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OPENSEQ.org
cIV_A_40_cI_J_40_human
Genes: A B A+B
Length: 513 174 686
Sequences: 3245 251 59
Seq/Len: 6.33 1.44 0.09
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.23
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.00
5 0.01 0.00 0.00
10 0.01 0.00 0.09
20 0.01 0.00 0.09
100 0.02 0.00 0.09
∞ 0.06 0.00 0.09
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
509_V 155_V 1.82 0.30 0.00
512_K 138_D 1.80 0.30 0.00
467_L 21_S 1.77 0.28 0.00
297_M 3_Y 1.55 0.20 0.00
488_P 87_E 1.54 0.20 0.00
452_T 49_G 1.51 0.19 0.00
253_M 131_G 1.51 0.19 0.00
297_M 10_V 1.48 0.18 0.00
507_E 144_A 1.47 0.18 0.00
189_L 171_A 1.45 0.17 0.00
485_V 64_M 1.43 0.17 0.00
177_T 139_P 1.41 0.16 0.00
453_L 31_V 1.40 0.16 0.00
452_T 12_L 1.37 0.15 0.00
350_V 150_R 1.37 0.15 0.00
253_M 136_R 1.36 0.15 0.00
297_M 148_Y 1.36 0.15 0.00
412_I 85_G 1.36 0.15 0.00
189_L 152_L 1.35 0.15 0.00
507_E 18_G 1.35 0.15 0.00
117_M 137_E 1.34 0.15 0.00
511_M 31_V 1.34 0.15 0.00
297_M 136_R 1.33 0.14 0.00
487_E 37_V 1.31 0.14 0.00
507_E 137_E 1.30 0.14 0.00
507_E 159_T 1.29 0.14 0.00
481_K 50_Y 1.29 0.13 0.00
507_E 163_G 1.29 0.13 0.00
117_M 71_T 1.29 0.13 0.00
489_S 166_I 1.29 0.13 0.00
453_L 12_L 1.28 0.13 0.00
297_M 38_V 1.28 0.13 0.00
117_M 144_A 1.27 0.13 0.00
350_V 12_L 1.27 0.13 0.00
487_E 75_I 1.26 0.13 0.00
507_E 95_G 1.26 0.13 0.00
409_Y 50_Y 1.25 0.13 0.00
117_M 163_G 1.24 0.12 0.00
48_L 102_L 1.24 0.12 0.00
350_V 159_T 1.24 0.12 0.00
391_G 21_S 1.23 0.12 0.00
449_T 164_V 1.23 0.12 0.00
146_T 163_G 1.22 0.12 0.00
146_T 136_R 1.22 0.12 0.00
146_T 18_G 1.21 0.12 0.00
489_S 144_A 1.21 0.12 0.00
35_L 139_P 1.21 0.12 0.00
253_M 10_V 1.20 0.12 0.00
406_D 108_E 1.20 0.12 0.00
117_M 156_T 1.19 0.11 0.00
507_E 88_V 1.19 0.11 0.00
512_K 130_E 1.19 0.11 0.00
146_T 137_E 1.18 0.11 0.00
117_M 166_I 1.18 0.11 0.00
483_L 8_L 1.17 0.11 0.00
155_V 49_G 1.17 0.11 0.00
489_S 102_L 1.17 0.11 0.00
117_M 159_T 1.17 0.11 0.00
48_L 156_T 1.17 0.11 0.00
449_T 122_G 1.16 0.11 0.00
453_L 137_E 1.15 0.10 0.00
452_T 150_R 1.15 0.10 0.00
466_M 155_V 1.15 0.10 0.00
423_L 165_Y 1.14 0.10 0.00
456_V 152_L 1.14 0.10 0.00
488_P 14_M 1.14 0.10 0.00
492_L 143_G 1.14 0.10 0.00
489_S 44_L 1.14 0.10 0.00
415_T 145_L 1.13 0.10 0.00
467_L 3_Y 1.13 0.10 0.00
485_V 31_V 1.13 0.10 0.00
46_N 132_S 1.13 0.10 0.00
117_M 95_G 1.12 0.10 0.00
452_T 33_I 1.12 0.10 0.00
415_T 104_L 1.12 0.10 0.00
122_A 47_G 1.12 0.10 0.00
146_T 166_I 1.12 0.10 0.00
481_K 37_V 1.11 0.10 0.00
189_L 144_A 1.11 0.10 0.00
297_M 88_V 1.11 0.10 0.00
297_M 91_S 1.10 0.10 0.00
189_L 102_L 1.10 0.10 0.00
449_T 88_V 1.10 0.10 0.00
155_V 165_Y 1.10 0.10 0.00
146_T 88_V 1.10 0.10 0.00
117_M 153_V 1.09 0.10 0.00
467_L 153_V 1.09 0.10 0.00
410_A 95_G 1.09 0.10 0.00
511_M 33_I 1.09 0.10 0.00
350_V 33_I 1.09 0.10 0.00
489_S 155_V 1.09 0.10 0.00
449_T 133_G 1.08 0.10 0.00
407_Q 107_K 1.08 0.09 0.00
52_H 50_Y 1.08 0.09 0.00
449_T 86_V 1.08 0.09 0.00
408_T 13_V 1.07 0.09 0.00
492_L 124_W 1.07 0.09 0.00
512_K 156_T 1.07 0.09 0.00
48_L 137_E 1.06 0.09 0.00
507_E 156_T 1.06 0.09 0.00
471_M 130_E 1.06 0.09 0.00
483_L 114_V 1.06 0.09 0.00
137_S 50_Y 1.06 0.09 0.00
253_M 139_P 1.06 0.09 0.00
122_A 8_L 1.06 0.09 0.00
510_Y 103_V 1.05 0.09 0.00
472_I 123_S 1.05 0.09 0.00
481_K 142_A 1.05 0.09 0.00
509_V 75_I 1.05 0.09 0.00
453_L 150_R 1.05 0.09 0.00
453_L 159_T 1.05 0.09 0.00
489_S 159_T 1.05 0.09 0.00
409_Y 142_A 1.04 0.09 0.00
416_I 6_F 1.04 0.09 0.00
410_A 171_A 1.04 0.09 0.00
483_L 129_G 1.04 0.09 0.00
189_L 48_G 1.04 0.09 0.00
471_M 102_L 1.04 0.09 0.00
507_E 150_R 1.04 0.09 0.00
117_M 88_V 1.04 0.09 0.00
507_E 168_I 1.03 0.09 0.00
35_L 16_F 1.03 0.09 0.00
449_T 89_L 1.03 0.09 0.00
35_L 86_V 1.03 0.09 0.00
146_T 109_Y 1.03 0.09 0.00
492_L 109_Y 1.03 0.09 0.00
48_L 38_V 1.02 0.09 0.00
512_K 77_E 1.02 0.09 0.00
489_S 122_G 1.02 0.09 0.00
48_L 88_V 1.02 0.08 0.00
488_P 5_L 1.02 0.08 0.00
453_L 112_V 1.02 0.08 0.00
189_L 18_G 1.01 0.08 0.00
253_M 117_N 1.01 0.08 0.00
509_V 119_N 1.01 0.08 0.00
466_M 136_R 1.01 0.08 0.00
48_L 109_Y 1.01 0.08 0.00
415_T 115_V 1.01 0.08 0.00
407_Q 103_V 1.01 0.08 0.00
406_D 87_E 1.01 0.08 0.00
492_L 130_E 1.01 0.08 0.00
507_E 124_W 1.01 0.08 0.00
253_M 14_M 1.00 0.08 0.00
391_G 86_V 1.00 0.08 0.00
408_T 106_V 1.00 0.08 0.00
484_M 86_V 1.00 0.08 0.00
507_E 46_F 1.00 0.08 0.00
48_L 3_Y 1.00 0.08 0.00
48_L 144_A 1.00 0.08 0.00
487_E 164_V 1.00 0.08 0.00
492_L 44_L 1.00 0.08 0.00
512_K 81_A 1.00 0.08 0.00
512_K 165_Y 1.00 0.08 0.00
35_L 108_E 1.00 0.08 0.00
297_M 86_V 1.00 0.08 0.00
401_S 91_S 1.00 0.08 0.00
408_T 5_L 1.00 0.08 0.00
471_M 38_V 1.00 0.08 0.00
485_V 43_I 1.00 0.08 0.00
456_V 171_A 1.00 0.08 0.00
481_K 75_I 1.00 0.08 0.00
507_E 102_L 1.00 0.08 0.00
507_E 71_T 1.00 0.08 0.00
48_L 91_S 0.99 0.08 0.00
391_G 75_I 0.99 0.08 0.00
350_V 8_L 0.99 0.08 0.00
453_L 93_L 0.99 0.08 0.00
510_Y 148_Y 0.99 0.08 0.00
510_Y 3_Y 0.99 0.08 0.00
117_M 165_Y 0.99 0.08 0.00
350_V 49_G 0.99 0.08 0.00
189_L 137_E 0.99 0.08 0.00
510_Y 156_T 0.99 0.08 0.00
117_M 41_V 0.98 0.08 0.00
391_G 139_P 0.98 0.08 0.00
449_T 155_V 0.98 0.08 0.00
452_T 152_L 0.98 0.08 0.00
48_L 165_Y 0.98 0.08 0.00
507_E 48_G 0.98 0.08 0.00
189_L 126_I 0.98 0.08 0.00
466_M 159_T 0.98 0.08 0.00
471_M 148_Y 0.98 0.08 0.00
507_E 3_Y 0.98 0.08 0.00
139_P 50_Y 0.98 0.08 0.00
146_T 150_R 0.98 0.08 0.00
415_T 132_S 0.98 0.08 0.00
359_A 21_S 0.98 0.08 0.00
297_M 105_W 0.97 0.08 0.00
408_T 89_L 0.97 0.08 0.00
507_E 148_Y 0.97 0.08 0.00
117_M 150_R 0.97 0.08 0.00
297_M 150_R 0.97 0.08 0.00
509_V 122_G 0.97 0.08 0.00
466_M 118_F 0.97 0.08 0.00
472_I 131_G 0.97 0.08 0.00
509_V 2_M 0.97 0.08 0.00
507_E 44_L 0.97 0.08 0.00
297_M 139_P 0.97 0.08 0.00
509_V 45_N 0.96 0.08 0.00
391_G 45_N 0.96 0.08 0.00
509_V 144_A 0.96 0.08 0.00
189_L 153_V 0.96 0.08 0.00
73_I 21_S 0.96 0.08 0.00
189_L 133_G 0.96 0.08 0.00
483_L 133_G 0.96 0.08 0.00
415_T 7_L 0.96 0.08 0.00
487_E 163_G 0.96 0.08 0.00
510_Y 147_D 0.96 0.08 0.00
46_N 131_G 0.96 0.08 0.00
456_V 14_M 0.96 0.08 0.00
509_V 135_I 0.96 0.08 0.00
492_L 144_A 0.96 0.07 0.00
407_Q 115_V 0.96 0.07 0.00
453_L 94_V 0.96 0.07 0.00
52_H 75_I 0.96 0.07 0.00
350_V 38_V 0.96 0.07 0.00
394_I 44_L 0.96 0.07 0.00
401_S 38_V 0.96 0.07 0.00
452_T 159_T 0.96 0.07 0.00
481_K 85_G 0.96 0.07 0.00
122_A 38_V 0.95 0.07 0.00
511_M 143_G 0.95 0.07 0.00
46_N 101_G 0.95 0.07 0.00
466_M 106_V 0.95 0.07 0.00
484_M 115_V 0.95 0.07 0.00
488_P 135_I 0.95 0.07 0.00
409_Y 37_V 0.95 0.07 0.00
48_L 41_V 0.95 0.07 0.00
453_L 144_A 0.95 0.07 0.00
511_M 86_V 0.95 0.07 0.00
139_P 142_A 0.94 0.07 0.00
507_E 166_I 0.94 0.07 0.00
189_L 3_Y 0.94 0.07 0.00
410_A 165_Y 0.94 0.07 0.00
401_S 128_E 0.94 0.07 0.00
484_M 107_K 0.94 0.07 0.00
511_M 113_V 0.94 0.07 0.00
139_P 75_I 0.94 0.07 0.00
466_M 89_L 0.94 0.07 0.00
117_M 18_G 0.94 0.07 0.00
117_M 12_L 0.94 0.07 0.00
415_T 106_V 0.93 0.07 0.00
146_T 144_A 0.93 0.07 0.00
471_M 144_A 0.93 0.07 0.00
48_L 48_G 0.93 0.07 0.00
415_T 86_V 0.93 0.07 0.00
512_K 161_F 0.93 0.07 0.00
489_S 118_F 0.93 0.07 0.00
350_V 88_V 0.93 0.07 0.00
489_S 113_V 0.93 0.07 0.00
512_K 168_I 0.93 0.07 0.00
48_L 8_L 0.93 0.07 0.00
48_L 95_G 0.93 0.07 0.00
146_T 10_V 0.93 0.07 0.00
297_M 8_L 0.93 0.07 0.00
415_T 128_E 0.93 0.07 0.00
453_L 152_L 0.93 0.07 0.00
176_M 110_D 0.92 0.07 0.00
507_E 31_V 0.92 0.07 0.00
409_Y 75_I 0.92 0.07 0.00
452_T 123_S 0.92 0.07 0.00
496_Y 5_L 0.92 0.07 0.00
453_L 140_I 0.92 0.07 0.00
510_Y 130_E 0.92 0.07 0.00
488_P 128_E 0.92 0.07 0.00
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137_S 75_I 0.92 0.07 0.00
507_E 153_V 0.92 0.07 0.00
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146_T 94_V 0.91 0.07 0.00
48_L 18_G 0.90 0.07 0.00
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423_L 138_D 0.87 0.07 0.00
485_V 121_V 0.87 0.07 0.00
189_L 88_V 0.87 0.06 0.00
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466_M 135_I 0.87 0.06 0.00
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509_V 107_K 0.87 0.06 0.00
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117_M 102_L 0.86 0.06 0.00
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496_Y 142_A 0.86 0.06 0.00
48_L 94_V 0.86 0.06 0.00
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137_S 142_A 0.86 0.06 0.00
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137_S 37_V 0.86 0.06 0.00
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117_M 109_Y 0.85 0.06 0.00
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48_L 159_T 0.85 0.06 0.00
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452_T 41_V 0.85 0.06 0.00
453_L 163_G 0.85 0.06 0.00
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452_T 71_T 0.85 0.06 0.00
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481_K 51_M 0.85 0.06 0.00
415_T 129_G 0.85 0.06 0.00
410_A 48_G 0.84 0.06 0.00
118_V 145_L 0.84 0.06 0.00
415_T 121_V 0.84 0.06 0.00
453_L 71_T 0.84 0.06 0.00
512_K 122_G 0.84 0.06 0.00
483_L 104_L 0.84 0.06 0.00
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488_P 152_L 0.84 0.06 0.00
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471_M 147_D 0.84 0.06 0.00
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496_Y 134_L 0.84 0.06 0.00
509_V 143_G 0.83 0.06 0.00
48_L 163_G 0.83 0.06 0.00
350_V 134_L 0.83 0.06 0.00
466_M 140_I 0.83 0.06 0.00
467_L 86_V 0.83 0.06 0.00
155_V 143_G 0.83 0.06 0.00
46_N 140_I 0.83 0.06 0.00
423_L 139_P 0.83 0.06 0.00
146_T 156_T 0.83 0.06 0.00
408_T 48_G 0.83 0.06 0.00
510_Y 137_E 0.83 0.06 0.00
456_V 107_K 0.83 0.06 0.00
466_M 154_V 0.83 0.06 0.00
510_Y 140_I 0.83 0.06 0.00
146_T 91_S 0.83 0.06 0.00
253_M 87_E 0.83 0.06 0.00
413_H 92_V 0.83 0.06 0.00
496_Y 125_M 0.83 0.06 0.00
509_V 147_D 0.83 0.06 0.00
359_A 93_L 0.82 0.06 0.00
401_S 3_Y 0.82 0.06 0.00
408_T 112_V 0.82 0.06 0.00
412_I 140_I 0.82 0.06 0.00
466_M 4_A 0.82 0.06 0.00
467_L 44_L 0.82 0.06 0.00
484_M 104_L 0.82 0.06 0.00
484_M 119_N 0.82 0.06 0.00
28_V 142_A 0.82 0.06 0.00
410_A 109_Y 0.82 0.06 0.00
483_L 112_V 0.82 0.06 0.00
496_Y 107_K 0.82 0.06 0.00
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509_V 113_V 0.82 0.06 0.00
471_M 89_L 0.82 0.06 0.00
510_Y 117_N 0.82 0.06 0.00
189_L 100_V 0.82 0.06 0.00
410_A 18_G 0.82 0.06 0.00
449_T 115_V 0.82 0.06 0.00
176_M 154_V 0.82 0.06 0.00
189_L 159_T 0.82 0.06 0.00
189_L 165_Y 0.82 0.06 0.00
415_T 139_P 0.82 0.06 0.00
434_S 47_G 0.82 0.06 0.00
489_S 87_E 0.82 0.06 0.00
177_T 86_V 0.82 0.06 0.00
297_M 109_Y 0.82 0.06 0.00
401_S 137_E 0.82 0.06 0.00
452_T 107_K 0.82 0.06 0.00
483_L 109_Y 0.82 0.06 0.00
177_T 21_S 0.82 0.06 0.00
449_T 154_V 0.82 0.06 0.00
467_L 4_A 0.82 0.06 0.00
467_L 149_G 0.82 0.06 0.00
492_L 116_V 0.81 0.06 0.00
299_V 34_V 0.81 0.06 0.00
483_L 150_R 0.81 0.06 0.00
489_S 112_V 0.81 0.06 0.00
496_Y 108_E 0.81 0.06 0.00
48_L 111_G 0.81 0.06 0.00
415_T 113_V 0.81 0.06 0.00
297_M 102_L 0.81 0.06 0.00
453_L 33_I 0.81 0.06 0.00
484_M 136_R 0.81 0.06 0.00
359_A 19_F 0.81 0.06 0.00
456_V 155_V 0.81 0.06 0.00
117_M 91_S 0.81 0.06 0.00
189_L 155_V 0.81 0.06 0.00
253_M 90_V 0.81 0.06 0.00
408_T 1_M 0.81 0.06 0.00
483_L 113_V 0.81 0.06 0.00
511_M 12_L 0.81 0.06 0.00
415_T 152_L 0.81 0.06 0.00
449_T 126_I 0.81 0.06 0.00
453_L 156_T 0.81 0.06 0.00
28_V 85_G 0.81 0.06 0.00
139_P 14_M 0.81 0.06 0.00
297_M 107_K 0.81 0.06 0.00
453_L 109_Y 0.81 0.06 0.00
471_M 94_V 0.81 0.06 0.00
487_E 87_E 0.81 0.06 0.00
394_I 37_V 0.81 0.06 0.00
453_L 153_V 0.81 0.06 0.00
488_P 113_V 0.81 0.06 0.00
122_A 114_V 0.80 0.06 0.00
410_A 3_Y 0.80 0.06 0.00
467_L 17_V 0.80 0.06 0.00
489_S 147_D 0.80 0.06 0.00
509_V 124_W 0.80 0.06 0.00
331_N 139_P 0.80 0.06 0.00
407_Q 147_D 0.80 0.06 0.00
409_Y 14_M 0.80 0.06 0.00
146_T 46_F 0.80 0.06 0.00
146_T 128_E 0.80 0.06 0.00
401_S 156_T 0.80 0.06 0.00
408_T 134_L 0.80 0.06 0.00
449_T 153_V 0.80 0.06 0.00
350_V 100_V 0.80 0.06 0.00
449_T 2_M 0.80 0.06 0.00
117_M 83_G 0.80 0.06 0.00
507_E 91_S 0.80 0.06 0.00
496_Y 140_I 0.80 0.06 0.00
466_M 122_G 0.80 0.06 0.00
471_M 117_N 0.80 0.06 0.00
492_L 18_G 0.80 0.06 0.00
509_V 134_L 0.80 0.06 0.00
176_M 20_S 0.79 0.06 0.00
401_S 102_L 0.79 0.06 0.00
483_L 106_V 0.79 0.06 0.00
57_I 123_S 0.79 0.06 0.00
452_T 134_L 0.79 0.06 0.00
57_I 31_V 0.79 0.06 0.00
331_N 84_S 0.79 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
4528 1.73 cIV_A_60_cI_J_10_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 8) B:(1E-10, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.59 Done - Shared
4527 0.73 cIV_A_80_cI_J_20_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-80, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.86 Done - Shared
4526 0.72 cIV_A_60_cI_J_20_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.88 Done - Shared
4525 0.71 cIV_A_40_cI_J_20_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.86 Done - Shared
4523 0.09 cIV_A_40_cI_J_40_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
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