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OPENSEQ.org
TCR_CV_2NX5
Genes: A B A+B
Length: 188 243 392
Sequences: 1683 3591 65
Seq/Len: 8.95 14.78 0.17
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.38
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.14 0.14 0.06
2 0.15 0.15 0.09
5 0.16 0.17 0.11
10 0.17 0.19 0.13
20 0.17 0.19 0.15
100 0.18 0.21 0.21
∞ 0.21 0.23 0.29
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
21_C 91_C 2.36 0.75 0.33
87_C 91_C 2.23 0.68 0.26
87_C 144_C 1.94 0.53 0.13
61_S 211_V 1.81 0.45 0.09
33_W 158_W 1.74 0.41 0.08
77_L 110_L 1.71 0.39 0.07
87_C 142_L 1.63 0.35 0.06
21_C 158_W 1.63 0.35 0.05
33_W 16_G 1.62 0.35 0.05
72_L 193_L 1.53 0.30 0.04
33_W 193_L 1.48 0.28 0.03
115_P 34_W 1.47 0.28 0.03
21_C 144_C 1.37 0.23 0.02
91_A 213_F 1.37 0.23 0.02
94_G 122_P 1.35 0.22 0.02
33_W 209_C 1.30 0.20 0.02
87_C 23_C 1.29 0.20 0.02
72_L 158_W 1.28 0.20 0.02
76_E 160_V 1.26 0.19 0.02
78_Q 78_L 1.25 0.18 0.02
29_N 85_Q 1.24 0.18 0.01
87_C 21_L 1.21 0.17 0.01
87_C 146_A 1.20 0.17 0.01
21_C 87_S 1.19 0.17 0.01
29_N 202_N 1.19 0.17 0.01
21_C 85_Q 1.19 0.16 0.01
147_S 160_V 1.18 0.16 0.01
87_C 63_G 1.18 0.16 0.01
87_C 16_G 1.16 0.15 0.01
136_T 66_V 1.14 0.15 0.01
91_A 150_F 1.13 0.15 0.01
143_N 210_Q 1.12 0.14 0.01
21_C 34_W 1.11 0.14 0.01
106_L 32_M 1.11 0.14 0.01
14_G 193_L 1.10 0.14 0.01
108_V 152_D 1.09 0.14 0.01
33_W 142_L 1.08 0.13 0.01
27_G 195_V 1.08 0.13 0.01
85_Y 129_P 1.07 0.13 0.01
149_D 190_S 1.07 0.13 0.01
30_G 123_E 1.06 0.13 0.01
125_S 228_K 1.06 0.13 0.01
33_W 110_L 1.06 0.13 0.01
14_G 38_D 1.06 0.13 0.01
112_I 34_W 1.05 0.12 0.01
81_D 87_S 1.05 0.12 0.01
144_V 226_R 1.05 0.12 0.01
34_Y 140_A 1.04 0.12 0.01
9_M 23_C 1.04 0.12 0.01
84_S 207_F 1.04 0.12 0.01
70_S 96_G 1.04 0.12 0.01
72_L 91_C 1.03 0.12 0.01
59_F 78_L 1.02 0.12 0.01
21_C 76_L 1.02 0.12 0.01
61_S 213_F 1.02 0.12 0.01
14_G 89_Y 1.01 0.12 0.01
94_G 148_G 1.01 0.12 0.01
33_W 207_F 0.99 0.11 0.01
108_V 165_V 0.99 0.11 0.01
14_G 213_F 0.99 0.11 0.01
72_L 34_W 0.99 0.11 0.01
17_V 29_H 0.98 0.11 0.01
9_M 108_T 0.98 0.11 0.01
77_L 87_S 0.97 0.11 0.01
89_V 158_W 0.96 0.10 0.01
133_C 27_E 0.96 0.10 0.01
133_C 110_L 0.96 0.10 0.01
11_A 92_A 0.95 0.10 0.01
86_L 105_G 0.94 0.10 0.01
132_V 207_F 0.94 0.10 0.01
175_W 160_V 0.94 0.10 0.01
39_G 216_L 0.94 0.10 0.01
72_L 6_Q 0.94 0.10 0.01
85_Y 162_G 0.93 0.10 0.00
72_L 89_Y 0.93 0.10 0.00
85_Y 16_G 0.93 0.10 0.00
21_C 89_Y 0.93 0.10 0.00
19_I 23_C 0.93 0.10 0.00
79_M 45_L 0.93 0.10 0.00
59_F 191_S 0.93 0.10 0.00
60_S 92_A 0.92 0.10 0.00
21_C 63_G 0.92 0.10 0.00
25_T 22_R 0.92 0.10 0.00
27_G 148_G 0.92 0.10 0.00
123_R 203_P 0.91 0.09 0.00
183_C 89_Y 0.91 0.09 0.00
34_Y 121_P 0.91 0.09 0.00
2_N 107_G 0.90 0.09 0.00
36_Q 136_H 0.90 0.09 0.00
89_V 93_T 0.90 0.09 0.00
81_D 158_W 0.90 0.09 0.00
33_W 144_C 0.90 0.09 0.00
91_A 76_L 0.90 0.09 0.00
25_T 193_L 0.90 0.09 0.00
16_I 93_T 0.89 0.09 0.00
27_G 122_P 0.89 0.09 0.00
115_P 158_W 0.88 0.09 0.00
149_D 22_R 0.88 0.09 0.00
126_K 165_V 0.88 0.09 0.00
160_L 78_L 0.88 0.09 0.00
19_I 199_F 0.88 0.09 0.00
115_P 209_C 0.88 0.09 0.00
31_L 105_G 0.88 0.09 0.00
27_G 150_F 0.88 0.09 0.00
136_T 140_A 0.88 0.09 0.00
72_L 76_L 0.88 0.09 0.00
17_V 224_Q 0.87 0.09 0.00
102_R 112_I 0.87 0.09 0.00
99_T 105_G 0.87 0.09 0.00
21_C 124_V 0.87 0.09 0.00
78_Q 142_L 0.87 0.09 0.00
40_E 48_Y 0.87 0.09 0.00
171_S 78_L 0.87 0.09 0.00
74_L 5_T 0.86 0.09 0.00
151_D 146_A 0.86 0.09 0.00
14_G 112_I 0.86 0.09 0.00
21_C 16_G 0.86 0.09 0.00
17_V 77_T 0.86 0.08 0.00
29_N 19_V 0.86 0.08 0.00
72_L 122_P 0.86 0.08 0.00
87_C 209_C 0.85 0.08 0.00
73_L 21_L 0.85 0.08 0.00
72_L 85_Q 0.85 0.08 0.00
17_V 25_Q 0.85 0.08 0.00
102_R 16_G 0.85 0.08 0.00
24_Q 13_T 0.85 0.08 0.00
55_E 4_I 0.85 0.08 0.00
144_V 206_H 0.85 0.08 0.00
18_Q 190_S 0.85 0.08 0.00
152_V 137_T 0.85 0.08 0.00
14_G 19_V 0.85 0.08 0.00
74_L 209_C 0.84 0.08 0.00
31_L 93_T 0.84 0.08 0.00
72_L 146_A 0.84 0.08 0.00
166_D 76_L 0.84 0.08 0.00
88_A 140_A 0.84 0.08 0.00
82_S 111_S 0.84 0.08 0.00
112_I 162_G 0.83 0.08 0.00
11_A 141_T 0.83 0.08 0.00
163_R 49_S 0.83 0.08 0.00
23_Y 128_E 0.83 0.08 0.00
95_S 226_R 0.83 0.08 0.00
100_F 36_R 0.83 0.08 0.00
72_L 16_G 0.83 0.08 0.00
129_D 209_C 0.83 0.08 0.00
84_S 149_F 0.83 0.08 0.00
21_C 142_L 0.83 0.08 0.00
83_A 15_T 0.82 0.08 0.00
33_W 85_Q 0.82 0.08 0.00
108_V 64_Y 0.82 0.08 0.00
83_A 122_P 0.82 0.08 0.00
72_L 209_C 0.81 0.08 0.00
81_D 78_L 0.81 0.08 0.00
87_C 85_Q 0.81 0.08 0.00
150_S 215_G 0.81 0.08 0.00
175_W 207_F 0.81 0.07 0.00
97_I 18_P 0.81 0.07 0.00
130_K 18_P 0.81 0.07 0.00
173_V 112_I 0.81 0.07 0.00
59_F 110_L 0.81 0.07 0.00
6_P 144_C 0.81 0.07 0.00
85_Y 85_Q 0.80 0.07 0.00
18_Q 164_E 0.80 0.07 0.00
102_R 60_V 0.80 0.07 0.00
11_A 160_V 0.80 0.07 0.00
81_D 16_G 0.80 0.07 0.00
20_N 111_S 0.79 0.07 0.00
100_F 13_T 0.79 0.07 0.00
161_D 156_L 0.79 0.07 0.00
149_D 128_E 0.79 0.07 0.00
114_N 27_E 0.79 0.07 0.00
87_C 124_V 0.79 0.07 0.00
128_S 137_T 0.79 0.07 0.00
11_A 8_P 0.79 0.07 0.00
165_M 20_T 0.79 0.07 0.00
76_E 224_Q 0.78 0.07 0.00
33_W 76_L 0.78 0.07 0.00
9_M 81_A 0.78 0.07 0.00
178_K 21_L 0.78 0.07 0.00
106_L 124_V 0.78 0.07 0.00
25_T 137_T 0.78 0.07 0.00
102_R 99_N 0.77 0.07 0.00
93_G 9_R 0.77 0.07 0.00
150_S 107_G 0.77 0.07 0.00
7_T 23_C 0.77 0.07 0.00
89_V 124_V 0.77 0.07 0.00
32_F 36_R 0.77 0.07 0.00
77_L 212_Q 0.77 0.07 0.00
94_G 161_N 0.77 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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