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OPENSEQ.org
David
Genes: A B A+B
Length: 342 220 495
Sequences: 1802 147 129
Seq/Len: 5.27 0.67 0.26
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.73
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.01 0.02
2 0.02 0.01 0.23
5 0.02 0.01 0.23
10 0.02 0.01 0.23
20 0.02 0.01 0.23
100 0.04 0.01 0.23
∞ 0.10 0.01 0.23
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
316_L 85_S 1.66 0.48 0.00
192_Q 165_I 1.55 0.41 0.00
231_V 181_L 1.53 0.40 0.00
23_G 184_Y 1.50 0.38 0.00
261_V 89_E 1.48 0.37 0.00
213_L 108_I 1.45 0.35 0.00
22_E 153_Q 1.38 0.31 0.00
57_A 5_F 1.38 0.31 0.00
111_R 52_K 1.35 0.29 0.00
168_G 63_T 1.31 0.27 0.00
212_S 208_L 1.29 0.26 0.00
27_V 166_F 1.29 0.26 0.00
208_S 152_L 1.28 0.26 0.00
38_F 89_E 1.28 0.26 0.00
17_F 194_F 1.27 0.25 0.00
188_T 119_L 1.26 0.25 0.00
57_A 212_Y 1.25 0.24 0.00
50_S 87_F 1.24 0.24 0.00
83_I 195_L 1.24 0.24 0.00
164_R 142_D 1.23 0.23 0.00
168_G 160_K 1.22 0.23 0.00
214_L 135_V 1.20 0.22 0.00
255_Y 195_L 1.18 0.21 0.00
63_T 173_L 1.18 0.21 0.00
54_V 130_I 1.17 0.21 0.00
52_L 192_V 1.17 0.20 0.00
37_R 125_T 1.16 0.20 0.00
10_L 174_T 1.16 0.20 0.00
205_A 143_T 1.15 0.20 0.00
200_L 12_I 1.15 0.20 0.00
46_I 50_K 1.15 0.20 0.00
305_V 80_H 1.14 0.19 0.00
11_Y 14_L 1.13 0.19 0.00
257_V 3_L 1.12 0.19 0.00
325_Q 142_D 1.12 0.18 0.00
208_S 14_L 1.11 0.18 0.00
248_L 104_I 1.11 0.18 0.00
237_D 4_N 1.10 0.18 0.00
254_S 172_F 1.10 0.18 0.00
154_V 3_L 1.10 0.18 0.00
293_F 212_Y 1.08 0.17 0.00
70_S 114_E 1.08 0.17 0.00
183_L 131_K 1.08 0.17 0.00
46_I 204_P 1.07 0.17 0.00
248_L 114_E 1.07 0.17 0.00
121_R 119_L 1.07 0.17 0.00
326_L 213_F 1.07 0.17 0.00
37_R 210_E 1.06 0.17 0.00
154_V 35_C 1.06 0.17 0.00
13_T 116_E 1.06 0.17 0.00
312_E 116_E 1.06 0.17 0.00
196_K 104_I 1.06 0.16 0.00
43_I 131_K 1.05 0.16 0.00
203_V 165_I 1.05 0.16 0.00
89_N 88_N 1.05 0.16 0.00
29_K 207_I 1.05 0.16 0.00
257_V 46_F 1.04 0.16 0.00
331_I 168_N 1.04 0.16 0.00
53_G 213_F 1.04 0.16 0.00
246_L 28_F 1.03 0.15 0.00
97_Y 49_H 1.03 0.15 0.00
214_L 92_E 1.03 0.15 0.00
144_N 80_H 1.02 0.15 0.00
261_V 191_T 1.02 0.15 0.00
213_L 104_I 1.02 0.15 0.00
41_R 143_T 1.02 0.15 0.00
255_Y 115_N 1.01 0.15 0.00
164_R 14_L 1.01 0.15 0.00
70_S 62_V 1.01 0.15 0.00
257_V 2_N 1.01 0.15 0.00
113_I 208_L 1.01 0.15 0.00
67_I 183_E 1.00 0.14 0.00
42_I 213_F 1.00 0.14 0.00
222_L 195_L 1.00 0.14 0.00
172_N 87_F 1.00 0.14 0.00
320_P 12_I 0.99 0.14 0.00
231_V 48_D 0.99 0.14 0.00
231_V 85_S 0.99 0.14 0.00
43_I 135_V 0.99 0.14 0.00
54_V 135_V 0.99 0.14 0.00
75_Q 196_E 0.99 0.14 0.00
217_E 164_L 0.98 0.14 0.00
188_T 130_I 0.98 0.14 0.00
237_D 136_K 0.98 0.14 0.00
213_L 57_S 0.98 0.14 0.00
10_L 165_I 0.98 0.14 0.00
311_K 25_V 0.98 0.14 0.00
23_G 5_F 0.98 0.14 0.00
213_L 118_D 0.97 0.14 0.00
90_V 150_E 0.97 0.14 0.00
88_G 146_E 0.97 0.14 0.00
164_R 152_L 0.97 0.13 0.00
254_S 152_L 0.97 0.13 0.00
242_A 206_Y 0.97 0.13 0.00
244_L 59_I 0.97 0.13 0.00
168_G 213_F 0.96 0.13 0.00
74_P 187_L 0.96 0.13 0.00
323_Q 192_V 0.96 0.13 0.00
10_L 136_K 0.96 0.13 0.00
172_N 213_F 0.96 0.13 0.00
12_L 45_K 0.95 0.13 0.00
58_L 76_L 0.95 0.13 0.00
159_N 28_F 0.95 0.13 0.00
255_Y 53_T 0.95 0.13 0.00
245_A 205_Q 0.95 0.13 0.00
208_S 203_F 0.95 0.13 0.00
110_K 206_Y 0.94 0.13 0.00
324_A 19_I 0.94 0.13 0.00
151_L 178_V 0.94 0.13 0.00
242_A 32_V 0.94 0.13 0.00
59_V 182_Q 0.94 0.13 0.00
39_P 160_K 0.94 0.13 0.00
313_K 26_C 0.94 0.13 0.00
70_S 47_F 0.94 0.13 0.00
119_N 177_E 0.94 0.12 0.00
12_L 52_K 0.93 0.12 0.00
319_L 38_Y 0.93 0.12 0.00
320_P 132_S 0.93 0.12 0.00
164_R 121_Y 0.93 0.12 0.00
325_Q 69_D 0.93 0.12 0.00
298_Q 26_C 0.93 0.12 0.00
113_I 153_Q 0.93 0.12 0.00
248_L 53_T 0.93 0.12 0.00
319_L 94_K 0.93 0.12 0.00
208_S 190_L 0.93 0.12 0.00
296_L 186_S 0.93 0.12 0.00
241_R 69_D 0.92 0.12 0.00
84_G 160_K 0.92 0.12 0.00
48_C 50_K 0.92 0.12 0.00
170_A 215_I 0.92 0.12 0.00
24_D 154_I 0.92 0.12 0.00
54_V 81_A 0.92 0.12 0.00
58_L 74_T 0.92 0.12 0.00
54_V 123_E 0.92 0.12 0.00
55_S 180_S 0.91 0.12 0.00
69_L 210_E 0.91 0.12 0.00
10_L 19_I 0.91 0.12 0.00
214_L 125_T 0.91 0.12 0.00
222_L 210_E 0.91 0.12 0.00
254_S 118_D 0.91 0.12 0.00
91_L 82_D 0.90 0.12 0.00
295_D 91_P 0.90 0.12 0.00
195_S 188_T 0.90 0.12 0.00
38_F 102_A 0.90 0.12 0.00
89_N 55_K 0.90 0.12 0.00
29_K 149_L 0.90 0.12 0.00
67_I 188_T 0.90 0.12 0.00
242_A 181_L 0.90 0.12 0.00
324_A 55_K 0.90 0.11 0.00
95_E 172_F 0.90 0.11 0.00
298_Q 66_L 0.90 0.11 0.00
93_R 81_A 0.89 0.11 0.00
76_G 160_K 0.89 0.11 0.00
70_S 28_F 0.89 0.11 0.00
177_I 148_C 0.89 0.11 0.00
173_Q 213_F 0.89 0.11 0.00
206_L 194_F 0.89 0.11 0.00
245_A 204_P 0.89 0.11 0.00
168_G 148_C 0.89 0.11 0.00
208_S 133_L 0.89 0.11 0.00
52_L 38_Y 0.89 0.11 0.00
44_D 12_I 0.88 0.11 0.00
10_L 139_T 0.88 0.11 0.00
234_F 60_M 0.88 0.11 0.00
246_L 79_I 0.88 0.11 0.00
168_G 207_I 0.88 0.11 0.00
212_S 32_V 0.88 0.11 0.00
26_I 104_I 0.88 0.11 0.00
12_L 154_I 0.88 0.11 0.00
257_V 208_L 0.88 0.11 0.00
105_S 11_P 0.88 0.11 0.00
23_G 165_I 0.87 0.11 0.00
154_V 175_K 0.87 0.11 0.00
119_N 47_F 0.87 0.11 0.00
163_L 150_E 0.87 0.11 0.00
311_K 19_I 0.87 0.11 0.00
125_L 148_C 0.87 0.11 0.00
222_L 26_C 0.87 0.11 0.00
244_L 171_A 0.87 0.11 0.00
308_P 5_F 0.86 0.11 0.00
58_L 75_I 0.86 0.11 0.00
19_V 76_L 0.86 0.11 0.00
146_E 99_K 0.86 0.10 0.00
23_G 166_F 0.86 0.10 0.00
252_F 126_I 0.86 0.10 0.00
26_I 150_E 0.86 0.10 0.00
168_G 136_K 0.86 0.10 0.00
45_G 135_V 0.86 0.10 0.00
67_I 191_T 0.86 0.10 0.00
147_L 213_F 0.86 0.10 0.00
63_T 3_L 0.86 0.10 0.00
29_K 52_K 0.85 0.10 0.00
168_G 146_E 0.85 0.10 0.00
102_R 14_L 0.85 0.10 0.00
9_T 63_T 0.85 0.10 0.00
61_L 187_L 0.85 0.10 0.00
169_Q 213_F 0.85 0.10 0.00
102_R 165_I 0.85 0.10 0.00
308_P 9_D 0.85 0.10 0.00
93_R 15_R 0.85 0.10 0.00
64_E 4_N 0.85 0.10 0.00
69_L 67_G 0.85 0.10 0.00
215_T 126_I 0.85 0.10 0.00
214_L 45_K 0.85 0.10 0.00
35_L 176_D 0.85 0.10 0.00
233_F 181_L 0.85 0.10 0.00
220_S 83_L 0.85 0.10 0.00
35_L 30_K 0.85 0.10 0.00
217_E 152_L 0.85 0.10 0.00
331_I 70_V 0.85 0.10 0.00
218_C 130_I 0.85 0.10 0.00
222_L 14_L 0.85 0.10 0.00
248_L 2_N 0.85 0.10 0.00
200_L 188_T 0.84 0.10 0.00
61_L 119_L 0.84 0.10 0.00
22_E 215_I 0.84 0.10 0.00
105_S 89_E 0.84 0.10 0.00
164_R 3_L 0.84 0.10 0.00
143_V 50_K 0.84 0.10 0.00
215_T 102_A 0.84 0.10 0.00
164_R 31_I 0.84 0.10 0.00
330_A 213_F 0.84 0.10 0.00
37_R 151_I 0.84 0.10 0.00
121_R 166_F 0.84 0.10 0.00
216_F 196_E 0.84 0.10 0.00
246_L 158_L 0.84 0.10 0.00
237_D 128_E 0.84 0.10 0.00
35_L 152_L 0.84 0.10 0.00
26_I 20_L 0.84 0.10 0.00
266_N 116_E 0.83 0.10 0.00
55_S 29_S 0.83 0.10 0.00
42_I 22_L 0.83 0.10 0.00
95_E 33_Q 0.83 0.10 0.00
244_L 176_D 0.83 0.10 0.00
214_L 74_T 0.83 0.10 0.00
138_K 145_F 0.83 0.10 0.00
219_Q 202_D 0.83 0.10 0.00
192_Q 102_A 0.83 0.10 0.00
63_T 40_E 0.83 0.10 0.00
257_V 129_L 0.83 0.10 0.00
85_S 190_L 0.83 0.10 0.00
212_S 28_F 0.83 0.10 0.00
62_C 196_E 0.83 0.10 0.00
327_L 147_K 0.83 0.10 0.00
87_N 149_L 0.83 0.10 0.00
244_L 32_V 0.83 0.10 0.00
38_F 49_H 0.83 0.10 0.00
213_L 198_R 0.82 0.10 0.00
257_V 200_L 0.82 0.10 0.00
63_T 104_I 0.82 0.10 0.00
66_Q 117_L 0.82 0.10 0.00
31_E 182_Q 0.82 0.10 0.00
330_A 207_I 0.82 0.10 0.00
11_Y 30_K 0.82 0.10 0.00
22_E 64_D 0.82 0.10 0.00
259_R 196_E 0.82 0.10 0.00
50_S 119_L 0.82 0.10 0.00
20_T 213_F 0.82 0.10 0.00
85_S 15_R 0.82 0.10 0.00
322_V 79_I 0.81 0.09 0.00
48_C 46_F 0.81 0.09 0.00
7_L 172_F 0.81 0.09 0.00
40_F 4_N 0.81 0.09 0.00
11_Y 97_I 0.81 0.09 0.00
44_D 69_D 0.81 0.09 0.00
72_H 158_L 0.81 0.09 0.00
125_L 193_L 0.81 0.09 0.00
39_P 118_D 0.81 0.09 0.00
244_L 152_L 0.81 0.09 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
4597 0.26 David Δgene:(1, 5) A:(1E-10, 8) B:(1E-06, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done
4596 0.26 SpyCas1-Csn2 alns Δgene:(1, 10) A:(1E-10, 8) B:(1E-10, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done
4594 0.04 SpyCas1-Csn2 alns Δgene:(1, 10) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) Killed - Shared
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