May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
cIV_C_60_cI_M_80_1_human
Genes: A B A+B
Length: 261 459 718
Sequences: 2363 2074 1698
Seq/Len: 9.05 4.52 2.36
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.86
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.01
2 0.00 0.00 0.11
5 0.00 0.00 2.27
10 0.00 0.00 2.35
20 0.00 0.00 2.36
100 0.00 0.00 2.36
∞ 0.00 0.00 2.36
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
53_T 202_A 1.64 0.96 0.80
128_E 144_N 1.64 0.96 0.80
61_V 257_M 1.50 0.93 0.72
159_M 348_L 1.50 0.93 0.72
8_Y 121_F 1.49 0.93 0.71
21_A 388_W 1.46 0.92 0.69
254_V 112_A 1.39 0.89 0.62
6_H 336_R 1.35 0.88 0.59
19_T 202_A 1.31 0.85 0.55
162_A 425_N 1.28 0.83 0.52
150_S 419_L 1.27 0.83 0.51
139_A 160_L 1.26 0.82 0.50
139_A 167_T 1.25 0.81 0.49
6_H 433_E 1.21 0.78 0.45
139_A 235_L 1.21 0.78 0.45
212_S 367_L 1.19 0.76 0.43
61_V 411_F 1.17 0.74 0.41
4_Q 202_A 1.15 0.73 0.39
161_Q 150_L 1.14 0.72 0.38
91_V 163_A 1.14 0.72 0.38
189_S 405_L 1.14 0.72 0.38
21_A 358_W 1.13 0.71 0.37
154_N 235_L 1.13 0.71 0.37
107_A 61_L 1.12 0.70 0.36
253_Y 394_L 1.11 0.69 0.35
8_Y 37_I 1.11 0.69 0.35
213_T 52_C 1.10 0.69 0.34
28_T 202_A 1.09 0.67 0.33
135_S 160_L 1.08 0.66 0.32
25_L 173_S 1.08 0.66 0.32
49_T 226_A 1.06 0.64 0.30
91_V 280_T 1.06 0.64 0.30
184_S 234_V 1.05 0.63 0.30
209_I 394_L 1.04 0.62 0.29
192_I 447_L 1.04 0.61 0.28
92_L 53_S 1.03 0.61 0.28
135_S 235_L 1.03 0.60 0.27
25_L 113_T 1.03 0.60 0.27
80_R 214_L 1.02 0.60 0.27
61_V 432_R 1.02 0.60 0.27
45_L 450_N 1.02 0.60 0.27
27_M 5_I 1.02 0.59 0.27
161_Q 307_W 1.02 0.59 0.27
80_R 278_R 1.01 0.59 0.26
150_S 380_S 1.01 0.59 0.26
167_I 292_S 1.01 0.59 0.26
127_L 210_Y 1.01 0.59 0.26
154_N 117_M 1.01 0.58 0.26
212_S 270_I 1.00 0.58 0.25
29_S 385_T 1.00 0.57 0.25
167_I 405_L 0.99 0.56 0.24
31_L 37_I 0.99 0.56 0.24
48_L 65_L 0.98 0.56 0.24
171_L 164_L 0.98 0.55 0.23
100_A 82_R 0.98 0.55 0.23
250_L 150_L 0.98 0.55 0.23
91_V 85_S 0.98 0.55 0.23
100_A 160_L 0.97 0.54 0.23
206_L 111_T 0.97 0.54 0.23
162_A 286_I 0.97 0.54 0.22
168_L 201_M 0.96 0.53 0.22
142_V 65_L 0.96 0.53 0.22
178_A 419_L 0.96 0.52 0.21
50_N 328_C 0.95 0.52 0.21
155_N 358_W 0.95 0.52 0.21
230_K 244_M 0.95 0.52 0.21
61_V 32_L 0.95 0.52 0.21
185_P 408_L 0.95 0.52 0.21
21_A 382_L 0.95 0.51 0.21
219_F 272_T 0.95 0.51 0.21
219_F 275_I 0.95 0.51 0.21
91_V 212_L 0.94 0.51 0.21
127_L 214_L 0.94 0.51 0.20
135_S 408_L 0.94 0.51 0.20
129_V 311_G 0.94 0.51 0.20
28_T 160_L 0.94 0.51 0.20
206_L 166_Y 0.94 0.50 0.20
229_S 453_I 0.94 0.50 0.20
53_T 207_M 0.94 0.50 0.20
50_N 342_M 0.93 0.49 0.20
150_S 305_T 0.93 0.49 0.20
184_S 305_T 0.93 0.49 0.19
104_S 205_V 0.93 0.49 0.19
67_Y 348_L 0.93 0.49 0.19
80_R 369_L 0.93 0.49 0.19
20_G 129_T 0.92 0.48 0.19
53_T 143_L 0.92 0.48 0.19
91_V 267_W 0.92 0.48 0.19
37_F 351_L 0.92 0.48 0.19
52_L 111_T 0.92 0.47 0.18
8_Y 250_L 0.92 0.47 0.18
233_F 156_G 0.92 0.47 0.18
182_F 282_L 0.91 0.47 0.18
152_M 346_Q 0.91 0.47 0.18
104_S 400_M 0.91 0.46 0.18
199_V 195_M 0.90 0.46 0.18
112_L 73_L 0.90 0.46 0.17
20_G 261_F 0.90 0.46 0.17
115_H 230_V 0.90 0.46 0.17
8_Y 60_P 0.89 0.45 0.17
19_T 351_L 0.89 0.45 0.17
45_L 56_F 0.89 0.45 0.17
206_L 164_L 0.89 0.45 0.17
70_H 56_F 0.89 0.45 0.17
144_I 205_V 0.89 0.45 0.17
77_K 61_L 0.89 0.45 0.17
199_V 226_A 0.89 0.44 0.17
12_K 380_S 0.89 0.44 0.16
23_S 168_H 0.89 0.44 0.16
215_L 381_V 0.88 0.44 0.16
154_N 199_Y 0.88 0.44 0.16
19_T 344_L 0.88 0.43 0.16
103_H 243_M 0.88 0.43 0.16
8_Y 402_V 0.88 0.43 0.16
135_S 161_L 0.87 0.43 0.16
27_M 332_S 0.87 0.43 0.16
147_A 291_I 0.87 0.42 0.16
67_Y 115_L 0.87 0.42 0.15
22_L 351_L 0.87 0.42 0.15
230_K 339_S 0.87 0.42 0.15
40_M 179_L 0.87 0.42 0.15
107_A 364_L 0.87 0.42 0.15
212_S 452_D 0.87 0.42 0.15
136_V 63_A 0.86 0.42 0.15
38_H 325_L 0.86 0.42 0.15
80_R 147_T 0.86 0.41 0.15
228_T 364_L 0.86 0.41 0.15
104_S 388_W 0.86 0.41 0.15
119_T 437_M 0.86 0.41 0.15
21_A 204_M 0.86 0.41 0.15
21_A 346_Q 0.86 0.41 0.15
142_V 318_A 0.86 0.41 0.15
121_I 204_M 0.86 0.41 0.15
162_A 98_M 0.85 0.40 0.14
167_I 338_H 0.85 0.40 0.14
65_S 115_L 0.85 0.40 0.14
175_L 265_S 0.85 0.40 0.14
164_L 179_L 0.85 0.40 0.14
168_L 194_L 0.85 0.40 0.14
122_T 109_T 0.85 0.40 0.14
65_S 63_A 0.85 0.40 0.14
10_M 330_A 0.85 0.40 0.14
178_A 134_T 0.85 0.40 0.14
203_F 144_N 0.85 0.40 0.14
167_I 101_S 0.85 0.40 0.14
51_T 101_S 0.84 0.39 0.14
13_P 315_L 0.84 0.39 0.14
103_H 95_Y 0.84 0.39 0.14
168_L 411_F 0.84 0.39 0.14
254_V 84_L 0.84 0.39 0.14
92_L 410_M 0.84 0.39 0.14
20_G 104_I 0.84 0.39 0.14
39_S 302_L 0.84 0.39 0.14
23_S 200_T 0.84 0.39 0.14
29_S 105_S 0.83 0.38 0.13
192_I 257_M 0.83 0.38 0.13
53_T 64_P 0.83 0.38 0.13
261_S 246_L 0.83 0.38 0.13
44_M 253_L 0.83 0.38 0.13
61_V 339_S 0.83 0.38 0.13
51_T 177_L 0.83 0.38 0.13
139_A 149_F 0.83 0.38 0.13
261_S 330_A 0.83 0.38 0.13
151_L 337_T 0.83 0.38 0.13
168_L 372_T 0.83 0.37 0.13
164_L 37_I 0.83 0.37 0.13
103_H 308_S 0.82 0.37 0.13
188_I 197_L 0.82 0.37 0.13
112_L 314_I 0.82 0.37 0.13
192_I 295_A 0.82 0.37 0.13
48_L 56_F 0.82 0.37 0.13
138_L 235_L 0.82 0.37 0.13
157_N 101_S 0.82 0.37 0.13
167_I 337_T 0.82 0.37 0.13
127_L 25_I 0.82 0.37 0.12
125_N 273_S 0.82 0.37 0.12
2_T 380_S 0.82 0.36 0.12
61_V 332_S 0.82 0.36 0.12
143_S 121_F 0.82 0.36 0.12
212_S 390_N 0.82 0.36 0.12
112_L 447_L 0.82 0.36 0.12
111_Q 16_W 0.82 0.36 0.12
80_R 210_Y 0.82 0.36 0.12
135_S 214_L 0.81 0.36 0.12
195_S 363_S 0.81 0.36 0.12
13_P 98_M 0.81 0.36 0.12
47_L 226_A 0.81 0.36 0.12
222_Q 313_V 0.81 0.36 0.12
6_H 388_W 0.81 0.36 0.12
112_L 379_L 0.81 0.35 0.12
212_S 207_M 0.81 0.35 0.12
152_M 296_L 0.81 0.35 0.12
250_L 358_W 0.80 0.35 0.12
152_M 344_L 0.80 0.35 0.12
20_G 382_L 0.80 0.35 0.12
225_F 121_F 0.80 0.35 0.12
139_A 143_L 0.80 0.35 0.12
65_S 363_S 0.80 0.35 0.12
10_M 156_G 0.80 0.34 0.12
32_A 155_V 0.80 0.34 0.12
255_S 368_A 0.80 0.34 0.11
104_S 106_L 0.80 0.34 0.11
189_S 418_S 0.80 0.34 0.11
213_T 363_S 0.80 0.34 0.11
110_P 377_G 0.80 0.34 0.11
127_L 257_M 0.80 0.34 0.11
43_L 100_I 0.79 0.34 0.11
192_I 180_T 0.79 0.34 0.11
213_T 318_A 0.79 0.34 0.11
8_Y 90_S 0.79 0.34 0.11
185_P 177_L 0.79 0.33 0.11
8_Y 17_L 0.79 0.33 0.11
191_G 414_T 0.79 0.33 0.11
184_S 270_I 0.79 0.33 0.11
21_A 390_N 0.79 0.33 0.11
41_T 143_L 0.79 0.33 0.11
6_H 151_F 0.79 0.33 0.11
21_A 317_I 0.79 0.33 0.11
21_A 164_L 0.79 0.33 0.11
192_I 405_L 0.78 0.33 0.11
49_T 450_N 0.78 0.33 0.11
21_A 199_Y 0.78 0.33 0.11
199_V 175_N 0.78 0.33 0.11
125_N 22_M 0.78 0.33 0.10
129_V 298_V 0.78 0.32 0.10
109_T 235_L 0.78 0.32 0.10
189_S 24_W 0.78 0.32 0.10
81_Y 368_A 0.78 0.32 0.10
31_L 452_D 0.78 0.32 0.10
152_M 351_L 0.78 0.32 0.10
77_K 407_S 0.78 0.32 0.10
112_L 275_I 0.78 0.32 0.10
109_T 131_A 0.78 0.32 0.10
13_P 346_Q 0.78 0.32 0.10
229_S 24_W 0.78 0.32 0.10
183_E 339_S 0.78 0.32 0.10
80_R 415_Q 0.78 0.32 0.10
103_H 301_I 0.77 0.32 0.10
213_T 244_M 0.77 0.32 0.10
80_R 358_W 0.77 0.32 0.10
101_F 336_R 0.77 0.32 0.10
216_T 177_L 0.77 0.32 0.10
187_T 295_A 0.77 0.32 0.10
25_L 333_N 0.77 0.32 0.10
191_G 163_A 0.77 0.32 0.10
158_Q 360_L 0.77 0.32 0.10
84_I 115_L 0.77 0.31 0.10
5_S 413_T 0.77 0.31 0.10
32_A 265_S 0.77 0.31 0.10
32_A 304_Q 0.77 0.31 0.10
222_Q 149_F 0.77 0.31 0.10
182_F 35_S 0.77 0.31 0.10
61_V 190_W 0.77 0.31 0.10
51_T 166_Y 0.77 0.31 0.10
185_P 70_T 0.77 0.31 0.10
53_T 344_L 0.77 0.31 0.10
189_S 410_M 0.76 0.31 0.10
74_P 295_A 0.76 0.31 0.10
78_G 158_L 0.76 0.31 0.10
156_R 274_S 0.76 0.31 0.10
23_S 348_L 0.76 0.31 0.10
159_M 86_S 0.76 0.31 0.10
125_N 256_H 0.76 0.31 0.10
127_L 349_Q 0.76 0.30 0.10
158_Q 363_S 0.76 0.30 0.09
8_Y 444_I 0.76 0.30 0.09
6_H 154_L 0.76 0.30 0.09
62_T 11_L 0.75 0.30 0.09
37_F 263_V 0.75 0.30 0.09
12_K 313_V 0.75 0.30 0.09
53_T 161_L 0.75 0.30 0.09
216_T 77_I 0.75 0.30 0.09
45_L 442_S 0.75 0.30 0.09
62_T 414_T 0.75 0.30 0.09
104_S 247_T 0.75 0.29 0.09
144_I 381_V 0.75 0.29 0.09
31_L 278_R 0.75 0.29 0.09
253_Y 453_I 0.75 0.29 0.09
23_S 278_R 0.75 0.29 0.09
195_S 302_L 0.75 0.29 0.09
121_I 391_I 0.75 0.29 0.09
13_P 204_M 0.75 0.29 0.09
127_L 155_V 0.75 0.29 0.09
122_T 94_L 0.75 0.29 0.09
68_Q 336_R 0.75 0.29 0.09
55_Y 112_A 0.75 0.29 0.09
91_V 18_S 0.75 0.29 0.09
48_L 36_I 0.75 0.29 0.09
13_P 385_T 0.74 0.29 0.09
70_H 338_H 0.74 0.29 0.09
120_G 271_M 0.74 0.29 0.09
223_L 69_T 0.74 0.29 0.09
103_H 110_F 0.74 0.29 0.09
104_S 144_N 0.74 0.29 0.09
54_M 284_S 0.74 0.29 0.09
220_I 11_L 0.74 0.29 0.09
212_S 49_L 0.74 0.29 0.09
92_L 436_L 0.74 0.29 0.09
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
4673 3.07 cIV_C_60_cI_M_60_1_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 8) B:(1E-60, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.57 Done - Shared
4438 2.36 cIV_C_60_cI_M_80_1_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 8) B:(1E-80, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.80 Done - Shared
4437 2.38 cIV_C_80_cI_M_80_1_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-80, 8) B:(1E-80, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.83 Done - Shared
4435 3.05 cIV_C_60_cI_M_60_1_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-80, 8) B:(1E-60, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.66 Done - Shared
Page generated in 0.0437 seconds.