May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
3QXE(nthA-nthB)
Genes: A B A+B
Length: 210 217 420
Sequences: 486 481 418
Seq/Len: 2.31 2.22 1
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.90
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.98
2 0.00 0.00 0.98
5 0.00 0.00 0.98
10 0.00 0.00 0.98
20 0.00 0.00 0.98
100 0.01 0.00 0.98
∞ 0.03 0.03 0.98
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
43_M 35_S 2.37 0.99 0.96
160_I 203_D 2.00 0.96 0.88
149_E 16_V 1.77 0.90 0.77
29_E 32_T 1.75 0.89 0.75
38_V 36_L 1.53 0.79 0.57
72_Y 4_I 1.46 0.74 0.51
141_S 181_Q 1.45 0.73 0.50
192_V 16_V 1.34 0.65 0.39
139_M 39_A 1.28 0.59 0.33
92_V 41_L 1.26 0.58 0.32
92_V 55_I 1.26 0.58 0.32
200_T 137_V 1.23 0.55 0.29
166_T 94_G 1.20 0.52 0.26
65_K 181_Q 1.20 0.52 0.26
93_Q 49_D 1.18 0.50 0.24
160_I 200_S 1.18 0.50 0.24
23_L 7_T 1.17 0.49 0.24
93_Q 33_V 1.16 0.48 0.23
92_V 51_F 1.13 0.46 0.21
133_A 7_T 1.12 0.45 0.20
55_G 72_W 1.11 0.43 0.19
35_K 19_E 1.07 0.40 0.17
73_K 82_E 1.07 0.40 0.16
31_L 216_P 1.06 0.40 0.16
125_L 30_E 1.06 0.39 0.16
71_A 88_A 1.05 0.39 0.15
73_K 139_N 1.02 0.36 0.14
31_L 209_L 1.02 0.35 0.13
141_S 2_N 1.02 0.35 0.13
128_A 23_P 1.02 0.35 0.13
181_E 193_L 1.01 0.35 0.13
119_P 72_W 1.01 0.35 0.13
108_N 5_H 1.00 0.34 0.13
160_I 190_S 1.00 0.34 0.13
39_D 173_A 1.00 0.34 0.13
169_L 166_F 1.00 0.34 0.12
51_E 142_P 1.00 0.34 0.12
166_T 55_I 0.99 0.33 0.12
125_L 64_L 0.99 0.33 0.12
107_H 72_W 0.99 0.33 0.12
119_P 146_T 0.98 0.33 0.12
46_V 34_M 0.98 0.33 0.12
98_V 35_S 0.97 0.32 0.11
141_S 11_H 0.96 0.31 0.11
93_Q 79_L 0.96 0.31 0.11
51_E 26_R 0.96 0.31 0.11
167_A 210_W 0.96 0.31 0.10
163_W 5_H 0.95 0.30 0.10
149_E 209_L 0.95 0.30 0.10
186_E 156_W 0.95 0.30 0.10
62_V 14_G 0.95 0.30 0.10
51_E 133_D 0.94 0.30 0.10
163_W 185_T 0.94 0.29 0.10
93_Q 37_L 0.94 0.29 0.10
139_M 46_F 0.94 0.29 0.10
22_A 207_V 0.94 0.29 0.10
172_M 37_L 0.94 0.29 0.10
125_L 153_R 0.93 0.29 0.09
98_V 161_S 0.93 0.28 0.09
105_A 82_E 0.92 0.28 0.09
77_L 159_W 0.92 0.28 0.09
130_Y 146_T 0.92 0.28 0.09
148_A 133_D 0.92 0.27 0.09
183_Y 156_W 0.91 0.27 0.09
167_A 42_A 0.91 0.27 0.09
53_K 92_A 0.91 0.27 0.09
65_K 176_K 0.91 0.27 0.08
14_Y 53_H 0.91 0.27 0.08
25_V 70_E 0.90 0.27 0.08
165_T 146_T 0.90 0.26 0.08
23_L 50_E 0.90 0.26 0.08
200_T 148_M 0.89 0.26 0.08
118_Y 72_W 0.89 0.26 0.08
87_L 121_R 0.89 0.25 0.08
54_V 133_D 0.89 0.25 0.08
158_K 86_L 0.89 0.25 0.07
141_S 141_N 0.88 0.25 0.07
100_L 152_T 0.88 0.25 0.07
92_V 46_F 0.88 0.25 0.07
187_Q 136_R 0.88 0.24 0.07
193_T 153_R 0.88 0.24 0.07
37_L 40_L 0.87 0.24 0.07
156_A 197_D 0.87 0.24 0.07
38_V 85_V 0.87 0.24 0.07
125_L 2_N 0.87 0.24 0.07
148_A 215_E 0.87 0.24 0.07
16_A 182_H 0.87 0.24 0.07
30_S 30_E 0.87 0.24 0.07
12_D 24_V 0.86 0.24 0.07
104_P 88_A 0.86 0.24 0.07
81_T 23_P 0.86 0.23 0.07
78_A 156_W 0.86 0.23 0.07
176_E 90_E 0.86 0.23 0.07
134_A 159_W 0.86 0.23 0.07
137_S 86_L 0.86 0.23 0.07
28_L 91_V 0.85 0.23 0.07
58_N 149_P 0.85 0.23 0.07
8_D 131_V 0.85 0.23 0.06
142_D 200_S 0.85 0.23 0.06
154_I 54_S 0.84 0.22 0.06
38_V 159_W 0.84 0.22 0.06
155_P 133_D 0.84 0.22 0.06
102_N 55_I 0.84 0.22 0.06
125_L 10_A 0.84 0.22 0.06
152_L 127_S 0.84 0.22 0.06
149_E 200_S 0.84 0.22 0.06
166_T 41_L 0.84 0.22 0.06
168_E 49_D 0.83 0.22 0.06
142_D 7_T 0.83 0.22 0.06
22_A 73_L 0.83 0.22 0.06
92_V 76_F 0.83 0.22 0.06
195_D 216_P 0.83 0.22 0.06
19_E 64_L 0.83 0.21 0.06
92_V 71_H 0.83 0.21 0.06
38_V 43_N 0.83 0.21 0.06
104_P 135_V 0.83 0.21 0.06
166_T 51_F 0.83 0.21 0.06
121_P 154_A 0.82 0.21 0.06
149_E 20_P 0.82 0.21 0.06
14_Y 143_V 0.82 0.21 0.06
31_L 93_T 0.81 0.21 0.05
6_T 175_G 0.81 0.21 0.05
74_A 105_V 0.81 0.20 0.05
96_D 183_V 0.81 0.20 0.05
160_I 67_T 0.81 0.20 0.05
65_K 20_P 0.81 0.20 0.05
190_E 196_Q 0.81 0.20 0.05
26_K 70_E 0.81 0.20 0.05
143_P 72_W 0.81 0.20 0.05
201_G 180_P 0.81 0.20 0.05
141_S 4_I 0.81 0.20 0.05
150_F 164_V 0.80 0.20 0.05
71_A 131_V 0.80 0.20 0.05
14_Y 91_V 0.80 0.20 0.05
125_L 13_Y 0.80 0.20 0.05
193_T 134_K 0.80 0.20 0.05
17_P 203_D 0.80 0.20 0.05
30_S 33_V 0.80 0.20 0.05
8_D 5_H 0.80 0.19 0.05
49_T 108_P 0.79 0.19 0.05
108_N 117_P 0.79 0.19 0.05
55_G 208_D 0.79 0.19 0.05
125_L 3_G 0.79 0.19 0.05
95_E 118_G 0.79 0.19 0.05
50_Y 72_W 0.79 0.19 0.05
169_L 161_S 0.79 0.19 0.05
165_T 72_W 0.79 0.19 0.05
160_I 69_Y 0.79 0.19 0.05
100_L 203_D 0.78 0.19 0.05
197_M 32_T 0.78 0.19 0.04
193_T 159_W 0.78 0.19 0.04
97_M 208_D 0.78 0.18 0.04
98_V 7_T 0.78 0.18 0.04
28_L 153_R 0.78 0.18 0.04
200_T 106_L 0.78 0.18 0.04
122_T 203_D 0.78 0.18 0.04
108_N 160_S 0.78 0.18 0.04
70_P 158_Q 0.77 0.18 0.04
22_A 166_F 0.77 0.18 0.04
161_R 26_R 0.77 0.18 0.04
166_T 34_M 0.77 0.18 0.04
165_T 159_W 0.77 0.18 0.04
95_E 177_G 0.77 0.18 0.04
99_I 159_W 0.77 0.18 0.04
108_N 76_F 0.77 0.18 0.04
43_M 85_V 0.77 0.18 0.04
81_T 20_P 0.77 0.18 0.04
68_V 134_K 0.76 0.18 0.04
78_A 165_C 0.76 0.18 0.04
99_I 42_A 0.76 0.18 0.04
149_E 35_S 0.76 0.18 0.04
80_A 46_F 0.76 0.18 0.04
205_Q 216_P 0.76 0.17 0.04
79_D 212_D 0.76 0.17 0.04
29_E 15_P 0.76 0.17 0.04
37_L 43_N 0.76 0.17 0.04
84_I 149_P 0.76 0.17 0.04
181_E 190_S 0.75 0.17 0.04
132_A 210_W 0.75 0.17 0.04
68_V 89_T 0.75 0.17 0.04
50_Y 51_F 0.75 0.17 0.04
72_Y 34_M 0.74 0.17 0.04
157_N 42_A 0.74 0.17 0.04
55_G 146_T 0.74 0.16 0.04
34_E 94_G 0.74 0.16 0.04
205_Q 156_W 0.74 0.16 0.04
100_L 206_R 0.74 0.16 0.04
174_L 152_T 0.74 0.16 0.04
77_L 204_T 0.74 0.16 0.04
121_P 119_L 0.73 0.16 0.04
35_K 90_E 0.73 0.16 0.04
85_A 105_V 0.73 0.16 0.04
23_L 71_H 0.73 0.16 0.04
21_I 71_H 0.73 0.16 0.04
42_A 164_V 0.73 0.16 0.04
52_H 162_T 0.73 0.16 0.04
11_H 159_W 0.73 0.16 0.04
185_E 194_W 0.73 0.16 0.03
174_L 182_H 0.73 0.16 0.03
120_W 69_Y 0.73 0.16 0.03
34_E 158_Q 0.73 0.16 0.03
74_A 198_A 0.73 0.16 0.03
163_W 76_F 0.73 0.16 0.03
34_E 64_L 0.73 0.16 0.03
108_N 168_T 0.72 0.16 0.03
72_Y 66_G 0.72 0.16 0.03
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.0294 seconds.