May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
cI_4_4_cI_5_4_tt
Genes: A B A+B
Length: 409 207 576
Sequences: 3475 1052 553
Seq/Len: 8.5 5.08 0.96
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.88
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.00 0.72
2 0.01 0.00 0.79
5 0.03 0.01 0.81
10 0.04 0.01 0.81
20 0.05 0.01 0.84
100 0.06 0.01 0.86
∞ 0.13 0.03 0.90
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
231_D 109_G 3.48 1.00 1.00
73_R 152_L 2.20 0.98 0.95
376_V 114_L 1.79 0.90 0.82
72_H 152_L 1.70 0.87 0.77
362_G 180_G 1.67 0.85 0.75
158_D 119_Y 1.46 0.73 0.57
320_S 179_P 1.32 0.61 0.42
230_I 47_N 1.30 0.60 0.40
344_V 73_E 1.28 0.58 0.39
230_I 77_L 1.28 0.58 0.38
65_G 146_L 1.22 0.53 0.33
341_E 91_R 1.21 0.52 0.32
235_T 50_A 1.21 0.52 0.32
244_V 77_L 1.21 0.51 0.31
214_F 185_K 1.18 0.49 0.29
339_K 42_K 1.17 0.48 0.28
398_A 162_G 1.17 0.48 0.28
242_S 121_L 1.13 0.44 0.24
301_P 54_G 1.13 0.44 0.24
74_T 178_D 1.12 0.43 0.23
72_H 176_G 1.12 0.43 0.23
230_I 109_G 1.10 0.42 0.22
302_V 42_K 1.09 0.41 0.21
320_S 178_D 1.09 0.41 0.21
80_T 178_D 1.09 0.40 0.21
280_I 88_F 1.08 0.40 0.20
252_Y 85_G 1.07 0.39 0.20
373_P 132_L 1.07 0.39 0.19
368_V 174_L 1.06 0.38 0.19
342_V 73_E 1.05 0.37 0.18
370_V 53_V 1.04 0.37 0.18
323_A 169_E 1.04 0.36 0.17
76_L 178_D 1.03 0.36 0.17
159_L 183_F 1.03 0.36 0.17
54_E 29_L 1.03 0.35 0.16
246_Y 75_V 1.02 0.35 0.16
138_L 73_E 1.01 0.34 0.15
367_R 122_F 1.01 0.34 0.15
320_S 180_G 1.01 0.34 0.15
145_P 183_F 1.01 0.34 0.15
366_Y 72_Y 1.00 0.33 0.15
231_D 42_K 0.99 0.33 0.14
222_G 70_V 0.99 0.33 0.14
373_P 129_H 0.99 0.33 0.14
65_G 121_L 0.99 0.32 0.14
220_G 6_V 0.99 0.32 0.14
371_R 50_A 0.99 0.32 0.14
280_I 54_G 0.98 0.32 0.14
90_S 185_K 0.98 0.31 0.14
235_T 48_F 0.97 0.30 0.13
258_E 29_L 0.96 0.30 0.12
323_A 152_L 0.94 0.29 0.12
203_E 185_K 0.94 0.28 0.12
144_T 72_Y 0.94 0.28 0.11
342_V 22_L 0.94 0.28 0.11
399_S 37_E 0.92 0.27 0.10
107_A 130_P 0.92 0.27 0.10
230_I 48_F 0.91 0.26 0.10
83_P 134_K 0.91 0.26 0.10
381_L 42_K 0.91 0.26 0.10
301_P 70_V 0.91 0.26 0.10
44_M 94_V 0.91 0.26 0.10
69_T 138_P 0.91 0.26 0.10
119_I 42_K 0.90 0.26 0.10
52_V 27_V 0.90 0.26 0.10
218_A 84_D 0.90 0.26 0.10
390_V 106_D 0.89 0.25 0.09
145_P 172_A 0.89 0.25 0.09
108_V 52_I 0.89 0.25 0.09
290_I 118_V 0.89 0.25 0.09
393_M 15_Y 0.89 0.25 0.09
145_P 175_T 0.89 0.24 0.09
24_E 165_I 0.88 0.24 0.09
131_V 175_T 0.88 0.24 0.09
323_A 180_G 0.88 0.24 0.09
371_R 33_R 0.88 0.24 0.09
130_L 121_L 0.87 0.23 0.08
264_V 102_P 0.87 0.23 0.08
346_T 53_V 0.87 0.23 0.08
135_T 72_Y 0.87 0.23 0.08
290_I 34_F 0.86 0.23 0.08
66_F 138_P 0.86 0.23 0.08
339_K 52_I 0.86 0.23 0.08
81_Y 131_D 0.86 0.23 0.08
119_I 165_I 0.86 0.23 0.08
205_E 34_F 0.86 0.23 0.08
66_F 141_L 0.85 0.22 0.07
56_V 131_D 0.85 0.22 0.07
143_L 176_G 0.84 0.22 0.07
59_I 21_G 0.84 0.22 0.07
386_K 164_Y 0.84 0.22 0.07
294_L 105_T 0.84 0.21 0.07
397_I 109_G 0.83 0.21 0.07
58_H 137_T 0.83 0.21 0.07
291_K 27_V 0.83 0.21 0.07
169_H 137_T 0.83 0.21 0.07
171_N 146_L 0.83 0.21 0.07
375_F 152_L 0.83 0.21 0.07
85_M 67_R 0.82 0.21 0.07
320_S 182_T 0.82 0.21 0.07
244_V 48_F 0.82 0.21 0.07
290_I 98_D 0.82 0.21 0.07
346_T 51_D 0.82 0.20 0.07
107_A 39_A 0.82 0.20 0.07
291_K 63_P 0.82 0.20 0.07
207_L 119_Y 0.82 0.20 0.07
151_R 183_F 0.82 0.20 0.07
173_I 163_R 0.82 0.20 0.07
346_T 106_D 0.82 0.20 0.06
170_H 141_L 0.82 0.20 0.06
382_P 165_I 0.81 0.20 0.06
358_V 54_G 0.81 0.20 0.06
359_S 179_P 0.81 0.20 0.06
225_P 107_L 0.81 0.20 0.06
170_H 138_P 0.81 0.20 0.06
313_P 124_I 0.81 0.20 0.06
66_F 150_Y 0.81 0.20 0.06
358_V 158_L 0.81 0.20 0.06
195_E 92_V 0.80 0.19 0.06
81_Y 141_L 0.80 0.19 0.06
386_K 42_K 0.80 0.19 0.06
61_Y 139_E 0.80 0.19 0.06
101_V 25_L 0.79 0.19 0.06
302_V 73_E 0.79 0.19 0.06
190_L 55_L 0.79 0.19 0.06
193_L 49_L 0.79 0.19 0.06
357_I 147_R 0.79 0.19 0.06
389_Q 32_E 0.79 0.18 0.05
362_G 174_L 0.78 0.18 0.05
30_V 139_E 0.78 0.18 0.05
359_S 65_P 0.78 0.18 0.05
137_L 164_Y 0.78 0.18 0.05
256_G 109_G 0.78 0.18 0.05
336_H 184_Y 0.78 0.18 0.05
194_L 114_L 0.78 0.18 0.05
70_M 181_L 0.78 0.18 0.05
151_R 175_T 0.77 0.18 0.05
393_M 29_L 0.77 0.18 0.05
169_H 139_E 0.77 0.18 0.05
138_L 135_I 0.77 0.17 0.05
297_L 73_E 0.77 0.17 0.05
119_I 163_R 0.77 0.17 0.05
407_V 109_G 0.77 0.17 0.05
323_A 178_D 0.77 0.17 0.05
145_P 177_K 0.77 0.17 0.05
341_E 73_E 0.76 0.17 0.05
244_V 69_A 0.76 0.17 0.05
198_P 105_T 0.76 0.17 0.05
362_G 135_I 0.76 0.17 0.05
151_R 172_A 0.76 0.17 0.05
214_F 184_Y 0.76 0.17 0.05
118_V 88_F 0.76 0.17 0.05
94_D 137_T 0.76 0.17 0.05
106_G 23_G 0.76 0.17 0.05
300_G 67_R 0.75 0.17 0.05
396_I 14_G 0.75 0.17 0.05
128_S 47_N 0.75 0.17 0.05
227_E 108_W 0.75 0.17 0.04
404_M 139_E 0.75 0.17 0.04
194_L 92_V 0.75 0.17 0.04
367_R 54_G 0.75 0.16 0.04
280_I 77_L 0.75 0.16 0.04
22_R 108_W 0.75 0.16 0.04
314_R 160_R 0.75 0.16 0.04
44_M 27_V 0.74 0.16 0.04
278_V 119_Y 0.74 0.16 0.04
81_Y 133_R 0.74 0.16 0.04
335_F 184_Y 0.74 0.16 0.04
134_G 175_T 0.74 0.16 0.04
36_S 121_L 0.74 0.16 0.04
242_S 112_N 0.74 0.16 0.04
48_S 92_V 0.74 0.16 0.04
47_L 43_A 0.74 0.16 0.04
397_I 124_I 0.74 0.16 0.04
138_L 173_A 0.74 0.16 0.04
48_S 6_V 0.74 0.16 0.04
106_G 128_G 0.74 0.16 0.04
244_V 110_S 0.73 0.16 0.04
47_L 74_L 0.73 0.16 0.04
260_Y 110_S 0.73 0.16 0.04
339_K 78_P 0.73 0.16 0.04
317_L 42_K 0.73 0.16 0.04
362_G 171_R 0.73 0.16 0.04
285_E 165_I 0.73 0.16 0.04
295_E 15_Y 0.73 0.15 0.04
323_A 101_L 0.73 0.15 0.04
201_I 35_K 0.73 0.15 0.04
232_L 90_V 0.73 0.15 0.04
36_S 29_L 0.73 0.15 0.04
61_Y 138_P 0.73 0.15 0.04
185_E 142_E 0.73 0.15 0.04
400_L 37_E 0.73 0.15 0.04
309_I 48_F 0.72 0.15 0.04
389_Q 74_L 0.72 0.15 0.04
103_K 63_P 0.72 0.15 0.04
24_E 128_G 0.72 0.15 0.04
204_Y 108_W 0.72 0.15 0.04
61_Y 140_D 0.72 0.15 0.04
348_S 59_T 0.72 0.15 0.04
268_E 53_V 0.72 0.15 0.04
70_M 174_L 0.72 0.15 0.04
296_R 32_E 0.72 0.15 0.04
394_V 73_E 0.72 0.15 0.04
358_V 57_Y 0.72 0.15 0.04
394_V 119_Y 0.72 0.15 0.04
278_V 48_F 0.72 0.15 0.04
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.075 seconds.