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OPENSEQ.org
cIV_A_60_cI_L_60_1_human
Genes: A B A+B
Length: 513 603 1108
Sequences: 3039 2951 1791
Seq/Len: 5.92 4.89 1.62
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.73
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.01
2 0.00 0.00 0.03
5 0.01 0.00 0.13
10 0.01 0.00 1.53
20 0.01 0.00 1.55
100 0.02 0.00 1.56
∞ 0.05 0.00 1.60
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
20_L 341_M 1.49 0.87 0.21
83_V 525_M 1.32 0.77 0.14
413_H 387_T 1.31 0.76 0.13
87_I 334_F 1.28 0.74 0.12
447_Y 130_I 1.24 0.70 0.11
176_M 283_I 1.24 0.70 0.10
400_F 326_F 1.23 0.69 0.10
356_I 576_I 1.20 0.67 0.09
27_G 369_T 1.19 0.66 0.09
500_P 134_A 1.16 0.62 0.08
26_A 281_G 1.12 0.59 0.07
464_A 76_L 1.11 0.58 0.07
320_V 191_L 1.11 0.58 0.07
413_H 71_T 1.11 0.57 0.07
27_G 366_M 1.10 0.57 0.07
295_V 234_P 1.10 0.57 0.07
162_I 365_T 1.09 0.56 0.07
278_M 129_L 1.08 0.55 0.06
296_G 234_P 1.08 0.54 0.06
392_G 532_I 1.07 0.54 0.06
18_L 341_M 1.07 0.54 0.06
286_I 396_I 1.07 0.54 0.06
401_S 369_T 1.07 0.53 0.06
5_R 231_P 1.06 0.53 0.06
434_S 411_I 1.06 0.52 0.06
286_I 565_T 1.05 0.52 0.06
18_L 267_A 1.05 0.52 0.06
389_I 134_A 1.05 0.52 0.06
468_M 587_Y 1.05 0.52 0.06
27_G 231_P 1.05 0.52 0.06
391_G 266_L 1.04 0.51 0.06
423_L 414_I 1.04 0.50 0.06
453_L 375_I 1.04 0.50 0.05
87_I 379_A 1.03 0.50 0.05
260_Y 85_F 1.03 0.50 0.05
165_I 423_S 1.03 0.50 0.05
463_T 57_L 1.03 0.49 0.05
155_V 502_L 1.02 0.49 0.05
108_S 405_N 1.02 0.49 0.05
341_A 281_G 1.01 0.47 0.05
470_F 137_L 1.00 0.47 0.05
419_I 574_S 1.00 0.47 0.05
412_I 205_N 0.99 0.46 0.05
505_F 152_F 0.99 0.45 0.04
434_S 281_G 0.98 0.45 0.04
393_F 231_P 0.98 0.44 0.04
453_L 453_P 0.98 0.44 0.04
307_S 341_M 0.97 0.43 0.04
496_H 231_P 0.97 0.43 0.04
146_T 288_A 0.97 0.43 0.04
46_N 269_N 0.96 0.42 0.04
473_W 120_Y 0.96 0.42 0.04
36_L 118_F 0.96 0.42 0.04
318_V 497_G 0.96 0.42 0.04
193_V 77_S 0.96 0.42 0.04
328_H 131_L 0.95 0.41 0.04
162_I 172_I 0.95 0.41 0.04
168_I 553_L 0.95 0.41 0.04
254_I 369_T 0.95 0.41 0.04
136_Y 476_S 0.94 0.40 0.04
409_Y 66_W 0.94 0.40 0.04
359_A 379_A 0.94 0.40 0.04
5_R 460_G 0.94 0.40 0.04
320_V 486_L 0.94 0.40 0.04
504_T 231_P 0.94 0.40 0.04
261_Y 103_F 0.93 0.39 0.04
187_S 215_G 0.93 0.39 0.04
338_V 231_P 0.93 0.39 0.04
187_S 555_L 0.93 0.39 0.04
388_A 555_L 0.93 0.39 0.04
338_V 551_L 0.93 0.39 0.04
180_Q 210_L 0.93 0.39 0.04
447_Y 542_L 0.93 0.39 0.04
365_I 361_G 0.92 0.38 0.04
388_A 161_R 0.92 0.38 0.04
453_L 327_L 0.92 0.38 0.04
182_P 167_A 0.92 0.38 0.04
365_I 167_A 0.92 0.38 0.04
26_A 435_P 0.92 0.38 0.04
85_L 300_K 0.92 0.38 0.04
447_Y 198_P 0.92 0.38 0.04
166_T 353_E 0.91 0.37 0.03
391_G 522_F 0.91 0.37 0.03
359_A 187_A 0.91 0.37 0.03
307_S 326_F 0.91 0.36 0.03
413_H 460_G 0.90 0.36 0.03
20_L 352_N 0.90 0.36 0.03
476_F 455_K 0.90 0.36 0.03
204_A 556_T 0.90 0.36 0.03
257_I 489_T 0.90 0.36 0.03
327_L 396_I 0.90 0.36 0.03
409_Y 461_S 0.90 0.36 0.03
471_M 341_M 0.90 0.36 0.03
253_M 349_N 0.90 0.36 0.03
409_Y 372_S 0.89 0.35 0.03
109_L 96_V 0.89 0.35 0.03
357_V 565_T 0.89 0.35 0.03
419_I 552_L 0.89 0.35 0.03
218_T 81_K 0.89 0.35 0.03
478_S 418_L 0.89 0.35 0.03
345_I 85_F 0.89 0.35 0.03
253_M 558_L 0.89 0.35 0.03
295_V 222_G 0.88 0.34 0.03
166_T 386_L 0.88 0.34 0.03
253_M 350_L 0.88 0.34 0.03
87_I 174_Y 0.88 0.34 0.03
466_M 455_K 0.88 0.34 0.03
146_T 496_L 0.88 0.34 0.03
447_Y 90_I 0.88 0.34 0.03
114_A 580_Q 0.88 0.34 0.03
74_M 591_F 0.88 0.34 0.03
108_S 118_F 0.88 0.34 0.03
465_V 433_G 0.88 0.34 0.03
350_V 502_L 0.87 0.34 0.03
64_V 524_N 0.87 0.33 0.03
50_N 193_S 0.87 0.33 0.03
119_E 337_A 0.87 0.33 0.03
5_R 318_G 0.87 0.33 0.03
504_T 534_H 0.87 0.33 0.03
267_P 371_T 0.87 0.33 0.03
492_L 502_L 0.87 0.33 0.03
490_M 95_F 0.87 0.33 0.03
162_I 79_S 0.86 0.33 0.03
507_E 369_T 0.86 0.33 0.03
168_I 281_G 0.86 0.33 0.03
407_Q 82_L 0.86 0.33 0.03
113_L 427_I 0.86 0.32 0.03
307_S 350_L 0.86 0.32 0.03
56_V 291_C 0.86 0.32 0.03
21_L 436_R 0.86 0.32 0.03
473_W 301_I 0.86 0.32 0.03
297_M 235_S 0.86 0.32 0.03
161_A 288_A 0.86 0.32 0.03
258_V 258_F 0.86 0.32 0.03
338_V 375_I 0.86 0.32 0.03
187_S 445_E 0.86 0.32 0.03
328_H 99_S 0.86 0.32 0.03
434_S 386_L 0.86 0.32 0.03
413_H 587_Y 0.85 0.32 0.03
100_M 405_N 0.85 0.32 0.03
172_K 100_I 0.85 0.32 0.03
505_F 134_A 0.85 0.32 0.03
282_F 188_W 0.85 0.32 0.03
35_L 318_G 0.85 0.32 0.03
50_N 131_L 0.85 0.32 0.03
468_M 519_T 0.85 0.32 0.03
83_V 442_N 0.85 0.31 0.03
114_A 573_T 0.85 0.31 0.03
215_L 341_M 0.85 0.31 0.03
146_T 373_L 0.85 0.31 0.03
133_A 491_L 0.85 0.31 0.03
296_G 284_T 0.85 0.31 0.03
464_A 440_L 0.85 0.31 0.03
116_A 458_A 0.84 0.31 0.03
389_I 326_F 0.84 0.31 0.03
35_L 458_A 0.84 0.31 0.03
52_H 142_I 0.84 0.30 0.03
366_V 472_I 0.84 0.30 0.03
332_M 182_F 0.84 0.30 0.03
60_A 418_L 0.84 0.30 0.03
509_V 341_M 0.84 0.30 0.03
397_F 572_S 0.84 0.30 0.03
166_T 562_L 0.84 0.30 0.03
423_L 570_Q 0.84 0.30 0.03
33_L 86_S 0.84 0.30 0.03
93_A 348_H 0.84 0.30 0.03
87_I 281_G 0.84 0.30 0.03
334_W 157_W 0.84 0.30 0.03
50_N 590_S 0.84 0.30 0.03
419_I 504_L 0.84 0.30 0.03
463_T 484_L 0.84 0.30 0.03
258_V 467_L 0.84 0.30 0.03
166_T 359_M 0.83 0.30 0.03
332_M 364_K 0.83 0.30 0.03
456_V 359_M 0.83 0.30 0.03
345_I 421_A 0.83 0.30 0.03
26_A 193_S 0.83 0.29 0.03
511_M 441_T 0.83 0.29 0.03
136_Y 414_I 0.83 0.29 0.03
459_F 66_W 0.83 0.29 0.02
470_F 182_F 0.83 0.29 0.02
33_L 298_I 0.83 0.29 0.02
357_V 590_S 0.83 0.29 0.02
28_V 326_F 0.83 0.29 0.02
472_I 592_F 0.82 0.29 0.02
145_L 401_M 0.82 0.29 0.02
187_S 583_M 0.82 0.29 0.02
271_M 556_T 0.82 0.29 0.02
502_Y 231_P 0.82 0.29 0.02
410_A 390_Y 0.82 0.29 0.02
250_G 387_T 0.82 0.29 0.02
453_L 450_L 0.82 0.29 0.02
328_H 106_W 0.82 0.29 0.02
390_M 399_A 0.82 0.29 0.02
24_A 387_T 0.82 0.29 0.02
161_A 149_I 0.82 0.29 0.02
69_M 469_T 0.82 0.29 0.02
337_A 530_P 0.82 0.29 0.02
279_S 530_P 0.82 0.28 0.02
334_W 529_Y 0.82 0.28 0.02
215_L 430_T 0.82 0.28 0.02
338_V 387_T 0.82 0.28 0.02
390_M 556_T 0.82 0.28 0.02
229_I 163_D 0.81 0.28 0.02
190_I 149_I 0.81 0.28 0.02
332_M 361_G 0.81 0.28 0.02
464_A 507_L 0.81 0.28 0.02
501_P 316_T 0.81 0.28 0.02
462_L 118_F 0.81 0.28 0.02
69_M 134_A 0.81 0.28 0.02
89_A 360_G 0.81 0.28 0.02
397_F 370_S 0.81 0.28 0.02
465_V 566_I 0.81 0.28 0.02
314_I 547_N 0.81 0.28 0.02
467_L 368_L 0.81 0.28 0.02
473_W 219_A 0.81 0.28 0.02
97_M 273_I 0.81 0.28 0.02
412_I 590_S 0.81 0.28 0.02
397_F 415_A 0.81 0.28 0.02
57_I 407_W 0.81 0.28 0.02
177_T 599_L 0.81 0.28 0.02
14_D 423_S 0.81 0.28 0.02
307_S 417_S 0.80 0.27 0.02
423_L 200_Q 0.80 0.27 0.02
359_A 377_S 0.80 0.27 0.02
506_E 461_S 0.80 0.27 0.02
270_Y 252_M 0.80 0.27 0.02
405_L 278_L 0.80 0.27 0.02
4_D 564_K 0.80 0.27 0.02
56_V 245_A 0.80 0.27 0.02
180_Q 111_D 0.80 0.27 0.02
18_L 99_S 0.80 0.27 0.02
391_G 567_S 0.80 0.27 0.02
162_I 181_G 0.80 0.27 0.02
278_M 586_L 0.80 0.27 0.02
250_G 415_A 0.80 0.27 0.02
333_K 472_I 0.80 0.27 0.02
298_D 234_P 0.80 0.27 0.02
447_Y 561_L 0.80 0.27 0.02
5_R 453_P 0.80 0.27 0.02
456_V 522_F 0.79 0.26 0.02
286_I 119_K 0.79 0.26 0.02
114_A 451_L 0.79 0.26 0.02
511_M 584_I 0.79 0.26 0.02
265_K 532_I 0.79 0.26 0.02
298_D 158_W 0.79 0.26 0.02
463_T 111_D 0.79 0.26 0.02
159_L 474_P 0.79 0.26 0.02
18_L 489_T 0.79 0.26 0.02
320_V 499_L 0.79 0.26 0.02
408_T 409_L 0.79 0.26 0.02
5_R 221_A 0.79 0.26 0.02
506_E 153_L 0.79 0.26 0.02
507_E 231_P 0.79 0.26 0.02
5_R 408_A 0.79 0.26 0.02
265_K 220_A 0.79 0.26 0.02
187_S 341_M 0.78 0.26 0.02
298_D 390_Y 0.78 0.26 0.02
404_T 501_A 0.78 0.26 0.02
229_I 576_I 0.78 0.25 0.02
325_A 345_S 0.78 0.25 0.02
462_L 281_G 0.78 0.25 0.02
478_S 70_T 0.78 0.25 0.02
223_A 532_I 0.78 0.25 0.02
504_T 317_I 0.78 0.25 0.02
168_I 172_I 0.78 0.25 0.02
296_G 222_G 0.78 0.25 0.02
134_G 275_T 0.78 0.25 0.02
428_Q 300_K 0.78 0.25 0.02
31_T 282_A 0.78 0.25 0.02
87_I 288_A 0.78 0.25 0.02
180_Q 458_A 0.78 0.25 0.02
453_L 464_A 0.78 0.25 0.02
397_F 51_T 0.78 0.25 0.02
177_T 218_L 0.78 0.25 0.02
477_A 542_L 0.78 0.25 0.02
434_S 318_G 0.77 0.25 0.02
365_I 359_M 0.77 0.25 0.02
56_V 216_L 0.77 0.25 0.02
114_A 533_T 0.77 0.25 0.02
390_M 153_L 0.77 0.25 0.02
486_E 545_S 0.77 0.25 0.02
511_M 80_F 0.77 0.25 0.02
258_V 137_L 0.77 0.25 0.02
261_Y 139_Q 0.77 0.24 0.02
363_L 136_N 0.77 0.24 0.02
405_L 464_A 0.77 0.24 0.02
327_L 325_A 0.77 0.24 0.02
327_L 74_T 0.77 0.24 0.02
189_L 376_G 0.77 0.24 0.02
467_L 462_L 0.77 0.24 0.02
459_F 543_L 0.77 0.24 0.02
472_I 510_K 0.77 0.24 0.02
155_V 551_L 0.77 0.24 0.02
270_Y 239_G 0.77 0.24 0.02
20_L 502_L 0.76 0.24 0.02
366_V 588_F 0.76 0.24 0.02
27_G 337_A 0.76 0.24 0.02
181_T 281_G 0.76 0.24 0.02
109_L 591_F 0.76 0.24 0.02
325_A 454_I 0.76 0.24 0.02
258_V 265_P 0.76 0.24 0.02
215_L 366_M 0.76 0.24 0.02
134_G 499_L 0.76 0.24 0.02
43_Q 66_W 0.76 0.24 0.02
180_Q 341_M 0.76 0.24 0.02
36_L 541_G 0.76 0.24 0.02
97_M 324_L 0.76 0.24 0.02
357_V 583_M 0.76 0.24 0.02
172_K 556_T 0.76 0.24 0.02
469_I 288_A 0.76 0.24 0.02
341_A 88_M 0.76 0.23 0.02
223_A 289_A 0.76 0.23 0.02
298_D 503_D 0.76 0.23 0.02
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
4660 1.62 cIV_A_60_cI_L_60_1_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 8) B:(1E-60, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.21 Done - Shared
4658 1.1 cIV_A_60_cI_L_80_1a_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 8) B:(1E-80, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.98 Done - Shared
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