May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
cIII_cytb_40_cytc1_40_pd
Genes: A B A+B
Length: 440 263 687
Sequences: 3285 570 270
Seq/Len: 7.47 2.17 0.39
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.82
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.02 0.37
2 0.00 0.02 0.38
5 0.00 0.02 0.38
10 0.00 0.02 0.38
20 0.00 0.02 0.38
100 0.00 0.02 0.38
∞ 0.01 0.02 0.38
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
257_A 242_A 2.86 0.98 0.97
95_Y 221_E 1.72 0.64 0.46
272_N 221_E 1.71 0.64 0.45
63_I 193_D 1.64 0.59 0.39
242_L 256_I 1.63 0.58 0.38
206_A 252_L 1.63 0.58 0.38
214_W 46_Q 1.47 0.47 0.25
84_M 221_E 1.43 0.44 0.22
51_L 77_G 1.40 0.42 0.20
110_I 201_T 1.32 0.36 0.15
242_L 83_D 1.30 0.35 0.14
204_V 237_F 1.30 0.35 0.14
98_A 187_A 1.29 0.34 0.14
382_A 108_T 1.29 0.34 0.14
395_A 240_V 1.29 0.34 0.14
364_K 187_A 1.28 0.33 0.13
103_L 127_A 1.28 0.33 0.13
156_F 220_A 1.21 0.29 0.10
286_L 199_D 1.20 0.29 0.10
393_A 67_V 1.18 0.27 0.09
187_D 241_L 1.17 0.27 0.09
73_V 59_S 1.17 0.27 0.09
411_L 232_F 1.16 0.26 0.08
364_K 225_M 1.12 0.24 0.07
63_I 209_A 1.09 0.23 0.06
51_L 143_Q 1.08 0.22 0.06
266_I 219_T 1.08 0.22 0.06
228_E 51_L 1.08 0.22 0.06
78_A 113_T 1.07 0.22 0.06
398_A 130_R 1.07 0.22 0.06
261_V 235_V 1.07 0.22 0.06
165_L 146_N 1.07 0.22 0.06
81_E 221_E 1.07 0.21 0.06
116_L 48_Q 1.07 0.21 0.06
199_Y 205_V 1.06 0.21 0.06
261_V 195_V 1.05 0.21 0.05
242_L 244_L 1.05 0.21 0.05
131_V 144_L 1.05 0.21 0.05
299_L 182_N 1.04 0.20 0.05
92_M 230_V 1.04 0.20 0.05
214_W 214_A 1.04 0.20 0.05
107_A 223_K 1.03 0.20 0.05
216_F 178_A 1.03 0.20 0.05
416_K 201_T 1.03 0.20 0.05
275_G 70_R 1.03 0.20 0.05
51_L 78_P 1.02 0.20 0.05
373_D 187_A 1.02 0.20 0.05
54_C 208_M 1.02 0.19 0.05
308_F 46_Q 1.02 0.19 0.05
282_E 65_R 1.02 0.19 0.05
273_Y 54_Y 1.02 0.19 0.04
225_T 214_A 1.02 0.19 0.04
136_Y 148_I 1.01 0.19 0.04
364_K 213_A 1.01 0.19 0.04
51_L 75_E 1.01 0.19 0.04
418_D 111_F 1.01 0.19 0.04
89_G 230_V 1.00 0.18 0.04
186_V 96_D 1.00 0.18 0.04
328_A 146_N 1.00 0.18 0.04
186_V 92_F 0.98 0.18 0.04
398_A 210_T 0.98 0.18 0.04
72_H 22_S 0.98 0.18 0.04
56_V 94_I 0.98 0.18 0.04
338_G 213_A 0.98 0.17 0.04
91_Y 230_V 0.98 0.17 0.04
299_L 135_G 0.98 0.17 0.04
225_T 250_K 0.98 0.17 0.04
405_L 47_L 0.98 0.17 0.04
78_A 65_R 0.97 0.17 0.04
408_L 130_R 0.97 0.17 0.04
430_A 206_D 0.97 0.17 0.04
258_V 198_E 0.97 0.17 0.04
357_G 249_N 0.97 0.17 0.04
113_F 154_I 0.97 0.17 0.04
269_F 236_I 0.97 0.17 0.04
369_L 15_A 0.97 0.17 0.04
63_I 108_T 0.97 0.17 0.04
39_K 252_L 0.96 0.17 0.04
54_C 193_D 0.96 0.17 0.04
411_L 149_G 0.96 0.17 0.04
239_K 105_R 0.96 0.17 0.04
25_I 240_V 0.96 0.17 0.04
92_M 235_V 0.96 0.17 0.03
368_W 220_A 0.96 0.17 0.03
205_I 34_S 0.96 0.17 0.03
39_K 60_A 0.96 0.17 0.03
148_V 112_P 0.96 0.17 0.03
307_A 64_L 0.96 0.17 0.03
96_L 63_G 0.95 0.17 0.03
334_I 110_H 0.95 0.16 0.03
282_E 141_L 0.95 0.16 0.03
157_W 106_V 0.95 0.16 0.03
284_N 170_G 0.95 0.16 0.03
242_L 230_V 0.95 0.16 0.03
92_M 81_P 0.95 0.16 0.03
382_A 179_F 0.95 0.16 0.03
171_G 132_G 0.95 0.16 0.03
277_P 221_E 0.94 0.16 0.03
51_L 47_L 0.94 0.16 0.03
99_N 221_E 0.94 0.16 0.03
12_K 243_A 0.94 0.16 0.03
282_E 19_A 0.94 0.16 0.03
199_Y 189_P 0.93 0.15 0.03
21_R 10_T 0.93 0.15 0.03
201_L 159_T 0.93 0.15 0.03
351_T 36_E 0.93 0.15 0.03
221_N 77_G 0.92 0.15 0.03
403_Y 198_E 0.92 0.15 0.03
91_Y 119_M 0.92 0.15 0.03
413_I 188_A 0.92 0.15 0.03
51_L 35_F 0.92 0.15 0.03
160_T 180_A 0.91 0.15 0.03
58_Q 69_L 0.91 0.15 0.03
342_V 132_G 0.91 0.15 0.03
189_P 208_M 0.91 0.15 0.03
272_N 107_P 0.91 0.15 0.03
282_E 165_E 0.90 0.15 0.03
58_Q 214_A 0.90 0.14 0.03
51_L 223_K 0.90 0.14 0.03
171_G 178_A 0.90 0.14 0.03
255_A 249_N 0.90 0.14 0.03
369_L 42_F 0.90 0.14 0.03
407_I 11_A 0.90 0.14 0.03
410_L 243_A 0.90 0.14 0.03
64_V 223_K 0.89 0.14 0.03
93_L 202_P 0.89 0.14 0.03
395_A 10_T 0.89 0.14 0.03
17_R 187_A 0.89 0.14 0.02
205_I 96_D 0.89 0.14 0.02
88_N 47_L 0.89 0.14 0.02
10_E 42_F 0.89 0.14 0.02
359_Y 74_D 0.88 0.14 0.02
207_A 45_H 0.88 0.14 0.02
265_A 142_S 0.87 0.14 0.02
255_A 55_T 0.87 0.14 0.02
176_I 203_A 0.87 0.14 0.02
418_D 68_P 0.87 0.14 0.02
359_Y 168_E 0.87 0.14 0.02
355_R 21_D 0.87 0.13 0.02
204_V 198_E 0.87 0.13 0.02
316_M 69_L 0.86 0.13 0.02
49_I 223_K 0.86 0.13 0.02
63_I 60_A 0.86 0.13 0.02
73_V 213_A 0.86 0.13 0.02
26_V 24_A 0.86 0.13 0.02
341_L 19_A 0.86 0.13 0.02
220_G 87_A 0.86 0.13 0.02
25_I 28_I 0.86 0.13 0.02
242_L 242_A 0.85 0.13 0.02
214_W 47_L 0.85 0.13 0.02
259_V 86_R 0.85 0.13 0.02
334_I 38_P 0.85 0.13 0.02
175_A 130_R 0.85 0.13 0.02
308_F 214_A 0.85 0.13 0.02
290_A 56_E 0.85 0.13 0.02
99_N 251_K 0.85 0.13 0.02
196_S 191_S 0.85 0.13 0.02
26_V 46_Q 0.84 0.13 0.02
281_I 153_Y 0.84 0.12 0.02
274_L 151_P 0.84 0.12 0.02
371_A 141_L 0.84 0.12 0.02
195_F 193_D 0.84 0.12 0.02
208_L 252_L 0.84 0.12 0.02
136_Y 241_L 0.84 0.12 0.02
260_L 52_Q 0.84 0.12 0.02
145_M 179_F 0.84 0.12 0.02
81_E 87_A 0.83 0.12 0.02
207_A 232_F 0.83 0.12 0.02
219_T 74_D 0.83 0.12 0.02
80_V 224_M 0.83 0.12 0.02
12_K 101_E 0.83 0.12 0.02
346_V 193_D 0.83 0.12 0.02
116_L 67_V 0.83 0.12 0.02
145_M 254_Q 0.83 0.12 0.02
385_A 224_M 0.83 0.12 0.02
269_F 244_L 0.82 0.12 0.02
227_V 188_A 0.82 0.12 0.02
172_V 59_S 0.82 0.12 0.02
260_L 196_T 0.82 0.12 0.02
204_V 141_L 0.82 0.12 0.02
341_L 144_L 0.82 0.12 0.02
262_V 203_A 0.82 0.12 0.02
383_M 187_A 0.82 0.12 0.02
139_M 70_R 0.82 0.12 0.02
176_I 100_E 0.82 0.12 0.02
380_V 142_S 0.82 0.12 0.02
9_Y 46_Q 0.82 0.12 0.02
245_W 252_L 0.81 0.12 0.02
244_F 241_L 0.81 0.12 0.02
353_R 156_A 0.81 0.12 0.02
406_I 86_R 0.81 0.12 0.02
207_A 188_A 0.81 0.12 0.02
27_S 226_D 0.81 0.12 0.02
395_A 15_A 0.81 0.12 0.02
37_T 21_D 0.81 0.12 0.02
165_L 147_G 0.81 0.12 0.02
32_T 69_L 0.81 0.12 0.02
269_F 232_F 0.81 0.12 0.02
286_L 105_R 0.81 0.12 0.02
80_V 53_V 0.81 0.12 0.02
60_A 74_D 0.81 0.11 0.02
272_N 56_E 0.81 0.11 0.02
382_A 188_A 0.81 0.11 0.02
364_K 59_S 0.81 0.11 0.02
402_A 42_F 0.81 0.11 0.02
30_Y 217_M 0.81 0.11 0.02
93_L 71_T 0.81 0.11 0.02
20_H 60_A 0.81 0.11 0.02
339_A 228_K 0.81 0.11 0.02
359_Y 22_S 0.80 0.11 0.02
324_G 219_T 0.80 0.11 0.02
339_A 151_P 0.80 0.11 0.02
186_V 240_V 0.80 0.11 0.02
172_V 110_H 0.80 0.11 0.02
341_L 243_A 0.80 0.11 0.02
189_P 182_N 0.80 0.11 0.02
201_L 81_P 0.80 0.11 0.02
47_W 140_G 0.80 0.11 0.02
52_A 154_I 0.80 0.11 0.02
193_R 222_P 0.80 0.11 0.01
395_A 105_R 0.80 0.11 0.01
277_P 143_Q 0.80 0.11 0.01
86_D 108_T 0.80 0.11 0.01
401_F 70_R 0.80 0.11 0.01
207_A 48_Q 0.80 0.11 0.01
291_H 221_E 0.79 0.11 0.01
284_N 81_P 0.79 0.11 0.01
84_M 128_K 0.79 0.11 0.01
225_T 252_L 0.79 0.11 0.01
78_A 66_Y 0.79 0.11 0.01
210_V 180_A 0.79 0.11 0.01
369_L 96_D 0.79 0.11 0.01
145_M 232_F 0.79 0.11 0.01
395_A 7_P 0.79 0.11 0.01
284_N 224_M 0.79 0.11 0.01
406_I 7_P 0.79 0.11 0.01
94_R 221_E 0.79 0.11 0.01
64_V 27_H 0.79 0.11 0.01
73_V 250_K 0.79 0.11 0.01
71_P 197_Y 0.79 0.11 0.01
20_H 172_V 0.78 0.11 0.01
99_N 217_M 0.78 0.11 0.01
145_M 82_E 0.78 0.11 0.01
164_G 71_T 0.78 0.11 0.01
353_R 178_A 0.78 0.11 0.01
426_E 213_A 0.78 0.11 0.01
186_V 98_E 0.78 0.11 0.01
378_M 45_H 0.78 0.11 0.01
420_M 119_M 0.78 0.11 0.01
242_L 63_G 0.78 0.11 0.01
28_L 217_M 0.78 0.11 0.01
311_D 187_A 0.78 0.11 0.01
261_V 239_I 0.78 0.11 0.01
135_I 57_V 0.77 0.10 0.01
61_T 244_L 0.77 0.10 0.01
379_W 182_N 0.77 0.10 0.01
261_V 234_S 0.77 0.10 0.01
293_V 70_R 0.77 0.10 0.01
375_V 60_A 0.77 0.10 0.01
250_I 220_A 0.77 0.10 0.01
317_L 119_M 0.77 0.10 0.01
245_W 256_I 0.77 0.10 0.01
82_H 85_V 0.77 0.10 0.01
93_L 98_E 0.77 0.10 0.01
9_Y 47_L 0.77 0.10 0.01
206_A 22_S 0.77 0.10 0.01
411_L 96_D 0.77 0.10 0.01
29_V 192_D 0.77 0.10 0.01
406_I 193_D 0.77 0.10 0.01
88_N 246_Y 0.77 0.10 0.01
93_L 59_S 0.77 0.10 0.01
394_L 35_F 0.77 0.10 0.01
299_L 241_L 0.77 0.10 0.01
50_V 223_K 0.77 0.10 0.01
276_H 56_E 0.76 0.10 0.01
256_L 171_A 0.76 0.10 0.01
64_V 77_G 0.76 0.10 0.01
255_A 242_A 0.76 0.10 0.01
33_L 69_L 0.76 0.10 0.01
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
5115 0.49 cIII_cytb_20_cytc1_20_pd Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 1.00 Done - Shared
5114 0.39 cIII_cytb_40_cytc1_40_pd Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.97 Done - Shared
5113 0.39 cIII_cytb_60_cytc1_60_pd Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 8) B:(1E-60, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.97 Done - Shared
Page generated in 0.0512 seconds.