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OPENSEQ.org
A-B
Genes: A B A+B
Length: 421 430 851
Sequences: 111 963 75
Seq/Len: 0.26 2.24 0.09
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.92
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.09
2 0.00 0.00 0.09
5 0.00 0.00 0.09
10 0.00 0.00 0.09
20 0.00 0.00 0.09
100 0.00 0.00 0.09
∞ 0.00 0.00 0.09
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
15_I 76_L 2.17 0.46 0.02
34_F 76_L 1.59 0.22 0.01
321_P 223_R 1.59 0.22 0.01
345_K 82_S 1.51 0.19 0.01
69_S 76_L 1.50 0.19 0.01
246_D 283_V 1.45 0.17 0.00
101_E 84_Q 1.42 0.17 0.00
303_S 309_A 1.41 0.17 0.00
249_A 84_Q 1.37 0.15 0.00
392_L 304_F 1.36 0.15 0.00
69_S 32_D 1.36 0.15 0.00
271_A 341_S 1.35 0.15 0.00
312_G 185_S 1.32 0.14 0.00
330_N 81_G 1.30 0.14 0.00
34_F 382_L 1.29 0.14 0.00
351_K 124_A 1.29 0.13 0.00
70_Q 263_S 1.28 0.13 0.00
72_S 314_V 1.28 0.13 0.00
36_E 397_M 1.28 0.13 0.00
62_E 26_V 1.28 0.13 0.00
40_A 250_A 1.27 0.13 0.00
16_I 301_N 1.27 0.13 0.00
106_L 257_K 1.27 0.13 0.00
97_A 99_V 1.26 0.13 0.00
17_I 50_A 1.26 0.13 0.00
32_S 200_Q 1.26 0.13 0.00
8_N 99_V 1.26 0.13 0.00
417_L 71_L 1.25 0.13 0.00
300_E 185_S 1.25 0.12 0.00
45_G 327_I 1.22 0.12 0.00
375_L 302_L 1.22 0.12 0.00
318_N 185_S 1.22 0.12 0.00
327_T 327_I 1.20 0.12 0.00
376_L 304_F 1.18 0.11 0.00
125_K 114_V 1.18 0.11 0.00
64_Y 218_T 1.18 0.11 0.00
269_A 213_K 1.18 0.11 0.00
298_F 309_A 1.17 0.11 0.00
253_A 84_Q 1.17 0.11 0.00
172_E 349_V 1.15 0.11 0.00
395_A 90_A 1.15 0.11 0.00
348_I 27_I 1.15 0.10 0.00
348_I 156_L 1.15 0.10 0.00
50_I 365_T 1.14 0.10 0.00
51_D 257_K 1.13 0.10 0.00
328_K 99_V 1.13 0.10 0.00
63_Q 372_S 1.12 0.10 0.00
328_K 92_S 1.11 0.10 0.00
278_A 394_S 1.11 0.10 0.00
17_I 309_A 1.10 0.10 0.00
407_A 304_F 1.09 0.10 0.00
357_S 360_K 1.09 0.10 0.00
197_A 54_I 1.09 0.10 0.00
74_A 358_I 1.08 0.10 0.00
322_A 329_W 1.08 0.10 0.00
208_R 402_N 1.08 0.09 0.00
63_Q 262_L 1.08 0.09 0.00
253_A 124_A 1.08 0.09 0.00
375_L 230_T 1.07 0.09 0.00
19_A 96_I 1.07 0.09 0.00
366_R 60_A 1.06 0.09 0.00
2_S 87_Q 1.06 0.09 0.00
113_A 21_A 1.06 0.09 0.00
401_P 30_G 1.05 0.09 0.00
400_I 304_F 1.05 0.09 0.00
2_S 382_L 1.05 0.09 0.00
168_K 59_A 1.04 0.09 0.00
38_I 281_R 1.04 0.09 0.00
17_I 49_A 1.04 0.09 0.00
281_A 365_T 1.04 0.09 0.00
37_N 74_A 1.04 0.09 0.00
351_K 122_G 1.04 0.09 0.00
125_K 239_V 1.04 0.09 0.00
362_T 126_G 1.04 0.09 0.00
126_Q 185_S 1.04 0.09 0.00
268_K 202_L 1.03 0.09 0.00
327_T 127_T 1.03 0.09 0.00
74_A 349_V 1.03 0.09 0.00
410_E 58_V 1.03 0.09 0.00
351_K 92_S 1.03 0.09 0.00
124_A 339_V 1.03 0.09 0.00
2_S 76_L 1.02 0.09 0.00
320_S 394_S 1.02 0.08 0.00
127_A 361_Q 1.02 0.08 0.00
32_S 382_L 1.02 0.08 0.00
370_A 224_S 1.01 0.08 0.00
236_K 301_N 1.01 0.08 0.00
253_A 317_V 1.01 0.08 0.00
157_E 257_K 1.01 0.08 0.00
84_K 177_Q 1.00 0.08 0.00
61_V 38_G 1.00 0.08 0.00
30_I 143_Y 1.00 0.08 0.00
194_K 301_N 1.00 0.08 0.00
404_P 96_I 0.99 0.08 0.00
260_A 129_L 0.99 0.08 0.00
69_S 126_G 0.99 0.08 0.00
53_V 183_R 0.99 0.08 0.00
298_F 81_G 0.99 0.08 0.00
131_Q 250_A 0.99 0.08 0.00
315_K 368_V 0.99 0.08 0.00
310_T 327_I 0.99 0.08 0.00
375_L 308_Q 0.99 0.08 0.00
389_Q 96_I 0.98 0.08 0.00
355_A 26_V 0.98 0.08 0.00
382_G 29_S 0.98 0.08 0.00
86_Q 382_L 0.98 0.08 0.00
224_E 59_A 0.97 0.08 0.00
2_S 346_M 0.97 0.08 0.00
252_K 281_R 0.97 0.08 0.00
147_A 323_A 0.97 0.08 0.00
28_A 137_N 0.96 0.08 0.00
313_G 54_I 0.96 0.08 0.00
399_K 123_G 0.96 0.08 0.00
407_A 11_F 0.96 0.08 0.00
358_Y 318_N 0.96 0.08 0.00
125_K 76_L 0.96 0.08 0.00
34_F 200_Q 0.96 0.08 0.00
140_K 314_V 0.96 0.08 0.00
357_S 290_N 0.96 0.07 0.00
304_G 365_T 0.96 0.07 0.00
322_A 58_V 0.95 0.07 0.00
384_D 334_N 0.95 0.07 0.00
403_P 372_S 0.95 0.07 0.00
239_A 124_A 0.95 0.07 0.00
298_F 358_I 0.95 0.07 0.00
109_E 137_N 0.95 0.07 0.00
244_A 16_A 0.95 0.07 0.00
96_Q 75_R 0.95 0.07 0.00
80_Q 6_R 0.95 0.07 0.00
158_E 314_V 0.94 0.07 0.00
16_I 202_L 0.94 0.07 0.00
395_A 224_S 0.94 0.07 0.00
130_K 417_T 0.94 0.07 0.00
49_S 33_S 0.94 0.07 0.00
50_I 257_K 0.93 0.07 0.00
261_D 125_P 0.93 0.07 0.00
89_A 55_G 0.93 0.07 0.00
376_L 243_P 0.93 0.07 0.00
302_S 185_S 0.93 0.07 0.00
369_L 27_I 0.93 0.07 0.00
369_L 156_L 0.93 0.07 0.00
329_N 365_T 0.93 0.07 0.00
69_S 358_I 0.93 0.07 0.00
304_G 318_N 0.93 0.07 0.00
353_Y 218_T 0.93 0.07 0.00
145_A 239_V 0.93 0.07 0.00
328_K 114_V 0.93 0.07 0.00
32_S 17_S 0.93 0.07 0.00
403_P 383_A 0.92 0.07 0.00
221_A 241_S 0.92 0.07 0.00
72_S 240_A 0.92 0.07 0.00
406_Q 128_V 0.92 0.07 0.00
248_K 16_A 0.92 0.07 0.00
337_I 114_V 0.92 0.07 0.00
80_Q 341_S 0.92 0.07 0.00
352_F 282_Q 0.92 0.07 0.00
183_Q 50_A 0.92 0.07 0.00
304_G 200_Q 0.92 0.07 0.00
302_S 76_L 0.92 0.07 0.00
409_Y 360_K 0.92 0.07 0.00
62_E 304_F 0.92 0.07 0.00
405_S 24_R 0.92 0.07 0.00
330_N 301_N 0.92 0.07 0.00
38_I 81_G 0.91 0.07 0.00
352_F 143_Y 0.91 0.07 0.00
245_A 235_A 0.91 0.07 0.00
89_A 72_D 0.91 0.07 0.00
246_D 281_R 0.91 0.07 0.00
403_P 406_T 0.91 0.07 0.00
366_R 94_L 0.91 0.07 0.00
259_A 200_Q 0.91 0.07 0.00
165_A 387_T 0.91 0.07 0.00
358_Y 351_S 0.91 0.07 0.00
2_S 365_T 0.91 0.07 0.00
151_A 114_V 0.91 0.07 0.00
376_L 50_A 0.91 0.07 0.00
376_L 26_V 0.90 0.07 0.00
38_I 73_R 0.90 0.07 0.00
163_A 190_Y 0.90 0.07 0.00
275_A 213_K 0.90 0.07 0.00
157_E 365_T 0.90 0.07 0.00
102_R 119_V 0.90 0.07 0.00
362_T 49_A 0.90 0.07 0.00
60_V 72_D 0.90 0.07 0.00
377_D 125_P 0.90 0.07 0.00
294_A 383_A 0.90 0.07 0.00
2_S 397_M 0.90 0.07 0.00
116_Q 134_Y 0.90 0.07 0.00
84_K 200_Q 0.90 0.07 0.00
68_Q 76_L 0.90 0.07 0.00
78_D 170_V 0.90 0.07 0.00
307_A 35_R 0.90 0.07 0.00
384_D 262_L 0.90 0.07 0.00
89_A 369_Q 0.90 0.07 0.00
59_A 226_L 0.90 0.07 0.00
86_Q 125_P 0.89 0.07 0.00
85_E 72_D 0.89 0.07 0.00
361_K 92_S 0.89 0.07 0.00
393_A 58_V 0.89 0.07 0.00
349_E 317_V 0.89 0.07 0.00
247_K 84_Q 0.89 0.07 0.00
62_E 32_D 0.89 0.07 0.00
16_I 212_S 0.89 0.07 0.00
294_A 225_A 0.89 0.07 0.00
358_Y 223_R 0.89 0.07 0.00
26_F 105_T 0.89 0.07 0.00
84_K 50_A 0.89 0.07 0.00
63_Q 28_D 0.89 0.07 0.00
342_G 263_S 0.89 0.07 0.00
187_E 170_V 0.89 0.07 0.00
41_S 81_G 0.89 0.07 0.00
375_L 28_D 0.89 0.07 0.00
185_K 239_V 0.89 0.07 0.00
414_N 160_K 0.89 0.07 0.00
158_E 346_M 0.89 0.07 0.00
345_K 128_V 0.89 0.07 0.00
236_K 59_A 0.89 0.07 0.00
262_K 365_T 0.89 0.07 0.00
377_D 124_A 0.88 0.07 0.00
267_E 127_T 0.88 0.07 0.00
348_I 282_Q 0.88 0.07 0.00
205_A 141_L 0.88 0.07 0.00
324_S 126_G 0.88 0.07 0.00
184_K 212_S 0.88 0.07 0.00
339_N 148_A 0.88 0.07 0.00
249_A 124_A 0.88 0.07 0.00
44_G 181_E 0.88 0.07 0.00
32_S 365_T 0.88 0.07 0.00
337_I 28_D 0.88 0.07 0.00
412_F 360_K 0.88 0.07 0.00
69_S 290_N 0.88 0.07 0.00
410_E 141_L 0.88 0.07 0.00
116_Q 6_R 0.88 0.07 0.00
114_Q 96_I 0.88 0.07 0.00
312_G 327_I 0.87 0.07 0.00
89_A 52_E 0.87 0.07 0.00
158_E 144_A 0.87 0.07 0.00
66_R 420_Q 0.87 0.07 0.00
38_I 71_L 0.87 0.07 0.00
166_D 341_S 0.87 0.07 0.00
237_K 107_N 0.87 0.07 0.00
408_V 27_I 0.87 0.07 0.00
408_V 156_L 0.87 0.07 0.00
116_Q 73_R 0.87 0.07 0.00
32_S 50_A 0.87 0.06 0.00
224_E 33_S 0.87 0.06 0.00
98_A 160_K 0.87 0.06 0.00
94_E 367_G 0.87 0.06 0.00
322_A 406_T 0.87 0.06 0.00
378_I 28_D 0.87 0.06 0.00
91_E 59_A 0.87 0.06 0.00
196_K 124_A 0.87 0.06 0.00
325_G 171_V 0.87 0.06 0.00
281_A 394_S 0.87 0.06 0.00
337_I 99_V 0.87 0.06 0.00
330_N 84_Q 0.86 0.06 0.00
88_A 60_A 0.86 0.06 0.00
15_I 71_L 0.86 0.06 0.00
222_E 58_V 0.86 0.06 0.00
59_A 413_R 0.86 0.06 0.00
394_A 210_D 0.86 0.06 0.00
26_F 212_S 0.86 0.06 0.00
348_I 123_G 0.86 0.06 0.00
177_K 314_V 0.86 0.06 0.00
19_A 350_S 0.86 0.06 0.00
374_M 237_R 0.86 0.06 0.00
377_D 99_V 0.86 0.06 0.00
395_A 226_L 0.86 0.06 0.00
375_L 221_S 0.86 0.06 0.00
213_T 84_Q 0.86 0.06 0.00
364_T 309_A 0.86 0.06 0.00
361_K 114_V 0.86 0.06 0.00
167_A 22_E 0.86 0.06 0.00
213_T 141_L 0.86 0.06 0.00
116_Q 257_K 0.86 0.06 0.00
269_A 53_D 0.86 0.06 0.00
183_Q 114_V 0.86 0.06 0.00
312_G 22_E 0.86 0.06 0.00
396_K 349_V 0.86 0.06 0.00
251_E 84_Q 0.86 0.06 0.00
361_K 27_I 0.86 0.06 0.00
361_K 156_L 0.86 0.06 0.00
407_A 133_S 0.86 0.06 0.00
403_P 262_L 0.86 0.06 0.00
2_S 73_R 0.86 0.06 0.00
62_E 200_Q 0.86 0.06 0.00
74_A 32_D 0.86 0.06 0.00
298_F 32_D 0.85 0.06 0.00
31_W 38_G 0.85 0.06 0.00
49_S 257_K 0.85 0.06 0.00
336_D 10_G 0.85 0.06 0.00
396_K 33_S 0.85 0.06 0.00
132_K 319_I 0.85 0.06 0.00
71_E 283_V 0.85 0.06 0.00
54_M 101_V 0.85 0.06 0.00
14_A 281_R 0.85 0.06 0.00
150_E 100_V 0.85 0.06 0.00
89_A 257_K 0.85 0.06 0.00
77_S 109_D 0.85 0.06 0.00
352_F 192_Q 0.85 0.06 0.00
93_R 160_K 0.85 0.06 0.00
362_T 76_L 0.85 0.06 0.00
183_Q 185_S 0.85 0.06 0.00
342_G 200_Q 0.85 0.06 0.00
419_F 147_T 0.85 0.06 0.00
131_Q 9_F 0.85 0.06 0.00
360_G 346_M 0.85 0.06 0.00
205_A 361_Q 0.85 0.06 0.00
364_T 152_V 0.85 0.06 0.00
416_P 19_L 0.85 0.06 0.00
246_D 393_S 0.84 0.06 0.00
401_P 112_Y 0.84 0.06 0.00
153_A 74_A 0.84 0.06 0.00
288_A 43_Q 0.84 0.06 0.00
2_S 53_D 0.84 0.06 0.00
106_L 109_D 0.84 0.06 0.00
51_D 299_S 0.84 0.06 0.00
419_F 57_I 0.84 0.06 0.00
119_Q 340_S 0.84 0.06 0.00
199_A 58_V 0.84 0.06 0.00
61_V 302_L 0.84 0.06 0.00
176_A 341_S 0.84 0.06 0.00
236_K 185_S 0.84 0.06 0.00
352_F 151_E 0.84 0.06 0.00
55_V 251_F 0.84 0.06 0.00
36_E 382_L 0.84 0.06 0.00
416_P 194_V 0.84 0.06 0.00
365_L 185_S 0.84 0.06 0.00
213_T 250_A 0.84 0.06 0.00
375_L 236_V 0.84 0.06 0.00
72_S 317_V 0.84 0.06 0.00
281_A 81_G 0.84 0.06 0.00
338_N 327_I 0.84 0.06 0.00
386_A 302_L 0.84 0.06 0.00
151_A 274_D 0.84 0.06 0.00
171_A 54_I 0.84 0.06 0.00
303_S 144_A 0.84 0.06 0.00
281_A 257_K 0.84 0.06 0.00
254_A 92_S 0.84 0.06 0.00
378_I 302_L 0.84 0.06 0.00
251_E 133_S 0.84 0.06 0.00
289_K 124_A 0.83 0.06 0.00
384_D 105_T 0.83 0.06 0.00
298_F 134_Y 0.83 0.06 0.00
392_L 365_T 0.83 0.06 0.00
78_D 14_L 0.83 0.06 0.00
129_L 398_G 0.83 0.06 0.00
252_K 185_S 0.83 0.06 0.00
24_I 233_N 0.83 0.06 0.00
3_K 304_F 0.83 0.06 0.00
319_A 112_Y 0.83 0.06 0.00
327_T 290_N 0.83 0.06 0.00
313_G 200_Q 0.83 0.06 0.00
72_S 29_S 0.83 0.06 0.00
169_K 74_A 0.83 0.06 0.00
331_G 396_G 0.83 0.06 0.00
14_A 232_A 0.83 0.06 0.00
377_D 58_V 0.83 0.06 0.00
116_Q 365_T 0.83 0.06 0.00
80_Q 160_K 0.83 0.06 0.00
58_G 394_S 0.83 0.06 0.00
4_A 19_L 0.83 0.06 0.00
356_S 368_V 0.82 0.06 0.00
328_K 135_K 0.82 0.06 0.00
263_K 337_A 0.82 0.06 0.00
240_A 309_A 0.82 0.06 0.00
32_S 358_I 0.82 0.06 0.00
34_F 360_K 0.82 0.06 0.00
38_I 177_Q 0.82 0.06 0.00
49_S 134_Y 0.82 0.06 0.00
304_G 73_R 0.82 0.06 0.00
202_A 193_F 0.82 0.06 0.00
355_A 304_F 0.82 0.06 0.00
118_K 104_V 0.82 0.06 0.00
227_A 250_A 0.82 0.06 0.00
49_S 290_N 0.82 0.06 0.00
287_A 379_T 0.82 0.06 0.00
68_Q 197_R 0.82 0.06 0.00
164_A 60_A 0.82 0.06 0.00
213_T 258_L 0.82 0.06 0.00
295_D 239_V 0.82 0.06 0.00
337_I 27_I 0.82 0.06 0.00
337_I 156_L 0.82 0.06 0.00
378_I 27_I 0.82 0.06 0.00
378_I 156_L 0.82 0.06 0.00
34_F 358_I 0.82 0.06 0.00
57_S 262_L 0.82 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
14315 TolA_TolB Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) Running - Shared
4541 0.09 A-B Δgene:(1, 100) A:(1E-20, 2) B:(1E-20, 2) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.02 Done
4530 0.02 A-B Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) Killed
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