May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
carA_carB
Genes: A B A+B
Length: 382 1030 1404
Sequences: 3002 2309 1614
Seq/Len: 7.86 2.24 1.15
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.86
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 1.03
2 0.00 0.00 1.08
5 0.00 0.01 1.12
10 0.01 0.02 1.14
20 0.01 0.02 1.14
100 0.01 0.02 1.17
∞ 0.03 0.04 1.37
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
83_R 494_R 2.55 1.00 0.98
57_Y 254_Q 2.23 0.98 0.96
90_S 459_D 1.91 0.95 0.89
120_R 550_E 1.78 0.92 0.84
361_H 266_N 1.75 0.91 0.82
298_K 333_D 1.57 0.84 0.71
124_E 537_A 1.53 0.82 0.68
83_R 548_E 1.51 0.81 0.65
112_D 494_R 1.48 0.79 0.62
117_K 549_E 1.40 0.73 0.55
288_F 537_A 1.29 0.65 0.44
84_D 390_T 1.29 0.64 0.43
87_L 464_V 1.21 0.57 0.35
93_R 293_G 1.19 0.55 0.33
304_V 225_N 1.16 0.52 0.30
18_R 38_R 1.03 0.40 0.20
87_L 471_R 1.03 0.40 0.19
93_R 260_E 1.03 0.40 0.19
88_I 464_V 1.02 0.39 0.19
91_N 293_G 1.01 0.38 0.18
236_I 343_R 1.00 0.37 0.17
130_G 766_A 0.99 0.36 0.17
18_R 491_Q 0.97 0.35 0.15
236_I 11_L 0.97 0.34 0.15
79_G 752_L 0.95 0.33 0.14
229_L 121_D 0.95 0.33 0.14
35_S 352_I 0.95 0.33 0.14
275_L 390_T 0.94 0.32 0.14
310_Q 583_V 0.94 0.32 0.13
127_A 825_L 0.92 0.30 0.12
335_G 336_M 0.91 0.29 0.12
281_A 153_E 0.90 0.29 0.12
57_Y 218_M 0.89 0.28 0.11
40_Q 902_V 0.89 0.28 0.11
305_V 86_V 0.88 0.28 0.10
265_V 521_D 0.88 0.27 0.10
139_D 74_V 0.88 0.27 0.10
107_I 985_I 0.87 0.27 0.10
37_T 253_A 0.87 0.27 0.10
306_M 920_G 0.86 0.26 0.10
37_T 258_D 0.86 0.26 0.10
59_H 465_Q 0.86 0.26 0.09
4_S 487_D 0.86 0.26 0.09
224_S 767_I 0.85 0.25 0.09
336_T 778_I 0.85 0.25 0.09
63_V 257_T 0.85 0.25 0.09
120_R 534_A 0.85 0.25 0.09
106_N 225_N 0.84 0.24 0.09
226_E 509_R 0.84 0.24 0.09
295_H 284_V 0.84 0.24 0.09
37_T 261_Y 0.83 0.24 0.08
113_I 515_K 0.83 0.24 0.08
163_T 485_N 0.83 0.24 0.08
332_L 347_S 0.82 0.23 0.08
333_F 272_L 0.82 0.23 0.08
57_Y 253_A 0.82 0.23 0.08
107_I 487_D 0.82 0.23 0.08
79_G 1009_Y 0.81 0.22 0.07
59_H 9_S 0.81 0.22 0.07
65_T 752_L 0.81 0.22 0.07
331_S 581_C 0.81 0.22 0.07
315_A 564_V 0.81 0.22 0.07
270_L 141_L 0.81 0.22 0.07
208_M 204_L 0.80 0.22 0.07
113_I 184_N 0.80 0.22 0.07
15_F 162_V 0.80 0.22 0.07
314_F 970_L 0.80 0.22 0.07
84_D 465_Q 0.80 0.22 0.07
286_M 357_T 0.80 0.22 0.07
110_I 810_R 0.80 0.22 0.07
167_A 986_N 0.80 0.21 0.07
303_N 112_G 0.79 0.21 0.07
338_Q 583_V 0.79 0.21 0.07
286_M 341_G 0.79 0.21 0.07
374_I 946_L 0.79 0.21 0.07
50_R 174_M 0.79 0.21 0.07
236_I 109_E 0.79 0.21 0.07
194_V 38_R 0.79 0.21 0.07
300_V 676_E 0.78 0.20 0.06
57_Y 233_S 0.78 0.20 0.06
101_Y 271_V 0.78 0.20 0.06
120_R 1007_G 0.77 0.20 0.06
107_I 548_E 0.77 0.19 0.06
295_H 1026_R 0.77 0.19 0.06
81_V 498_A 0.77 0.19 0.06
236_I 412_K 0.76 0.19 0.06
84_D 231_V 0.76 0.19 0.06
214_C 31_A 0.76 0.19 0.06
237_F 149_A 0.76 0.19 0.06
149_A 242_I 0.76 0.19 0.06
305_V 347_S 0.76 0.19 0.06
269_C 262_Q 0.75 0.19 0.06
346_P 271_V 0.75 0.18 0.05
54_T 713_V 0.75 0.18 0.05
163_T 888_S 0.75 0.18 0.05
249_D 1000_I 0.74 0.18 0.05
5_A 576_I 0.74 0.18 0.05
204_N 230_I 0.74 0.18 0.05
228_V 840_I 0.74 0.18 0.05
132_I 839_L 0.74 0.18 0.05
276_A 695_V 0.74 0.18 0.05
145_E 629_I 0.74 0.18 0.05
122_L 682_V 0.74 0.18 0.05
369_H 809_M 0.74 0.18 0.05
247_P 662_I 0.74 0.18 0.05
163_T 74_V 0.73 0.18 0.05
10_E 198_L 0.73 0.18 0.05
122_L 864_V 0.73 0.18 0.05
332_L 227_N 0.73 0.17 0.05
94_N 681_A 0.73 0.17 0.05
237_F 585_A 0.73 0.17 0.05
43_L 82_R 0.73 0.17 0.05
101_Y 1003_R 0.73 0.17 0.05
79_G 710_Y 0.73 0.17 0.05
21_G 594_Y 0.73 0.17 0.05
206_L 237_F 0.73 0.17 0.05
291_H 911_R 0.73 0.17 0.05
68_A 861_L 0.72 0.17 0.05
372_E 186_E 0.72 0.17 0.05
52_I 546_T 0.72 0.17 0.05
256_Q 937_T 0.72 0.17 0.05
226_E 807_D 0.72 0.17 0.05
303_N 333_D 0.72 0.17 0.05
138_P 597_I 0.72 0.17 0.04
286_M 242_I 0.71 0.17 0.04
357_S 968_F 0.71 0.16 0.04
288_F 271_V 0.71 0.16 0.04
347_A 562_I 0.71 0.16 0.04
122_L 1028_I 0.71 0.16 0.04
302_K 546_T 0.71 0.16 0.04
357_S 259_K 0.71 0.16 0.04
226_E 487_D 0.70 0.16 0.04
333_F 221_V 0.70 0.16 0.04
332_L 88_P 0.70 0.16 0.04
54_T 230_I 0.70 0.16 0.04
314_F 692_N 0.70 0.16 0.04
286_M 833_K 0.70 0.16 0.04
244_D 258_D 0.70 0.16 0.04
346_P 86_V 0.70 0.16 0.04
113_I 750_V 0.70 0.16 0.04
215_R 242_I 0.70 0.16 0.04
342_R 649_K 0.70 0.16 0.04
129_N 242_I 0.70 0.16 0.04
291_H 282_S 0.70 0.16 0.04
132_I 11_L 0.70 0.15 0.04
122_L 630_V 0.69 0.15 0.04
42_I 561_K 0.69 0.15 0.04
313_G 188_F 0.69 0.15 0.04
352_G 704_K 0.69 0.15 0.04
110_I 697_A 0.69 0.15 0.04
228_V 371_N 0.69 0.15 0.04
376_Q 162_V 0.69 0.15 0.04
91_N 260_E 0.69 0.15 0.04
128_Q 362_F 0.69 0.15 0.04
91_N 227_N 0.69 0.15 0.04
352_G 276_G 0.69 0.15 0.04
128_Q 277_V 0.68 0.15 0.04
256_Q 454_N 0.68 0.15 0.04
35_S 362_F 0.68 0.15 0.04
95_T 450_D 0.68 0.15 0.04
43_L 674_D 0.68 0.15 0.04
221_A 720_L 0.68 0.15 0.04
347_A 599_V 0.68 0.15 0.04
270_L 391_Q 0.68 0.15 0.04
122_L 101_E 0.68 0.15 0.04
165_A 816_L 0.68 0.14 0.04
82_I 1013_I 0.68 0.14 0.04
33_N 561_K 0.68 0.14 0.04
338_Q 392_Q 0.68 0.14 0.04
238_L 820_L 0.68 0.14 0.04
36_M 268_S 0.67 0.14 0.04
142_L 466_I 0.67 0.14 0.04
320_T 858_G 0.67 0.14 0.04
219_V 887_Y 0.67 0.14 0.04
53_V 400_R 0.67 0.14 0.04
158_L 226_D 0.67 0.14 0.04
286_M 47_V 0.67 0.14 0.04
342_R 237_F 0.67 0.14 0.03
214_C 767_I 0.67 0.14 0.03
276_A 450_D 0.67 0.14 0.03
335_G 562_I 0.66 0.14 0.03
109_A 737_Y 0.66 0.14 0.03
214_C 538_T 0.66 0.14 0.03
81_V 728_V 0.66 0.14 0.03
331_S 229_I 0.66 0.14 0.03
256_Q 291_K 0.66 0.14 0.03
336_T 207_D 0.66 0.14 0.03
90_S 610_Y 0.66 0.14 0.03
298_K 225_N 0.66 0.14 0.03
5_A 388_G 0.66 0.14 0.03
303_N 331_T 0.66 0.14 0.03
69_D 293_G 0.65 0.14 0.03
79_G 443_F 0.65 0.14 0.03
106_N 554_N 0.65 0.14 0.03
194_V 387_I 0.65 0.14 0.03
15_F 775_I 0.65 0.14 0.03
232_N 80_K 0.65 0.13 0.03
376_Q 77_I 0.65 0.13 0.03
291_H 857_T 0.65 0.13 0.03
227_D 109_E 0.65 0.13 0.03
63_V 362_F 0.65 0.13 0.03
113_I 291_K 0.65 0.13 0.03
274_L 194_R 0.65 0.13 0.03
118_L 756_L 0.65 0.13 0.03
91_N 66_I 0.65 0.13 0.03
117_K 550_E 0.65 0.13 0.03
304_V 840_I 0.65 0.13 0.03
319_A 74_V 0.65 0.13 0.03
295_H 95_A 0.65 0.13 0.03
232_N 237_F 0.65 0.13 0.03
332_L 331_T 0.65 0.13 0.03
106_N 522_L 0.64 0.13 0.03
286_M 90_M 0.64 0.13 0.03
317_D 150_H 0.64 0.13 0.03
26_A 498_A 0.64 0.13 0.03
66_N 641_Q 0.64 0.13 0.03
102_L 1009_Y 0.64 0.13 0.03
319_A 45_I 0.64 0.13 0.03
52_I 155_A 0.64 0.13 0.03
374_I 922_T 0.64 0.13 0.03
204_N 352_I 0.64 0.13 0.03
221_A 622_T 0.64 0.13 0.03
129_N 436_I 0.64 0.13 0.03
239_S 403_E 0.64 0.13 0.03
100_S 166_C 0.64 0.13 0.03
136_D 922_T 0.64 0.13 0.03
204_N 35_K 0.64 0.13 0.03
40_Q 728_V 0.64 0.13 0.03
206_L 522_L 0.64 0.13 0.03
300_V 564_V 0.64 0.13 0.03
54_T 31_A 0.64 0.13 0.03
167_A 1009_Y 0.64 0.13 0.03
36_M 352_I 0.64 0.13 0.03
205_I 262_Q 0.64 0.13 0.03
288_F 583_V 0.64 0.13 0.03
92_F 227_N 0.63 0.13 0.03
256_Q 439_I 0.63 0.13 0.03
166_E 1012_I 0.63 0.13 0.03
83_R 556_S 0.63 0.13 0.03
141_A 502_L 0.63 0.13 0.03
133_I 755_F 0.63 0.13 0.03
207_R 126_A 0.63 0.12 0.03
284_V 745_S 0.63 0.12 0.03
359_G 262_Q 0.63 0.12 0.03
33_N 88_P 0.63 0.12 0.03
26_A 439_I 0.63 0.12 0.03
27_V 164_F 0.63 0.12 0.03
228_V 835_N 0.63 0.12 0.03
201_A 330_Y 0.63 0.12 0.03
363_A 681_A 0.63 0.12 0.03
57_Y 297_V 0.63 0.12 0.03
371_I 970_L 0.63 0.12 0.03
347_A 687_L 0.63 0.12 0.03
128_Q 819_E 0.63 0.12 0.03
356_A 237_F 0.63 0.12 0.03
94_N 448_S 0.63 0.12 0.03
100_S 77_I 0.63 0.12 0.03
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.0472 seconds.