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OPENSEQ.org
cIV_A_80_cI_N_80_1_human
Genes: A B A+B
Length: 513 347 856
Sequences: 3020 3275 1397
Seq/Len: 5.89 9.44 1.63
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.87
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 1.44
2 0.00 0.00 1.47
5 0.01 0.00 1.48
10 0.01 0.00 1.50
20 0.01 0.00 1.62
100 0.02 0.00 1.62
∞ 0.05 0.00 1.62
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
7_L 70_L 1.53 0.89 0.29
133_A 181_Y 1.35 0.79 0.18
133_A 15_A 1.32 0.77 0.17
391_G 68_M 1.32 0.77 0.17
265_K 121_G 1.29 0.75 0.16
215_L 39_A 1.26 0.72 0.14
334_W 176_R 1.26 0.72 0.14
286_I 121_G 1.22 0.69 0.13
49_G 66_A 1.20 0.67 0.12
162_I 140_S 1.20 0.67 0.12
423_L 178_I 1.20 0.67 0.12
447_Y 195_P 1.19 0.66 0.12
146_T 35_M 1.19 0.65 0.11
215_L 38_L 1.19 0.65 0.11
166_T 58_K 1.18 0.65 0.11
350_V 104_M 1.16 0.63 0.11
510_Y 188_G 1.16 0.63 0.10
357_V 75_L 1.16 0.63 0.10
409_Y 168_G 1.15 0.62 0.10
357_V 286_T 1.15 0.61 0.10
162_I 55_A 1.14 0.61 0.10
176_M 197_N 1.13 0.60 0.09
409_Y 165_G 1.12 0.59 0.09
391_G 339_I 1.11 0.58 0.09
453_L 31_V 1.11 0.58 0.09
133_A 241_T 1.11 0.58 0.09
261_Y 201_T 1.10 0.57 0.09
21_L 173_T 1.10 0.57 0.09
363_L 257_L 1.10 0.57 0.09
116_A 35_M 1.10 0.56 0.09
465_V 35_M 1.10 0.56 0.09
394_I 281_I 1.09 0.56 0.08
409_Y 66_A 1.09 0.56 0.08
190_I 264_W 1.09 0.55 0.08
299_V 186_H 1.08 0.55 0.08
26_A 160_L 1.08 0.54 0.08
475_A 72_M 1.07 0.54 0.08
502_Y 174_Q 1.07 0.54 0.08
470_F 44_L 1.07 0.54 0.08
286_I 27_F 1.07 0.54 0.08
87_I 121_G 1.06 0.53 0.08
356_I 39_A 1.06 0.53 0.07
218_T 210_I 1.06 0.53 0.07
416_I 38_L 1.06 0.52 0.07
393_F 24_S 1.05 0.52 0.07
481_K 104_M 1.05 0.52 0.07
168_I 39_A 1.04 0.51 0.07
405_L 166_S 1.04 0.51 0.07
389_I 295_R 1.04 0.51 0.07
357_V 154_L 1.03 0.49 0.07
332_M 123_P 1.03 0.49 0.07
286_I 20_T 1.03 0.49 0.07
509_V 39_A 1.02 0.49 0.07
283_L 177_K 1.02 0.49 0.07
218_T 178_I 1.02 0.49 0.07
215_L 55_A 1.02 0.49 0.07
87_I 193_V 1.02 0.49 0.07
7_L 136_L 1.02 0.48 0.06
365_I 186_H 1.02 0.48 0.06
391_G 17_T 1.02 0.48 0.06
179_Y 144_Q 1.01 0.48 0.06
511_M 210_I 1.01 0.48 0.06
489_S 14_F 1.01 0.48 0.06
400_F 55_A 1.01 0.47 0.06
33_L 33_L 1.00 0.47 0.06
490_M 141_I 1.00 0.46 0.06
5_R 117_E 1.00 0.46 0.06
43_Q 168_G 1.00 0.46 0.06
507_E 265_A 1.00 0.46 0.06
278_M 61_L 1.00 0.46 0.06
39_A 281_I 1.00 0.46 0.06
413_H 126_S 1.00 0.46 0.06
20_L 51_R 0.99 0.46 0.06
166_T 270_F 0.99 0.45 0.06
500_P 177_K 0.99 0.45 0.06
187_S 301_S 0.98 0.45 0.06
389_I 177_K 0.98 0.45 0.06
307_S 139_I 0.98 0.45 0.06
397_F 305_L 0.98 0.45 0.06
475_A 50_P 0.98 0.45 0.06
307_S 268_E 0.98 0.44 0.06
453_L 14_F 0.98 0.44 0.06
407_Q 309_N 0.98 0.44 0.06
47_L 38_L 0.98 0.44 0.06
35_L 58_K 0.97 0.44 0.06
166_T 175_L 0.97 0.43 0.05
33_L 287_L 0.96 0.43 0.05
356_I 177_K 0.96 0.42 0.05
412_I 178_I 0.96 0.42 0.05
135_N 166_S 0.96 0.42 0.05
328_H 248_F 0.96 0.42 0.05
21_L 93_Y 0.96 0.42 0.05
56_V 175_L 0.96 0.42 0.05
137_S 65_T 0.95 0.42 0.05
331_N 205_L 0.95 0.42 0.05
141_A 289_N 0.95 0.42 0.05
500_P 295_R 0.95 0.41 0.05
270_Y 188_G 0.95 0.41 0.05
447_Y 161_S 0.95 0.41 0.05
69_M 295_R 0.95 0.41 0.05
335_S 70_L 0.94 0.41 0.05
253_M 141_I 0.94 0.40 0.05
109_L 119_T 0.94 0.40 0.05
465_V 261_L 0.94 0.40 0.05
297_M 204_N 0.94 0.40 0.05
190_I 164_A 0.94 0.40 0.05
50_N 35_M 0.93 0.40 0.05
466_M 212_T 0.93 0.39 0.05
363_L 201_T 0.93 0.39 0.05
475_A 180_A 0.93 0.39 0.05
135_N 29_T 0.93 0.39 0.05
113_L 33_L 0.93 0.39 0.05
139_P 53_T 0.93 0.39 0.05
166_T 212_T 0.93 0.39 0.05
434_S 24_S 0.93 0.39 0.05
410_A 289_N 0.93 0.39 0.05
404_T 206_T 0.93 0.39 0.04
464_A 229_L 0.92 0.38 0.04
115_S 53_T 0.92 0.38 0.04
136_Y 64_A 0.92 0.38 0.04
345_I 296_L 0.92 0.38 0.04
409_Y 130_L 0.92 0.38 0.04
26_A 242_P 0.92 0.38 0.04
39_A 58_K 0.91 0.37 0.04
35_L 308_S 0.91 0.37 0.04
314_I 116_P 0.91 0.37 0.04
87_I 141_I 0.91 0.37 0.04
495_L 117_E 0.91 0.37 0.04
146_T 215_A 0.90 0.36 0.04
466_M 5_A 0.90 0.36 0.04
446_A 58_K 0.90 0.36 0.04
87_I 58_K 0.90 0.36 0.04
456_V 47_K 0.90 0.36 0.04
325_A 70_L 0.90 0.36 0.04
253_M 58_K 0.90 0.36 0.04
483_L 279_P 0.90 0.36 0.04
133_A 89_T 0.90 0.36 0.04
114_A 211_L 0.90 0.36 0.04
464_A 223_S 0.90 0.36 0.04
472_I 167_W 0.89 0.36 0.04
7_L 325_F 0.89 0.35 0.04
26_A 175_L 0.89 0.35 0.04
166_T 222_N 0.89 0.35 0.04
405_L 216_F 0.89 0.35 0.04
253_M 192_A 0.89 0.35 0.04
18_L 176_R 0.89 0.35 0.04
56_V 161_S 0.89 0.35 0.04
133_A 199_N 0.88 0.35 0.04
146_T 24_S 0.88 0.34 0.04
511_M 35_M 0.88 0.34 0.04
469_I 98_I 0.88 0.34 0.04
395_H 292_F 0.87 0.34 0.04
20_L 35_M 0.87 0.34 0.04
476_F 143_Y 0.87 0.34 0.04
325_A 166_S 0.87 0.34 0.04
443_Y 178_I 0.87 0.33 0.04
168_I 309_N 0.87 0.33 0.04
21_L 89_T 0.87 0.33 0.04
205_G 25_H 0.87 0.33 0.04
507_E 39_A 0.87 0.33 0.04
7_L 291_Y 0.87 0.33 0.04
469_I 261_L 0.87 0.33 0.04
506_E 284_T 0.86 0.33 0.04
325_A 133_W 0.86 0.33 0.04
192_A 27_F 0.86 0.33 0.04
423_L 140_S 0.86 0.32 0.04
145_L 72_M 0.86 0.32 0.04
116_A 31_V 0.86 0.32 0.04
56_V 137_A 0.86 0.32 0.04
137_S 54_E 0.86 0.32 0.04
109_L 127_G 0.86 0.32 0.04
327_L 178_I 0.86 0.32 0.03
391_G 236_K 0.86 0.32 0.03
20_L 185_T 0.85 0.32 0.03
198_S 267_I 0.85 0.32 0.03
48_L 201_T 0.85 0.32 0.03
490_M 77_N 0.85 0.32 0.03
464_A 13_I 0.85 0.32 0.03
390_M 282_M 0.85 0.32 0.03
448_T 16_G 0.85 0.32 0.03
43_Q 165_G 0.85 0.32 0.03
468_M 19_I 0.85 0.32 0.03
470_F 97_M 0.85 0.32 0.03
223_A 53_T 0.85 0.32 0.03
483_L 142_M 0.85 0.31 0.03
134_G 333_T 0.85 0.31 0.03
363_L 139_I 0.85 0.31 0.03
229_I 70_L 0.85 0.31 0.03
279_S 21_A 0.84 0.31 0.03
155_V 283_A 0.84 0.31 0.03
166_T 12_T 0.84 0.31 0.03
504_T 37_M 0.84 0.31 0.03
22_F 55_A 0.84 0.31 0.03
467_L 279_P 0.84 0.31 0.03
484_M 166_S 0.84 0.31 0.03
462_L 230_L 0.84 0.31 0.03
397_F 166_S 0.84 0.30 0.03
265_K 58_K 0.84 0.30 0.03
50_N 254_L 0.84 0.30 0.03
258_V 45_T 0.84 0.30 0.03
215_L 118_V 0.84 0.30 0.03
139_P 214_T 0.84 0.30 0.03
434_S 162_I 0.84 0.30 0.03
260_Y 185_T 0.83 0.30 0.03
47_L 58_K 0.83 0.30 0.03
279_S 181_Y 0.83 0.30 0.03
168_I 108_M 0.83 0.30 0.03
413_H 72_M 0.83 0.30 0.03
73_I 52_S 0.83 0.30 0.03
119_E 16_G 0.83 0.30 0.03
490_M 166_S 0.83 0.30 0.03
404_T 130_L 0.83 0.29 0.03
83_V 109_A 0.83 0.29 0.03
193_I 197_N 0.83 0.29 0.03
250_G 133_W 0.83 0.29 0.03
50_N 214_T 0.83 0.29 0.03
136_Y 41_I 0.82 0.29 0.03
495_L 113_F 0.82 0.29 0.03
204_A 204_N 0.82 0.29 0.03
43_Q 338_P 0.82 0.29 0.03
48_L 25_H 0.82 0.29 0.03
339_L 38_L 0.82 0.29 0.03
116_A 133_W 0.82 0.29 0.03
434_S 117_E 0.82 0.29 0.03
274_V 124_L 0.82 0.29 0.03
33_L 187_M 0.82 0.29 0.03
108_S 24_S 0.82 0.29 0.03
114_A 266_I 0.82 0.29 0.03
267_P 55_A 0.82 0.29 0.03
286_I 101_A 0.82 0.29 0.03
413_H 199_N 0.82 0.28 0.03
446_A 102_M 0.82 0.28 0.03
190_I 31_V 0.82 0.28 0.03
64_V 243_L 0.82 0.28 0.03
286_I 197_N 0.81 0.28 0.03
405_L 12_T 0.81 0.28 0.03
333_K 216_F 0.81 0.28 0.03
324_L 264_W 0.81 0.28 0.03
39_A 121_G 0.81 0.28 0.03
497_G 106_L 0.81 0.28 0.03
117_M 78_N 0.81 0.28 0.03
504_T 295_R 0.81 0.28 0.03
479_K 52_S 0.81 0.28 0.03
307_S 73_A 0.81 0.28 0.03
187_S 115_V 0.81 0.28 0.03
135_N 248_F 0.81 0.28 0.03
502_Y 282_M 0.81 0.28 0.03
29_L 289_N 0.81 0.28 0.03
478_S 23_S 0.81 0.28 0.03
338_V 187_M 0.81 0.28 0.03
122_A 133_W 0.81 0.28 0.03
490_M 339_I 0.81 0.28 0.03
270_Y 62_T 0.81 0.28 0.03
108_S 61_L 0.81 0.28 0.03
470_F 191_M 0.80 0.27 0.03
178_Q 145_I 0.80 0.27 0.03
397_F 12_T 0.80 0.27 0.03
260_Y 225_T 0.80 0.27 0.03
475_A 68_M 0.80 0.27 0.03
397_F 50_P 0.80 0.27 0.03
482_V 165_G 0.80 0.27 0.03
456_V 72_M 0.80 0.27 0.03
392_G 247_T 0.80 0.27 0.03
8_F 212_T 0.80 0.27 0.03
36_L 35_M 0.80 0.27 0.03
26_A 308_S 0.79 0.27 0.03
223_A 44_L 0.79 0.27 0.03
453_L 318_E 0.79 0.26 0.03
36_L 66_A 0.79 0.26 0.03
395_H 289_N 0.79 0.26 0.03
193_I 304_L 0.79 0.26 0.03
475_A 306_P 0.79 0.26 0.03
97_M 40_F 0.79 0.26 0.03
357_V 223_S 0.79 0.26 0.03
449_T 52_S 0.79 0.26 0.03
401_S 283_A 0.79 0.26 0.03
331_N 257_L 0.79 0.26 0.03
69_M 177_K 0.79 0.26 0.03
389_I 39_A 0.79 0.26 0.03
350_V 70_L 0.79 0.26 0.03
459_F 166_S 0.79 0.26 0.03
189_L 44_L 0.79 0.26 0.03
204_A 124_L 0.79 0.26 0.03
36_L 53_T 0.79 0.26 0.03
137_S 141_I 0.79 0.26 0.03
434_S 305_L 0.78 0.26 0.03
456_V 301_S 0.78 0.26 0.03
253_M 198_P 0.78 0.26 0.03
492_L 173_T 0.78 0.26 0.03
43_Q 247_T 0.78 0.26 0.03
453_L 7_P 0.78 0.26 0.03
392_G 38_L 0.78 0.26 0.03
31_T 16_G 0.78 0.26 0.03
419_I 326_L 0.78 0.26 0.03
286_I 206_T 0.78 0.26 0.03
5_R 174_Q 0.78 0.26 0.03
345_I 248_F 0.78 0.25 0.03
392_G 25_H 0.78 0.25 0.03
307_S 190_M 0.78 0.25 0.03
468_M 245_P 0.78 0.25 0.03
468_M 104_M 0.78 0.25 0.03
336_A 7_P 0.78 0.25 0.03
133_A 335_L 0.78 0.25 0.03
496_Y 6_Q 0.78 0.25 0.03
453_L 146_S 0.78 0.25 0.03
404_T 191_M 0.78 0.25 0.03
462_L 198_P 0.78 0.25 0.03
193_I 288_L 0.78 0.25 0.03
179_Y 140_S 0.78 0.25 0.02
320_V 209_I 0.78 0.25 0.02
452_T 209_I 0.78 0.25 0.02
314_I 272_K 0.77 0.25 0.02
166_T 51_R 0.77 0.25 0.02
120_A 211_L 0.77 0.25 0.02
74_M 18_L 0.77 0.25 0.02
43_Q 24_S 0.77 0.25 0.02
404_T 23_S 0.77 0.25 0.02
133_A 8_V 0.77 0.25 0.02
139_P 117_E 0.77 0.25 0.02
395_H 73_A 0.77 0.25 0.02
21_L 170_L 0.77 0.25 0.02
413_H 244_I 0.77 0.25 0.02
464_A 156_T 0.77 0.25 0.02
282_F 44_L 0.77 0.24 0.02
452_T 162_I 0.77 0.24 0.02
483_L 181_Y 0.77 0.24 0.02
472_I 338_P 0.77 0.24 0.02
114_A 209_I 0.77 0.24 0.02
279_S 289_N 0.77 0.24 0.02
320_V 6_Q 0.77 0.24 0.02
179_Y 303_T 0.77 0.24 0.02
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
4548 0.73 cIV_A_80_cI_N_80_1_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-80, 8) B:(1E-80, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.51 Done - Shared
4546 0.73 cIV_A_60_cI_N_80_1_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 8) B:(1E-80, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.51 Done - Shared
4539 2.82 cIV_A_80_cI_N_60_1_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-80, 8) B:(1E-60, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.05 Done - Shared
4536 1.63 cIV_A_80_cI_N_80_1_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-80, 8) B:(1E-80, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.29 Done - Shared
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