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OPENSEQ.org
MFDecoli(1-250) vs RNAPthermus(451-700)
Genes: A B A+B
Length: 250 250 462
Sequences: 1916 2138 877
Seq/Len: 7.66 8.55 1.9
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.63
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.08 0.00 0.00
2 0.08 0.00 0.01
5 0.08 0.00 0.01
10 0.08 0.00 0.01
20 0.08 0.00 0.04
100 0.08 0.00 0.28
∞ 0.08 0.01 1.75
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
113_V 223_F 1.67 0.95 0.73
99_Q 49_L 1.66 0.95 0.72
111_D 67_A 1.65 0.95 0.72
173_D 163_L 1.42 0.87 0.53
212_G 93_H 1.34 0.82 0.46
115_L 123_A 1.34 0.82 0.45
136_I 47_T 1.31 0.80 0.43
126_S 234_S 1.29 0.79 0.41
83_C 177_C 1.28 0.78 0.40
140_I 117_E 1.26 0.76 0.38
48_F 175_L 1.22 0.73 0.35
146_V 223_F 1.20 0.71 0.32
172_I 81_R 1.17 0.69 0.30
196_L 158_A 1.16 0.68 0.29
109_K 49_L 1.15 0.66 0.28
69_L 49_L 1.14 0.66 0.28
162_I 230_I 1.13 0.64 0.26
182_V 76_L 1.11 0.63 0.25
173_D 140_Y 1.11 0.63 0.25
26_Y 80_S 1.11 0.63 0.25
146_V 210_L 1.08 0.59 0.23
196_L 170_L 1.06 0.58 0.21
233_E 79_I 1.06 0.57 0.21
21_I 126_A 1.05 0.56 0.20
192_P 95_L 1.03 0.54 0.19
152_P 228_V 1.02 0.53 0.19
68_F 40_V 1.01 0.52 0.18
175_E 223_F 1.01 0.52 0.18
128_I 228_V 1.01 0.52 0.18
248_P 81_R 1.01 0.52 0.18
162_I 47_T 1.00 0.51 0.17
95_Y 168_Q 0.99 0.50 0.17
48_F 233_I 0.99 0.49 0.16
201_G 86_A 0.99 0.49 0.16
123_E 219_F 0.99 0.49 0.16
71_Y 227_P 0.99 0.49 0.16
104_D 150_E 0.98 0.49 0.16
45_Q 40_V 0.98 0.48 0.16
26_Y 143_F 0.97 0.48 0.15
46_A 157_Q 0.97 0.48 0.15
233_E 123_A 0.97 0.48 0.15
56_E 218_N 0.97 0.47 0.15
44_I 204_V 0.96 0.47 0.15
172_I 228_V 0.95 0.46 0.14
201_G 153_P 0.95 0.45 0.14
3_I 43_Y 0.95 0.45 0.14
174_L 210_L 0.94 0.44 0.14
123_E 204_V 0.94 0.44 0.14
114_F 64_A 0.94 0.44 0.14
154_R 26_E 0.94 0.44 0.14
17_P 113_D 0.94 0.44 0.14
158_Y 61_L 0.93 0.43 0.13
17_P 210_L 0.93 0.43 0.13
188_K 195_A 0.93 0.43 0.13
125_G 118_L 0.93 0.43 0.13
65_V 182_F 0.92 0.42 0.13
10_R 200_K 0.92 0.42 0.12
98_L 110_K 0.92 0.42 0.12
95_Y 182_F 0.92 0.42 0.12
48_F 57_E 0.92 0.41 0.12
100_L 45_G 0.91 0.41 0.12
89_T 61_L 0.91 0.41 0.12
246_D 71_V 0.90 0.40 0.12
118_I 249_V 0.90 0.40 0.12
19_T 76_L 0.90 0.40 0.12
128_I 61_L 0.90 0.40 0.12
92_A 182_F 0.90 0.40 0.12
94_L 206_V 0.90 0.39 0.11
97_R 93_H 0.89 0.39 0.11
178_P 163_L 0.89 0.39 0.11
209_R 162_V 0.89 0.39 0.11
7_G 148_P 0.89 0.39 0.11
182_V 130_G 0.89 0.38 0.11
162_I 73_V 0.89 0.38 0.11
172_I 93_H 0.88 0.38 0.11
173_D 194_L 0.88 0.38 0.11
24_E 224_A 0.88 0.38 0.11
14_P 102_R 0.87 0.37 0.10
21_I 232_M 0.87 0.37 0.10
146_V 113_D 0.87 0.37 0.10
196_L 106_K 0.87 0.37 0.10
247_P 38_H 0.87 0.37 0.10
64_L 37_E 0.86 0.36 0.10
66_L 203_A 0.86 0.36 0.10
102_H 161_A 0.86 0.36 0.10
188_K 43_Y 0.86 0.35 0.10
97_R 175_L 0.85 0.35 0.10
193_L 47_T 0.85 0.35 0.09
73_L 248_E 0.85 0.35 0.09
73_L 80_S 0.85 0.35 0.09
162_I 245_I 0.85 0.34 0.09
175_E 241_E 0.84 0.34 0.09
136_I 49_L 0.84 0.34 0.09
237_R 231_E 0.84 0.34 0.09
220_G 162_V 0.84 0.34 0.09
185_K 223_F 0.83 0.33 0.09
218_V 57_E 0.83 0.33 0.09
246_D 154_D 0.83 0.33 0.09
239_F 40_V 0.83 0.33 0.09
55_E 124_Q 0.83 0.33 0.09
237_R 213_Q 0.82 0.32 0.08
48_F 40_V 0.82 0.32 0.08
26_Y 57_E 0.82 0.32 0.08
21_I 36_L 0.82 0.32 0.08
91_Q 119_L 0.82 0.32 0.08
129_I 164_S 0.82 0.32 0.08
188_K 42_R 0.82 0.32 0.08
27_R 105_Q 0.82 0.31 0.08
26_Y 21_I 0.82 0.31 0.08
48_F 97_G 0.81 0.31 0.08
186_V 162_V 0.81 0.31 0.08
71_Y 177_C 0.81 0.31 0.08
118_I 71_V 0.81 0.31 0.08
69_L 238_S 0.81 0.30 0.08
23_V 217_D 0.81 0.30 0.08
242_L 194_L 0.81 0.30 0.08
159_I 193_F 0.81 0.30 0.08
173_D 136_D 0.81 0.30 0.08
184_M 61_L 0.80 0.30 0.08
19_T 57_E 0.80 0.30 0.08
110_E 24_L 0.80 0.30 0.07
85_E 230_I 0.80 0.30 0.07
215_G 90_A 0.80 0.30 0.07
246_D 90_A 0.80 0.30 0.07
113_V 204_V 0.80 0.30 0.07
98_L 58_Y 0.80 0.29 0.07
202_Y 206_V 0.79 0.29 0.07
98_L 80_S 0.79 0.29 0.07
182_V 224_A 0.79 0.29 0.07
128_I 97_G 0.79 0.29 0.07
156_G 43_Y 0.79 0.29 0.07
114_F 230_I 0.79 0.29 0.07
112_E 70_Y 0.79 0.29 0.07
192_P 67_A 0.79 0.29 0.07
175_E 58_Y 0.79 0.29 0.07
197_L 70_Y 0.79 0.29 0.07
238_L 162_V 0.78 0.28 0.07
191_F 171_A 0.78 0.28 0.07
78_F 107_A 0.78 0.28 0.07
24_E 106_K 0.78 0.28 0.07
136_I 133_F 0.78 0.28 0.07
26_Y 120_D 0.78 0.28 0.07
191_F 196_V 0.78 0.28 0.07
123_E 95_L 0.77 0.27 0.07
168_R 34_V 0.77 0.27 0.07
20_E 59_L 0.77 0.27 0.07
232_E 240_K 0.77 0.27 0.07
117_H 148_P 0.77 0.27 0.07
86_K 168_Q 0.77 0.27 0.07
97_R 45_G 0.77 0.27 0.06
69_L 243_T 0.76 0.27 0.06
79_P 197_D 0.76 0.27 0.06
14_P 29_I 0.76 0.26 0.06
19_T 237_R 0.76 0.26 0.06
44_I 227_P 0.76 0.26 0.06
49_R 247_A 0.76 0.26 0.06
148_F 234_S 0.76 0.26 0.06
221_L 230_I 0.76 0.26 0.06
200_L 78_L 0.76 0.26 0.06
241_L 41_G 0.75 0.26 0.06
188_K 219_F 0.75 0.26 0.06
86_K 194_L 0.75 0.26 0.06
177_E 76_L 0.75 0.26 0.06
128_I 191_A 0.75 0.26 0.06
194_V 180_V 0.75 0.25 0.06
186_V 220_R 0.75 0.25 0.06
236_I 50_E 0.75 0.25 0.06
242_L 161_A 0.74 0.25 0.06
113_V 111_V 0.74 0.25 0.06
98_L 70_Y 0.74 0.25 0.06
118_I 176_V 0.74 0.24 0.06
7_G 194_L 0.74 0.24 0.06
71_Y 245_I 0.74 0.24 0.06
191_F 213_Q 0.73 0.24 0.06
183_S 226_W 0.73 0.24 0.06
8_R 105_Q 0.73 0.24 0.06
20_E 102_R 0.73 0.24 0.06
168_R 78_L 0.73 0.24 0.06
93_P 38_H 0.73 0.24 0.06
27_R 111_V 0.73 0.24 0.06
226_V 230_I 0.73 0.24 0.06
113_V 48_T 0.73 0.24 0.06
54_I 162_V 0.73 0.24 0.06
96_A 200_K 0.73 0.24 0.05
136_I 46_M 0.73 0.24 0.05
21_I 238_S 0.73 0.24 0.05
153_A 163_L 0.73 0.24 0.05
67_D 242_Q 0.73 0.24 0.05
95_Y 233_I 0.73 0.24 0.05
2_E 47_T 0.73 0.24 0.05
184_M 68_K 0.72 0.23 0.05
7_G 42_R 0.72 0.23 0.05
89_T 45_G 0.72 0.23 0.05
226_V 182_F 0.72 0.23 0.05
117_H 241_E 0.72 0.23 0.05
162_I 119_L 0.72 0.23 0.05
24_E 87_E 0.72 0.23 0.05
242_L 128_K 0.72 0.23 0.05
84_R 56_G 0.72 0.23 0.05
193_L 128_K 0.72 0.23 0.05
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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