0.00
13_Q 336_S 0.79 0.16 0.00
261_V 136_V 0.79 0.16 0.00
339_Y 529_K 0.79 0.16 0.00
485_M 255_T 0.79 0.16 0.00
239_Y 489_A 0.79 0.16 0.00
421_T 161_V 0.79 0.16 0.00
387_H 296_E 0.79 0.16 0.00
4_Y 437_M 0.79 0.16 0.00
403_K 8_V 0.79 0.16 0.00
96_F 153_L 0.79 0.16 0.00
173_D 254_L 0.79 0.16 0.00
289_V 413_A 0.79 0.16 0.00
342_D 86_E 0.79 0.16 0.00
355_A 246_V 0.79 0.16 0.00
31_S 294_N 0.79 0.16 0.00
131_I 314_V 0.78 0.16 0.00
462_Q 90_V 0.78 0.16 0.00
364_S 430_V 0.78 0.16 0.00
450_R 251_V 0.78 0.16 0.00
529_G 53_P 0.78 0.16 0.00
189_S 406_E 0.78 0.16 0.00
229_L 129_I 0.78 0.16 0.00
382_L 203_K 0.78 0.16 0.00
336_Y 377_G 0.78 0.16 0.00
91_T 108_D 0.78 0.16 0.00
18_S 24_A 0.78 0.16 0.00
190_M 418_Y 0.78 0.16 0.00
421_T 57_F 0.78 0.16 0.00
283_G 41_A 0.78 0.15 0.00
455_I 184_D 0.78 0.15 0.00
393_V 489_A 0.78 0.15 0.00
209_V 122_T 0.78 0.15 0.00
210_Q 23_T 0.78 0.15 0.00
309_F 212_D 0.78 0.15 0.00
177_L 147_S 0.78 0.15 0.00
234_Q 468_A 0.78 0.15 0.00
18_S 537_S 0.78 0.15 0.00
334_Y 194_E 0.78 0.15 0.00
387_H 287_I 0.78 0.15 0.00
261_V 381_R 0.77 0.15 0.00
454_T 134_D 0.77 0.15 0.00
245_I 187_Y 0.77 0.15 0.00
36_K 414_K 0.77 0.15 0.00
348_V 171_Y 0.77 0.15 0.00
418_Q 489_A 0.77 0.15 0.00
202_P 296_E 0.77 0.15 0.00
438_D 108_D 0.77 0.15 0.00
364_S 190_I 0.77 0.15 0.00
187_H 296_E 0.77 0.15 0.00
380_N 448_L 0.77 0.15 0.00
50_C 498_V 0.77 0.15 0.00
92_I 374_L 0.77 0.15 0.00
317_S 292_V 0.77 0.15 0.00
484_E 162_G 0.77 0.15 0.00
464_E 62_M 0.77 0.15 0.00
276_V 338_I 0.77 0.15 0.00
392_S 41_A 0.76 0.15 0.00
395_F 247_T 0.76 0.15 0.00
115_A 10_Y 0.76 0.15 0.00
99_Y 180_R 0.76 0.15 0.00
335_A 254_L 0.76 0.15 0.00
112_R 438_I 0.76 0.15 0.00
401_M 294_N 0.76 0.15 0.00
50_C 128_P 0.76 0.15 0.00
488_Y 135_E 0.76 0.15 0.00
267_K 495_I 0.76 0.15 0.00
136_L 381_R 0.76 0.15 0.00
337_F 109_K 0.76 0.15 0.00
35_I 424_E 0.76 0.15 0.00
165_I 336_S 0.76 0.15 0.00
359_F 495_I 0.76 0.15 0.00
348_V 509_T 0.76 0.15 0.00
194_R 514_V 0.76 0.15 0.00
389_F 238_D 0.76 0.15 0.00
145_D 51_M 0.76 0.15 0.00
149_L 138_K 0.76 0.15 0.00
83_I 183_K 0.76 0.15 0.00
16_F 146_P 0.76 0.15 0.00
373_L 203_K 0.76 0.15 0.00
270_E 443_M 0.76 0.15 0.00
436_I 346_Y 0.76 0.15 0.00
77_L 508_K 0.76 0.15 0.00
187_H 320_S 0.76 0.15 0.00
381_L 51_M 0.76 0.15 0.00
303_V 346_Y 0.76 0.14 0.00
65_A 178_S 0.75 0.14 0.00
292_T 508_K 0.75 0.14 0.00
161_H 491_T 0.75 0.14 0.00
189_S 2_V 0.75 0.14 0.00
309_F 31_N 0.75 0.14 0.00
296_T 537_S 0.75 0.14 0.00
355_A 475_F 0.75 0.14 0.00
62_I 142_L 0.75 0.14 0.00
263_Y 422_T 0.75 0.14 0.00
109_F 512_A 0.75 0.14 0.00
409_R 34_S 0.75 0.14 0.00
232_G 217_G 0.75 0.14 0.00
240_N 254_L 0.75 0.14 0.00
72_G 73_A 0.75 0.14 0.00
445_M 220_A 0.75 0.14 0.00
104_G 91_W 0.75 0.14 0.00
21_P 123_C 0.75 0.14 0.00
345_L 24_A 0.75 0.14 0.00
70_G 338_I 0.75 0.14 0.00
116_N 180_R 0.75 0.14 0.00
454_T 424_E 0.75 0.14 0.00
421_T 153_L 0.75 0.14 0.00
405_A 125_N 0.75 0.14 0.00
436_I 448_L 0.75 0.14 0.00
346_T 335_I 0.75 0.14 0.00
189_S 319_I 0.75 0.14 0.00
332_V 347_L 0.75 0.14 0.00
187_H 117_R 0.75 0.14 0.00
261_V 148_M 0.75 0.14 0.00
395_F 21_A 0.75 0.14 0.00
79_V 297_D 0.75 0.14 0.00
320_Y 159_V 0.75 0.14 0.00
225_I 72_A 0.74 0.14 0.00
330_N 512_A 0.74 0.14 0.00
188_M 71_G 0.74 0.14 0.00
12_M 283_G 0.74 0.14 0.00
221_V 383_L 0.74 0.14 0.00
171_N 127_R 0.74 0.14 0.00
155_Q 406_E 0.74 0.14 0.00
441_Q 31_N 0.74 0.14 0.00
448_R 117_R 0.74 0.14 0.00
139_K 346_Y 0.74 0.14 0.00
12_M 443_M 0.74 0.14 0.00
339_Y 519_V 0.74 0.14 0.00
354_Q 336_S 0.74 0.14 0.00
196_L 171_Y 0.74 0.14 0.00
36_K 315_Q 0.74 0.14 0.00
201_T 178_S 0.74 0.14 0.00
479_L 274_D 0.74 0.14 0.00
201_T 374_L 0.74 0.14 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.0929 seconds.