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OPENSEQ.org
cI_4_60_cI_9_60_tt
Genes: A B A+B
Length: 409 182 543
Sequences: 2080 289 279
Seq/Len: 5.09 1.59 0.51
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.74
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.01
2 0.00 0.00 0.02
5 0.01 0.00 0.30
10 0.01 0.00 0.39
20 0.02 0.00 0.43
100 0.03 0.00 0.43
∞ 0.09 0.00 0.47
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
171_N 103_L 1.87 0.81 0.06
97_Y 103_L 1.76 0.75 0.05
237_G 13_T 1.56 0.61 0.03
285_E 130_V 1.55 0.61 0.03
281_R 147_R 1.52 0.58 0.03
79_I 96_L 1.45 0.53 0.02
180_E 105_E 1.43 0.52 0.02
379_Q 103_L 1.41 0.50 0.02
80_T 129_L 1.39 0.48 0.02
238_S 147_R 1.38 0.48 0.02
396_I 17_L 1.38 0.48 0.02
228_V 132_G 1.37 0.47 0.02
376_V 74_E 1.36 0.46 0.02
394_V 6_L 1.34 0.45 0.01
332_T 61_A 1.34 0.45 0.01
74_T 129_L 1.34 0.45 0.01
162_W 105_E 1.34 0.44 0.01
371_R 126_Y 1.33 0.44 0.01
55_V 9_S 1.32 0.43 0.01
218_A 6_L 1.29 0.41 0.01
80_T 96_L 1.28 0.40 0.01
231_D 22_V 1.27 0.40 0.01
193_L 2_T 1.23 0.36 0.01
179_K 132_G 1.22 0.36 0.01
135_T 150_A 1.21 0.35 0.01
48_S 147_R 1.21 0.34 0.01
386_K 119_F 1.20 0.34 0.01
145_P 95_M 1.19 0.34 0.01
320_S 116_G 1.19 0.33 0.01
74_T 131_Y 1.18 0.33 0.01
232_L 20_K 1.18 0.33 0.01
407_V 73_A 1.17 0.32 0.01
138_L 105_E 1.17 0.32 0.01
397_I 6_L 1.15 0.31 0.01
151_R 40_R 1.14 0.30 0.01
290_I 9_S 1.14 0.30 0.01
114_E 35_P 1.13 0.29 0.01
148_Y 105_E 1.13 0.29 0.01
235_T 100_F 1.13 0.29 0.01
180_E 150_A 1.12 0.29 0.01
24_E 22_V 1.12 0.29 0.01
399_S 121_M 1.12 0.29 0.01
44_M 76_D 1.11 0.28 0.01
114_E 74_E 1.11 0.28 0.01
219_R 21_P 1.10 0.28 0.01
268_E 103_L 1.10 0.27 0.01
143_L 13_T 1.10 0.27 0.01
310_T 35_P 1.10 0.27 0.01
128_S 96_L 1.09 0.27 0.01
385_C 28_D 1.09 0.27 0.01
332_T 73_A 1.09 0.27 0.01
291_K 15_K 1.09 0.27 0.01
74_T 96_L 1.08 0.26 0.01
295_E 130_V 1.08 0.26 0.01
76_L 129_L 1.07 0.26 0.01
151_R 118_D 1.07 0.26 0.01
149_A 146_Q 1.07 0.26 0.01
163_V 10_L 1.07 0.26 0.01
124_S 5_A 1.07 0.26 0.01
22_R 105_E 1.06 0.25 0.01
179_K 150_A 1.06 0.25 0.01
406_D 100_F 1.06 0.25 0.01
266_L 147_R 1.05 0.25 0.01
288_K 122_A 1.05 0.25 0.01
305_P 47_P 1.05 0.25 0.01
263_D 62_A 1.04 0.24 0.01
250_K 153_T 1.04 0.24 0.01
145_P 40_R 1.04 0.24 0.01
44_M 24_V 1.04 0.24 0.01
90_S 121_M 1.03 0.24 0.01
80_T 131_Y 1.02 0.23 0.01
47_L 13_T 1.01 0.23 0.01
380_S 126_Y 1.01 0.22 0.01
78_N 112_A 1.00 0.22 0.01
218_A 9_S 0.99 0.22 0.01
368_V 40_R 0.99 0.21 0.01
55_V 6_L 0.99 0.21 0.01
239_L 22_V 0.99 0.21 0.01
95_L 21_P 0.99 0.21 0.01
359_S 151_K 0.98 0.21 0.01
79_I 129_L 0.98 0.21 0.01
156_I 146_Q 0.98 0.21 0.01
266_L 155_K 0.98 0.21 0.01
93_H 116_G 0.96 0.20 0.00
371_R 2_T 0.96 0.20 0.00
315_H 76_D 0.96 0.20 0.00
26_M 13_T 0.96 0.20 0.00
106_G 152_R 0.96 0.20 0.00
288_K 6_L 0.96 0.20 0.00
159_L 40_R 0.96 0.20 0.00
131_V 21_P 0.95 0.20 0.00
101_V 62_A 0.95 0.19 0.00
390_V 47_P 0.95 0.19 0.00
130_L 157_V 0.95 0.19 0.00
143_L 6_L 0.95 0.19 0.00
264_V 132_G 0.95 0.19 0.00
407_V 156_P 0.94 0.19 0.00
239_L 6_L 0.94 0.19 0.00
24_E 149_E 0.94 0.19 0.00
151_R 31_V 0.93 0.19 0.00
80_T 123_D 0.93 0.18 0.00
97_Y 151_K 0.93 0.18 0.00
128_S 9_S 0.93 0.18 0.00
298_E 14_L 0.93 0.18 0.00
381_L 15_K 0.93 0.18 0.00
138_L 145_P 0.93 0.18 0.00
394_V 5_A 0.93 0.18 0.00
261_T 141_V 0.92 0.18 0.00
407_V 96_L 0.92 0.18 0.00
151_R 95_M 0.92 0.18 0.00
303_R 33_L 0.92 0.18 0.00
203_E 121_M 0.92 0.18 0.00
323_A 100_F 0.91 0.18 0.00
135_T 121_M 0.91 0.17 0.00
399_S 100_F 0.91 0.17 0.00
151_R 139_D 0.91 0.17 0.00
348_S 95_M 0.90 0.17 0.00
168_F 149_E 0.90 0.17 0.00
195_E 103_L 0.90 0.17 0.00
309_I 32_A 0.90 0.17 0.00
380_S 155_K 0.90 0.17 0.00
70_M 143_T 0.90 0.17 0.00
397_I 8_Q 0.89 0.17 0.00
179_K 20_K 0.89 0.17 0.00
239_L 13_T 0.89 0.17 0.00
145_P 118_D 0.89 0.17 0.00
310_T 134_E 0.89 0.17 0.00
359_S 19_S 0.88 0.16 0.00
372_A 147_R 0.88 0.16 0.00
158_D 96_L 0.88 0.16 0.00
55_V 5_A 0.88 0.16 0.00
111_P 76_D 0.88 0.16 0.00
288_K 2_T 0.88 0.16 0.00
158_D 132_G 0.88 0.16 0.00
346_T 12_I 0.88 0.16 0.00
331_Y 6_L 0.88 0.16 0.00
145_P 139_D 0.87 0.16 0.00
130_L 24_V 0.87 0.16 0.00
52_V 121_M 0.87 0.16 0.00
118_V 119_F 0.87 0.16 0.00
261_T 76_D 0.87 0.16 0.00
134_G 31_V 0.86 0.15 0.00
241_A 33_L 0.86 0.15 0.00
298_E 40_R 0.86 0.15 0.00
232_L 7_A 0.86 0.15 0.00
193_L 122_A 0.86 0.15 0.00
353_L 83_A 0.86 0.15 0.00
143_L 5_A 0.86 0.15 0.00
283_M 141_V 0.86 0.15 0.00
107_A 126_Y 0.86 0.15 0.00
115_T 13_T 0.86 0.15 0.00
304_D 103_L 0.86 0.15 0.00
159_L 139_D 0.86 0.15 0.00
189_E 105_E 0.86 0.15 0.00
79_I 48_N 0.86 0.15 0.00
394_V 9_S 0.85 0.15 0.00
78_N 129_L 0.85 0.15 0.00
159_L 118_D 0.85 0.15 0.00
383_Y 105_E 0.85 0.15 0.00
250_K 152_R 0.85 0.15 0.00
399_S 117_Y 0.85 0.15 0.00
26_M 154_G 0.85 0.15 0.00
100_A 154_G 0.85 0.15 0.00
121_N 2_T 0.85 0.15 0.00
47_L 17_L 0.85 0.15 0.00
207_L 21_P 0.85 0.15 0.00
37_T 38_H 0.85 0.15 0.00
156_I 105_E 0.84 0.15 0.00
123_L 6_L 0.84 0.15 0.00
193_L 74_E 0.84 0.15 0.00
250_K 17_L 0.84 0.15 0.00
339_K 16_Y 0.84 0.15 0.00
106_G 134_E 0.84 0.15 0.00
151_R 143_T 0.84 0.14 0.00
179_K 6_L 0.84 0.14 0.00
291_K 48_N 0.84 0.14 0.00
162_W 31_V 0.84 0.14 0.00
136_G 7_A 0.84 0.14 0.00
155_T 10_L 0.84 0.14 0.00
143_L 28_D 0.84 0.14 0.00
185_E 132_G 0.84 0.14 0.00
323_A 10_L 0.84 0.14 0.00
148_Y 40_R 0.83 0.14 0.00
371_R 156_P 0.83 0.14 0.00
133_L 62_A 0.83 0.14 0.00
239_L 74_E 0.83 0.14 0.00
369_K 84_G 0.83 0.14 0.00
362_G 151_K 0.83 0.14 0.00
118_V 24_V 0.83 0.14 0.00
179_K 9_S 0.83 0.14 0.00
131_V 117_Y 0.83 0.14 0.00
323_A 127_S 0.83 0.14 0.00
70_M 151_K 0.83 0.14 0.00
52_V 153_T 0.83 0.14 0.00
113_A 15_K 0.82 0.14 0.00
335_F 33_L 0.82 0.14 0.00
70_M 40_R 0.82 0.14 0.00
98_A 38_H 0.82 0.14 0.00
235_T 22_V 0.82 0.14 0.00
159_L 95_M 0.81 0.14 0.00
192_K 24_V 0.81 0.14 0.00
235_T 6_L 0.81 0.13 0.00
201_I 10_L 0.81 0.13 0.00
47_L 130_V 0.81 0.13 0.00
231_D 31_V 0.81 0.13 0.00
381_L 107_A 0.81 0.13 0.00
159_L 105_E 0.81 0.13 0.00
159_L 143_T 0.81 0.13 0.00
107_A 24_V 0.81 0.13 0.00
182_L 126_Y 0.81 0.13 0.00
397_I 4_K 0.80 0.13 0.00
223_V 141_V 0.80 0.13 0.00
101_V 2_T 0.80 0.13 0.00
230_I 85_E 0.80 0.13 0.00
301_P 156_P 0.80 0.13 0.00
339_K 149_E 0.80 0.13 0.00
399_S 48_N 0.80 0.13 0.00
151_R 28_D 0.80 0.13 0.00
189_E 122_A 0.80 0.13 0.00
25_V 150_A 0.80 0.13 0.00
111_P 103_L 0.80 0.13 0.00
348_S 128_D 0.80 0.13 0.00
216_E 21_P 0.80 0.13 0.00
138_L 2_T 0.80 0.13 0.00
199_H 8_Q 0.79 0.13 0.00
189_E 31_V 0.79 0.13 0.00
223_V 66_Y 0.79 0.13 0.00
82_T 143_T 0.79 0.13 0.00
65_G 41_H 0.79 0.13 0.00
59_I 149_E 0.79 0.13 0.00
399_S 72_P 0.79 0.13 0.00
115_T 153_T 0.79 0.13 0.00
294_L 116_G 0.79 0.13 0.00
278_V 13_T 0.79 0.13 0.00
132_F 121_M 0.79 0.13 0.00
78_N 131_Y 0.79 0.13 0.00
30_V 38_H 0.79 0.13 0.00
82_T 139_D 0.79 0.13 0.00
193_L 156_P 0.79 0.13 0.00
288_K 152_R 0.79 0.13 0.00
72_H 103_L 0.79 0.13 0.00
373_P 31_V 0.79 0.13 0.00
263_D 152_R 0.79 0.13 0.00
320_S 129_L 0.78 0.12 0.00
188_P 122_A 0.78 0.12 0.00
268_E 16_Y 0.78 0.12 0.00
76_L 96_L 0.78 0.12 0.00
131_V 103_L 0.78 0.12 0.00
144_T 95_M 0.78 0.12 0.00
158_D 40_R 0.78 0.12 0.00
241_A 22_V 0.78 0.12 0.00
192_K 28_D 0.78 0.12 0.00
390_V 127_S 0.78 0.12 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
4903 1.14 cI_4_20_cI_9_40_tt Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.95 Done - Shared
4896 1.45 cI_4_40_cI_9_20_tt Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.94 Done - Shared
4895 0.51 cI_4_60_cI_9_60_tt Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 8) B:(1E-60, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.06 Done - Shared
4894 1.13 cI_4_40_cI_9_40_tt Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.97 Done - Shared
4893 1.53 cI_4_20_cI_9_20_tt Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.74 Done - Shared
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