May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
accD-accA
Genes: A B A+B
Length: 304 319 534
Sequences: 9654 8115 105
Seq/Len: 31.76 25.44 0.2
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.94
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.09 0.01 0.16
2 0.09 0.01 0.17
5 0.09 0.01 0.17
10 0.09 0.01 0.17
20 0.09 0.01 0.17
100 0.11 0.02 0.18
∞ 0.16 0.07 0.22
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
181_S 185_L 1.65 0.40 0.00
230_P 253_I 1.64 0.40 0.00
207_S 178_S 1.63 0.39 0.00
181_S 144_L 1.58 0.36 0.00
270_L 171_G 1.57 0.36 0.00
219_A 193_V 1.54 0.34 0.00
266_M 95_Y 1.46 0.30 0.00
69_S 112_P 1.43 0.28 0.00
237_V 96_A 1.38 0.26 0.00
270_L 106_A 1.35 0.25 0.00
31_G 290_L 1.33 0.24 0.00
240_K 243_K 1.33 0.24 0.00
131_G 228_I 1.31 0.23 0.00
23_V 168_P 1.29 0.22 0.00
113_G 158_I 1.29 0.22 0.00
144_R 174_E 1.28 0.22 0.00
147_E 310_Y 1.27 0.21 0.00
131_G 239_K 1.26 0.21 0.00
40_E 162_D 1.26 0.21 0.00
131_G 233_C 1.25 0.21 0.00
55_M 102_V 1.25 0.20 0.00
136_S 118_H 1.25 0.20 0.00
52_H 162_D 1.24 0.20 0.00
109_V 79_V 1.24 0.20 0.00
230_P 118_H 1.23 0.20 0.00
61_L 81_L 1.23 0.20 0.00
25_T 63_I 1.23 0.20 0.00
217_N 178_S 1.22 0.19 0.00
55_M 294_L 1.21 0.19 0.00
82_V 135_P 1.20 0.19 0.00
195_I 158_I 1.20 0.18 0.00
69_S 312_R 1.20 0.18 0.00
151_E 123_E 1.19 0.18 0.00
265_E 286_L 1.19 0.18 0.00
107_A 127_K 1.18 0.18 0.00
239_E 170_V 1.18 0.18 0.00
47_P 159_T 1.17 0.17 0.00
106_D 114_M 1.17 0.17 0.00
135_G 248_A 1.17 0.17 0.00
245_F 72_R 1.17 0.17 0.00
266_M 154_K 1.15 0.17 0.00
235_Q 188_M 1.14 0.17 0.00
192_L 212_G 1.14 0.17 0.00
131_G 114_M 1.14 0.17 0.00
97_S 158_I 1.14 0.17 0.00
102_T 191_L 1.14 0.17 0.00
47_P 253_I 1.13 0.16 0.00
264_P 296_D 1.13 0.16 0.00
122_A 115_I 1.13 0.16 0.00
238_R 122_R 1.13 0.16 0.00
102_T 243_K 1.13 0.16 0.00
93_D 307_N 1.12 0.16 0.00
222_K 257_R 1.12 0.16 0.00
172_M 257_R 1.12 0.16 0.00
106_D 155_M 1.12 0.16 0.00
125_F 74_Y 1.12 0.16 0.00
257_I 115_I 1.12 0.16 0.00
181_S 184_N 1.12 0.16 0.00
210_F 232_G 1.11 0.16 0.00
185_A 190_R 1.11 0.16 0.00
52_H 73_P 1.11 0.15 0.00
110_V 286_L 1.11 0.15 0.00
76_E 300_L 1.11 0.15 0.00
213_L 77_D 1.10 0.15 0.00
214_G 185_L 1.10 0.15 0.00
147_E 210_A 1.09 0.15 0.00
182_A 77_D 1.09 0.15 0.00
54_R 287_K 1.09 0.15 0.00
102_T 64_A 1.09 0.15 0.00
269_K 299_V 1.09 0.15 0.00
22_G 128_I 1.08 0.15 0.00
72_E 115_I 1.08 0.15 0.00
60_R 169_G 1.08 0.15 0.00
69_S 87_D 1.08 0.14 0.00
131_G 155_M 1.07 0.14 0.00
267_R 126_E 1.07 0.14 0.00
52_H 213_V 1.07 0.14 0.00
159_F 149_M 1.06 0.14 0.00
146_V 312_R 1.06 0.14 0.00
31_G 273_G 1.05 0.14 0.00
180_T 215_D 1.05 0.14 0.00
152_D 119_Q 1.05 0.14 0.00
120_V 290_L 1.05 0.14 0.00
81_D 294_L 1.05 0.14 0.00
76_E 115_I 1.04 0.14 0.00
200_D 178_S 1.04 0.14 0.00
212_M 235_S 1.04 0.14 0.00
237_V 134_M 1.04 0.13 0.00
77_L 190_R 1.04 0.13 0.00
61_L 105_I 1.04 0.13 0.00
256_A 233_C 1.04 0.13 0.00
192_L 239_K 1.04 0.13 0.00
141_R 79_V 1.04 0.13 0.00
277_L 149_M 1.03 0.13 0.00
136_S 123_E 1.03 0.13 0.00
188_Q 227_V 1.03 0.13 0.00
214_G 83_F 1.03 0.13 0.00
254_K 188_M 1.02 0.13 0.00
143_V 227_V 1.02 0.13 0.00
137_V 74_Y 1.02 0.13 0.00
97_S 241_A 1.01 0.13 0.00
274_L 224_T 1.01 0.13 0.00
196_S 134_M 1.01 0.13 0.00
148_Q 102_V 1.01 0.12 0.00
262_R 124_T 1.01 0.12 0.00
212_M 192_G 1.00 0.12 0.00
202_T 232_G 1.00 0.12 0.00
44_E 117_G 1.00 0.12 0.00
55_M 283_A 1.00 0.12 0.00
259_M 87_D 1.00 0.12 0.00
148_Q 119_Q 1.00 0.12 0.00
112_K 102_V 1.00 0.12 0.00
76_E 106_A 1.00 0.12 0.00
39_L 192_G 1.00 0.12 0.00
189_E 190_R 1.00 0.12 0.00
203_M 189_S 1.00 0.12 0.00
64_L 227_V 1.00 0.12 0.00
244_G 162_D 1.00 0.12 0.00
254_K 77_D 1.00 0.12 0.00
186_K 256_P 0.99 0.12 0.00
245_F 138_E 0.99 0.12 0.00
273_I 277_R 0.99 0.12 0.00
33_V 253_I 0.99 0.12 0.00
67_E 100_A 0.99 0.12 0.00
135_G 97_D 0.99 0.12 0.00
250_F 78_Y 0.99 0.12 0.00
256_A 114_M 0.99 0.12 0.00
225_I 192_G 0.99 0.12 0.00
152_D 199_V 0.99 0.12 0.00
132_G 165_G 0.98 0.12 0.00
22_G 226_S 0.98 0.12 0.00
193_P 79_V 0.98 0.12 0.00
127_F 127_K 0.98 0.12 0.00
21_E 100_A 0.98 0.12 0.00
189_E 106_A 0.98 0.12 0.00
128_A 294_L 0.97 0.12 0.00
23_V 197_C 0.97 0.12 0.00
194_Y 217_V 0.97 0.12 0.00
200_D 287_K 0.97 0.12 0.00
265_E 269_P 0.97 0.12 0.00
45_V 199_V 0.97 0.12 0.00
80_K 257_R 0.97 0.12 0.00
256_A 178_S 0.97 0.12 0.00
37_A 136_A 0.97 0.12 0.00
256_A 228_I 0.97 0.12 0.00
131_G 149_M 0.96 0.12 0.00
218_I 127_K 0.96 0.12 0.00
192_L 217_V 0.96 0.11 0.00
195_I 101_I 0.96 0.11 0.00
159_F 155_M 0.96 0.11 0.00
200_D 217_V 0.96 0.11 0.00
122_A 279_P 0.96 0.11 0.00
47_P 243_K 0.96 0.11 0.00
35_Y 119_Q 0.96 0.11 0.00
241_L 72_R 0.96 0.11 0.00
22_G 264_I 0.96 0.11 0.00
192_L 82_A 0.96 0.11 0.00
210_F 228_I 0.96 0.11 0.00
131_G 251_M 0.96 0.11 0.00
141_R 264_I 0.96 0.11 0.00
212_M 218_N 0.95 0.11 0.00
237_V 66_L 0.95 0.11 0.00
212_M 168_P 0.95 0.11 0.00
245_F 255_A 0.95 0.11 0.00
124_A 242_D 0.95 0.11 0.00
261_V 246_L 0.95 0.11 0.00
187_M 212_G 0.95 0.11 0.00
180_T 167_Y 0.95 0.11 0.00
130_M 312_R 0.95 0.11 0.00
183_A 180_A 0.95 0.11 0.00
52_H 199_V 0.95 0.11 0.00
123_A 276_H 0.95 0.11 0.00
257_I 186_R 0.95 0.11 0.00
190_R 283_A 0.95 0.11 0.00
200_D 199_V 0.94 0.11 0.00
193_P 128_I 0.94 0.11 0.00
81_D 128_I 0.94 0.11 0.00
266_M 101_I 0.94 0.11 0.00
193_P 125_K 0.94 0.11 0.00
157_I 283_A 0.94 0.11 0.00
219_A 95_Y 0.93 0.11 0.00
120_V 136_A 0.93 0.11 0.00
86_R 117_G 0.93 0.11 0.00
90_K 124_T 0.93 0.11 0.00
106_D 149_M 0.93 0.11 0.00
104_E 183_R 0.93 0.11 0.00
128_A 292_A 0.93 0.10 0.00
75_S 108_L 0.93 0.10 0.00
113_G 96_A 0.93 0.10 0.00
160_S 159_T 0.93 0.10 0.00
50_D 96_A 0.92 0.10 0.00
113_G 245_P 0.92 0.10 0.00
152_D 76_L 0.92 0.10 0.00
234_E 215_D 0.92 0.10 0.00
147_E 314_M 0.92 0.10 0.00
236_T 165_G 0.92 0.10 0.00
93_D 286_L 0.91 0.10 0.00
108_L 127_K 0.91 0.10 0.00
132_G 128_I 0.91 0.10 0.00
132_G 66_L 0.91 0.10 0.00
138_V 169_G 0.91 0.10 0.00
270_L 79_V 0.91 0.10 0.00
137_V 174_E 0.91 0.10 0.00
26_K 298_D 0.91 0.10 0.00
148_Q 76_L 0.91 0.10 0.00
102_T 247_A 0.91 0.10 0.00
203_M 112_P 0.90 0.10 0.00
250_F 162_D 0.90 0.10 0.00
180_T 195_V 0.90 0.10 0.00
109_V 227_V 0.90 0.10 0.00
55_M 279_P 0.90 0.10 0.00
159_F 114_M 0.90 0.10 0.00
256_A 155_M 0.90 0.10 0.00
270_L 222_Y 0.90 0.10 0.00
190_R 276_H 0.90 0.10 0.00
269_K 267_I 0.90 0.10 0.00
159_F 251_M 0.89 0.10 0.00
170_A 152_R 0.89 0.10 0.00
24_W 283_A 0.89 0.10 0.00
203_M 233_C 0.89 0.10 0.00
216_L 282_M 0.89 0.10 0.00
85_F 139_G 0.89 0.10 0.00
94_R 127_K 0.89 0.10 0.00
254_K 300_L 0.89 0.10 0.00
202_T 228_I 0.89 0.10 0.00
237_V 257_R 0.88 0.10 0.00
51_H 59_G 0.88 0.10 0.00
102_T 238_W 0.88 0.10 0.00
34_L 223_S 0.88 0.10 0.00
40_E 73_P 0.88 0.10 0.00
196_S 162_D 0.88 0.10 0.00
48_K 111_R 0.88 0.10 0.00
127_F 228_I 0.88 0.10 0.00
146_V 275_A 0.88 0.10 0.00
186_K 310_Y 0.88 0.10 0.00
244_G 184_N 0.88 0.10 0.00
251_L 61_W 0.88 0.10 0.00
152_D 66_L 0.88 0.09 0.00
102_T 159_T 0.87 0.09 0.00
273_I 315_S 0.87 0.09 0.00
130_M 108_L 0.87 0.09 0.00
243_P 192_G 0.87 0.09 0.00
69_S 183_R 0.87 0.09 0.00
61_L 193_V 0.87 0.09 0.00
212_M 108_L 0.87 0.09 0.00
58_R 95_Y 0.86 0.09 0.00
83_L 269_P 0.86 0.09 0.00
273_I 89_L 0.86 0.09 0.00
161_A 303_E 0.86 0.09 0.00
182_A 189_S 0.86 0.09 0.00
45_V 162_D 0.86 0.09 0.00
172_M 263_L 0.86 0.09 0.00
160_S 301_S 0.86 0.09 0.00
172_M 216_K 0.86 0.09 0.00
54_R 267_I 0.85 0.09 0.00
38_E 84_D 0.85 0.09 0.00
216_L 214_G 0.85 0.09 0.00
113_G 273_G 0.85 0.09 0.00
214_G 144_L 0.85 0.09 0.00
123_A 123_E 0.85 0.09 0.00
196_S 193_V 0.85 0.09 0.00
277_L 155_M 0.85 0.09 0.00
235_Q 238_W 0.85 0.09 0.00
257_I 199_V 0.85 0.09 0.00
21_E 124_T 0.85 0.09 0.00
60_R 232_G 0.85 0.09 0.00
72_E 265_D 0.85 0.09 0.00
262_R 297_L 0.85 0.09 0.00
182_A 128_I 0.85 0.09 0.00
245_F 131_N 0.85 0.09 0.00
33_V 122_R 0.84 0.09 0.00
247_R 123_E 0.84 0.09 0.00
37_A 223_S 0.84 0.09 0.00
157_I 256_P 0.84 0.09 0.00
127_F 96_A 0.84 0.09 0.00
151_E 128_I 0.84 0.09 0.00
136_S 243_K 0.84 0.09 0.00
265_E 125_K 0.84 0.09 0.00
210_F 172_A 0.84 0.09 0.00
147_E 177_Q 0.83 0.09 0.00
244_G 253_I 0.83 0.09 0.00
59_N 265_D 0.83 0.09 0.00
23_V 126_E 0.83 0.09 0.00
64_L 289_Q 0.83 0.09 0.00
92_K 283_A 0.83 0.09 0.00
86_R 61_W 0.83 0.09 0.00
159_F 179_E 0.83 0.09 0.00
45_V 73_P 0.83 0.09 0.00
44_E 106_A 0.83 0.09 0.00
93_D 151_E 0.83 0.09 0.00
277_L 114_M 0.83 0.09 0.00
112_K 259_K 0.83 0.09 0.00
54_R 212_G 0.82 0.08 0.00
180_T 162_D 0.82 0.08 0.00
111_M 90_A 0.82 0.08 0.00
245_F 175_R 0.82 0.08 0.00
186_K 177_Q 0.82 0.08 0.00
265_E 295_A 0.82 0.08 0.00
202_T 155_M 0.82 0.08 0.00
44_E 102_V 0.82 0.08 0.00
267_R 255_A 0.82 0.08 0.00
110_V 233_C 0.82 0.08 0.00
23_V 227_V 0.82 0.08 0.00
77_L 188_M 0.82 0.08 0.00
193_P 114_M 0.82 0.08 0.00
230_P 184_N 0.82 0.08 0.00
95_L 106_A 0.82 0.08 0.00
150_L 66_L 0.82 0.08 0.00
117_G 143_A 0.82 0.08 0.00
35_Y 287_K 0.82 0.08 0.00
190_R 151_E 0.82 0.08 0.00
99_Q 279_P 0.82 0.08 0.00
146_V 220_L 0.81 0.08 0.00
148_Q 214_G 0.81 0.08 0.00
260_I 171_G 0.81 0.08 0.00
90_K 157_I 0.81 0.08 0.00
144_R 305_L 0.81 0.08 0.00
230_P 195_V 0.81 0.08 0.00
95_L 168_P 0.81 0.08 0.00
85_F 305_L 0.81 0.08 0.00
180_T 193_V 0.81 0.08 0.00
56_T 241_A 0.81 0.08 0.00
136_S 162_D 0.81 0.08 0.00
270_L 302_T 0.81 0.08 0.00
62_H 159_T 0.81 0.08 0.00
145_A 275_A 0.81 0.08 0.00
203_M 169_G 0.81 0.08 0.00
194_Y 239_K 0.81 0.08 0.00
92_K 61_W 0.81 0.08 0.00
144_R 99_K 0.81 0.08 0.00
105_K 73_P 0.81 0.08 0.00
45_V 274_G 0.81 0.08 0.00
268_L 192_G 0.80 0.08 0.00
225_I 188_M 0.80 0.08 0.00
65_L 266_S 0.80 0.08 0.00
132_G 168_P 0.80 0.08 0.00
272_S 85_E 0.80 0.08 0.00
198_L 88_E 0.80 0.08 0.00
156_L 129_R 0.80 0.08 0.00
80_K 108_L 0.80 0.08 0.00
130_M 168_P 0.80 0.08 0.00
197_V 168_P 0.80 0.08 0.00
116_Y 115_I 0.80 0.08 0.00
74_G 264_I 0.80 0.08 0.00
202_T 172_A 0.80 0.08 0.00
217_N 120_K 0.80 0.08 0.00
70_L 305_L 0.80 0.08 0.00
158_C 295_A 0.80 0.08 0.00
54_R 184_N 0.80 0.08 0.00
55_M 224_T 0.80 0.08 0.00
72_E 117_G 0.80 0.08 0.00
144_R 247_A 0.80 0.08 0.00
247_R 189_S 0.80 0.08 0.00
80_K 295_A 0.80 0.08 0.00
127_F 239_K 0.80 0.08 0.00
62_H 301_S 0.80 0.08 0.00
37_A 117_G 0.80 0.08 0.00
108_L 219_M 0.80 0.08 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.0594 seconds.