May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
MFDecoli1148RNAPthermus1119
Genes: A B A+B
Length: 648 619 1158
Sequences: 2098 1323 832
Seq/Len: 3.24 2.14 0.72
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.68
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.09 0.00
2 0.00 0.09 0.00
5 0.00 0.09 0.00
10 0.00 0.09 0.00
20 0.00 0.09 0.01
100 0.00 0.09 0.11
∞ 0.01 0.09 0.66
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
452_I 503_D 1.40 0.59 0.00
200_A 4_E 1.39 0.59 0.00
472_F 243_V 1.35 0.55 0.00
385_I 108_G 1.32 0.53 0.00
169_F 191_S 1.29 0.50 0.00
107_Q 230_S 1.25 0.47 0.00
409_Q 392_L 1.25 0.47 0.00
228_V 75_Q 1.25 0.47 0.00
188_S 149_V 1.20 0.43 0.00
458_L 27_E 1.20 0.42 0.00
472_F 174_V 1.19 0.42 0.00
462_E 268_T 1.19 0.41 0.00
524_L 321_E 1.15 0.39 0.00
118_Q 4_E 1.15 0.38 0.00
79_E 108_G 1.14 0.38 0.00
550_F 369_V 1.14 0.38 0.00
414_L 42_V 1.14 0.38 0.00
501_Q 184_F 1.12 0.37 0.00
246_R 349_V 1.12 0.37 0.00
332_L 184_F 1.12 0.36 0.00
116_M 243_V 1.12 0.36 0.00
589_F 231_E 1.12 0.36 0.00
406_S 382_L 1.12 0.36 0.00
464_S 208_Y 1.11 0.35 0.00
108_A 367_V 1.11 0.35 0.00
472_F 335_V 1.10 0.35 0.00
416_T 284_D 1.09 0.34 0.00
395_Q 288_T 1.09 0.34 0.00
8_Y 324_R 1.08 0.33 0.00
431_E 184_F 1.08 0.33 0.00
56_K 29_V 1.08 0.33 0.00
199_V 368_D 1.07 0.32 0.00
7_E 532_F 1.07 0.32 0.00
132_F 166_L 1.07 0.32 0.00
366_V 349_V 1.07 0.32 0.00
36_A 128_F 1.06 0.32 0.00
416_T 294_P 1.06 0.32 0.00
286_V 29_V 1.06 0.31 0.00
201_E 155_L 1.06 0.31 0.00
90_Y 187_A 1.05 0.31 0.00
286_V 510_T 1.05 0.31 0.00
358_H 552_M 1.03 0.30 0.00
445_L 491_Q 1.03 0.30 0.00
26_L 275_R 1.03 0.30 0.00
422_M 154_L 1.03 0.29 0.00
464_S 566_A 1.02 0.29 0.00
336_A 15_A 1.02 0.29 0.00
177_P 225_D 1.01 0.28 0.00
313_Y 482_P 1.01 0.28 0.00
222_D 27_E 1.00 0.28 0.00
385_I 175_A 1.00 0.28 0.00
529_R 395_Y 1.00 0.27 0.00
433_I 76_A 0.98 0.26 0.00
269_G 550_Q 0.98 0.26 0.00
464_S 272_R 0.98 0.26 0.00
409_Q 512_P 0.98 0.26 0.00
14_A 83_L 0.98 0.26 0.00
292_E 516_I 0.97 0.26 0.00
369_T 184_F 0.97 0.26 0.00
466_S 275_R 0.97 0.26 0.00
439_L 113_V 0.97 0.26 0.00
188_S 385_I 0.97 0.26 0.00
148_N 243_V 0.97 0.25 0.00
214_L 149_V 0.97 0.25 0.00
169_F 203_I 0.97 0.25 0.00
397_H 295_G 0.96 0.25 0.00
504_V 184_F 0.96 0.25 0.00
298_V 32_M 0.96 0.25 0.00
436_L 314_E 0.96 0.25 0.00
8_Y 510_T 0.96 0.25 0.00
528_K 299_I 0.96 0.25 0.00
315_L 176_I 0.96 0.25 0.00
413_W 489_V 0.96 0.25 0.00
466_S 225_D 0.96 0.24 0.00
86_D 187_A 0.96 0.24 0.00
451_E 114_R 0.95 0.24 0.00
510_S 265_S 0.95 0.24 0.00
218_V 25_S 0.95 0.24 0.00
208_I 291_R 0.94 0.24 0.00
278_T 52_H 0.94 0.24 0.00
416_T 283_R 0.94 0.23 0.00
49_A 324_R 0.94 0.23 0.00
292_E 184_F 0.94 0.23 0.00
439_L 491_Q 0.94 0.23 0.00
183_I 45_N 0.94 0.23 0.00
49_A 269_P 0.94 0.23 0.00
375_I 370_I 0.94 0.23 0.00
174_A 45_N 0.93 0.23 0.00
62_R 349_V 0.93 0.23 0.00
113_L 187_A 0.93 0.23 0.00
126_V 161_S 0.93 0.23 0.00
286_V 493_F 0.93 0.23 0.00
412_A 317_P 0.93 0.23 0.00
251_I 206_E 0.92 0.23 0.00
108_A 175_A 0.92 0.23 0.00
132_F 280_E 0.92 0.22 0.00
302_I 300_V 0.92 0.22 0.00
414_L 393_A 0.92 0.22 0.00
345_M 10_A 0.92 0.22 0.00
215_Q 31_F 0.92 0.22 0.00
450_L 160_A 0.92 0.22 0.00
514_D 128_F 0.92 0.22 0.00
451_E 264_E 0.91 0.22 0.00
227_I 251_P 0.91 0.22 0.00
9_L 72_I 0.91 0.22 0.00
414_L 272_R 0.91 0.22 0.00
249_V 147_Q 0.91 0.22 0.00
73_A 201_T 0.91 0.22 0.00
512_L 243_V 0.91 0.22 0.00
409_Q 161_S 0.91 0.22 0.00
511_L 268_T 0.91 0.21 0.00
95_D 45_N 0.90 0.21 0.00
417_P 317_P 0.90 0.21 0.00
111_A 191_S 0.90 0.21 0.00
302_I 307_R 0.90 0.21 0.00
319_V 243_V 0.90 0.21 0.00
547_I 547_H 0.90 0.21 0.00
266_A 36_P 0.90 0.21 0.00
314_Y 107_D 0.90 0.21 0.00
480_E 174_V 0.90 0.21 0.00
420_K 190_I 0.90 0.21 0.00
253_T 560_I 0.90 0.21 0.00
72_Y 509_S 0.89 0.21 0.00
298_V 239_E 0.89 0.21 0.00
276_I 226_I 0.89 0.21 0.00
168_N 142_R 0.89 0.21 0.00
183_I 95_L 0.89 0.20 0.00
183_I 165_F 0.89 0.20 0.00
428_K 330_K 0.89 0.20 0.00
505_E 382_L 0.89 0.20 0.00
450_L 276_S 0.89 0.20 0.00
112_V 472_V 0.89 0.20 0.00
132_F 540_L 0.88 0.20 0.00
541_E 147_Q 0.88 0.20 0.00
373_T 492_M 0.88 0.20 0.00
578_L 140_R 0.88 0.20 0.00
366_V 470_G 0.88 0.20 0.00
523_R 39_V 0.88 0.20 0.00
304_R 43_N 0.88 0.20 0.00
441_A 113_V 0.88 0.20 0.00
391_F 385_I 0.88 0.20 0.00
144_L 244_R 0.88 0.20 0.00
403_V 326_Y 0.88 0.20 0.00
89_Q 491_Q 0.88 0.20 0.00
336_A 265_S 0.88 0.20 0.00
71_I 140_R 0.88 0.20 0.00
312_V 108_G 0.88 0.20 0.00
63_D 532_F 0.87 0.20 0.00
347_E 267_P 0.87 0.20 0.00
61_V 300_V 0.87 0.20 0.00
503_E 492_M 0.87 0.20 0.00
121_A 363_D 0.87 0.19 0.00
252_L 475_Y 0.87 0.19 0.00
563_I 327_V 0.87 0.19 0.00
441_A 203_I 0.87 0.19 0.00
367_C 275_R 0.87 0.19 0.00
242_I 104_A 0.87 0.19 0.00
545_E 500_M 0.86 0.19 0.00
178_V 32_M 0.86 0.19 0.00
389_D 43_N 0.86 0.19 0.00
195_I 313_V 0.86 0.19 0.00
254_L 160_A 0.86 0.19 0.00
127_C 268_T 0.86 0.19 0.00
539_L 52_H 0.86 0.19 0.00
567_R 229_L 0.86 0.19 0.00
190_K 327_V 0.86 0.19 0.00
59_E 8_I 0.86 0.19 0.00
99_F 160_A 0.86 0.19 0.00
101_T 288_T 0.86 0.19 0.00
353_V 352_I 0.86 0.19 0.00
478_L 327_V 0.86 0.19 0.00
466_S 212_A 0.85 0.19 0.00
284_L 299_I 0.85 0.19 0.00
219_K 231_E 0.85 0.19 0.00
43_H 324_R 0.85 0.19 0.00
287_K 170_Q 0.85 0.19 0.00
311_Q 537_V 0.85 0.19 0.00
266_A 333_L 0.85 0.19 0.00
242_I 288_T 0.85 0.18 0.00
397_H 516_I 0.85 0.18 0.00
198_E 243_V 0.85 0.18 0.00
455_A 560_I 0.85 0.18 0.00
168_N 148_R 0.85 0.18 0.00
505_E 272_R 0.85 0.18 0.00
160_L 502_E 0.85 0.18 0.00
222_D 72_I 0.85 0.18 0.00
541_E 243_V 0.85 0.18 0.00
266_A 552_M 0.84 0.18 0.00
99_F 178_P 0.84 0.18 0.00
514_D 547_H 0.84 0.18 0.00
17_A 304_V 0.84 0.18 0.00
294_D 192_E 0.84 0.18 0.00
189_A 327_V 0.84 0.18 0.00
11_L 74_A 0.84 0.18 0.00
312_V 385_I 0.84 0.18 0.00
31_R 402_I 0.84 0.18 0.00
166_Y 87_V 0.84 0.18 0.00
373_T 89_R 0.84 0.18 0.00
363_N 155_L 0.84 0.18 0.00
447_T 382_L 0.84 0.18 0.00
8_Y 283_R 0.84 0.18 0.00
324_K 83_L 0.84 0.18 0.00
266_A 561_E 0.84 0.18 0.00
458_L 155_L 0.84 0.18 0.00
461_E 349_V 0.84 0.18 0.00
208_I 245_I 0.84 0.18 0.00
232_H 52_H 0.83 0.18 0.00
512_L 232_A 0.83 0.18 0.00
23_V 401_Y 0.83 0.18 0.00
432_A 259_T 0.83 0.18 0.00
74_Q 172_V 0.83 0.18 0.00
391_F 586_R 0.83 0.18 0.00
213_L 300_V 0.83 0.17 0.00
298_V 95_L 0.83 0.17 0.00
566_L 79_V 0.83 0.17 0.00
329_L 210_I 0.83 0.17 0.00
188_S 22_V 0.83 0.17 0.00
395_Q 189_V 0.83 0.17 0.00
455_A 526_Q 0.83 0.17 0.00
103_P 52_H 0.83 0.17 0.00
278_T 392_L 0.83 0.17 0.00
416_T 208_Y 0.83 0.17 0.00
483_V 560_I 0.83 0.17 0.00
399_L 354_P 0.83 0.17 0.00
502_T 41_S 0.82 0.17 0.00
60_K 349_V 0.82 0.17 0.00
232_H 355_V 0.82 0.17 0.00
238_H 288_T 0.82 0.17 0.00
472_F 42_V 0.82 0.17 0.00
538_E 73_R 0.82 0.17 0.00
142_A 191_S 0.82 0.17 0.00
286_V 135_T 0.82 0.17 0.00
47_G 578_E 0.82 0.17 0.00
482_A 32_M 0.82 0.17 0.00
608_P 74_A 0.82 0.17 0.00
44_K 486_P 0.82 0.17 0.00
71_I 314_E 0.82 0.17 0.00
420_K 268_T 0.82 0.17 0.00
273_L 578_E 0.82 0.17 0.00
180_I 330_K 0.82 0.17 0.00
90_Y 577_P 0.82 0.17 0.00
553_L 140_R 0.82 0.17 0.00
479_L 515_L 0.82 0.17 0.00
322_I 200_Y 0.82 0.17 0.00
121_A 382_L 0.81 0.17 0.00
525_S 284_D 0.81 0.17 0.00
586_V 103_V 0.81 0.17 0.00
344_Q 510_T 0.81 0.17 0.00
409_Q 361_L 0.81 0.17 0.00
111_A 103_V 0.81 0.17 0.00
523_R 275_R 0.81 0.17 0.00
180_I 72_I 0.81 0.17 0.00
464_S 301_V 0.81 0.17 0.00
86_D 149_V 0.81 0.17 0.00
8_Y 266_E 0.81 0.17 0.00
294_D 27_E 0.81 0.17 0.00
413_W 391_G 0.81 0.16 0.00
246_R 196_K 0.81 0.16 0.00
200_A 578_E 0.81 0.16 0.00
424_T 44_T 0.81 0.16 0.00
132_F 184_F 0.81 0.16 0.00
385_I 393_A 0.81 0.16 0.00
447_T 572_K 0.81 0.16 0.00
273_L 184_F 0.81 0.16 0.00
29_I 231_E 0.80 0.16 0.00
517_I 113_V 0.80 0.16 0.00
176_W 268_T 0.80 0.16 0.00
423_T 349_V 0.80 0.16 0.00
295_S 113_V 0.80 0.16 0.00
488_A 286_K 0.80 0.16 0.00
294_D 140_R 0.80 0.16 0.00
111_A 541_E 0.80 0.16 0.00
445_L 327_V 0.80 0.16 0.00
451_E 586_R 0.80 0.16 0.00
26_L 172_V 0.80 0.16 0.00
207_L 160_A 0.80 0.16 0.00
510_S 155_L 0.80 0.16 0.00
160_L 259_T 0.80 0.16 0.00
563_I 52_H 0.80 0.16 0.00
428_K 302_R 0.80 0.16 0.00
266_A 308_R 0.80 0.16 0.00
6_G 266_E 0.80 0.16 0.00
411_Y 349_V 0.80 0.16 0.00
57_A 199_F 0.80 0.16 0.00
11_L 593_Q 0.80 0.16 0.00
502_T 174_V 0.80 0.16 0.00
347_E 500_M 0.79 0.16 0.00
132_F 128_F 0.79 0.16 0.00
422_M 259_T 0.79 0.16 0.00
560_L 138_D 0.79 0.16 0.00
433_I 478_R 0.79 0.16 0.00
302_I 206_E 0.79 0.16 0.00
470_I 472_V 0.79 0.16 0.00
311_Q 525_A 0.79 0.16 0.00
127_C 225_D 0.79 0.16 0.00
313_Y 363_D 0.79 0.16 0.00
508_M 26_P 0.79 0.16 0.00
415_L 301_V 0.79 0.15 0.00
8_Y 471_K 0.79 0.15 0.00
414_L 122_E 0.79 0.15 0.00
526_F 233_A 0.79 0.15 0.00
149_H 94_A 0.79 0.15 0.00
488_A 385_I 0.79 0.15 0.00
193_T 576_V 0.79 0.15 0.00
533_A 52_H 0.79 0.15 0.00
415_L 19_G 0.78 0.15 0.00
264_N 130_R 0.78 0.15 0.00
198_E 147_Q 0.78 0.15 0.00
473_S 568_E 0.78 0.15 0.00
60_K 107_D 0.78 0.15 0.00
199_V 259_T 0.78 0.15 0.00
181_E 112_V 0.78 0.15 0.00
89_Q 500_M 0.78 0.15 0.00
361_R 304_V 0.78 0.15 0.00
265_M 95_L 0.78 0.15 0.00
396_L 327_V 0.78 0.15 0.00
566_L 574_E 0.78 0.15 0.00
127_C 141_P 0.78 0.15 0.00
242_I 351_K 0.78 0.15 0.00
467_M 166_L 0.78 0.15 0.00
408_H 485_G 0.78 0.15 0.00
550_F 353_L 0.78 0.15 0.00
486_L 546_A 0.78 0.15 0.00
551_G 321_E 0.78 0.15 0.00
255_T 322_V 0.78 0.15 0.00
89_Q 107_D 0.78 0.15 0.00
190_K 239_E 0.78 0.15 0.00
466_S 500_M 0.78 0.15 0.00
326_A 233_A 0.78 0.15 0.00
587_I 42_V 0.78 0.15 0.00
527_Y 138_D 0.78 0.15 0.00
154_V 175_A 0.77 0.15 0.00
450_L 216_K 0.77 0.15 0.00
375_I 472_V 0.77 0.15 0.00
384_I 242_V 0.77 0.15 0.00
425_D 184_F 0.77 0.15 0.00
587_I 546_A 0.77 0.15 0.00
508_M 149_V 0.77 0.15 0.00
395_Q 594_A 0.77 0.15 0.00
369_T 565_A 0.77 0.15 0.00
344_Q 552_M 0.77 0.15 0.00
227_I 236_D 0.77 0.15 0.00
218_V 103_V 0.77 0.15 0.00
532_S 154_L 0.77 0.15 0.00
187_R 245_I 0.77 0.15 0.00
414_L 303_T 0.77 0.15 0.00
455_A 216_K 0.77 0.15 0.00
458_L 89_R 0.77 0.15 0.00
560_L 130_R 0.77 0.15 0.00
507_R 304_V 0.77 0.15 0.00
197_A 4_E 0.77 0.15 0.00
586_V 62_S 0.77 0.15 0.00
246_R 546_A 0.77 0.15 0.00
470_I 219_P 0.77 0.15 0.00
127_C 136_A 0.77 0.15 0.00
470_I 546_A 0.77 0.15 0.00
154_V 203_I 0.77 0.15 0.00
561_L 3_L 0.77 0.15 0.00
107_Q 7_R 0.77 0.15 0.00
266_A 23_I 0.77 0.15 0.00
464_S 309_G 0.77 0.15 0.00
506_L 170_Q 0.77 0.15 0.00
144_L 243_V 0.77 0.15 0.00
473_S 566_A 0.77 0.15 0.00
375_I 352_I 0.77 0.15 0.00
47_G 29_V 0.77 0.15 0.00
286_V 268_T 0.77 0.15 0.00
469_T 62_S 0.77 0.15 0.00
338_I 363_D 0.77 0.14 0.00
278_T 388_T 0.77 0.14 0.00
512_L 229_L 0.77 0.14 0.00
467_M 325_V 0.77 0.14 0.00
5_T 134_G 0.77 0.14 0.00
242_I 105_K 0.77 0.14 0.00
553_L 236_D 0.77 0.14 0.00
425_D 566_A 0.77 0.14 0.00
574_G 368_D 0.76 0.14 0.00
191_E 469_Q 0.76 0.14 0.00
255_T 43_N 0.76 0.14 0.00
556_P 27_E 0.76 0.14 0.00
302_I 93_A 0.76 0.14 0.00
321_N 245_I 0.76 0.14 0.00
474_L 200_Y 0.76 0.14 0.00
519_D 121_V 0.76 0.14 0.00
315_L 275_R 0.76 0.14 0.00
499_S 546_A 0.76 0.14 0.00
233_R 131_S 0.76 0.14 0.00
93_F 207_R 0.76 0.14 0.00
264_N 20_E 0.76 0.14 0.00
479_L 44_T 0.76 0.14 0.00
199_V 360_H 0.76 0.14 0.00
459_L 216_K 0.76 0.14 0.00
517_I 196_K 0.76 0.14 0.00
546_L 5_G 0.76 0.14 0.00
441_A 142_R 0.76 0.14 0.00
304_R 191_S 0.76 0.14 0.00
315_L 361_L 0.76 0.14 0.00
213_L 7_R 0.76 0.14 0.00
394_A 305_R 0.76 0.14 0.00
573_L 44_T 0.76 0.14 0.00
35_G 91_S 0.76 0.14 0.00
85_H 475_Y 0.76 0.14 0.00
525_S 272_R 0.76 0.14 0.00
7_E 196_K 0.75 0.14 0.00
192_Q 31_F 0.75 0.14 0.00
178_V 5_G 0.75 0.14 0.00
545_E 83_L 0.75 0.14 0.00
464_S 369_V 0.75 0.14 0.00
139_M 191_S 0.75 0.14 0.00
522_T 52_H 0.75 0.14 0.00
264_N 334_Q 0.75 0.14 0.00
254_L 45_N 0.75 0.14 0.00
118_Q 39_V 0.75 0.14 0.00
267_M 233_A 0.75 0.14 0.00
106_A 128_F 0.75 0.14 0.00
441_A 487_I 0.75 0.14 0.00
462_E 492_M 0.75 0.14 0.00
325_A 72_I 0.75 0.14 0.00
197_A 369_V 0.75 0.14 0.00
340_I 479_T 0.75 0.14 0.00
107_Q 363_D 0.75 0.14 0.00
90_Y 350_A 0.75 0.14 0.00
385_I 45_N 0.75 0.14 0.00
29_I 485_G 0.75 0.14 0.00
336_A 126_R 0.75 0.14 0.00
73_A 125_L 0.75 0.14 0.00
338_I 161_S 0.75 0.14 0.00
530_I 153_D 0.75 0.14 0.00
169_F 388_T 0.75 0.14 0.00
569_Q 148_R 0.75 0.14 0.00
245_M 72_I 0.74 0.14 0.00
201_E 27_E 0.74 0.14 0.00
367_C 370_I 0.74 0.14 0.00
279_P 102_E 0.74 0.14 0.00
344_Q 194_L 0.74 0.14 0.00
487_K 148_R 0.74 0.14 0.00
146_V 362_P 0.74 0.14 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.0857 seconds.