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OPENSEQ.org
MFD1148RNAP1342_ecoli
Genes: A B A+B
Length: 598 692 1227
Sequences: 2106 1062 660
Seq/Len: 3.52 1.53 0.54
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.72
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.09 0.00
2 0.00 0.09 0.00
5 0.00 0.09 0.00
10 0.00 0.09 0.00
20 0.00 0.09 0.01
100 0.00 0.09 0.05
∞ 0.01 0.09 0.51
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
433_V 84_I 1.41 0.52 0.00
359_Q 469_M 1.38 0.49 0.00
178_V 46_D 1.37 0.48 0.00
383_I 47_K 1.34 0.47 0.00
359_Q 600_S 1.33 0.45 0.00
316_V 426_I 1.28 0.41 0.00
82_F 628_L 1.26 0.40 0.00
219_G 638_Q 1.25 0.39 0.00
17_E 162_F 1.24 0.38 0.00
236_V 246_T 1.23 0.38 0.00
204_L 132_V 1.22 0.37 0.00
133_I 143_E 1.21 0.36 0.00
13_D 620_F 1.21 0.36 0.00
252_I 285_T 1.19 0.35 0.00
386_L 391_D 1.18 0.34 0.00
118_N 120_C 1.15 0.32 0.00
164_L 127_V 1.14 0.31 0.00
452_T 23_H 1.13 0.31 0.00
454_V 162_F 1.13 0.31 0.00
520_A 666_E 1.13 0.31 0.00
282_L 162_F 1.11 0.30 0.00
414_S 279_I 1.11 0.29 0.00
279_L 54_M 1.11 0.29 0.00
287_R 153_A 1.11 0.29 0.00
21_I 391_D 1.10 0.29 0.00
491_E 125_E 1.10 0.29 0.00
330_A 391_D 1.10 0.28 0.00
149_V 445_D 1.09 0.28 0.00
500_F 430_N 1.08 0.28 0.00
452_T 447_V 1.08 0.27 0.00
183_R 109_S 1.07 0.27 0.00
144_Q 84_I 1.07 0.27 0.00
423_S 656_K 1.07 0.27 0.00
347_H 273_G 1.06 0.27 0.00
178_V 574_P 1.06 0.27 0.00
49_F 563_Y 1.06 0.26 0.00
457_R 282_Q 1.06 0.26 0.00
422_F 221_V 1.06 0.26 0.00
400_L 563_Y 1.05 0.26 0.00
40_Y 165_S 1.05 0.26 0.00
317_C 447_V 1.04 0.25 0.00
192_I 266_S 1.04 0.25 0.00
242_E 162_F 1.04 0.25 0.00
138_S 127_V 1.03 0.24 0.00
82_F 258_E 1.03 0.24 0.00
288_I 429_I 1.02 0.24 0.00
402_I 677_L 1.02 0.24 0.00
282_L 152_V 1.02 0.24 0.00
56_A 106_Y 1.02 0.24 0.00
527_K 278_V 1.02 0.24 0.00
153_K 279_I 1.01 0.23 0.00
150_A 667_P 1.01 0.23 0.00
163_L 5_V 1.01 0.23 0.00
429_L 15_A 1.01 0.23 0.00
400_L 194_K 1.01 0.23 0.00
168_V 56_R 1.01 0.23 0.00
517_R 64_V 1.01 0.23 0.00
364_L 13_V 1.00 0.23 0.00
134_S 638_Q 1.00 0.23 0.00
66_M 221_V 1.00 0.23 0.00
57_Q 208_G 1.00 0.23 0.00
317_C 167_L 1.00 0.23 0.00
558_P 202_A 1.00 0.23 0.00
223_L 666_E 1.00 0.23 0.00
200_D 245_L 0.99 0.22 0.00
313_N 133_L 0.99 0.22 0.00
319_T 162_F 0.99 0.22 0.00
359_Q 438_D 0.99 0.22 0.00
336_E 428_K 0.99 0.22 0.00
51_T 283_V 0.99 0.22 0.00
29_E 79_A 0.98 0.22 0.00
154_I 175_E 0.98 0.22 0.00
288_I 550_K 0.98 0.22 0.00
262_V 79_A 0.98 0.21 0.00
2_R 120_C 0.97 0.21 0.00
21_I 118_M 0.97 0.21 0.00
6_K 118_M 0.97 0.21 0.00
417_M 144_L 0.96 0.21 0.00
249_R 139_T 0.96 0.21 0.00
76_V 139_T 0.96 0.21 0.00
252_I 680_I 0.96 0.21 0.00
474_L 398_K 0.96 0.20 0.00
264_Y 85_K 0.96 0.20 0.00
77_C 576_T 0.96 0.20 0.00
528_L 54_M 0.95 0.20 0.00
395_L 636_T 0.95 0.20 0.00
177_I 84_I 0.95 0.20 0.00
455_E 677_L 0.95 0.20 0.00
414_S 445_D 0.95 0.20 0.00
82_F 445_D 0.95 0.20 0.00
128_V 354_D 0.94 0.20 0.00
402_I 591_D 0.94 0.20 0.00
430_E 152_V 0.94 0.20 0.00
462_L 210_A 0.94 0.20 0.00
453_E 580_M 0.94 0.20 0.00
227_A 162_F 0.94 0.20 0.00
110_L 237_V 0.93 0.19 0.00
468_P 667_P 0.93 0.19 0.00
130_I 43_L 0.93 0.19 0.00
317_C 253_R 0.93 0.19 0.00
401_E 553_D 0.93 0.19 0.00
43_F 185_E 0.93 0.19 0.00
94_L 222_Y 0.93 0.19 0.00
70_L 138_S 0.93 0.19 0.00
157_L 635_Y 0.93 0.19 0.00
414_S 250_K 0.93 0.19 0.00
460_S 270_V 0.93 0.19 0.00
53_P 23_H 0.92 0.19 0.00
216_A 222_Y 0.92 0.19 0.00
325_I 429_I 0.92 0.19 0.00
296_R 432_I 0.92 0.19 0.00
381_E 427_S 0.92 0.19 0.00
424_L 431_P 0.92 0.19 0.00
257_L 600_S 0.92 0.19 0.00
383_I 566_R 0.92 0.18 0.00
455_E 459_I 0.92 0.18 0.00
6_K 58_V 0.91 0.18 0.00
339_D 226_E 0.91 0.18 0.00
510_L 265_D 0.91 0.18 0.00
225_I 269_R 0.91 0.18 0.00
496_L 60_V 0.91 0.18 0.00
519_Q 126_P 0.91 0.18 0.00
479_R 108_R 0.91 0.18 0.00
485_T 125_E 0.91 0.18 0.00
405_A 194_K 0.91 0.18 0.00
358_H 680_I 0.91 0.18 0.00
416_S 203_D 0.91 0.18 0.00
488_E 127_V 0.91 0.18 0.00
12_R 426_I 0.91 0.18 0.00
168_V 46_D 0.91 0.18 0.00
409_L 194_K 0.91 0.18 0.00
383_I 383_R 0.91 0.18 0.00
76_V 132_V 0.91 0.18 0.00
405_A 614_Q 0.90 0.18 0.00
460_S 133_L 0.90 0.18 0.00
256_I 73_V 0.90 0.18 0.00
345_Q 682_S 0.90 0.18 0.00
462_L 328_V 0.90 0.18 0.00
319_T 439_E 0.90 0.18 0.00
347_H 593_M 0.90 0.18 0.00
221_R 659_V 0.90 0.18 0.00
71_A 445_D 0.90 0.18 0.00
201_I 428_K 0.90 0.18 0.00
323_T 171_R 0.90 0.17 0.00
429_L 603_L 0.90 0.17 0.00
142_Q 459_I 0.90 0.17 0.00
214_N 116_N 0.90 0.17 0.00
319_T 197_P 0.89 0.17 0.00
337_R 226_E 0.89 0.17 0.00
393_F 23_H 0.89 0.17 0.00
362_A 394_P 0.89 0.17 0.00
359_Q 399_I 0.89 0.17 0.00
294_Q 46_D 0.89 0.17 0.00
512_D 132_V 0.89 0.17 0.00
364_L 250_K 0.89 0.17 0.00
467_I 82_I 0.89 0.17 0.00
474_L 260_A 0.89 0.17 0.00
129_R 426_I 0.89 0.17 0.00
473_R 253_R 0.89 0.17 0.00
147_A 426_I 0.89 0.17 0.00
279_L 168_V 0.89 0.17 0.00
291_G 462_I 0.89 0.17 0.00
48_P 426_I 0.89 0.17 0.00
347_H 150_M 0.89 0.17 0.00
485_T 354_D 0.89 0.17 0.00
205_T 677_L 0.89 0.17 0.00
520_A 383_R 0.89 0.17 0.00
503_L 118_M 0.89 0.17 0.00
204_L 74_V 0.88 0.17 0.00
433_V 91_M 0.88 0.17 0.00
335_I 79_A 0.88 0.17 0.00
327_I 426_I 0.88 0.17 0.00
347_H 187_A 0.88 0.17 0.00
165_Q 2_Y 0.88 0.17 0.00
48_P 190_S 0.88 0.17 0.00
384_A 393_A 0.88 0.17 0.00
43_F 160_Y 0.88 0.17 0.00
64_S 278_V 0.88 0.17 0.00
323_T 60_V 0.88 0.17 0.00
452_T 152_V 0.88 0.17 0.00
251_A 591_D 0.87 0.16 0.00
194_A 635_Y 0.87 0.16 0.00
364_L 258_E 0.87 0.16 0.00
250_E 14_G 0.87 0.16 0.00
248_V 217_E 0.87 0.16 0.00
236_V 128_E 0.87 0.16 0.00
391_A 668_G 0.87 0.16 0.00
356_S 44_R 0.87 0.16 0.00
310_Q 440_N 0.87 0.16 0.00
517_R 416_M 0.86 0.16 0.00
288_I 54_M 0.86 0.16 0.00
263_Y 278_V 0.86 0.16 0.00
365_L 132_V 0.86 0.16 0.00
496_L 168_V 0.86 0.16 0.00
291_G 572_E 0.86 0.16 0.00
341_F 178_F 0.86 0.16 0.00
45_D 429_I 0.86 0.16 0.00
507_A 138_S 0.86 0.16 0.00
473_R 81_R 0.86 0.16 0.00
279_L 188_C 0.86 0.16 0.00
504_P 571_F 0.86 0.16 0.00
198_N 221_V 0.86 0.16 0.00
381_E 162_F 0.86 0.16 0.00
118_N 570_Q 0.85 0.16 0.00
328_P 33_A 0.85 0.16 0.00
345_Q 266_S 0.85 0.16 0.00
335_I 237_V 0.85 0.16 0.00
222_D 188_C 0.85 0.16 0.00
261_Q 625_V 0.85 0.16 0.00
130_I 46_D 0.85 0.16 0.00
420_I 372_K 0.85 0.16 0.00
397_T 660_D 0.85 0.15 0.00
456_L 148_Q 0.85 0.15 0.00
263_Y 574_P 0.85 0.15 0.00
495_E 588_L 0.85 0.15 0.00
133_I 444_V 0.85 0.15 0.00
359_Q 139_T 0.85 0.15 0.00
517_R 574_P 0.85 0.15 0.00
141_E 557_S 0.85 0.15 0.00
427_E 78_D 0.85 0.15 0.00
153_K 16_S 0.85 0.15 0.00
177_I 54_M 0.85 0.15 0.00
110_L 643_V 0.84 0.15 0.00
420_I 202_A 0.84 0.15 0.00
462_L 375_F 0.84 0.15 0.00
253_L 575_V 0.84 0.15 0.00
139_A 432_I 0.84 0.15 0.00
341_F 123_L 0.84 0.15 0.00
523_L 54_M 0.84 0.15 0.00
262_V 680_I 0.84 0.15 0.00
200_D 243_T 0.84 0.15 0.00
433_V 221_V 0.84 0.15 0.00
133_I 79_A 0.84 0.15 0.00
317_C 545_I 0.84 0.15 0.00
454_V 43_L 0.84 0.15 0.00
205_T 471_A 0.84 0.15 0.00
335_I 16_S 0.84 0.15 0.00
63_L 165_S 0.84 0.15 0.00
128_V 132_V 0.84 0.15 0.00
188_H 266_S 0.84 0.15 0.00
531_N 667_P 0.84 0.15 0.00
434_D 69_K 0.83 0.15 0.00
136_F 2_Y 0.83 0.15 0.00
416_S 137_P 0.83 0.15 0.00
314_V 79_A 0.83 0.15 0.00
436_L 459_I 0.83 0.15 0.00
130_I 44_R 0.83 0.15 0.00
400_L 254_A 0.83 0.15 0.00
147_A 46_D 0.83 0.15 0.00
127_P 426_I 0.83 0.15 0.00
239_F 223_I 0.83 0.15 0.00
259_G 16_S 0.83 0.15 0.00
375_D 654_M 0.83 0.15 0.00
516_L 246_T 0.83 0.15 0.00
383_I 680_I 0.83 0.15 0.00
303_V 285_T 0.83 0.15 0.00
24_Q 459_I 0.83 0.14 0.00
194_A 71_G 0.83 0.14 0.00
362_A 273_G 0.83 0.14 0.00
384_A 620_F 0.83 0.14 0.00
480_I 131_D 0.83 0.14 0.00
458_M 127_V 0.82 0.14 0.00
118_N 126_P 0.82 0.14 0.00
128_V 437_Y 0.82 0.14 0.00
330_A 437_Y 0.82 0.14 0.00
204_L 286_R 0.82 0.14 0.00
372_M 1_D 0.82 0.14 0.00
523_L 684_G 0.82 0.14 0.00
425_Y 117_Q 0.82 0.14 0.00
9_E 649_N 0.82 0.14 0.00
42_L 132_V 0.82 0.14 0.00
9_E 634_A 0.82 0.14 0.00
272_I 113_T 0.82 0.14 0.00
294_Q 23_H 0.82 0.14 0.00
325_I 560_I 0.82 0.14 0.00
453_E 279_I 0.82 0.14 0.00
13_D 669_M 0.82 0.14 0.00
503_L 138_S 0.82 0.14 0.00
243_Y 600_S 0.82 0.14 0.00
249_R 213_S 0.82 0.14 0.00
531_N 437_Y 0.82 0.14 0.00
154_I 662_N 0.82 0.14 0.00
196_R 174_Q 0.82 0.14 0.00
550_L 273_G 0.82 0.14 0.00
267_N 245_L 0.82 0.14 0.00
128_V 213_S 0.82 0.14 0.00
329_T 171_R 0.82 0.14 0.00
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237_K 148_Q 0.82 0.14 0.00
516_L 359_N 0.82 0.14 0.00
511_L 653_K 0.82 0.14 0.00
66_M 254_A 0.82 0.14 0.00
517_R 207_V 0.82 0.14 0.00
454_V 66_A 0.82 0.14 0.00
363_W 350_L 0.82 0.14 0.00
362_A 649_N 0.82 0.14 0.00
13_D 86_V 0.81 0.14 0.00
277_E 364_L 0.81 0.14 0.00
216_A 410_I 0.81 0.14 0.00
528_L 378_K 0.81 0.14 0.00
455_E 125_E 0.81 0.14 0.00
454_V 666_E 0.81 0.14 0.00
140_K 620_F 0.81 0.14 0.00
234_L 281_V 0.81 0.14 0.00
432_A 3_M 0.81 0.14 0.00
94_L 221_V 0.81 0.14 0.00
126_W 437_Y 0.81 0.14 0.00
164_L 404_L 0.81 0.14 0.00
509_T 667_P 0.81 0.14 0.00
558_P 188_C 0.81 0.14 0.00
229_P 8_Q 0.81 0.14 0.00
121_D 128_E 0.81 0.14 0.00
289_A 213_S 0.81 0.14 0.00
36_D 127_V 0.81 0.14 0.00
167_D 446_I 0.81 0.14 0.00
201_I 184_Q 0.81 0.14 0.00
216_A 88_E 0.80 0.14 0.00
45_D 16_S 0.80 0.14 0.00
140_K 554_L 0.80 0.14 0.00
20_D 16_S 0.80 0.14 0.00
279_L 83_V 0.80 0.14 0.00
389_L 445_D 0.80 0.14 0.00
261_Q 676_L 0.80 0.14 0.00
89_M 667_P 0.80 0.14 0.00
43_F 99_D 0.80 0.13 0.00
217_M 211_A 0.80 0.13 0.00
438_A 640_M 0.80 0.13 0.00
328_P 78_D 0.80 0.13 0.00
145_I 211_A 0.80 0.13 0.00
405_A 75_Q 0.80 0.13 0.00
193_K 59_A 0.80 0.13 0.00
498_D 207_V 0.80 0.13 0.00
242_E 604_V 0.80 0.13 0.00
271_N 43_L 0.79 0.13 0.00
349_L 431_P 0.79 0.13 0.00
381_E 266_S 0.79 0.13 0.00
524_G 66_A 0.79 0.13 0.00
467_I 437_Y 0.79 0.13 0.00
4_R 152_V 0.79 0.13 0.00
106_V 636_T 0.79 0.13 0.00
158_I 562_L 0.79 0.13 0.00
275_A 429_I 0.79 0.13 0.00
33_F 243_T 0.79 0.13 0.00
272_I 178_F 0.79 0.13 0.00
473_R 10_V 0.79 0.13 0.00
359_Q 8_Q 0.79 0.13 0.00
43_F 629_E 0.79 0.13 0.00
339_D 14_G 0.79 0.13 0.00
96_V 347_W 0.79 0.13 0.00
128_V 84_I 0.79 0.13 0.00
527_K 46_D 0.79 0.13 0.00
384_A 438_D 0.79 0.13 0.00
515_R 426_I 0.79 0.13 0.00
547_P 634_A 0.79 0.13 0.00
110_L 226_E 0.79 0.13 0.00
416_S 426_I 0.79 0.13 0.00
168_V 74_V 0.79 0.13 0.00
388_D 181_I 0.79 0.13 0.00
236_V 57_A 0.79 0.13 0.00
311_R 282_Q 0.79 0.13 0.00
407_E 42_T 0.79 0.13 0.00
225_I 65_T 0.79 0.13 0.00
426_M 600_S 0.79 0.13 0.00
61_A 74_V 0.79 0.13 0.00
118_N 426_I 0.79 0.13 0.00
365_L 279_I 0.78 0.13 0.00
264_Y 375_F 0.78 0.13 0.00
198_N 459_I 0.78 0.13 0.00
134_S 226_E 0.78 0.13 0.00
66_M 18_I 0.78 0.13 0.00
329_T 426_I 0.78 0.13 0.00
516_L 279_I 0.78 0.13 0.00
401_E 26_A 0.78 0.13 0.00
245_S 50_V 0.78 0.13 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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