May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
aN bO
Genes: A B A+B
Length: 199 215 376
Sequences: 713 569 512
Seq/Len: 3.58 2.65 1.36
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.89
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 1.24
2 0.00 0.00 1.24
5 0.00 0.00 1.24
10 0.00 0.00 1.24
20 0.00 0.00 1.24
100 0.00 0.00 1.24
∞ 0.00 0.00 1.24
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
73_E 78_R 3.55 1.00 1.00
39_V 38_G 3.10 1.00 1.00
43_Y 42_L 2.87 1.00 1.00
78_K 70_D 2.22 0.99 0.97
68_D 67_K 2.15 0.99 0.97
61_E 56_K 2.12 0.98 0.96
71_L 67_K 1.57 0.88 0.79
32_V 30_A 1.51 0.85 0.74
80_E 85_R 1.50 0.84 0.74
51_N 33_A 1.46 0.82 0.70
10_L 71_A 1.45 0.81 0.69
82_D 83_S 1.37 0.76 0.62
56_R 57_E 1.34 0.74 0.60
137_S 81_L 1.33 0.73 0.59
53_Q 57_E 1.32 0.72 0.57
58_T 9_N 1.31 0.71 0.56
54_S 53_Y 1.31 0.71 0.56
138_D 105_V 1.27 0.67 0.51
106_D 154_R 1.26 0.67 0.50
95_Q 94_Q 1.23 0.64 0.47
121_L 26_I 1.22 0.63 0.46
50_I 50_L 1.21 0.62 0.45
123_A 122_V 1.19 0.60 0.43
31_A 31_V 1.17 0.58 0.41
105_L 153_T 1.17 0.58 0.40
119_T 156_V 1.15 0.56 0.38
101_A 101_I 1.15 0.56 0.38
14_E 136_L 1.15 0.56 0.38
118_L 32_A 1.15 0.56 0.38
102_A 124_P 1.15 0.56 0.38
162_I 124_P 1.14 0.56 0.38
123_A 168_L 1.14 0.55 0.38
60_L 61_K 1.13 0.54 0.36
28_M 34_V 1.12 0.54 0.36
40_A 126_P 1.12 0.53 0.35
46_I 47_M 1.11 0.52 0.34
88_K 88_F 1.11 0.52 0.34
78_K 116_G 1.10 0.52 0.34
36_V 69_I 1.10 0.51 0.33
55_E 170_I 1.09 0.51 0.33
103_K 101_I 1.09 0.51 0.33
161_S 121_S 1.09 0.50 0.32
138_D 133_I 1.09 0.50 0.32
123_A 124_P 1.08 0.50 0.32
87_K 197_Q 1.08 0.50 0.32
40_A 36_G 1.08 0.49 0.31
23_Q 131_G 1.08 0.49 0.31
91_I 94_Q 1.07 0.49 0.30
35_G 31_V 1.07 0.49 0.30
41_A 55_A 1.07 0.48 0.30
131_L 21_P 1.06 0.48 0.30
123_A 199_K 1.05 0.47 0.29
141_V 51_E 1.05 0.46 0.28
67_L 165_L 1.04 0.45 0.27
151_T 150_S 1.03 0.45 0.27
182_K 32_A 1.03 0.45 0.27
145_M 87_A 1.03 0.44 0.26
161_S 122_V 1.03 0.44 0.26
76_K 171_A 1.02 0.44 0.26
71_L 71_A 1.02 0.44 0.26
144_M 124_P 1.02 0.44 0.26
116_T 18_L 1.02 0.44 0.26
50_I 28_L 1.02 0.43 0.25
37_A 126_P 1.02 0.43 0.25
88_K 84_I 1.01 0.43 0.25
139_N 98_D 1.01 0.42 0.24
90_K 77_L 1.00 0.42 0.24
157_P 136_L 0.99 0.41 0.23
30_G 52_E 0.99 0.41 0.23
101_A 88_F 0.99 0.40 0.23
12_Y 80_E 0.99 0.40 0.23
79_Q 169_K 0.99 0.40 0.23
25_K 36_G 0.99 0.40 0.23
87_K 80_E 0.98 0.40 0.22
77_L 88_F 0.98 0.40 0.22
56_R 11_D 0.98 0.40 0.22
37_A 140_I 0.98 0.39 0.22
51_N 56_K 0.97 0.39 0.22
118_L 124_P 0.97 0.39 0.21
147_A 54_E 0.97 0.39 0.21
48_N 25_F 0.97 0.39 0.21
43_Y 46_Q 0.97 0.39 0.21
132_S 167_S 0.96 0.38 0.20
95_Q 159_L 0.96 0.38 0.20
53_Q 50_L 0.96 0.37 0.20
146_R 112_G 0.96 0.37 0.20
15_E 76_N 0.95 0.37 0.20
145_M 102_P 0.95 0.37 0.20
56_R 50_L 0.95 0.36 0.19
107_S 133_I 0.95 0.36 0.19
182_K 29_L 0.94 0.36 0.19
145_M 101_I 0.94 0.35 0.19
142_A 45_S 0.94 0.35 0.18
134_R 70_D 0.93 0.35 0.18
5_I 166_E 0.93 0.35 0.18
84_F 198_A 0.93 0.35 0.18
59_L 61_K 0.93 0.35 0.18
130_R 9_N 0.93 0.35 0.18
20_K 164_T 0.92 0.34 0.18
34_T 52_E 0.92 0.34 0.17
18_K 71_A 0.92 0.33 0.17
163_K 149_I 0.91 0.33 0.17
30_G 66_Q 0.91 0.33 0.17
22_Q 25_F 0.91 0.33 0.16
129_Y 54_E 0.91 0.33 0.16
115_S 105_V 0.91 0.33 0.16
46_I 50_L 0.91 0.33 0.16
123_A 138_Y 0.91 0.33 0.16
161_S 123_M 0.90 0.32 0.16
108_L 185_S 0.90 0.32 0.16
139_N 168_L 0.90 0.32 0.16
97_K 109_H 0.90 0.32 0.16
130_R 36_G 0.90 0.32 0.16
24_F 94_Q 0.90 0.32 0.16
121_L 92_L 0.90 0.32 0.16
24_F 57_E 0.90 0.32 0.16
98_R 57_E 0.90 0.32 0.16
90_K 141_S 0.90 0.32 0.16
43_Y 149_I 0.90 0.32 0.16
25_K 50_L 0.90 0.32 0.15
26_T 32_A 0.90 0.32 0.15
117_Y 136_L 0.89 0.31 0.15
11_P 112_G 0.89 0.31 0.15
46_I 38_G 0.89 0.31 0.15
38_A 170_I 0.89 0.31 0.15
145_M 65_K 0.89 0.31 0.15
58_T 32_A 0.88 0.31 0.15
118_L 116_G 0.88 0.31 0.15
12_Y 18_L 0.88 0.31 0.15
160_L 102_P 0.88 0.30 0.14
7_I 144_G 0.88 0.30 0.14
42_T 51_E 0.88 0.30 0.14
91_I 88_F 0.88 0.30 0.14
131_L 201_V 0.88 0.30 0.14
143_A 34_V 0.88 0.30 0.14
113_P 92_L 0.87 0.30 0.14
10_L 144_G 0.87 0.30 0.14
76_K 52_E 0.87 0.30 0.14
24_F 153_T 0.87 0.29 0.14
141_V 87_A 0.87 0.29 0.14
121_L 125_Q 0.87 0.29 0.14
27_L 156_V 0.87 0.29 0.14
135_T 124_P 0.87 0.29 0.14
28_M 185_S 0.86 0.29 0.13
34_T 24_L 0.86 0.29 0.13
37_A 82_A 0.86 0.29 0.13
46_I 108_L 0.86 0.28 0.13
74_I 127_P 0.86 0.28 0.13
13_R 57_E 0.85 0.28 0.13
61_E 174_P 0.85 0.28 0.13
107_S 115_N 0.85 0.28 0.13
103_K 140_I 0.85 0.28 0.12
166_N 199_K 0.84 0.28 0.12
152_G 170_I 0.84 0.27 0.12
131_L 33_A 0.84 0.27 0.12
118_L 69_I 0.84 0.27 0.12
181_V 36_G 0.84 0.27 0.12
34_T 188_N 0.84 0.27 0.12
18_K 189_L 0.84 0.27 0.12
91_I 77_L 0.84 0.27 0.12
59_L 50_L 0.84 0.27 0.12
22_Q 37_L 0.84 0.27 0.12
182_K 31_V 0.84 0.27 0.12
138_D 163_I 0.84 0.27 0.12
29_Y 30_A 0.83 0.27 0.12
41_A 44_K 0.83 0.27 0.12
139_N 92_L 0.83 0.27 0.12
123_A 115_N 0.83 0.27 0.12
125_T 168_L 0.83 0.27 0.12
60_L 64_Y 0.83 0.27 0.12
33_L 56_K 0.83 0.27 0.12
121_L 78_R 0.83 0.26 0.12
85_L 29_L 0.83 0.26 0.12
50_I 53_Y 0.83 0.26 0.12
90_K 133_I 0.83 0.26 0.12
57_N 60_L 0.83 0.26 0.12
90_K 123_M 0.83 0.26 0.11
112_V 193_A 0.83 0.26 0.11
117_Y 189_L 0.83 0.26 0.11
145_M 90_I 0.83 0.26 0.11
112_V 123_M 0.82 0.26 0.11
37_A 33_A 0.82 0.26 0.11
141_V 101_I 0.82 0.26 0.11
32_V 204_L 0.82 0.26 0.11
66_H 63_T 0.82 0.26 0.11
121_L 117_L 0.82 0.26 0.11
43_Y 43_F 0.82 0.26 0.11
90_K 47_M 0.82 0.26 0.11
141_V 110_Q 0.82 0.26 0.11
15_E 165_L 0.82 0.26 0.11
117_Y 170_I 0.82 0.25 0.11
161_S 124_P 0.82 0.25 0.11
66_H 59_E 0.82 0.25 0.11
38_A 35_L 0.82 0.25 0.11
87_K 18_L 0.82 0.25 0.11
21_Q 39_Y 0.82 0.25 0.11
30_G 51_E 0.82 0.25 0.11
55_E 128_V 0.82 0.25 0.11
105_L 170_I 0.81 0.25 0.11
123_A 121_S 0.81 0.25 0.11
49_M 108_L 0.81 0.25 0.11
139_N 109_H 0.81 0.25 0.11
153_I 64_Y 0.81 0.25 0.11
100_Q 189_L 0.81 0.25 0.10
53_Q 11_D 0.81 0.25 0.10
33_L 139_S 0.81 0.25 0.10
42_T 47_M 0.81 0.25 0.10
60_L 57_E 0.81 0.25 0.10
88_K 77_L 0.81 0.25 0.10
28_M 27_A 0.81 0.25 0.10
80_E 125_Q 0.81 0.25 0.10
168_H 78_R 0.81 0.25 0.10
52_N 28_L 0.81 0.24 0.10
118_L 98_D 0.81 0.24 0.10
119_T 85_R 0.81 0.24 0.10
181_V 192_I 0.81 0.24 0.10
46_I 159_L 0.81 0.24 0.10
51_N 48_E 0.80 0.24 0.10
99_L 101_I 0.80 0.24 0.10
109_N 18_L 0.80 0.24 0.10
26_T 151_Q 0.80 0.24 0.10
104_I 109_H 0.80 0.24 0.10
79_Q 202_E 0.80 0.24 0.10
85_L 87_A 0.80 0.24 0.10
163_K 120_D 0.80 0.24 0.10
145_M 127_P 0.80 0.24 0.10
12_Y 166_E 0.79 0.24 0.10
110_E 103_N 0.79 0.23 0.10
33_L 20_L 0.79 0.23 0.10
17_N 77_L 0.79 0.23 0.10
68_D 57_E 0.79 0.23 0.10
22_Q 51_E 0.79 0.23 0.09
32_V 142_I 0.79 0.23 0.09
14_E 10_L 0.79 0.23 0.09
89_N 173_S 0.79 0.23 0.09
97_K 159_L 0.79 0.23 0.09
146_R 106_Q 0.79 0.23 0.09
154_F 162_I 0.78 0.23 0.09
155_K 148_Q 0.78 0.23 0.09
106_D 23_R 0.78 0.23 0.09
142_A 122_V 0.78 0.23 0.09
19_R 81_L 0.78 0.23 0.09
7_I 147_E 0.78 0.23 0.09
17_N 17_L 0.78 0.22 0.09
57_N 67_K 0.78 0.22 0.09
135_T 99_A 0.78 0.22 0.09
107_S 147_E 0.78 0.22 0.09
122_D 170_I 0.78 0.22 0.09
135_T 101_I 0.78 0.22 0.09
112_V 65_K 0.78 0.22 0.09
182_K 33_A 0.78 0.22 0.09
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.0558 seconds.