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OPENSEQ.org
TABA
Genes: A B A+B
Length: 577 810 1288
Sequences: 2923 1045 1005
Seq/Len: 5.07 1.29 0.78
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.98
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.72
2 0.00 0.00 0.72
5 0.00 0.00 0.72
10 0.00 0.00 0.72
20 0.01 0.00 0.72
100 0.03 0.00 0.72
∞ 0.17 0.02 0.72
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
540_V 772_I 5.15 1.00 1.00
98_V 260_I 4.96 1.00 1.00
313_F 471_L 4.89 1.00 1.00
300_T 458_I 4.85 1.00 1.00
351_A 513_V 4.83 1.00 1.00
121_K 282_A 4.80 1.00 1.00
518_V 737_F 4.72 1.00 1.00
349_L 511_T 4.72 1.00 1.00
411_Y 595_L 4.68 1.00 1.00
504_L 716_L 4.67 1.00 1.00
108_G 270_G 4.66 1.00 1.00
542_V 774_L 4.61 1.00 1.00
132_A 291_E 4.55 1.00 1.00
388_P 572_F 4.52 1.00 1.00
439_L 621_I 4.51 1.00 1.00
449_G 633_T 4.51 1.00 1.00
109_T 271_V 4.50 1.00 1.00
173_G 331_A 4.49 1.00 1.00
125_K 286_Q 4.42 1.00 1.00
94_L 256_V 4.39 1.00 1.00
256_L 414_V 4.39 1.00 1.00
415_Y 599_V 4.38 1.00 1.00
405_W 589_D 4.38 1.00 1.00
373_H 535_S 4.38 1.00 1.00
393_S 577_T 4.37 1.00 1.00
280_P 438_V 4.37 1.00 1.00
102_V 264_D 4.36 1.00 1.00
124_L 285_E 4.33 1.00 1.00
110_D 272_E 4.33 1.00 1.00
136_V 295_L 4.33 1.00 1.00
223_L 382_V 4.29 1.00 1.00
410_R 594_N 4.29 1.00 1.00
179_W 337_L 4.28 1.00 1.00
302_T 460_G 4.27 1.00 1.00
520_V 739_W 4.26 1.00 1.00
284_A 442_A 4.25 1.00 1.00
183_Y 341_V 4.24 1.00 1.00
451_L 635_W 4.24 1.00 1.00
135_T 294_E 4.24 1.00 1.00
286_W 444_V 4.24 1.00 1.00
174_L 332_D 4.23 1.00 1.00
259_V 417_K 4.21 1.00 1.00
133_I 292_P 4.19 1.00 1.00
350_V 512_D 4.18 1.00 1.00
345_D 507_K 4.18 1.00 1.00
99_T 261_T 4.18 1.00 1.00
141_D 300_K 4.17 1.00 1.00
413_I 597_G 4.16 1.00 1.00
131_P 290_I 4.15 1.00 1.00
144_N 303_K 4.14 1.00 1.00
538_T 770_A 4.14 1.00 1.00
149_L 308_I 4.13 1.00 1.00
240_V 399_D 4.13 1.00 1.00
79_I 240_I 4.11 1.00 1.00
235_W 394_F 4.10 1.00 1.00
221_K 380_D 4.10 1.00 1.00
412_S 596_T 4.08 1.00 1.00
369_W 531_Y 4.07 1.00 1.00
127_L 288_T 4.07 1.00 1.00
429_F 611_V 4.05 1.00 1.00
480_K 664_Q 4.05 1.00 1.00
268_I 426_F 4.04 1.00 1.00
103_P 265_Q 4.04 1.00 1.00
433_N 615_T 4.03 1.00 1.00
287_K 445_Q 4.02 1.00 1.00
437_R 619_V 4.02 1.00 1.00
106_I 268_L 4.02 1.00 1.00
301_S 459_N 4.00 1.00 1.00
96_A 258_V 3.98 1.00 1.00
314_S 472_S 3.98 1.00 1.00
105_L 267_K 3.98 1.00 1.00
514_W 733_V 3.97 1.00 1.00
534_F 766_I 3.97 1.00 1.00
312_D 470_E 3.97 1.00 1.00
122_D 283_E 3.96 1.00 1.00
510_V 722_T 3.96 1.00 1.00
142_Y 301_V 3.95 1.00 1.00
241_V 400_T 3.94 1.00 1.00
197_E 355_E 3.93 1.00 1.00
391_M 575_G 3.93 1.00 1.00
347_T 509_Y 3.93 1.00 1.00
199_S 358_D 3.93 1.00 1.00
299_T 457_G 3.93 1.00 1.00
375_T 537_S 3.93 1.00 1.00
522_S 741_M 3.93 1.00 1.00
298_L 456_V 3.93 1.00 1.00
563_D 795_D 3.93 1.00 1.00
447_T 631_G 3.92 1.00 1.00
140_G 299_T 3.92 1.00 1.00
316_K 474_T 3.91 1.00 1.00
78_T 239_N 3.91 1.00 1.00
371_L 533_H 3.90 1.00 1.00
114_R 274_S 3.90 1.00 1.00
222_D 381_L 3.89 1.00 1.00
432_Q 614_D 3.89 1.00 1.00
171_A 329_N 3.89 1.00 1.00
390_V 574_Y 3.88 1.00 1.00
272_V 430_I 3.87 1.00 1.00
238_S 397_T 3.87 1.00 1.00
553_L 785_F 3.86 1.00 1.00
445_F 629_V 3.86 1.00 1.00
426_F 608_Y 3.83 1.00 1.00
261_S 419_K 3.83 1.00 1.00
353_R 515_L 3.82 1.00 1.00
147_K 306_D 3.81 1.00 1.00
306_A 464_D 3.81 1.00 1.00
251_T 409_P 3.80 1.00 1.00
459_F 643_G 3.79 1.00 1.00
346_S 508_S 3.79 1.00 1.00
257_T 415_V 3.79 1.00 1.00
297_S 455_A 3.79 1.00 1.00
362_Q 524_S 3.79 1.00 1.00
178_F 336_K 3.78 1.00 1.00
425_D 607_E 3.78 1.00 1.00
126_L 287_L 3.76 1.00 1.00
431_A 613_L 3.76 1.00 1.00
374_F 536_L 3.75 1.00 1.00
506_Y 718_F 3.75 1.00 1.00
365_I 527_A 3.75 1.00 1.00
527_S 746_D 3.75 1.00 1.00
363_R 525_L 3.75 1.00 1.00
401_L 585_Y 3.73 1.00 1.00
500_I 712_A 3.73 1.00 1.00
533_D 765_N 3.72 1.00 1.00
151_S 310_K 3.72 1.00 1.00
309_Q 467_T 3.72 1.00 1.00
559_V 791_F 3.71 1.00 1.00
430_Q 612_T 3.71 1.00 1.00
311_L 469_A 3.70 1.00 1.00
310_T 468_Y 3.70 1.00 1.00
396_R 580_K 3.70 1.00 1.00
181_I 339_V 3.70 1.00 1.00
176_K 334_T 3.69 1.00 1.00
408_S 592_R 3.69 1.00 1.00
130_R 289_K 3.68 1.00 1.00
364_A 526_R 3.67 1.00 1.00
502_G 714_A 3.67 1.00 1.00
148_S 307_D 3.67 1.00 1.00
357_L 519_I 3.67 1.00 1.00
561_D 793_K 3.67 1.00 1.00
384_M 568_D 3.65 1.00 1.00
404_T 588_T 3.65 1.00 1.00
162_E 321_R 3.64 1.00 1.00
237_N 396_E 3.63 1.00 1.00
568_Q 801_Q 3.62 1.00 1.00
224_A 383_D 3.62 1.00 1.00
180_D 338_R 3.62 1.00 1.00
434_V 616_A 3.62 1.00 1.00
194_V 352_I 3.61 1.00 1.00
368_R 530_G 3.61 1.00 1.00
210_V 369_M 3.60 1.00 1.00
282_V 440_F 3.60 1.00 1.00
150_T 309_K 3.60 1.00 1.00
111_V 273_V 3.58 1.00 1.00
155_R 314_R 3.58 1.00 1.00
448_R 632_R 3.58 1.00 1.00
175_H 333_K 3.56 1.00 1.00
64_A 225_T 3.56 1.00 1.00
187_E 345_N 3.56 1.00 1.00
469_F 653_Y 3.56 1.00 1.00
436_I 618_Y 3.56 1.00 1.00
444_R 628_V 3.55 1.00 1.00
435_W 617_T 3.54 1.00 1.00
360_G 522_Y 3.54 1.00 1.00
118_R 278_A 3.54 1.00 1.00
138_N 297_N 3.52 1.00 1.00
387_Y 571_T 3.52 1.00 1.00
152_I 311_L 3.52 1.00 1.00
68_G 229_Y 3.52 1.00 1.00
557_V 789_Q 3.51 1.00 1.00
80_E 241_D 3.51 1.00 1.00
206_L 365_L 3.51 1.00 1.00
184_N 342_D 3.50 1.00 1.00
264_T 422_N 3.49 1.00 1.00
555_F 787_Y 3.49 1.00 1.00
72_L 233_R 3.48 1.00 1.00
285_T 443_G 3.47 1.00 1.00
409_Q 593_V 3.47 1.00 1.00
460_D 644_K 3.46 1.00 1.00
270_T 428_F 3.45 1.00 1.00
389_G 573_N 3.45 1.00 1.00
503_S 715_S 3.45 1.00 1.00
532_S 764_S 3.44 1.00 1.00
564_E 796_G 3.43 1.00 1.00
146_K 305_E 3.43 1.00 1.00
343_E 505_T 3.43 1.00 1.00
156_K 315_Y 3.42 1.00 1.00
497_S 709_N 3.42 1.00 1.00
195_T 353_R 3.41 1.00 1.00
242_A 401_D 3.40 1.00 1.00
182_D 340_N 3.40 1.00 1.00
450_T 634_R 3.39 1.00 1.00
169_G 327_E 3.38 1.00 1.00
484_I 668_I 3.37 1.00 1.00
352_S 514_T 3.37 1.00 1.00
494_K 706_V 3.37 1.00 1.00
551_I 783_L 3.35 1.00 1.00
93_V 255_Y 3.35 1.00 1.00
225_E 384_Q 3.35 1.00 1.00
200_Q 359_T 3.34 1.00 1.00
320_L 478_F 3.34 1.00 1.00
491_G 703_D 3.34 1.00 1.00
65_I 226_L 3.34 1.00 1.00
97_K 259_N 3.33 1.00 1.00
454_I 638_G 3.33 1.00 1.00
196_F 354_F 3.33 1.00 1.00
475_S 659_T 3.32 1.00 1.00
399_G 583_R 3.32 1.00 1.00
143_E 302_T 3.31 1.00 1.00
172_L 330_D 3.31 1.00 1.00
443_H 627_W 3.31 1.00 1.00
385_L 569_D 3.29 1.00 1.00
281_R 439_S 3.29 1.00 1.00
468_F 652_F 3.29 1.00 1.00
427_S 609_Y 3.28 1.00 1.00
219_E 378_G 3.28 1.00 1.00
308_E 466_Q 3.28 1.00 1.00
274_Y 432_Y 3.27 1.00 1.00
476_I 660_V 3.26 1.00 1.00
470_A 654_A 3.26 1.00 1.00
263_R 421_R 3.26 1.00 1.00
573_L 806_I 3.25 1.00 1.00
548_V 780_L 3.25 1.00 1.00
220_S 379_S 3.25 1.00 1.00
562_K 794_Y 3.24 1.00 1.00
453_W 637_Y 3.24 1.00 1.00
307_P 465_Y 3.23 1.00 1.00
498_K 710_A 3.23 1.00 1.00
456_T 640_G 3.23 1.00 1.00
516_G 735_T 3.22 1.00 1.00
289_P 447_D 3.21 1.00 1.00
107_G 269_S 3.21 1.00 1.00
407_D 591_S 3.20 1.00 1.00
526_V 745_W 3.20 1.00 1.00
277_D 435_E 3.19 1.00 1.00
269_E 427_N 3.19 1.00 1.00
358_S 520_N 3.19 1.00 1.00
74_Y 235_Y 3.19 1.00 1.00
482_K 666_N 3.18 1.00 1.00
258_G 416_Y 3.18 1.00 1.00
501_T 713_V 3.18 1.00 1.00
424_V 606_N 3.18 1.00 1.00
303_S 461_T 3.18 1.00 1.00
230_L 389_L 3.17 1.00 1.00
170_I 328_I 3.17 1.00 1.00
525_A 744_V 3.17 1.00 1.00
71_A 232_D 3.17 1.00 1.00
481_Y 665_S 3.17 1.00 1.00
493_L 705_A 3.16 1.00 1.00
474_R 658_S 3.15 1.00 1.00
117_A 277_L 3.15 1.00 1.00
70_K 231_L 3.14 1.00 1.00
283_K 441_Q 3.13 1.00 1.00
193_H 351_K 3.12 1.00 1.00
189_Y 347_F 3.12 1.00 1.00
95_I 257_T 3.12 1.00 1.00
545_E 777_M 3.11 1.00 1.00
228_R 387_E 3.11 1.00 0.99
392_I 576_W 3.11 1.00 0.99
414_D 598_K 3.10 1.00 0.99
191_F 349_V 3.10 1.00 0.99
428_V 610_K 3.10 1.00 0.99
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136_V 267_K 0.20 0.03 0.00
407_D 593_V 0.20 0.03 0.00
546_S 373_E 0.20 0.02 0.00
217_E 348_Y 0.20 0.02 0.00
453_W 710_A 0.20 0.02 0.00
298_L 449_W 0.20 0.02 0.00
525_A 708_G 0.20 0.02 0.00
209_L 392_L 0.20 0.02 0.00
106_I 337_L 0.20 0.02 0.00
109_T 290_I 0.20 0.02 0.00
432_Q 634_R 0.20 0.02 0.00
375_T 77_V 0.20 0.02 0.00
68_G 226_L 0.20 0.02 0.00
197_E 353_R 0.20 0.02 0.00
311_L 491_Y 0.20 0.02 0.00
284_A 443_G 0.20 0.02 0.00
246_D 413_D 0.20 0.02 0.00
556_A 119_V 0.20 0.02 0.00
406_G 804_F 0.20 0.02 0.00
223_L 371_Q 0.20 0.02 0.00
142_Y 102_N 0.20 0.02 0.00
241_V 67_F 0.20 0.02 0.00
457_G 599_V 0.20 0.02 0.00
409_Q 578_Y 0.20 0.02 0.00
194_V 373_E 0.20 0.02 0.00
187_E 409_P 0.20 0.02 0.00
83_L 245_V 0.20 0.02 0.00
554_D 773_A 0.20 0.02 0.00
206_L 423_T 0.20 0.02 0.00
278_V 433_G 0.20 0.02 0.00
330_V 515_L 0.20 0.02 0.00
532_S 763_P 0.20 0.02 0.00
498_K 637_Y 0.20 0.02 0.00
430_Q 596_T 0.20 0.02 0.00
483_S 133_I 0.20 0.02 0.00
226_L 370_R 0.20 0.02 0.00
394_R 593_V 0.20 0.02 0.00
103_P 26_V 0.20 0.02 0.00
65_I 746_D 0.19 0.02 0.00
125_K 282_A 0.19 0.02 0.00
255_P 275_G 0.19 0.02 0.00
206_L 654_A 0.19 0.02 0.00
285_T 442_A 0.19 0.02 0.00
188_R 650_E 0.19 0.02 0.00
457_G 165_L 0.19 0.02 0.00
469_F 703_D 0.19 0.02 0.00
544_W 366_R 0.19 0.02 0.00
107_G 216_K 0.19 0.02 0.00
407_D 580_K 0.19 0.02 0.00
208_N 364_V 0.19 0.02 0.00
225_E 522_Y 0.19 0.02 0.00
304_I 460_G 0.19 0.02 0.00
190_R 376_W 0.19 0.02 0.00
390_V 527_A 0.19 0.02 0.00
404_T 589_D 0.19 0.02 0.00
251_T 345_N 0.19 0.02 0.00
388_P 501_L 0.19 0.02 0.00
305_S 206_W 0.19 0.02 0.00
391_M 577_T 0.19 0.02 0.00
189_Y 240_I 0.19 0.02 0.00
475_S 656_G 0.19 0.02 0.00
412_S 612_T 0.19 0.02 0.00
405_W 588_T 0.19 0.02 0.00
482_K 131_A 0.19 0.02 0.00
422_S 582_D 0.19 0.02 0.00
103_P 267_K 0.19 0.02 0.00
452_G 786_S 0.19 0.02 0.00
447_T 629_V 0.19 0.02 0.00
552_K 786_S 0.19 0.02 0.00
554_D 784_V 0.19 0.02 0.00
316_K 514_T 0.19 0.02 0.00
501_T 654_A 0.19 0.02 0.00
366_N 575_G 0.19 0.02 0.00
544_W 318_A 0.19 0.02 0.00
276_T 806_I 0.19 0.02 0.00
149_L 260_I 0.19 0.02 0.00
504_L 739_W 0.19 0.02 0.00
393_S 575_G 0.19 0.02 0.00
484_I 654_A 0.19 0.02 0.00
265_E 357_N 0.19 0.02 0.00
181_I 296_Y 0.19 0.02 0.00
402_M 122_G 0.19 0.02 0.00
511_T 725_I 0.19 0.02 0.00
439_L 622_D 0.19 0.02 0.00
470_A 713_V 0.19 0.02 0.00
399_G 584_G 0.19 0.02 0.00
205_Y 367_R 0.19 0.02 0.00
214_E 518_P 0.19 0.02 0.00
445_F 631_G 0.19 0.02 0.00
282_V 343_A 0.19 0.02 0.00
205_Y 360_S 0.19 0.02 0.00
367_L 604_S 0.19 0.02 0.00
230_L 123_E 0.19 0.02 0.00
538_T 260_I 0.19 0.02 0.00
544_W 362_D 0.19 0.02 0.00
478_G 184_G 0.19 0.02 0.00
302_T 462_K 0.19 0.02 0.00
400_G 583_R 0.19 0.02 0.00
367_L 603_G 0.19 0.02 0.00
57_F 405_V 0.19 0.02 0.00
234_G 31_F 0.19 0.02 0.00
361_W 578_Y 0.19 0.02 0.00
549_G 395_F 0.19 0.02 0.00
565_H 734_R 0.19 0.02 0.00
571_I 590_G 0.19 0.02 0.00
237_N 125_L 0.19 0.02 0.00
263_R 422_N 0.19 0.02 0.00
410_R 108_D 0.19 0.02 0.00
282_V 583_R 0.19 0.02 0.00
173_G 206_W 0.19 0.02 0.00
472_G 659_T 0.19 0.02 0.00
194_V 188_F 0.19 0.02 0.00
157_G 717_E 0.19 0.02 0.00
535_K 663_F 0.19 0.02 0.00
85_P 126_D 0.18 0.02 0.00
479_Y 666_N 0.18 0.02 0.00
209_L 222_D 0.18 0.02 0.00
403_P 618_Y 0.18 0.02 0.00
116_G 301_V 0.18 0.02 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
WARNING: The input alignment may be corrupted!
  • Sequence A is very similar to Sequence B (HHΔ = 0.252), these maybe paralogs! HHΔ is a measure (0 to 1) of how different two alignments are (the larger the value the more different they are).
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
0543 0.78 TABA Δgene:(0, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2013_03) 1.00 Done
0542 0 TABA Δgene:(1, 20) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2013_03) Killed - Shared
0539 0 TABA Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2013_03) Killed - Shared
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