May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
cIV_A_20_C_20_pn
Genes: A B A+B
Length: 538 273 771
Sequences: 4187 2634 1639
Seq/Len: 7.78 9.65 2.13
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.81
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.00 0.11
2 0.01 0.00 0.38
5 0.02 0.00 1.63
10 0.02 0.00 1.83
20 0.03 0.00 1.94
100 0.04 0.00 1.97
∞ 0.08 0.00 2.02
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
224_G 103_A 3.83 1.00 1.00
235_F 35_M 2.18 1.00 0.98
117_L 21_A 2.09 0.99 0.98
117_L 20_G 1.77 0.97 0.94
168_F 28_L 1.56 0.94 0.88
7_F 18_F 1.37 0.87 0.77
237_T 200_L 1.37 0.86 0.77
298_A 262_L 1.24 0.78 0.65
172_V 24_A 1.23 0.77 0.65
190_N 85_G 1.23 0.77 0.65
294_L 103_A 1.23 0.77 0.64
103_H 90_F 1.21 0.75 0.63
185_I 92_L 1.17 0.72 0.58
240_F 103_A 1.16 0.71 0.58
100_M 165_E 1.14 0.69 0.55
394_A 260_V 1.11 0.66 0.52
172_V 28_L 1.08 0.63 0.48
526_T 21_A 1.07 0.62 0.47
175_A 62_M 1.06 0.61 0.46
124_C 25_F 1.01 0.56 0.41
26_V 8_Y 1.00 0.55 0.39
235_F 200_L 1.00 0.55 0.39
79_G 207_G 0.98 0.52 0.36
493_Y 34_W 0.96 0.49 0.34
175_A 268_I 0.95 0.48 0.33
375_V 183_V 0.94 0.47 0.32
529_T 5_N 0.94 0.47 0.32
173_S 182_G 0.93 0.46 0.31
127_A 25_F 0.92 0.46 0.30
408_I 5_N 0.92 0.46 0.30
378_S 19_F 0.92 0.45 0.30
527_F 6_H 0.90 0.43 0.28
175_A 24_A 0.88 0.41 0.26
527_F 191_Y 0.88 0.41 0.26
302_L 110_K 0.88 0.40 0.25
417_G 85_G 0.87 0.39 0.24
438_I 187_G 0.86 0.39 0.24
337_I 7_D 0.86 0.39 0.24
42_Q 245_V 0.86 0.39 0.24
281_F 103_A 0.86 0.39 0.24
304_F 95_M 0.86 0.38 0.24
349_G 240_T 0.86 0.38 0.24
291_P 113_L 0.85 0.37 0.23
117_L 64_G 0.85 0.37 0.23
301_I 154_A 0.85 0.37 0.23
432_H 52_L 0.84 0.36 0.22
364_L 240_T 0.84 0.36 0.22
110_A 182_G 0.84 0.36 0.22
231_M 211_M 0.83 0.35 0.21
438_I 229_V 0.83 0.35 0.21
175_A 58_V 0.83 0.35 0.21
12_H 252_W 0.83 0.35 0.21
216_L 92_L 0.82 0.35 0.20
339_V 147_I 0.82 0.34 0.20
375_V 125_G 0.82 0.34 0.20
483_S 62_M 0.82 0.34 0.20
86_V 10_I 0.81 0.34 0.20
33_F 204_V 0.81 0.34 0.20
114_L 71_N 0.81 0.33 0.19
471_N 153_V 0.81 0.33 0.19
274_I 138_W 0.81 0.33 0.19
201_V 186_T 0.80 0.33 0.19
530_L 139_H 0.80 0.33 0.19
234_N 36_K 0.80 0.32 0.18
317_S 7_D 0.80 0.32 0.18
483_S 266_V 0.79 0.32 0.18
479_I 167_D 0.79 0.32 0.18
227_T 141_P 0.79 0.32 0.18
308_A 94_I 0.79 0.31 0.18
247_D 110_K 0.79 0.31 0.17
157_T 36_K 0.78 0.31 0.17
125_G 7_D 0.78 0.30 0.17
376_V 114_Y 0.78 0.30 0.17
134_L 154_A 0.78 0.30 0.17
353_F 19_F 0.78 0.30 0.17
123_V 188_L 0.78 0.30 0.17
249_V 39_T 0.78 0.30 0.17
426_E 247_F 0.77 0.29 0.16
488_I 73_G 0.77 0.29 0.16
191_M 246_G 0.77 0.29 0.16
75_I 225_I 0.77 0.29 0.16
498_G 164_L 0.77 0.29 0.16
317_S 124_D 0.77 0.29 0.16
24_G 175_L 0.77 0.29 0.16
466_F 58_V 0.77 0.29 0.16
44_P 168_R 0.77 0.29 0.16
472_I 33_A 0.76 0.29 0.16
103_H 154_A 0.76 0.29 0.16
179_L 61_V 0.76 0.29 0.15
420_S 183_V 0.76 0.28 0.15
488_I 134_T 0.76 0.28 0.15
179_L 62_M 0.76 0.28 0.15
178_I 215_F 0.76 0.28 0.15
198_L 180_I 0.76 0.28 0.15
169_A 140_L 0.76 0.28 0.15
364_L 243_Q 0.76 0.28 0.15
102_L 145_T 0.75 0.28 0.15
365_F 270_I 0.75 0.28 0.15
346_M 176_I 0.75 0.28 0.15
216_L 10_I 0.75 0.28 0.15
465_E 153_V 0.75 0.28 0.15
90_A 108_F 0.75 0.28 0.15
182_I 184_C 0.75 0.28 0.15
533_R 121_P 0.75 0.28 0.15
286_I 251_A 0.75 0.27 0.15
435_M 98_V 0.75 0.27 0.14
31_V 146_L 0.75 0.27 0.14
186_T 61_V 0.74 0.27 0.14
483_S 28_L 0.74 0.27 0.14
98_Y 270_I 0.74 0.27 0.14
528_E 146_L 0.74 0.27 0.14
524_E 191_Y 0.74 0.27 0.14
486_F 18_F 0.74 0.27 0.14
518_L 8_Y 0.74 0.27 0.14
125_G 49_W 0.74 0.26 0.14
376_V 87_Q 0.73 0.26 0.14
378_S 58_V 0.73 0.26 0.14
251_Y 231_L 0.73 0.26 0.14
381_P 150_L 0.73 0.26 0.14
127_A 51_F 0.73 0.26 0.14
511_A 23_G 0.73 0.26 0.13
514_L 162_F 0.73 0.26 0.13
103_H 200_L 0.73 0.26 0.13
175_A 20_G 0.73 0.26 0.13
475_I 232_I 0.73 0.25 0.13
479_I 31_A 0.72 0.25 0.13
77_Y 272_G 0.72 0.25 0.13
458_R 16_W 0.72 0.25 0.13
364_L 114_Y 0.72 0.25 0.13
159_A 158_A 0.72 0.25 0.13
375_V 99_M 0.72 0.25 0.13
420_S 170_T 0.72 0.25 0.13
100_M 245_V 0.72 0.25 0.13
294_L 99_M 0.72 0.25 0.13
346_M 186_T 0.72 0.25 0.12
530_L 6_H 0.72 0.25 0.12
273_I 184_C 0.71 0.24 0.12
189_L 73_G 0.71 0.24 0.12
156_T 265_F 0.71 0.24 0.12
282_A 205_Y 0.71 0.24 0.12
410_A 158_A 0.71 0.24 0.12
174_G 223_G 0.71 0.24 0.12
408_I 88_Y 0.71 0.24 0.12
186_T 20_G 0.71 0.24 0.12
179_L 90_F 0.71 0.24 0.12
175_A 121_P 0.71 0.24 0.12
524_E 5_N 0.71 0.24 0.12
212_A 59_L 0.71 0.24 0.12
442_L 18_F 0.71 0.24 0.12
472_I 22_I 0.71 0.24 0.12
179_L 264_L 0.71 0.24 0.12
91_L 108_F 0.71 0.24 0.12
343_I 242_K 0.70 0.24 0.12
236_G 201_A 0.70 0.24 0.12
378_S 266_V 0.70 0.24 0.12
486_F 108_F 0.70 0.23 0.12
361_F 70_V 0.70 0.23 0.12
339_V 145_T 0.70 0.23 0.11
445_F 182_G 0.70 0.23 0.11
155_S 88_Y 0.70 0.23 0.11
373_T 140_L 0.70 0.23 0.11
483_S 13_P 0.70 0.23 0.11
522_P 6_H 0.70 0.23 0.11
216_L 9_Q 0.70 0.23 0.11
409_F 31_A 0.70 0.23 0.11
360_A 230_C 0.70 0.23 0.11
135_A 230_C 0.69 0.23 0.11
364_L 194_S 0.69 0.23 0.11
174_G 220_V 0.69 0.23 0.11
339_V 233_R 0.69 0.23 0.11
414_Y 227_L 0.69 0.23 0.11
493_Y 55_L 0.69 0.23 0.11
358_L 62_M 0.69 0.22 0.11
18_L 98_V 0.69 0.22 0.11
216_L 155_V 0.69 0.22 0.11
251_Y 195_H 0.69 0.22 0.10
73_V 12_P 0.69 0.22 0.10
378_S 162_F 0.69 0.22 0.10
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.0934 seconds.