May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
cIII_cytb_60_cytc1_60_pd
Genes: A B A+B
Length: 440 263 686
Sequences: 3220 561 268
Seq/Len: 7.32 2.13 0.39
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.81
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.02 0.37
2 0.00 0.02 0.37
5 0.00 0.02 0.37
10 0.00 0.02 0.37
20 0.00 0.02 0.37
100 0.00 0.02 0.37
∞ 0.00 0.02 0.38
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
257_A 242_A 2.86 0.98 0.97
272_N 221_E 1.74 0.66 0.48
95_Y 221_E 1.71 0.63 0.45
63_I 193_D 1.59 0.55 0.34
242_L 256_I 1.55 0.53 0.31
214_W 46_Q 1.52 0.50 0.28
206_A 252_L 1.45 0.45 0.23
84_M 221_E 1.43 0.44 0.22
204_V 237_F 1.28 0.34 0.13
286_L 199_D 1.27 0.33 0.13
395_A 240_V 1.24 0.31 0.11
98_A 187_A 1.24 0.31 0.11
242_L 83_D 1.22 0.30 0.10
364_K 187_A 1.22 0.30 0.10
282_E 65_R 1.21 0.29 0.10
382_A 108_T 1.21 0.29 0.10
393_A 67_V 1.17 0.27 0.08
156_F 220_A 1.16 0.26 0.08
411_L 232_F 1.16 0.26 0.08
187_D 241_L 1.14 0.25 0.07
110_I 201_T 1.14 0.25 0.07
225_T 214_A 1.13 0.25 0.07
73_V 59_S 1.13 0.24 0.07
364_K 213_A 1.12 0.24 0.07
51_L 78_P 1.09 0.23 0.06
103_L 127_A 1.09 0.22 0.06
405_L 47_L 1.06 0.21 0.05
299_L 135_G 1.06 0.21 0.05
116_L 48_Q 1.05 0.21 0.05
107_A 223_K 1.05 0.20 0.05
56_V 94_I 1.04 0.20 0.05
364_K 225_M 1.04 0.20 0.05
214_W 214_A 1.04 0.20 0.05
72_H 22_S 1.04 0.20 0.05
266_I 219_T 1.04 0.20 0.05
199_Y 205_V 1.03 0.20 0.05
51_L 75_E 1.03 0.20 0.05
92_M 230_V 1.03 0.20 0.05
416_K 201_T 1.03 0.20 0.05
54_C 208_M 1.03 0.20 0.05
63_I 209_A 1.02 0.19 0.05
418_D 111_F 1.01 0.19 0.04
113_F 154_I 1.01 0.19 0.04
261_V 195_V 1.01 0.19 0.04
299_L 182_N 1.01 0.19 0.04
39_K 252_L 1.01 0.19 0.04
307_A 64_L 1.00 0.18 0.04
225_T 250_K 0.98 0.18 0.04
171_G 132_G 0.98 0.17 0.04
25_I 28_I 0.98 0.17 0.04
261_V 235_V 0.98 0.17 0.04
78_A 113_T 0.98 0.17 0.04
54_C 193_D 0.97 0.17 0.04
216_F 178_A 0.97 0.17 0.04
242_L 244_L 0.97 0.17 0.04
92_M 81_P 0.97 0.17 0.04
262_V 144_L 0.96 0.17 0.04
282_E 66_Y 0.96 0.17 0.04
89_G 230_V 0.96 0.17 0.03
368_W 220_A 0.96 0.17 0.03
63_I 108_T 0.96 0.17 0.03
407_I 11_A 0.96 0.17 0.03
228_E 51_L 0.95 0.17 0.03
99_N 221_E 0.95 0.17 0.03
308_F 46_Q 0.95 0.17 0.03
51_L 35_F 0.95 0.16 0.03
157_W 106_V 0.95 0.16 0.03
373_D 187_A 0.95 0.16 0.03
206_A 235_V 0.94 0.16 0.03
91_Y 230_V 0.94 0.16 0.03
207_A 45_H 0.94 0.16 0.03
201_L 159_T 0.94 0.16 0.03
242_L 230_V 0.94 0.16 0.03
58_Q 69_L 0.94 0.16 0.03
205_I 34_S 0.94 0.16 0.03
357_G 249_N 0.94 0.16 0.03
92_M 235_V 0.94 0.16 0.03
78_A 65_R 0.94 0.16 0.03
88_N 47_L 0.93 0.16 0.03
411_L 149_G 0.93 0.16 0.03
186_V 92_F 0.93 0.16 0.03
51_L 47_L 0.93 0.16 0.03
239_K 105_R 0.93 0.15 0.03
398_A 210_T 0.93 0.15 0.03
189_P 208_M 0.93 0.15 0.03
12_K 243_A 0.92 0.15 0.03
81_E 221_E 0.92 0.15 0.03
339_A 228_K 0.92 0.15 0.03
255_A 249_N 0.92 0.15 0.03
275_G 70_R 0.92 0.15 0.03
375_V 60_A 0.92 0.15 0.03
39_K 60_A 0.92 0.15 0.03
411_L 96_D 0.92 0.15 0.03
395_A 10_T 0.92 0.15 0.03
402_A 42_F 0.92 0.15 0.03
186_V 96_D 0.92 0.15 0.03
219_T 74_D 0.92 0.15 0.03
334_I 110_H 0.91 0.15 0.03
148_V 112_P 0.91 0.15 0.03
359_Y 168_E 0.91 0.15 0.03
282_E 141_L 0.91 0.15 0.03
51_L 223_K 0.91 0.15 0.03
258_V 198_E 0.91 0.15 0.03
63_I 60_A 0.91 0.15 0.03
204_V 141_L 0.91 0.15 0.03
186_V 240_V 0.91 0.15 0.03
369_L 42_F 0.91 0.15 0.03
164_G 80_L 0.90 0.15 0.03
96_L 63_G 0.90 0.14 0.03
382_A 179_F 0.90 0.14 0.03
214_W 47_L 0.90 0.14 0.03
171_G 171_A 0.90 0.14 0.03
269_F 236_I 0.90 0.14 0.03
49_I 223_K 0.90 0.14 0.03
58_Q 214_A 0.90 0.14 0.03
136_Y 148_I 0.90 0.14 0.03
80_V 224_M 0.90 0.14 0.03
403_Y 198_E 0.90 0.14 0.03
410_L 243_A 0.90 0.14 0.03
408_L 130_R 0.90 0.14 0.03
45_W 80_L 0.89 0.14 0.03
260_L 196_T 0.89 0.14 0.02
282_E 19_A 0.89 0.14 0.02
116_L 67_V 0.89 0.14 0.02
369_L 15_A 0.89 0.14 0.02
277_P 221_E 0.89 0.14 0.02
6_H 220_A 0.89 0.14 0.02
413_I 188_A 0.89 0.14 0.02
160_T 180_A 0.88 0.14 0.02
64_V 223_K 0.88 0.14 0.02
204_V 198_E 0.88 0.14 0.02
207_A 48_Q 0.88 0.14 0.02
272_N 101_E 0.88 0.14 0.02
93_L 202_P 0.87 0.14 0.02
78_A 66_Y 0.87 0.14 0.02
255_A 55_T 0.87 0.13 0.02
145_M 179_F 0.87 0.13 0.02
25_I 240_V 0.87 0.13 0.02
171_G 178_A 0.86 0.13 0.02
196_S 191_S 0.86 0.13 0.02
9_Y 46_Q 0.86 0.13 0.02
199_Y 189_P 0.86 0.13 0.02
385_A 224_M 0.86 0.13 0.02
95_Y 101_E 0.86 0.13 0.02
51_L 77_G 0.86 0.13 0.02
172_V 110_H 0.86 0.13 0.02
430_A 206_D 0.86 0.13 0.02
383_M 187_A 0.85 0.13 0.02
176_I 203_A 0.85 0.13 0.02
205_I 96_D 0.85 0.13 0.02
227_V 188_A 0.85 0.13 0.02
351_T 36_E 0.85 0.13 0.02
54_C 148_I 0.85 0.13 0.02
316_M 69_L 0.85 0.13 0.02
44_W 237_F 0.85 0.13 0.02
290_A 56_E 0.85 0.13 0.02
99_N 251_K 0.85 0.13 0.02
26_V 46_Q 0.84 0.13 0.02
186_V 102_D 0.84 0.13 0.02
32_T 69_L 0.84 0.12 0.02
369_L 96_D 0.84 0.12 0.02
51_L 143_Q 0.84 0.12 0.02
145_M 254_Q 0.84 0.12 0.02
341_L 144_L 0.84 0.12 0.02
261_V 239_I 0.84 0.12 0.02
293_V 70_R 0.83 0.12 0.02
359_Y 74_D 0.83 0.12 0.02
277_P 148_I 0.83 0.12 0.02
60_A 74_D 0.83 0.12 0.02
189_P 182_N 0.83 0.12 0.02
273_Y 54_Y 0.83 0.12 0.02
282_E 165_E 0.83 0.12 0.02
255_A 242_A 0.83 0.12 0.02
46_I 78_P 0.83 0.12 0.02
185_A 105_R 0.82 0.12 0.02
216_F 63_G 0.82 0.12 0.02
84_M 128_K 0.82 0.12 0.02
5_P 88_Y 0.82 0.12 0.02
272_N 107_P 0.82 0.12 0.02
189_P 92_F 0.82 0.12 0.02
94_R 221_E 0.82 0.12 0.02
324_G 219_T 0.82 0.12 0.02
401_F 70_R 0.82 0.12 0.02
26_V 24_A 0.82 0.12 0.02
269_F 232_F 0.81 0.12 0.02
308_F 214_A 0.81 0.12 0.02
353_R 156_A 0.81 0.12 0.02
29_V 192_D 0.81 0.12 0.02
387_G 45_H 0.81 0.12 0.02
17_R 187_A 0.81 0.12 0.02
248_F 174_Y 0.81 0.12 0.02
187_D 209_A 0.81 0.12 0.02
221_N 78_P 0.81 0.12 0.02
195_F 193_D 0.81 0.12 0.02
418_D 68_P 0.81 0.12 0.02
210_V 180_A 0.81 0.12 0.02
145_M 82_E 0.81 0.12 0.02
30_Y 217_M 0.81 0.12 0.02
426_E 213_A 0.81 0.11 0.02
272_N 56_E 0.81 0.11 0.02
242_L 242_A 0.80 0.11 0.02
60_A 197_Y 0.80 0.11 0.02
379_W 182_N 0.80 0.11 0.02
341_L 74_D 0.80 0.11 0.02
145_M 232_F 0.80 0.11 0.02
298_F 143_Q 0.80 0.11 0.02
66_V 187_A 0.80 0.11 0.02
195_F 205_V 0.80 0.11 0.01
112_I 206_D 0.80 0.11 0.01
176_I 98_E 0.80 0.11 0.01
262_V 154_I 0.80 0.11 0.01
98_A 81_P 0.80 0.11 0.01
172_V 59_S 0.80 0.11 0.01
25_I 19_A 0.80 0.11 0.01
73_V 250_K 0.80 0.11 0.01
244_F 241_L 0.80 0.11 0.01
25_I 59_S 0.80 0.11 0.01
208_L 235_V 0.79 0.11 0.01
82_H 85_V 0.79 0.11 0.01
284_N 224_M 0.79 0.11 0.01
164_G 71_T 0.79 0.11 0.01
64_V 27_H 0.79 0.11 0.01
206_A 22_S 0.79 0.11 0.01
136_Y 241_L 0.79 0.11 0.01
393_A 223_K 0.79 0.11 0.01
355_R 21_D 0.79 0.11 0.01
20_H 60_A 0.79 0.11 0.01
359_Y 22_S 0.79 0.11 0.01
274_L 148_I 0.79 0.11 0.01
341_L 243_A 0.79 0.11 0.01
427_D 197_Y 0.79 0.11 0.01
99_N 217_M 0.79 0.11 0.01
73_V 213_A 0.79 0.11 0.01
36_P 181_G 0.79 0.11 0.01
334_I 38_P 0.78 0.11 0.01
27_S 226_D 0.78 0.11 0.01
403_Y 80_L 0.78 0.11 0.01
47_W 140_G 0.78 0.11 0.01
50_V 223_K 0.78 0.11 0.01
139_M 70_R 0.78 0.11 0.01
54_C 23_H 0.78 0.11 0.01
393_A 118_G 0.78 0.11 0.01
193_R 222_P 0.78 0.11 0.01
299_L 181_G 0.78 0.11 0.01
61_T 134_H 0.78 0.11 0.01
293_V 153_Y 0.78 0.11 0.01
406_I 193_D 0.78 0.11 0.01
281_I 153_Y 0.78 0.11 0.01
184_P 250_K 0.78 0.11 0.01
291_H 221_E 0.78 0.11 0.01
192_N 143_Q 0.78 0.11 0.01
20_H 172_V 0.78 0.11 0.01
9_Y 47_L 0.78 0.10 0.01
259_V 86_R 0.78 0.10 0.01
263_F 235_V 0.78 0.10 0.01
175_A 130_R 0.77 0.10 0.01
281_I 81_P 0.77 0.10 0.01
272_N 128_K 0.77 0.10 0.01
189_P 99_T 0.77 0.10 0.01
52_A 154_I 0.77 0.10 0.01
28_L 217_M 0.77 0.10 0.01
307_A 67_V 0.77 0.10 0.01
220_G 87_A 0.77 0.10 0.01
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
5115 0.49 cIII_cytb_20_cytc1_20_pd Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 1.00 Done - Shared
5114 0.39 cIII_cytb_40_cytc1_40_pd Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.97 Done - Shared
5113 0.39 cIII_cytb_60_cytc1_60_pd Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 8) B:(1E-60, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.97 Done - Shared
Page generated in 0.4438 seconds.