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OPENSEQ.org
E_f
Genes: A B A+B
Length: 228 406 630
Sequences: 109 245 87
Seq/Len: 0.48 0.6 0.14
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.96
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.13
2 0.00 0.00 0.13
5 0.00 0.01 0.13
10 0.00 0.01 0.14
20 0.00 0.01 0.14
100 0.00 0.01 0.14
∞ 0.00 0.03 0.14
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
100_V 179_Y 1.62 0.30 0.00
167_N 187_G 1.43 0.23 0.00
179_N 330_R 1.36 0.20 0.00
20_R 239_F 1.35 0.20 0.00
99_T 338_S 1.35 0.20 0.00
27_I 231_K 1.34 0.19 0.00
186_L 254_V 1.32 0.18 0.00
13_E 107_K 1.30 0.18 0.00
40_N 281_V 1.29 0.18 0.00
101_R 109_S 1.28 0.17 0.00
21_F 62_T 1.27 0.17 0.00
13_E 395_D 1.24 0.16 0.00
193_V 187_G 1.24 0.16 0.00
50_A 391_D 1.23 0.16 0.00
32_I 194_E 1.23 0.16 0.00
179_N 257_S 1.23 0.16 0.00
15_A 389_M 1.20 0.15 0.00
169_G 289_T 1.19 0.15 0.00
175_I 239_F 1.19 0.15 0.00
146_A 214_F 1.19 0.15 0.00
220_L 166_F 1.18 0.14 0.00
15_A 170_V 1.18 0.14 0.00
100_V 290_H 1.17 0.14 0.00
48_V 223_D 1.17 0.14 0.00
33_V 380_T 1.17 0.14 0.00
149_V 121_A 1.17 0.14 0.00
167_N 239_F 1.17 0.14 0.00
42_A 338_S 1.17 0.14 0.00
21_F 312_R 1.17 0.14 0.00
149_V 391_D 1.15 0.14 0.00
54_I 352_G 1.15 0.14 0.00
144_S 286_V 1.15 0.14 0.00
156_G 25_K 1.15 0.14 0.00
156_G 292_L 1.15 0.14 0.00
14_L 228_V 1.15 0.14 0.00
90_L 148_D 1.15 0.14 0.00
36_T 179_Y 1.15 0.14 0.00
13_E 92_V 1.15 0.14 0.00
206_N 173_V 1.14 0.13 0.00
169_G 124_L 1.13 0.13 0.00
151_V 117_A 1.12 0.13 0.00
198_Q 123_Q 1.12 0.13 0.00
202_A 118_R 1.12 0.13 0.00
31_G 103_F 1.11 0.13 0.00
96_V 52_S 1.11 0.13 0.00
167_N 103_F 1.11 0.12 0.00
154_N 22_A 1.10 0.12 0.00
169_G 320_G 1.10 0.12 0.00
188_G 402_F 1.10 0.12 0.00
89_G 338_S 1.10 0.12 0.00
76_N 57_K 1.10 0.12 0.00
20_R 345_S 1.09 0.12 0.00
189_N 245_R 1.09 0.12 0.00
194_N 329_E 1.08 0.12 0.00
22_V 98_E 1.08 0.12 0.00
191_N 159_N 1.08 0.12 0.00
61_P 325_F 1.08 0.12 0.00
125_A 290_H 1.08 0.12 0.00
160_M 257_S 1.07 0.12 0.00
70_S 192_T 1.07 0.12 0.00
185_V 118_R 1.07 0.12 0.00
65_V 229_R 1.07 0.12 0.00
116_N 378_N 1.07 0.12 0.00
52_M 110_F 1.07 0.12 0.00
149_V 199_R 1.07 0.12 0.00
128_A 187_G 1.06 0.12 0.00
122_L 321_V 1.06 0.11 0.00
8_E 329_E 1.06 0.11 0.00
65_V 400_L 1.05 0.11 0.00
25_G 336_S 1.05 0.11 0.00
48_V 229_R 1.05 0.11 0.00
198_Q 206_V 1.04 0.11 0.00
36_T 13_L 1.04 0.11 0.00
115_I 406_F 1.04 0.11 0.00
167_N 277_F 1.04 0.11 0.00
52_M 192_T 1.03 0.11 0.00
157_G 23_Q 1.03 0.11 0.00
28_I 315_D 1.03 0.11 0.00
18_R 325_F 1.03 0.11 0.00
162_I 13_L 1.03 0.11 0.00
163_A 218_S 1.03 0.11 0.00
220_L 113_G 1.03 0.11 0.00
9_M 395_D 1.03 0.11 0.00
31_G 325_F 1.03 0.11 0.00
121_G 68_G 1.03 0.11 0.00
160_M 365_G 1.02 0.11 0.00
68_T 117_A 1.02 0.10 0.00
42_A 194_E 1.01 0.10 0.00
92_S 253_Y 1.01 0.10 0.00
31_G 332_S 1.01 0.10 0.00
101_R 121_A 1.01 0.10 0.00
106_G 347_L 1.01 0.10 0.00
49_S 188_D 1.01 0.10 0.00
149_V 282_L 1.00 0.10 0.00
90_L 127_N 1.00 0.10 0.00
9_M 308_G 1.00 0.10 0.00
157_G 380_T 1.00 0.10 0.00
209_N 297_D 1.00 0.10 0.00
203_L 211_A 1.00 0.10 0.00
36_T 124_L 0.99 0.10 0.00
180_V 94_N 0.99 0.10 0.00
178_G 184_A 0.99 0.10 0.00
74_G 318_Q 0.99 0.10 0.00
185_V 4_V 0.99 0.10 0.00
66_Q 302_D 0.99 0.10 0.00
149_V 268_T 0.99 0.10 0.00
203_L 208_F 0.98 0.10 0.00
19_G 260_T 0.98 0.10 0.00
167_N 359_S 0.98 0.10 0.00
20_R 168_V 0.98 0.10 0.00
169_G 287_S 0.98 0.10 0.00
120_N 313_L 0.98 0.10 0.00
18_R 320_G 0.98 0.10 0.00
190_S 80_Q 0.98 0.10 0.00
27_I 107_K 0.98 0.10 0.00
171_A 245_R 0.97 0.10 0.00
201_V 121_A 0.97 0.10 0.00
93_G 147_A 0.97 0.10 0.00
217_L 170_V 0.97 0.10 0.00
48_V 406_F 0.97 0.10 0.00
189_N 250_D 0.97 0.10 0.00
160_M 47_K 0.97 0.10 0.00
103_A 311_V 0.97 0.10 0.00
200_N 337_V 0.97 0.10 0.00
20_R 385_L 0.96 0.10 0.00
209_N 256_E 0.96 0.10 0.00
129_Q 347_L 0.96 0.10 0.00
105_D 382_V 0.96 0.09 0.00
20_R 372_T 0.96 0.09 0.00
115_I 229_R 0.96 0.09 0.00
160_M 50_A 0.96 0.09 0.00
167_N 122_R 0.96 0.09 0.00
169_G 259_P 0.96 0.09 0.00
162_I 327_L 0.96 0.09 0.00
93_G 391_D 0.95 0.09 0.00
162_I 172_V 0.95 0.09 0.00
175_I 250_D 0.95 0.09 0.00
65_V 281_V 0.95 0.09 0.00
156_G 50_A 0.95 0.09 0.00
185_V 141_N 0.95 0.09 0.00
190_S 349_P 0.95 0.09 0.00
188_G 284_G 0.95 0.09 0.00
67_S 365_G 0.95 0.09 0.00
52_M 344_K 0.95 0.09 0.00
162_I 364_A 0.95 0.09 0.00
103_A 185_S 0.95 0.09 0.00
32_I 115_T 0.95 0.09 0.00
219_Q 159_N 0.94 0.09 0.00
115_I 38_E 0.94 0.09 0.00
122_L 330_R 0.94 0.09 0.00
121_G 368_N 0.94 0.09 0.00
191_N 101_G 0.94 0.09 0.00
153_A 220_T 0.94 0.09 0.00
183_G 365_G 0.94 0.09 0.00
99_T 340_L 0.93 0.09 0.00
32_I 385_L 0.93 0.09 0.00
22_V 21_E 0.93 0.09 0.00
38_W 120_D 0.93 0.09 0.00
205_N 389_M 0.93 0.09 0.00
27_I 318_Q 0.93 0.09 0.00
121_G 6_I 0.93 0.09 0.00
46_S 397_T 0.93 0.09 0.00
220_L 209_G 0.93 0.09 0.00
8_E 27_L 0.93 0.09 0.00
115_I 223_D 0.93 0.09 0.00
158_V 209_G 0.93 0.09 0.00
197_T 315_D 0.93 0.09 0.00
15_A 193_S 0.93 0.09 0.00
68_T 191_A 0.93 0.09 0.00
191_N 121_A 0.93 0.09 0.00
162_I 40_Q 0.93 0.09 0.00
34_M 262_N 0.93 0.09 0.00
157_G 113_G 0.93 0.09 0.00
58_T 369_V 0.92 0.09 0.00
176_G 308_G 0.92 0.09 0.00
87_G 242_K 0.92 0.09 0.00
41_A 194_E 0.92 0.09 0.00
207_G 297_D 0.92 0.09 0.00
175_I 170_V 0.92 0.09 0.00
224_R 139_N 0.92 0.09 0.00
155_N 72_A 0.92 0.09 0.00
21_F 211_A 0.92 0.09 0.00
161_A 239_F 0.91 0.09 0.00
20_R 274_V 0.91 0.09 0.00
57_S 285_S 0.91 0.09 0.00
93_G 193_S 0.91 0.09 0.00
15_A 300_S 0.91 0.09 0.00
198_Q 380_T 0.91 0.09 0.00
79_P 210_I 0.91 0.09 0.00
52_M 349_P 0.91 0.09 0.00
18_R 91_S 0.91 0.09 0.00
99_T 362_A 0.91 0.09 0.00
186_L 6_I 0.91 0.09 0.00
32_I 97_N 0.91 0.09 0.00
115_I 357_I 0.91 0.08 0.00
176_G 302_D 0.91 0.08 0.00
116_N 285_S 0.91 0.08 0.00
8_E 395_D 0.91 0.08 0.00
20_R 262_N 0.91 0.08 0.00
176_G 227_S 0.90 0.08 0.00
58_T 172_V 0.90 0.08 0.00
105_D 344_K 0.90 0.08 0.00
11_D 225_V 0.90 0.08 0.00
15_A 192_T 0.90 0.08 0.00
188_G 124_L 0.90 0.08 0.00
42_A 193_S 0.90 0.08 0.00
90_L 401_K 0.90 0.08 0.00
89_G 151_T 0.90 0.08 0.00
48_V 286_V 0.90 0.08 0.00
67_S 90_Q 0.90 0.08 0.00
9_M 182_G 0.90 0.08 0.00
132_H 5_D 0.90 0.08 0.00
137_G 17_K 0.90 0.08 0.00
89_G 262_N 0.90 0.08 0.00
108_T 218_S 0.90 0.08 0.00
103_A 182_G 0.90 0.08 0.00
163_A 284_G 0.89 0.08 0.00
101_R 159_N 0.89 0.08 0.00
103_A 120_D 0.89 0.08 0.00
192_F 42_A 0.89 0.08 0.00
50_A 107_K 0.89 0.08 0.00
21_F 404_Y 0.89 0.08 0.00
201_V 159_N 0.89 0.08 0.00
97_T 190_Q 0.89 0.08 0.00
114_G 203_I 0.89 0.08 0.00
81_T 294_D 0.89 0.08 0.00
189_N 221_M 0.89 0.08 0.00
150_S 160_L 0.89 0.08 0.00
31_G 362_A 0.88 0.08 0.00
54_I 227_S 0.88 0.08 0.00
155_N 389_M 0.88 0.08 0.00
219_Q 274_V 0.88 0.08 0.00
31_G 372_T 0.88 0.08 0.00
63_F 333_M 0.88 0.08 0.00
158_V 248_A 0.88 0.08 0.00
134_L 365_G 0.88 0.08 0.00
24_P 345_S 0.88 0.08 0.00
48_V 143_D 0.88 0.08 0.00
29_S 145_I 0.88 0.08 0.00
145_A 380_T 0.88 0.08 0.00
109_A 382_V 0.88 0.08 0.00
135_M 173_V 0.88 0.08 0.00
78_D 203_I 0.88 0.08 0.00
145_A 203_I 0.88 0.08 0.00
184_T 146_K 0.88 0.08 0.00
96_V 41_P 0.87 0.08 0.00
46_S 359_S 0.87 0.08 0.00
176_G 147_A 0.87 0.08 0.00
98_Q 392_D 0.87 0.08 0.00
173_Q 392_D 0.87 0.08 0.00
12_A 197_V 0.87 0.08 0.00
66_Q 90_Q 0.87 0.08 0.00
41_A 335_F 0.87 0.08 0.00
180_V 187_G 0.87 0.08 0.00
210_A 330_R 0.87 0.08 0.00
163_A 397_T 0.86 0.08 0.00
199_L 318_Q 0.86 0.08 0.00
8_E 361_D 0.86 0.08 0.00
175_I 25_K 0.86 0.08 0.00
155_N 67_S 0.86 0.08 0.00
90_L 140_I 0.86 0.08 0.00
22_V 165_Q 0.86 0.08 0.00
131_G 296_F 0.86 0.08 0.00
4_F 211_A 0.86 0.08 0.00
155_N 244_V 0.86 0.08 0.00
204_G 319_F 0.86 0.08 0.00
93_G 185_S 0.86 0.08 0.00
202_A 401_K 0.86 0.08 0.00
105_D 123_Q 0.86 0.08 0.00
62_Q 315_D 0.86 0.08 0.00
79_P 316_S 0.86 0.08 0.00
54_I 185_S 0.86 0.08 0.00
114_G 304_N 0.86 0.08 0.00
227_G 395_D 0.86 0.08 0.00
74_G 284_G 0.86 0.08 0.00
89_G 116_Y 0.86 0.08 0.00
89_G 328_N 0.86 0.08 0.00
125_A 253_Y 0.86 0.08 0.00
198_Q 315_D 0.86 0.08 0.00
114_G 66_S 0.85 0.08 0.00
154_N 64_A 0.85 0.08 0.00
9_M 27_L 0.85 0.08 0.00
3_A 4_V 0.85 0.08 0.00
14_L 260_T 0.85 0.08 0.00
81_T 192_T 0.85 0.08 0.00
205_N 162_N 0.85 0.08 0.00
144_S 368_N 0.85 0.07 0.00
171_A 379_L 0.85 0.07 0.00
116_N 77_S 0.85 0.07 0.00
13_E 367_F 0.85 0.07 0.00
18_R 92_V 0.85 0.07 0.00
39_T 192_T 0.85 0.07 0.00
161_A 310_K 0.85 0.07 0.00
139_S 357_I 0.85 0.07 0.00
152_S 249_N 0.85 0.07 0.00
15_A 210_I 0.84 0.07 0.00
8_E 148_D 0.84 0.07 0.00
48_V 258_L 0.84 0.07 0.00
31_G 374_A 0.84 0.07 0.00
219_Q 115_T 0.84 0.07 0.00
176_G 142_L 0.84 0.07 0.00
106_G 147_A 0.84 0.07 0.00
78_D 110_F 0.84 0.07 0.00
121_G 107_K 0.84 0.07 0.00
128_A 64_A 0.84 0.07 0.00
168_Q 20_Y 0.84 0.07 0.00
57_S 357_I 0.84 0.07 0.00
148_R 389_M 0.84 0.07 0.00
185_V 337_V 0.84 0.07 0.00
33_V 207_N 0.84 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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