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OPENSEQ.org
cIV_C_80_cI_L_80_1_human
Genes: A B A+B
Length: 261 603 860
Sequences: 2234 2111 1668
Seq/Len: 8.56 3.5 1.94
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.87
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.03
2 0.00 0.00 0.31
5 0.00 0.00 1.83
10 0.00 0.00 1.91
20 0.00 0.00 1.92
100 0.00 0.00 1.92
∞ 0.00 0.00 1.93
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
168_L 276_L 1.64 0.95 0.69
125_N 486_L 1.48 0.90 0.57
143_S 182_F 1.46 0.89 0.55
189_S 463_F 1.45 0.89 0.54
61_V 451_L 1.40 0.86 0.49
61_V 600_L 1.38 0.85 0.48
209_I 494_T 1.28 0.79 0.38
27_M 421_A 1.25 0.76 0.36
168_L 511_L 1.25 0.76 0.35
213_T 544_T 1.24 0.76 0.35
143_S 235_S 1.22 0.73 0.33
27_M 411_I 1.22 0.73 0.33
125_N 459_A 1.22 0.73 0.32
150_S 443_I 1.19 0.71 0.30
125_N 19_I 1.19 0.71 0.30
168_L 195_S 1.18 0.70 0.30
127_L 463_F 1.18 0.70 0.30
65_S 430_T 1.18 0.70 0.29
168_L 17_P 1.18 0.70 0.29
142_V 372_S 1.17 0.69 0.29
95_A 90_I 1.17 0.69 0.28
144_I 53_M 1.16 0.68 0.28
160_I 130_I 1.16 0.68 0.27
220_I 48_L 1.15 0.68 0.27
28_T 460_G 1.14 0.66 0.26
189_S 584_I 1.13 0.66 0.26
112_L 321_Q 1.13 0.66 0.26
144_I 545_S 1.13 0.66 0.26
189_S 424_T 1.12 0.65 0.25
40_M 596_I 1.12 0.65 0.25
53_T 580_Q 1.11 0.64 0.24
21_A 188_W 1.11 0.63 0.24
27_M 184_L 1.10 0.63 0.23
95_A 545_S 1.10 0.63 0.23
103_H 327_L 1.10 0.62 0.23
7_A 189_F 1.09 0.61 0.23
61_V 442_N 1.08 0.60 0.22
189_S 172_I 1.07 0.59 0.21
143_S 104_S 1.07 0.59 0.21
164_L 532_I 1.07 0.59 0.21
50_N 581_K 1.07 0.59 0.21
143_S 476_S 1.06 0.58 0.20
112_L 327_L 1.06 0.58 0.20
25_L 135_N 1.06 0.58 0.20
151_L 172_I 1.06 0.57 0.20
191_G 76_L 1.05 0.57 0.20
168_L 207_N 1.05 0.57 0.20
50_N 558_L 1.05 0.57 0.20
185_P 588_F 1.05 0.57 0.20
168_L 593_F 1.05 0.57 0.19
61_V 502_L 1.04 0.56 0.19
167_I 26_P 1.04 0.55 0.19
81_Y 186_L 1.03 0.55 0.19
189_S 417_S 1.03 0.55 0.18
96_G 106_W 1.03 0.55 0.18
67_Y 399_A 1.03 0.55 0.18
25_L 167_A 1.03 0.55 0.18
225_F 504_L 1.03 0.54 0.18
212_S 450_L 1.02 0.54 0.18
12_K 566_I 1.02 0.54 0.18
143_S 545_S 1.02 0.53 0.17
143_S 284_T 1.01 0.53 0.17
225_F 410_S 1.01 0.53 0.17
191_G 132_V 1.01 0.53 0.17
162_A 581_K 1.01 0.52 0.17
254_V 189_F 1.00 0.51 0.16
61_V 434_Q 1.00 0.51 0.16
189_S 351_N 0.99 0.51 0.16
51_T 88_M 0.99 0.51 0.16
119_T 462_L 0.99 0.50 0.16
95_A 485_Y 0.99 0.50 0.16
144_I 101_M 0.99 0.50 0.16
175_L 565_T 0.99 0.50 0.16
155_N 31_S 0.98 0.49 0.15
65_S 593_F 0.98 0.49 0.15
25_L 235_S 0.98 0.49 0.15
27_M 266_L 0.98 0.49 0.15
143_S 323_H 0.97 0.48 0.15
125_N 575_I 0.97 0.48 0.15
151_L 41_A 0.97 0.48 0.15
12_K 287_F 0.97 0.48 0.15
125_N 104_S 0.97 0.48 0.15
153_E 462_L 0.97 0.48 0.14
150_S 338_M 0.97 0.48 0.14
27_M 195_S 0.96 0.47 0.14
28_T 231_P 0.96 0.47 0.14
212_S 118_F 0.96 0.47 0.14
65_S 46_I 0.96 0.47 0.14
47_L 552_L 0.95 0.46 0.14
212_S 101_M 0.95 0.46 0.14
217_I 477_H 0.95 0.46 0.14
139_A 372_S 0.95 0.46 0.14
62_T 548_L 0.94 0.45 0.13
136_V 545_S 0.94 0.45 0.13
167_I 302_V 0.94 0.45 0.13
42_L 503_D 0.94 0.45 0.13
7_A 370_S 0.94 0.44 0.13
228_T 296_N 0.94 0.44 0.13
213_T 450_L 0.93 0.44 0.13
162_A 459_A 0.93 0.44 0.13
26_L 420_S 0.93 0.44 0.13
34_W 292_A 0.93 0.44 0.12
152_M 79_S 0.93 0.44 0.12
129_V 350_L 0.93 0.43 0.12
44_M 184_L 0.93 0.43 0.12
25_L 159_Y 0.92 0.43 0.12
49_T 510_K 0.92 0.42 0.12
153_E 169_I 0.92 0.42 0.12
7_A 555_L 0.92 0.42 0.12
212_S 515_S 0.92 0.42 0.12
8_Y 12_L 0.91 0.42 0.12
33_M 39_I 0.91 0.42 0.12
135_S 372_S 0.91 0.42 0.12
196_T 288_A 0.91 0.42 0.12
103_H 551_L 0.91 0.42 0.12
250_L 490_A 0.91 0.42 0.12
80_R 278_L 0.91 0.41 0.12
220_I 207_N 0.91 0.41 0.12
103_H 574_S 0.91 0.41 0.12
8_Y 469_T 0.91 0.41 0.12
212_S 565_T 0.91 0.41 0.12
88_T 562_L 0.91 0.41 0.12
162_A 530_P 0.91 0.41 0.12
44_M 45_I 0.91 0.41 0.11
67_Y 550_L 0.91 0.41 0.11
151_L 235_S 0.90 0.41 0.11
151_L 383_M 0.90 0.41 0.11
135_S 322_P 0.90 0.41 0.11
7_A 387_T 0.90 0.40 0.11
182_F 132_V 0.90 0.40 0.11
103_H 503_D 0.90 0.40 0.11
103_H 234_P 0.90 0.40 0.11
55_Y 588_F 0.90 0.40 0.11
216_T 205_N 0.90 0.40 0.11
91_V 472_I 0.90 0.40 0.11
165_I 507_L 0.90 0.40 0.11
189_S 545_S 0.90 0.40 0.11
61_V 471_N 0.89 0.40 0.11
62_T 532_I 0.89 0.40 0.11
32_A 319_I 0.89 0.40 0.11
228_T 120_Y 0.89 0.40 0.11
67_Y 553_L 0.89 0.40 0.11
103_H 420_S 0.89 0.40 0.11
250_L 262_R 0.89 0.40 0.11
151_L 548_L 0.89 0.40 0.11
110_P 593_F 0.89 0.39 0.11
111_Q 111_D 0.89 0.39 0.11
254_V 590_S 0.89 0.39 0.10
8_Y 126_I 0.89 0.39 0.10
151_L 374_T 0.88 0.39 0.10
110_P 133_T 0.88 0.39 0.10
43_L 362_L 0.88 0.39 0.10
48_L 213_L 0.88 0.38 0.10
55_Y 24_V 0.88 0.38 0.10
248_V 146_G 0.88 0.38 0.10
73_P 594_P 0.88 0.38 0.10
29_S 500_T 0.88 0.38 0.10
8_Y 351_N 0.88 0.38 0.10
151_L 327_L 0.88 0.38 0.10
121_I 470_N 0.88 0.38 0.10
56_Q 342_C 0.88 0.38 0.10
53_T 383_M 0.88 0.38 0.10
144_I 588_F 0.87 0.38 0.10
155_N 129_L 0.87 0.38 0.10
254_V 90_I 0.87 0.37 0.10
6_H 165_N 0.87 0.37 0.10
191_G 184_L 0.87 0.37 0.10
127_L 85_F 0.87 0.37 0.10
34_W 249_S 0.87 0.37 0.10
184_S 437_F 0.86 0.37 0.10
112_L 564_K 0.86 0.37 0.10
12_K 547_N 0.86 0.37 0.10
95_A 33_P 0.86 0.37 0.10
229_S 507_L 0.86 0.37 0.10
103_H 363_L 0.86 0.36 0.09
103_H 431_L 0.86 0.36 0.09
143_S 234_P 0.86 0.36 0.09
92_L 428_L 0.86 0.36 0.09
189_S 411_I 0.86 0.36 0.09
175_L 20_L 0.85 0.36 0.09
164_L 506_Y 0.85 0.36 0.09
78_G 131_L 0.85 0.36 0.09
220_I 592_F 0.85 0.36 0.09
34_W 250_S 0.85 0.35 0.09
223_L 16_I 0.85 0.35 0.09
103_H 418_L 0.85 0.35 0.09
112_L 158_W 0.85 0.35 0.09
191_G 323_H 0.85 0.35 0.09
216_T 543_L 0.85 0.35 0.09
128_E 150_M 0.85 0.35 0.09
38_H 49_F 0.85 0.35 0.09
61_V 137_L 0.85 0.35 0.09
110_P 37_K 0.85 0.35 0.09
151_L 164_A 0.85 0.35 0.09
171_L 193_S 0.85 0.35 0.09
27_M 414_I 0.85 0.35 0.09
115_H 156_S 0.85 0.35 0.09
253_Y 261_I 0.85 0.35 0.09
50_N 214_L 0.85 0.35 0.09
45_L 437_F 0.84 0.35 0.09
189_S 564_K 0.84 0.35 0.09
52_L 260_L 0.84 0.35 0.09
195_S 508_T 0.84 0.35 0.09
171_L 32_Y 0.84 0.35 0.09
45_L 381_A 0.84 0.34 0.09
83_M 301_I 0.84 0.34 0.09
151_L 118_F 0.84 0.34 0.09
112_L 160_A 0.84 0.34 0.09
167_I 87_M 0.84 0.34 0.09
144_I 399_A 0.84 0.34 0.09
61_V 160_A 0.84 0.34 0.09
123_P 206_A 0.83 0.34 0.09
158_Q 503_D 0.83 0.34 0.09
212_S 56_C 0.83 0.34 0.09
61_V 40_V 0.83 0.34 0.09
34_W 89_F 0.83 0.34 0.08
256_I 218_L 0.83 0.33 0.08
51_T 191_L 0.83 0.33 0.08
45_L 523_S 0.83 0.33 0.08
62_T 130_I 0.83 0.33 0.08
48_L 552_L 0.83 0.33 0.08
151_L 352_N 0.83 0.33 0.08
51_T 492_A 0.82 0.33 0.08
61_V 29_K 0.82 0.33 0.08
191_G 96_V 0.82 0.33 0.08
76_Q 150_M 0.82 0.33 0.08
55_Y 565_T 0.82 0.33 0.08
261_S 399_A 0.82 0.32 0.08
154_N 532_I 0.82 0.32 0.08
12_K 472_I 0.82 0.32 0.08
25_L 520_F 0.82 0.32 0.08
164_L 70_T 0.82 0.32 0.08
150_S 413_L 0.82 0.32 0.08
103_H 83_D 0.82 0.32 0.08
189_S 159_Y 0.82 0.32 0.08
80_R 389_F 0.82 0.32 0.08
3_H 167_A 0.82 0.32 0.08
168_L 568_Q 0.82 0.32 0.08
12_K 365_T 0.82 0.32 0.08
159_M 352_N 0.82 0.32 0.08
114_G 430_T 0.81 0.32 0.08
88_T 394_H 0.81 0.32 0.08
164_L 172_I 0.81 0.32 0.08
67_Y 543_L 0.81 0.32 0.08
153_E 327_L 0.81 0.32 0.08
174_T 177_I 0.81 0.31 0.08
50_N 588_F 0.81 0.31 0.08
162_A 524_N 0.81 0.31 0.08
185_P 516_P 0.81 0.31 0.08
48_L 519_T 0.81 0.31 0.08
110_P 403_Y 0.81 0.31 0.08
12_K 553_L 0.81 0.31 0.08
8_Y 49_F 0.81 0.31 0.08
65_S 552_L 0.81 0.31 0.08
55_Y 113_N 0.81 0.31 0.08
104_S 558_L 0.81 0.31 0.07
65_S 32_Y 0.81 0.31 0.07
139_A 296_N 0.81 0.31 0.07
121_I 439_T 0.81 0.31 0.07
254_V 343_S 0.80 0.31 0.07
51_T 387_T 0.80 0.31 0.07
62_T 16_I 0.80 0.31 0.07
191_G 418_L 0.80 0.31 0.07
196_T 372_S 0.80 0.30 0.07
44_M 485_Y 0.80 0.30 0.07
53_T 416_T 0.80 0.30 0.07
23_S 127_T 0.80 0.30 0.07
124_L 286_L 0.80 0.30 0.07
159_M 473_S 0.80 0.30 0.07
121_I 369_T 0.80 0.30 0.07
223_L 76_L 0.80 0.30 0.07
28_T 265_P 0.80 0.30 0.07
228_T 563_P 0.80 0.30 0.07
41_T 21_T 0.80 0.30 0.07
222_Q 119_K 0.80 0.30 0.07
224_M 173_L 0.79 0.30 0.07
110_P 584_I 0.79 0.30 0.07
61_V 484_L 0.79 0.30 0.07
239_A 379_A 0.79 0.30 0.07
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
4446 1.95 cIV_C_20_cI_L_80_1_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-80, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.84 Done - Shared
4444 1.94 cIV_C_40_cI_L_80_1_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-80, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.84 Done - Shared
4443 1.94 cIV_C_60_cI_L_80_1_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 8) B:(1E-80, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.83 Done - Shared
4442 1.94 cIV_C_80_cI_L_80_1_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-80, 8) B:(1E-80, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.69 Done - Shared
4441 2.77 cIV_C_60_cI_L_60_1_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 8) B:(1E-60, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.19 Done - Shared
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