May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
isp_4_A_6_human
Genes: A B A+B
Length: 274 513 717
Sequences: 658 5946 225
Seq/Len: 2.4 11.59 0.31
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.38
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.00
5 0.00 0.01 0.13
10 0.00 0.01 0.18
20 0.00 0.01 0.18
100 0.00 0.02 0.19
∞ 0.00 0.04 0.29
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
102_S 99_N 1.51 0.43 0.00
225_I 329_G 1.44 0.38 0.00
203_D 105_L 1.43 0.38 0.00
124_G 340_W 1.42 0.37 0.00
225_I 9_S 1.39 0.35 0.00
272_I 342_L 1.37 0.34 0.00
118_T 370_T 1.34 0.32 0.00
165_M 363_L 1.32 0.31 0.00
262_T 477_A 1.30 0.30 0.00
248_R 156_S 1.27 0.28 0.00
86_P 427_P 1.25 0.28 0.00
182_K 508_P 1.22 0.26 0.00
129_A 257_I 1.22 0.26 0.00
116_L 102_F 1.21 0.25 0.00
249_I 397_F 1.18 0.24 0.00
271_V 8_F 1.18 0.24 0.00
263_Y 306_T 1.18 0.24 0.00
71_N 155_V 1.17 0.23 0.00
272_I 460_I 1.17 0.23 0.00
202_L 105_L 1.17 0.23 0.00
173_P 42_G 1.16 0.23 0.00
246_S 470_F 1.15 0.22 0.00
220_L 77_G 1.15 0.22 0.00
116_L 452_T 1.14 0.22 0.00
242_H 99_N 1.14 0.22 0.00
250_R 272_G 1.13 0.21 0.00
126_A 24_A 1.13 0.21 0.00
188_A 480_R 1.11 0.20 0.00
140_M 255_S 1.11 0.20 0.00
195_L 490_M 1.11 0.20 0.00
66_A 286_I 1.09 0.20 0.00
95_E 120_A 1.09 0.20 0.00
125_V 75_I 1.09 0.20 0.00
116_L 198_S 1.08 0.19 0.00
225_I 17_T 1.07 0.19 0.00
141_S 460_I 1.06 0.18 0.00
135_Q 83_V 1.06 0.18 0.00
263_Y 293_F 1.05 0.18 0.00
167_F 123_G 1.04 0.18 0.00
123_V 198_S 1.04 0.17 0.00
165_M 357_V 1.03 0.17 0.00
130_K 356_I 1.03 0.17 0.00
245_A 333_K 1.02 0.17 0.00
268_D 133_A 1.02 0.17 0.00
136_F 362_S 1.02 0.17 0.00
248_R 30_G 1.02 0.17 0.00
107_S 187_S 1.01 0.17 0.00
211_V 110_L 1.01 0.17 0.00
185_E 222_P 1.01 0.16 0.00
101_K 30_G 1.01 0.16 0.00
208_P 215_L 1.01 0.16 0.00
126_A 293_F 1.01 0.16 0.00
247_G 444_P 1.01 0.16 0.00
107_S 307_S 1.00 0.16 0.00
225_I 123_G 1.00 0.16 0.00
135_Q 255_S 0.99 0.16 0.00
160_P 310_M 0.99 0.16 0.00
190_V 203_A 0.99 0.15 0.00
255_P 246_L 0.99 0.15 0.00
211_V 246_L 0.99 0.15 0.00
262_T 54_Y 0.98 0.15 0.00
201_D 105_L 0.98 0.15 0.00
114_S 331_N 0.98 0.15 0.00
210_W 171_M 0.98 0.15 0.00
126_A 286_I 0.98 0.15 0.00
186_Q 101_S 0.98 0.15 0.00
107_S 329_G 0.97 0.15 0.00
74_A 490_M 0.97 0.15 0.00
120_V 408_T 0.97 0.15 0.00
244_D 12_H 0.97 0.15 0.00
210_W 397_F 0.96 0.15 0.00
89_S 193_I 0.96 0.15 0.00
124_G 349_T 0.96 0.15 0.00
108_E 54_Y 0.96 0.15 0.00
129_A 81_W 0.96 0.14 0.00
126_A 20_L 0.96 0.14 0.00
203_D 412_I 0.96 0.14 0.00
216_V 156_S 0.96 0.14 0.00
133_V 50_N 0.95 0.14 0.00
117_V 153_A 0.95 0.14 0.00
69_G 220_F 0.95 0.14 0.00
187_E 147_I 0.95 0.14 0.00
209_E 397_F 0.95 0.14 0.00
113_F 286_I 0.94 0.14 0.00
126_A 310_M 0.94 0.14 0.00
247_G 293_F 0.94 0.14 0.00
200_H 223_A 0.94 0.14 0.00
93_R 463_T 0.94 0.14 0.00
247_G 271_M 0.93 0.14 0.00
171_G 477_A 0.93 0.14 0.00
190_V 120_A 0.93 0.14 0.00
250_R 282_F 0.93 0.14 0.00
224_P 306_T 0.93 0.14 0.00
156_L 341_A 0.93 0.14 0.00
247_G 155_V 0.93 0.13 0.00
80_H 357_V 0.92 0.13 0.00
161_E 498_C 0.92 0.13 0.00
125_V 155_V 0.92 0.13 0.00
225_I 450_W 0.92 0.13 0.00
84_K 470_F 0.91 0.13 0.00
136_F 187_S 0.91 0.13 0.00
162_G 20_L 0.91 0.13 0.00
250_R 85_L 0.91 0.13 0.00
160_P 282_F 0.91 0.13 0.00
208_P 508_P 0.91 0.13 0.00
165_M 309_T 0.91 0.13 0.00
129_A 169_I 0.91 0.13 0.00
80_H 48_L 0.91 0.13 0.00
246_S 99_N 0.91 0.13 0.00
79_S 216_N 0.90 0.13 0.00
131_N 258_V 0.90 0.13 0.00
267_S 332_M 0.90 0.13 0.00
128_A 50_N 0.90 0.13 0.00
128_A 37_I 0.90 0.13 0.00
108_E 170_N 0.90 0.13 0.00
216_V 105_L 0.90 0.13 0.00
80_H 318_V 0.90 0.13 0.00
131_N 102_F 0.90 0.12 0.00
136_F 380_V 0.89 0.12 0.00
65_V 272_G 0.89 0.12 0.00
108_E 113_L 0.89 0.12 0.00
216_V 211_T 0.89 0.12 0.00
271_V 308_A 0.89 0.12 0.00
70_L 170_N 0.89 0.12 0.00
160_P 293_F 0.89 0.12 0.00
189_A 203_A 0.88 0.12 0.00
174_L 272_G 0.88 0.12 0.00
88_F 39_A 0.88 0.12 0.00
112_G 208_M 0.88 0.12 0.00
80_H 267_P 0.88 0.12 0.00
173_P 427_P 0.88 0.12 0.00
185_E 203_A 0.88 0.12 0.00
191_E 105_L 0.88 0.12 0.00
125_V 105_L 0.87 0.12 0.00
186_Q 112_L 0.87 0.12 0.00
162_G 477_A 0.87 0.12 0.00
171_G 333_K 0.87 0.12 0.00
125_V 466_M 0.87 0.12 0.00
234_Y 137_S 0.87 0.12 0.00
124_G 101_S 0.87 0.12 0.00
175_F 147_I 0.87 0.12 0.00
213_L 246_L 0.87 0.12 0.00
126_A 17_T 0.87 0.12 0.00
116_L 101_S 0.87 0.12 0.00
126_A 50_N 0.86 0.12 0.00
137_V 397_F 0.86 0.12 0.00
190_V 77_G 0.86 0.12 0.00
113_F 134_G 0.86 0.12 0.00
71_N 412_I 0.86 0.12 0.00
173_P 450_W 0.86 0.12 0.00
66_A 293_F 0.86 0.12 0.00
76_V 46_N 0.86 0.12 0.00
211_V 329_G 0.86 0.11 0.00
210_W 318_V 0.86 0.11 0.00
225_I 406_D 0.86 0.11 0.00
255_P 48_L 0.85 0.11 0.00
211_V 165_I 0.85 0.11 0.00
199_Q 105_L 0.85 0.11 0.00
160_P 271_M 0.85 0.11 0.00
163_K 460_I 0.85 0.11 0.00
145_D 254_I 0.85 0.11 0.00
250_R 157_S 0.85 0.11 0.00
80_H 82_L 0.85 0.11 0.00
129_A 54_Y 0.85 0.11 0.00
102_S 179_Y 0.85 0.11 0.00
121_T 127_T 0.85 0.11 0.00
263_Y 278_M 0.85 0.11 0.00
132_A 9_S 0.85 0.11 0.00
80_H 433_L 0.85 0.11 0.00
246_S 466_M 0.85 0.11 0.00
128_A 433_L 0.85 0.11 0.00
248_R 201_V 0.84 0.11 0.00
264_E 117_M 0.84 0.11 0.00
108_E 222_P 0.84 0.11 0.00
262_T 105_L 0.84 0.11 0.00
247_G 49_G 0.84 0.11 0.00
247_G 310_M 0.84 0.11 0.00
225_I 105_L 0.84 0.11 0.00
159_I 293_F 0.84 0.11 0.00
171_G 222_P 0.84 0.11 0.00
105_E 111_L 0.84 0.11 0.00
124_G 109_L 0.83 0.11 0.00
245_A 449_T 0.83 0.11 0.00
87_D 144_D 0.83 0.11 0.00
127_Y 507_E 0.83 0.11 0.00
172_K 278_M 0.83 0.11 0.00
213_L 143_V 0.83 0.11 0.00
135_Q 220_F 0.83 0.11 0.00
84_K 406_D 0.83 0.11 0.00
120_V 9_S 0.83 0.11 0.00
86_P 450_W 0.83 0.11 0.00
70_L 54_Y 0.83 0.11 0.00
272_I 419_I 0.83 0.11 0.00
242_H 320_V 0.83 0.11 0.00
124_G 320_V 0.82 0.11 0.00
245_A 346_F 0.82 0.11 0.00
262_T 297_M 0.82 0.10 0.00
70_L 275_W 0.82 0.10 0.00
225_I 481_K 0.82 0.10 0.00
116_L 245_I 0.82 0.10 0.00
176_V 293_F 0.82 0.10 0.00
126_A 51_D 0.82 0.10 0.00
188_A 208_M 0.82 0.10 0.00
206_K 155_V 0.82 0.10 0.00
192_L 258_V 0.82 0.10 0.00
126_A 329_G 0.82 0.10 0.00
65_V 46_N 0.81 0.10 0.00
108_E 341_A 0.81 0.10 0.00
250_R 370_T 0.81 0.10 0.00
156_L 201_V 0.81 0.10 0.00
137_V 187_S 0.81 0.10 0.00
62_R 195_L 0.81 0.10 0.00
134_T 9_S 0.81 0.10 0.00
225_I 475_A 0.81 0.10 0.00
171_G 54_Y 0.81 0.10 0.00
133_V 161_A 0.81 0.10 0.00
103_S 190_I 0.81 0.10 0.00
242_H 417_M 0.81 0.10 0.00
198_P 460_I 0.81 0.10 0.00
230_D 67_F 0.81 0.10 0.00
115_Y 370_T 0.81 0.10 0.00
203_D 208_M 0.80 0.10 0.00
248_R 341_A 0.80 0.10 0.00
75_S 331_N 0.80 0.10 0.00
140_M 307_S 0.80 0.10 0.00
130_K 332_M 0.80 0.10 0.00
126_A 155_V 0.80 0.10 0.00
155_K 89_A 0.80 0.10 0.00
109_A 14_D 0.80 0.10 0.00
131_N 104_L 0.80 0.10 0.00
206_K 141_A 0.80 0.10 0.00
87_D 365_I 0.80 0.10 0.00
141_S 82_L 0.80 0.10 0.00
172_K 306_T 0.80 0.10 0.00
132_A 81_W 0.80 0.10 0.00
137_V 393_F 0.80 0.10 0.00
71_N 444_P 0.79 0.10 0.00
195_L 220_F 0.79 0.10 0.00
128_A 331_N 0.79 0.10 0.00
240_G 284_G 0.79 0.10 0.00
131_N 450_W 0.79 0.10 0.00
72_V 69_M 0.79 0.10 0.00
268_D 114_A 0.79 0.10 0.00
156_L 475_A 0.79 0.10 0.00
247_G 50_N 0.79 0.10 0.00
272_I 229_I 0.79 0.10 0.00
212_I 151_H 0.79 0.10 0.00
156_L 155_V 0.79 0.10 0.00
245_A 144_D 0.79 0.10 0.00
204_R 28_V 0.79 0.10 0.00
77_C 74_M 0.79 0.10 0.00
192_L 37_I 0.78 0.10 0.00
119_G 465_V 0.78 0.10 0.00
145_D 83_V 0.78 0.10 0.00
225_I 50_N 0.78 0.10 0.00
203_D 475_A 0.78 0.10 0.00
165_M 278_M 0.78 0.10 0.00
177_R 406_D 0.78 0.09 0.00
225_I 6_W 0.78 0.09 0.00
80_H 50_N 0.78 0.09 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
5351 0 isp_6_A_4_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-06, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed - Shared
5339 0.31 isp_4_A_6_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-04, 8) B:(1E-06, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.00 Done - Shared
5333 0.32 isp_4_A_4_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.00 Done - Shared
5327 0 isp_20_A_20 Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) Killed - Shared
Page generated in 0.0838 seconds.