May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
STK11_STRADA
Genes: A B A+B
Length: 433 234 619
Sequences: 6592 64273 50
Seq/Len: 15.22 274.67 0.08
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.61
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.04 0.10 0.01
2 0.05 0.11 0.02
5 0.05 0.16 0.04
10 0.06 0.19 0.05
20 0.08 0.21 0.07
100 0.14 0.27 0.14
∞ 0.20 0.28 0.16
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
177_I 124_A 1.66 0.23 0.00
196_G 205_G 1.64 0.22 0.00
237_D 188_P 1.63 0.21 0.00
248_I 17_I 1.56 0.19 0.00
78_K 200_D 1.47 0.17 0.00
176_D 200_D 1.47 0.17 0.00
181_N 200_D 1.47 0.17 0.00
299_S 109_M 1.45 0.16 0.00
301_R 206_I 1.43 0.16 0.00
262_K 191_L 1.42 0.16 0.00
194_D 155_G 1.38 0.15 0.00
178_K 40_T 1.35 0.14 0.00
105_L 139_K 1.34 0.14 0.00
78_K 20_G 1.34 0.14 0.00
176_D 20_G 1.34 0.14 0.00
181_N 20_G 1.34 0.14 0.00
178_K 139_K 1.33 0.14 0.00
49_Y 120_G 1.32 0.13 0.00
237_D 129_H 1.30 0.13 0.00
61_G 69_H 1.29 0.13 0.00
237_D 60_E 1.27 0.12 0.00
242_G 210_E 1.26 0.12 0.00
309_F 212_A 1.24 0.12 0.00
78_K 137_S 1.24 0.12 0.00
78_K 142_H 1.24 0.12 0.00
78_K 157_R 1.24 0.12 0.00
176_D 137_S 1.24 0.12 0.00
176_D 142_H 1.24 0.12 0.00
176_D 157_R 1.24 0.12 0.00
181_N 137_S 1.24 0.12 0.00
181_N 142_H 1.24 0.12 0.00
181_N 157_R 1.24 0.12 0.00
303_I 65_K 1.24 0.12 0.00
255_F 214_G 1.24 0.12 0.00
178_K 144_L 1.23 0.11 0.00
159_Q 69_H 1.23 0.11 0.00
174_H 205_G 1.23 0.11 0.00
78_K 60_E 1.22 0.11 0.00
176_D 60_E 1.22 0.11 0.00
181_N 60_E 1.22 0.11 0.00
196_G 200_D 1.21 0.11 0.00
139_M 60_E 1.20 0.11 0.00
219_F 188_P 1.20 0.11 0.00
286_L 101_I 1.19 0.11 0.00
174_H 200_D 1.18 0.10 0.00
237_D 200_D 1.18 0.10 0.00
168_H 20_G 1.18 0.10 0.00
108_K 156_L 1.18 0.10 0.00
78_K 189_E 1.17 0.10 0.00
176_D 189_E 1.17 0.10 0.00
181_N 189_E 1.17 0.10 0.00
194_D 200_D 1.17 0.10 0.00
78_K 42_R 1.17 0.10 0.00
176_D 42_R 1.17 0.10 0.00
181_N 42_R 1.17 0.10 0.00
194_D 144_L 1.17 0.10 0.00
194_D 139_K 1.17 0.10 0.00
110_V 28_N 1.16 0.10 0.00
195_L 156_L 1.16 0.10 0.00
78_K 129_H 1.16 0.10 0.00
176_D 129_H 1.16 0.10 0.00
181_N 129_H 1.16 0.10 0.00
249_T 220_D 1.16 0.10 0.00
78_K 135_H 1.16 0.10 0.00
176_D 135_H 1.16 0.10 0.00
181_N 135_H 1.16 0.10 0.00
111_I 124_A 1.15 0.10 0.00
242_G 27_V 1.15 0.10 0.00
216_S 40_T 1.14 0.10 0.00
367_T 132_G 1.14 0.10 0.00
58_G 200_D 1.13 0.10 0.00
66_V 140_A 1.13 0.10 0.00
222_P 203_S 1.13 0.10 0.00
195_L 201_I 1.13 0.10 0.00
182_L 214_G 1.12 0.10 0.00
139_M 155_G 1.12 0.10 0.00
286_L 73_V 1.12 0.09 0.00
297_R 203_S 1.11 0.09 0.00
175_K 155_G 1.11 0.09 0.00
76_A 144_L 1.11 0.09 0.00
177_I 79_F 1.10 0.09 0.00
198_A 75_Y 1.09 0.09 0.00
216_S 139_K 1.09 0.09 0.00
78_K 155_G 1.08 0.09 0.00
176_D 155_G 1.08 0.09 0.00
181_N 155_G 1.08 0.09 0.00
301_R 88_V 1.07 0.09 0.00
297_R 200_D 1.07 0.09 0.00
240_S 203_S 1.06 0.09 0.00
196_G 20_G 1.06 0.09 0.00
269_K 187_S 1.06 0.09 0.00
174_H 217_P 1.06 0.09 0.00
78_K 188_P 1.05 0.08 0.00
176_D 188_P 1.05 0.08 0.00
181_N 188_P 1.05 0.08 0.00
98_E 42_R 1.04 0.08 0.00
57_E 131_M 1.04 0.08 0.00
219_F 60_E 1.04 0.08 0.00
98_E 200_D 1.04 0.08 0.00
160_L 72_I 1.04 0.08 0.00
221_P 124_A 1.04 0.08 0.00
174_H 20_G 1.04 0.08 0.00
177_I 153_L 1.03 0.08 0.00
267_I 218_F 1.02 0.08 0.00
72_L 220_D 1.02 0.08 0.00
194_D 20_G 1.02 0.08 0.00
237_D 20_G 1.02 0.08 0.00
178_K 27_V 1.02 0.08 0.00
248_I 186_L 1.02 0.08 0.00
64_K 25_M 1.01 0.08 0.00
255_F 217_P 1.01 0.08 0.00
167_L 88_V 1.01 0.08 0.00
198_A 134_V 1.01 0.08 0.00
244_T 207_T 1.01 0.08 0.00
255_F 187_S 1.00 0.08 0.00
240_S 27_V 1.00 0.08 0.00
194_D 205_G 1.00 0.08 0.00
308_W 17_I 1.00 0.08 0.00
190_L 91_F 0.99 0.08 0.00
157_F 134_V 0.99 0.08 0.00
299_S 149_G 0.99 0.08 0.00
104_R 39_V 0.99 0.08 0.00
175_K 72_I 0.99 0.07 0.00
224_I 151_V 0.99 0.07 0.00
240_S 206_I 0.98 0.07 0.00
279_G 37_E 0.98 0.07 0.00
194_D 136_R 0.98 0.07 0.00
289_M 145_I 0.98 0.07 0.00
58_G 20_G 0.98 0.07 0.00
240_S 129_H 0.98 0.07 0.00
160_L 196_D 0.98 0.07 0.00
168_H 18_G 0.97 0.07 0.00
357_E 182_V 0.97 0.07 0.00
168_H 129_H 0.97 0.07 0.00
76_A 95_G 0.97 0.07 0.00
178_K 95_G 0.97 0.07 0.00
78_K 205_G 0.97 0.07 0.00
176_D 205_G 0.97 0.07 0.00
181_N 205_G 0.97 0.07 0.00
196_G 214_G 0.96 0.07 0.00
77_V 191_L 0.96 0.07 0.00
142_S 64_S 0.96 0.07 0.00
165_E 124_A 0.96 0.07 0.00
397_A 143_I 0.96 0.07 0.00
76_A 40_T 0.96 0.07 0.00
275_P 201_I 0.96 0.07 0.00
196_G 137_S 0.96 0.07 0.00
196_G 142_H 0.96 0.07 0.00
196_G 157_R 0.96 0.07 0.00
386_L 13_L 0.96 0.07 0.00
110_V 99_D 0.95 0.07 0.00
61_G 30_A 0.95 0.07 0.00
111_I 17_I 0.95 0.07 0.00
76_A 17_I 0.95 0.07 0.00
78_K 156_L 0.94 0.07 0.00
176_D 156_L 0.94 0.07 0.00
181_N 156_L 0.94 0.07 0.00
61_G 198_K 0.94 0.07 0.00
194_D 156_L 0.94 0.07 0.00
182_L 153_L 0.94 0.07 0.00
298_F 128_I 0.93 0.07 0.00
174_H 137_S 0.93 0.07 0.00
174_H 142_H 0.93 0.07 0.00
174_H 157_R 0.93 0.07 0.00
192_I 50_S 0.93 0.07 0.00
114_V 134_V 0.93 0.07 0.00
55_L 11_Y 0.93 0.07 0.00
286_L 77_A 0.93 0.07 0.00
339_P 196_D 0.93 0.07 0.00
362_Y 203_S 0.92 0.07 0.00
263_L 22_E 0.92 0.07 0.00
63_V 39_V 0.92 0.07 0.00
68_D 183_L 0.92 0.07 0.00
237_D 137_S 0.92 0.07 0.00
237_D 142_H 0.92 0.07 0.00
237_D 157_R 0.92 0.07 0.00
247_N 185_W 0.92 0.07 0.00
55_L 135_H 0.92 0.07 0.00
238_I 89_T 0.92 0.07 0.00
100_Q 57_L 0.92 0.07 0.00
104_R 201_I 0.91 0.07 0.00
194_D 137_S 0.91 0.07 0.00
194_D 142_H 0.91 0.07 0.00
194_D 157_R 0.91 0.07 0.00
288_G 133_Y 0.91 0.07 0.00
269_K 79_F 0.91 0.07 0.00
280_P 75_Y 0.91 0.07 0.00
393_N 201_I 0.91 0.07 0.00
219_F 94_Y 0.91 0.07 0.00
267_I 153_L 0.91 0.07 0.00
114_V 99_D 0.91 0.07 0.00
140_L 143_I 0.91 0.07 0.00
55_L 37_E 0.90 0.07 0.00
192_I 17_I 0.90 0.06 0.00
139_M 156_L 0.90 0.06 0.00
149_P 145_I 0.90 0.06 0.00
148_F 187_S 0.90 0.06 0.00
196_G 60_E 0.90 0.06 0.00
179_P 60_E 0.90 0.06 0.00
168_H 200_D 0.90 0.06 0.00
66_V 67_F 0.90 0.06 0.00
160_L 89_T 0.89 0.06 0.00
164_L 208_A 0.89 0.06 0.00
164_L 16_V 0.89 0.06 0.00
124_K 143_I 0.89 0.06 0.00
407_E 52_E 0.89 0.06 0.00
260_I 109_M 0.89 0.06 0.00
95_V 21_F 0.89 0.06 0.00
58_G 137_S 0.88 0.06 0.00
58_G 142_H 0.88 0.06 0.00
58_G 157_R 0.88 0.06 0.00
113_L 118_L 0.88 0.06 0.00
163_G 158_S 0.88 0.06 0.00
77_V 51_N 0.88 0.06 0.00
76_A 120_G 0.88 0.06 0.00
98_E 20_G 0.88 0.06 0.00
174_H 60_E 0.88 0.06 0.00
183_L 136_R 0.88 0.06 0.00
187_G 145_I 0.88 0.06 0.00
336_T 138_V 0.88 0.06 0.00
84_K 151_V 0.87 0.06 0.00
102_L 134_V 0.87 0.06 0.00
178_K 191_L 0.87 0.06 0.00
60_Y 205_G 0.87 0.06 0.00
66_V 48_A 0.87 0.06 0.00
196_G 42_R 0.87 0.06 0.00
51_M 72_I 0.87 0.06 0.00
275_P 135_H 0.86 0.06 0.00
113_L 75_Y 0.86 0.06 0.00
194_D 40_T 0.86 0.06 0.00
299_S 185_W 0.86 0.06 0.00
272_Y 97_A 0.86 0.06 0.00
55_L 160_L 0.86 0.06 0.00
297_R 20_G 0.86 0.06 0.00
127_M 95_G 0.86 0.06 0.00
194_D 60_E 0.86 0.06 0.00
77_V 183_L 0.86 0.06 0.00
164_L 22_E 0.86 0.06 0.00
198_A 189_E 0.86 0.06 0.00
303_I 92_M 0.86 0.06 0.00
320_V 203_S 0.85 0.06 0.00
58_G 97_A 0.85 0.06 0.00
267_I 125_L 0.85 0.06 0.00
128_V 110_N 0.85 0.06 0.00
396_E 203_S 0.85 0.06 0.00
371_Q 30_A 0.85 0.06 0.00
159_Q 91_F 0.85 0.06 0.00
78_K 18_G 0.85 0.06 0.00
176_D 18_G 0.85 0.06 0.00
181_N 18_G 0.85 0.06 0.00
165_E 120_G 0.85 0.06 0.00
194_D 185_W 0.85 0.06 0.00
124_K 31_R 0.85 0.06 0.00
182_L 31_R 0.85 0.06 0.00
172_I 187_S 0.85 0.06 0.00
190_L 136_R 0.85 0.06 0.00
245_L 101_I 0.85 0.06 0.00
135_G 35_T 0.85 0.06 0.00
344_L 138_V 0.84 0.06 0.00
174_H 42_R 0.84 0.06 0.00
63_V 27_V 0.84 0.06 0.00
270_G 158_S 0.84 0.06 0.00
264_F 191_L 0.84 0.06 0.00
58_G 60_E 0.84 0.06 0.00
198_A 148_D 0.84 0.06 0.00
78_K 27_V 0.84 0.06 0.00
176_D 27_V 0.84 0.06 0.00
181_N 27_V 0.84 0.06 0.00
365_D 220_D 0.84 0.06 0.00
196_G 189_E 0.84 0.06 0.00
77_V 94_Y 0.84 0.06 0.00
386_L 88_V 0.84 0.06 0.00
223_E 200_D 0.84 0.06 0.00
352_D 153_L 0.83 0.06 0.00
407_E 41_V 0.83 0.06 0.00
77_V 21_F 0.83 0.06 0.00
255_F 60_E 0.83 0.06 0.00
303_I 156_L 0.83 0.06 0.00
140_L 226_G 0.83 0.06 0.00
285_L 203_S 0.83 0.06 0.00
61_G 205_G 0.83 0.06 0.00
237_D 42_R 0.83 0.06 0.00
196_G 129_H 0.83 0.06 0.00
179_P 214_G 0.83 0.06 0.00
217_P 126_D 0.83 0.06 0.00
131_Y 127_Y 0.83 0.06 0.00
60_Y 141_S 0.83 0.06 0.00
130_E 96_S 0.83 0.06 0.00
104_R 204_V 0.83 0.06 0.00
158_C 190_V 0.83 0.06 0.00
194_D 42_R 0.83 0.06 0.00
242_G 200_D 0.83 0.06 0.00
276_G 124_A 0.83 0.06 0.00
198_A 54_V 0.82 0.06 0.00
75_R 151_V 0.82 0.06 0.00
133_V 202_Y 0.82 0.06 0.00
49_Y 117_I 0.82 0.06 0.00
270_G 217_P 0.82 0.06 0.00
174_H 129_H 0.82 0.06 0.00
143_V 122_L 0.82 0.06 0.00
219_F 143_I 0.82 0.06 0.00
387_P 159_N 0.82 0.06 0.00
174_H 189_E 0.82 0.06 0.00
194_D 72_I 0.82 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
WARNING: The input alignment may be corrupted!
  • Sequence A is very similar to Sequence B (HHΔ = 0.284), these maybe paralogs! HHΔ is a measure (0 to 1) of how different two alignments are (the larger the value the more different they are).
Page generated in 0.0784 seconds.