May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
cIII_cytb_20_cytc1_20_pd
Genes: A B A+B
Length: 440 263 680
Sequences: 3290 651 334
Seq/Len: 7.48 2.48 0.49
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.82
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.02 0.47
2 0.00 0.02 0.46
5 0.00 0.02 0.46
10 0.00 0.02 0.46
20 0.00 0.02 0.46
100 0.00 0.02 0.46
∞ 0.01 0.02 0.48
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
257_A 242_A 3.68 1.00 1.00
95_Y 221_E 1.74 0.73 0.60
63_I 193_D 1.63 0.65 0.50
261_V 235_V 1.63 0.65 0.50
84_M 221_E 1.52 0.57 0.40
242_L 256_I 1.49 0.55 0.36
81_E 221_E 1.47 0.53 0.34
110_I 201_T 1.43 0.51 0.31
261_V 195_V 1.38 0.46 0.27
214_W 46_Q 1.36 0.45 0.26
272_N 221_E 1.32 0.42 0.22
206_A 252_L 1.30 0.40 0.21
113_F 154_I 1.29 0.40 0.20
103_L 127_A 1.26 0.38 0.18
116_L 48_Q 1.19 0.33 0.14
261_V 239_I 1.17 0.31 0.13
364_K 187_A 1.15 0.30 0.12
136_Y 148_I 1.14 0.29 0.12
416_K 201_T 1.11 0.28 0.10
395_A 240_V 1.10 0.27 0.10
98_A 187_A 1.10 0.27 0.10
39_K 252_L 1.10 0.27 0.10
51_L 78_P 1.09 0.26 0.09
89_G 230_V 1.09 0.26 0.09
103_L 143_Q 1.08 0.26 0.09
291_H 221_E 1.08 0.26 0.09
360_R 72_L 1.08 0.26 0.09
96_L 63_G 1.07 0.25 0.09
88_N 246_Y 1.06 0.25 0.08
199_Y 205_V 1.06 0.24 0.08
281_I 153_Y 1.06 0.24 0.08
72_H 22_S 1.06 0.24 0.08
54_C 193_D 1.05 0.24 0.08
269_F 232_F 1.05 0.24 0.08
382_A 108_T 1.04 0.24 0.08
228_E 51_L 1.04 0.23 0.08
368_W 220_A 1.04 0.23 0.07
186_V 240_V 1.04 0.23 0.07
282_E 141_L 1.03 0.23 0.07
78_A 65_R 1.02 0.22 0.07
204_V 237_F 1.02 0.22 0.07
398_A 210_T 1.01 0.22 0.07
92_M 230_V 1.01 0.22 0.07
407_I 11_A 1.01 0.22 0.07
275_G 70_R 1.01 0.22 0.07
273_Y 54_Y 1.00 0.21 0.06
171_G 178_A 1.00 0.21 0.06
430_A 206_D 1.00 0.21 0.06
157_W 106_V 1.00 0.21 0.06
282_E 19_A 0.99 0.21 0.06
145_M 232_F 0.99 0.21 0.06
91_Y 230_V 0.98 0.20 0.06
51_L 77_G 0.98 0.20 0.06
395_A 7_P 0.98 0.20 0.06
251_K 249_N 0.97 0.20 0.06
107_A 223_K 0.97 0.20 0.06
255_A 249_N 0.97 0.20 0.06
393_A 67_V 0.97 0.20 0.06
308_F 46_Q 0.97 0.20 0.06
187_D 241_L 0.97 0.20 0.06
63_I 209_A 0.97 0.20 0.05
361_P 218_W 0.97 0.20 0.05
406_I 7_P 0.97 0.20 0.05
51_L 75_E 0.97 0.20 0.05
411_L 232_F 0.96 0.20 0.05
184_P 143_Q 0.96 0.19 0.05
54_C 208_M 0.95 0.19 0.05
209_V 181_G 0.95 0.19 0.05
298_F 77_G 0.95 0.19 0.05
418_D 111_F 0.95 0.19 0.05
286_L 199_D 0.95 0.19 0.05
244_F 241_L 0.95 0.19 0.05
369_L 96_D 0.95 0.19 0.05
27_S 85_V 0.95 0.19 0.05
51_L 143_Q 0.94 0.19 0.05
73_V 59_S 0.94 0.19 0.05
257_A 245_L 0.94 0.19 0.05
205_I 34_S 0.94 0.18 0.05
266_I 219_T 0.94 0.18 0.05
189_P 92_F 0.94 0.18 0.05
406_I 86_R 0.93 0.18 0.05
341_L 229_Q 0.93 0.18 0.04
359_Y 168_E 0.93 0.18 0.04
166_F 221_E 0.93 0.18 0.04
418_D 68_P 0.93 0.18 0.04
364_K 59_S 0.93 0.18 0.04
304_I 130_R 0.92 0.18 0.04
261_V 215_F 0.92 0.18 0.04
207_A 45_H 0.92 0.18 0.04
39_K 60_A 0.92 0.17 0.04
382_A 179_F 0.92 0.17 0.04
93_L 59_S 0.92 0.17 0.04
96_L 22_S 0.91 0.17 0.04
227_V 250_K 0.91 0.17 0.04
242_L 242_A 0.91 0.17 0.04
141_G 216_L 0.91 0.17 0.04
210_V 180_A 0.91 0.17 0.04
408_L 130_R 0.91 0.17 0.04
63_I 108_T 0.91 0.17 0.04
141_G 237_F 0.91 0.17 0.04
92_M 235_V 0.90 0.17 0.04
96_L 245_L 0.90 0.16 0.04
58_Q 214_A 0.90 0.16 0.04
216_F 63_G 0.89 0.16 0.04
47_W 140_G 0.89 0.16 0.04
364_K 213_A 0.89 0.16 0.04
337_F 131_A 0.89 0.16 0.04
422_Q 10_T 0.89 0.16 0.04
299_L 182_N 0.89 0.16 0.04
19_L 82_E 0.89 0.16 0.04
308_F 214_A 0.89 0.16 0.04
98_A 60_A 0.89 0.16 0.04
37_T 198_E 0.89 0.16 0.04
214_W 214_A 0.89 0.16 0.04
353_R 156_A 0.89 0.16 0.04
339_A 250_K 0.88 0.16 0.04
164_G 80_L 0.88 0.16 0.04
207_A 161_Y 0.88 0.16 0.04
222_N 180_A 0.88 0.16 0.04
292_I 221_E 0.88 0.16 0.04
192_N 228_K 0.88 0.16 0.04
12_K 243_A 0.88 0.16 0.04
228_E 84_Q 0.88 0.16 0.04
286_L 201_T 0.88 0.16 0.04
334_I 38_P 0.87 0.15 0.03
328_A 202_P 0.87 0.15 0.03
402_A 121_P 0.87 0.15 0.03
272_N 146_N 0.87 0.15 0.03
201_L 159_T 0.87 0.15 0.03
204_V 141_L 0.87 0.15 0.03
225_T 214_A 0.87 0.15 0.03
284_N 225_M 0.86 0.15 0.03
64_V 27_H 0.86 0.15 0.03
369_L 15_A 0.86 0.15 0.03
378_M 45_H 0.86 0.15 0.03
393_A 126_M 0.86 0.15 0.03
148_V 112_P 0.86 0.15 0.03
379_W 182_N 0.86 0.15 0.03
411_L 149_G 0.86 0.15 0.03
253_L 185_Q 0.86 0.15 0.03
409_P 109_D 0.86 0.15 0.03
274_L 56_E 0.86 0.15 0.03
228_E 254_Q 0.85 0.15 0.03
359_Y 22_S 0.85 0.15 0.03
172_V 110_H 0.85 0.15 0.03
418_D 165_E 0.85 0.15 0.03
269_F 236_I 0.85 0.15 0.03
80_V 53_V 0.85 0.15 0.03
339_A 73_A 0.85 0.15 0.03
207_A 232_F 0.85 0.15 0.03
136_Y 77_G 0.85 0.14 0.03
242_L 244_L 0.85 0.14 0.03
255_A 55_T 0.85 0.14 0.03
242_L 63_G 0.84 0.14 0.03
193_R 222_P 0.84 0.14 0.03
361_P 76_G 0.84 0.14 0.03
45_W 184_I 0.84 0.14 0.03
364_K 225_M 0.84 0.14 0.03
25_I 63_G 0.84 0.14 0.03
64_V 73_A 0.84 0.14 0.03
117_Y 172_V 0.84 0.14 0.03
408_L 170_G 0.84 0.14 0.03
73_V 213_A 0.84 0.14 0.03
263_F 237_F 0.84 0.14 0.03
21_R 10_T 0.84 0.14 0.03
262_V 203_A 0.84 0.14 0.03
94_R 221_E 0.83 0.14 0.03
280_Y 146_N 0.83 0.14 0.03
242_L 230_V 0.83 0.14 0.03
392_I 52_Q 0.83 0.14 0.03
78_A 113_T 0.83 0.14 0.03
207_A 136_P 0.83 0.14 0.03
334_I 110_H 0.83 0.14 0.03
429_N 69_L 0.83 0.14 0.03
216_F 147_G 0.83 0.14 0.03
419_A 127_A 0.83 0.14 0.03
369_L 22_S 0.83 0.14 0.03
51_L 221_E 0.83 0.14 0.03
339_A 114_V 0.83 0.14 0.03
158_G 48_Q 0.83 0.14 0.03
51_L 35_F 0.83 0.14 0.03
402_A 213_A 0.83 0.14 0.03
26_V 46_Q 0.82 0.14 0.03
258_V 198_E 0.82 0.14 0.03
117_Y 209_A 0.82 0.14 0.03
93_L 71_T 0.82 0.14 0.03
195_F 84_Q 0.82 0.14 0.03
164_G 76_G 0.82 0.14 0.03
186_V 96_D 0.82 0.14 0.03
286_L 130_R 0.82 0.14 0.03
385_A 194_Q 0.82 0.13 0.03
91_Y 139_T 0.82 0.13 0.03
284_N 154_I 0.82 0.13 0.03
9_Y 46_Q 0.82 0.13 0.03
430_A 20_G 0.81 0.13 0.03
339_A 72_L 0.81 0.13 0.03
282_E 65_R 0.81 0.13 0.03
203_F 209_A 0.81 0.13 0.03
6_H 248_T 0.81 0.13 0.03
410_L 243_A 0.81 0.13 0.03
216_F 178_A 0.81 0.13 0.03
199_Y 189_P 0.81 0.13 0.03
56_V 94_I 0.81 0.13 0.03
51_L 223_K 0.81 0.13 0.03
171_G 132_G 0.81 0.13 0.02
277_P 176_N 0.81 0.13 0.02
227_V 13_A 0.81 0.13 0.02
282_E 165_E 0.80 0.13 0.02
44_W 54_Y 0.80 0.13 0.02
308_F 216_L 0.80 0.13 0.02
204_V 101_E 0.80 0.13 0.02
19_L 158_L 0.80 0.13 0.02
54_C 23_H 0.80 0.13 0.02
39_K 8_G 0.80 0.13 0.02
359_Y 74_D 0.80 0.13 0.02
242_L 83_D 0.80 0.13 0.02
221_N 78_P 0.80 0.13 0.02
78_A 66_Y 0.79 0.13 0.02
418_D 213_A 0.79 0.13 0.02
375_V 94_I 0.79 0.13 0.02
50_V 33_F 0.79 0.12 0.02
176_I 100_E 0.79 0.12 0.02
35_I 63_G 0.79 0.12 0.02
278_D 219_T 0.79 0.12 0.02
60_A 105_R 0.79 0.12 0.02
254_F 242_A 0.79 0.12 0.02
355_R 110_H 0.79 0.12 0.02
265_A 147_G 0.79 0.12 0.02
284_N 170_G 0.79 0.12 0.02
37_T 21_D 0.79 0.12 0.02
358_Q 27_H 0.79 0.12 0.02
330_F 80_L 0.78 0.12 0.02
359_Y 173_L 0.78 0.12 0.02
49_I 223_K 0.78 0.12 0.02
259_V 155_H 0.78 0.12 0.02
127_V 46_Q 0.78 0.12 0.02
248_F 241_L 0.78 0.12 0.02
423_T 175_H 0.78 0.12 0.02
92_M 81_P 0.78 0.12 0.02
423_T 252_L 0.78 0.12 0.02
403_Y 152_E 0.78 0.12 0.02
106_L 143_Q 0.78 0.12 0.02
411_L 96_D 0.78 0.12 0.02
308_F 52_Q 0.78 0.12 0.02
61_T 244_L 0.78 0.12 0.02
383_M 187_A 0.78 0.12 0.02
282_E 66_Y 0.78 0.12 0.02
427_D 20_G 0.78 0.12 0.02
52_A 154_I 0.78 0.12 0.02
255_A 23_H 0.77 0.12 0.02
96_L 91_N 0.77 0.12 0.02
346_V 155_H 0.77 0.12 0.02
408_L 244_L 0.77 0.12 0.02
136_Y 241_L 0.77 0.12 0.02
407_I 69_L 0.77 0.12 0.02
320_W 184_I 0.77 0.12 0.02
367_F 46_Q 0.77 0.12 0.02
262_V 167_E 0.77 0.12 0.02
358_Q 19_A 0.77 0.12 0.02
186_V 92_F 0.77 0.12 0.02
20_H 196_T 0.77 0.12 0.02
195_F 193_D 0.77 0.12 0.02
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
5115 0.49 cIII_cytb_20_cytc1_20_pd Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 1.00 Done - Shared
5114 0.39 cIII_cytb_40_cytc1_40_pd Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.97 Done - Shared
5113 0.39 cIII_cytb_60_cytc1_60_pd Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 8) B:(1E-60, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.97 Done - Shared
Page generated in 0.0432 seconds.