May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
cIV_C_80_cI_M_80_1_human
Genes: A B A+B
Length: 261 459 718
Sequences: 2234 2074 1706
Seq/Len: 8.56 4.52 2.38
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.87
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.01
2 0.00 0.00 0.11
5 0.00 0.00 2.27
10 0.00 0.00 2.36
20 0.00 0.00 2.37
100 0.00 0.00 2.37
∞ 0.00 0.00 2.37
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
128_E 144_N 1.66 0.97 0.83
53_T 202_A 1.66 0.97 0.83
8_Y 121_F 1.52 0.94 0.74
159_M 348_L 1.52 0.94 0.74
61_V 257_M 1.46 0.92 0.70
21_A 388_W 1.43 0.91 0.68
254_V 112_A 1.42 0.91 0.67
6_H 336_R 1.36 0.88 0.61
19_T 202_A 1.30 0.84 0.56
150_S 419_L 1.30 0.84 0.56
139_A 160_L 1.26 0.82 0.52
162_A 425_N 1.23 0.80 0.49
139_A 235_L 1.22 0.79 0.48
61_V 411_F 1.22 0.79 0.48
6_H 433_E 1.21 0.78 0.47
139_A 167_T 1.17 0.75 0.43
212_S 367_L 1.16 0.74 0.42
91_V 163_A 1.15 0.73 0.41
4_Q 202_A 1.14 0.73 0.40
154_N 235_L 1.13 0.72 0.39
189_S 405_L 1.13 0.71 0.39
253_Y 394_L 1.13 0.71 0.38
161_Q 150_L 1.10 0.69 0.36
21_A 358_W 1.10 0.69 0.36
28_T 202_A 1.09 0.67 0.35
135_S 160_L 1.08 0.67 0.34
212_S 270_I 1.08 0.67 0.34
25_L 173_S 1.07 0.66 0.33
213_T 52_C 1.07 0.65 0.33
48_L 65_L 1.07 0.65 0.33
107_A 61_L 1.06 0.64 0.32
209_I 394_L 1.06 0.64 0.32
49_T 226_A 1.05 0.63 0.31
150_S 380_S 1.05 0.63 0.31
61_V 432_R 1.04 0.62 0.30
192_I 447_L 1.04 0.62 0.30
135_S 235_L 1.03 0.61 0.29
80_R 278_R 1.03 0.61 0.29
80_R 214_L 1.03 0.61 0.29
8_Y 37_I 1.03 0.61 0.29
91_V 280_T 1.03 0.61 0.29
127_L 210_Y 1.03 0.61 0.29
27_M 5_I 1.03 0.61 0.29
178_A 419_L 1.02 0.60 0.28
167_I 292_S 1.02 0.60 0.28
161_Q 307_W 1.02 0.60 0.28
184_S 234_V 1.02 0.59 0.28
25_L 113_T 1.01 0.58 0.27
219_F 272_T 0.99 0.57 0.26
100_A 160_L 0.99 0.57 0.26
206_L 111_T 0.99 0.57 0.26
91_V 85_S 0.99 0.57 0.26
155_N 358_W 0.99 0.57 0.26
29_S 385_T 0.99 0.56 0.25
100_A 82_R 0.98 0.56 0.25
45_L 450_N 0.98 0.55 0.25
167_I 405_L 0.98 0.55 0.24
31_L 37_I 0.98 0.55 0.24
45_L 56_F 0.97 0.55 0.24
229_S 453_I 0.97 0.55 0.24
142_V 65_L 0.97 0.54 0.24
168_L 201_M 0.97 0.54 0.24
92_L 53_S 0.97 0.54 0.24
185_P 408_L 0.97 0.54 0.24
127_L 214_L 0.95 0.52 0.23
50_N 328_C 0.95 0.52 0.22
162_A 286_I 0.95 0.52 0.22
53_T 207_M 0.95 0.52 0.22
250_L 150_L 0.95 0.52 0.22
135_S 408_L 0.95 0.52 0.22
28_T 160_L 0.94 0.51 0.21
154_N 117_M 0.94 0.50 0.21
12_K 380_S 0.94 0.50 0.21
61_V 32_L 0.94 0.50 0.21
129_V 311_G 0.94 0.50 0.21
171_L 164_L 0.93 0.49 0.20
80_R 369_L 0.93 0.49 0.20
230_K 244_M 0.93 0.49 0.20
219_F 275_I 0.93 0.49 0.20
27_M 332_S 0.92 0.49 0.20
154_N 199_Y 0.92 0.48 0.20
37_F 351_L 0.92 0.48 0.20
104_S 400_M 0.92 0.48 0.20
206_L 166_Y 0.92 0.48 0.20
53_T 143_L 0.92 0.48 0.20
233_F 156_G 0.92 0.48 0.20
152_M 346_Q 0.91 0.47 0.19
150_S 305_T 0.91 0.47 0.19
65_S 63_A 0.91 0.47 0.19
112_L 73_L 0.91 0.47 0.19
184_S 305_T 0.91 0.47 0.19
138_L 235_L 0.91 0.47 0.19
8_Y 60_P 0.91 0.47 0.19
119_T 437_M 0.91 0.47 0.19
21_A 382_L 0.91 0.47 0.19
52_L 111_T 0.91 0.47 0.19
20_G 129_T 0.91 0.47 0.19
115_H 230_V 0.90 0.46 0.19
91_V 267_W 0.90 0.46 0.19
167_I 338_H 0.90 0.46 0.19
48_L 56_F 0.90 0.46 0.18
199_V 226_A 0.90 0.46 0.18
22_L 351_L 0.90 0.46 0.18
164_L 37_I 0.90 0.46 0.18
50_N 342_M 0.90 0.45 0.18
67_Y 348_L 0.89 0.45 0.18
215_L 381_V 0.89 0.45 0.18
199_V 195_M 0.89 0.44 0.17
51_T 101_S 0.89 0.44 0.17
2_T 380_S 0.88 0.44 0.17
182_F 282_L 0.88 0.44 0.17
19_T 351_L 0.88 0.44 0.17
142_V 318_A 0.88 0.44 0.17
144_I 205_V 0.88 0.44 0.17
135_S 161_L 0.88 0.43 0.17
8_Y 250_L 0.88 0.43 0.17
91_V 212_L 0.88 0.43 0.17
23_S 168_H 0.88 0.43 0.17
70_H 56_F 0.88 0.43 0.17
19_T 344_L 0.87 0.43 0.17
20_G 261_F 0.87 0.43 0.17
77_K 61_L 0.87 0.43 0.16
228_T 364_L 0.87 0.42 0.16
254_V 84_L 0.87 0.42 0.16
178_A 134_T 0.87 0.42 0.16
21_A 204_M 0.87 0.42 0.16
103_H 308_S 0.86 0.42 0.16
103_H 243_M 0.86 0.41 0.16
157_N 101_S 0.86 0.41 0.16
168_L 411_F 0.86 0.41 0.15
107_A 364_L 0.86 0.41 0.15
121_I 204_M 0.86 0.41 0.15
112_L 314_I 0.85 0.41 0.15
13_P 315_L 0.85 0.40 0.15
21_A 346_Q 0.85 0.40 0.15
104_S 388_W 0.85 0.40 0.15
203_F 144_N 0.85 0.40 0.15
80_R 147_T 0.85 0.40 0.15
192_I 257_M 0.85 0.40 0.15
111_Q 16_W 0.85 0.40 0.15
212_S 452_D 0.85 0.40 0.15
103_H 95_Y 0.85 0.40 0.15
10_M 330_A 0.85 0.40 0.15
230_K 339_S 0.85 0.40 0.15
29_S 105_S 0.85 0.40 0.15
127_L 25_I 0.84 0.40 0.15
164_L 179_L 0.84 0.39 0.15
103_H 301_I 0.84 0.39 0.14
20_G 104_I 0.84 0.39 0.14
175_L 265_S 0.84 0.39 0.14
216_T 177_L 0.84 0.39 0.14
192_I 314_I 0.84 0.39 0.14
47_L 226_A 0.84 0.39 0.14
136_V 63_A 0.84 0.39 0.14
104_S 205_V 0.84 0.39 0.14
92_L 410_M 0.84 0.39 0.14
206_L 164_L 0.83 0.39 0.14
125_N 273_S 0.83 0.39 0.14
168_L 372_T 0.83 0.38 0.14
8_Y 402_V 0.83 0.38 0.14
53_T 64_P 0.83 0.38 0.14
109_T 235_L 0.83 0.38 0.14
162_A 98_M 0.83 0.38 0.14
43_L 100_I 0.83 0.38 0.14
39_S 302_L 0.82 0.37 0.14
152_M 344_L 0.82 0.37 0.14
23_S 200_T 0.82 0.37 0.14
135_S 214_L 0.82 0.37 0.13
38_H 325_L 0.82 0.37 0.13
80_R 210_Y 0.82 0.37 0.13
168_L 194_L 0.82 0.37 0.13
84_I 115_L 0.82 0.37 0.13
212_S 390_N 0.82 0.37 0.13
151_L 337_T 0.82 0.37 0.13
195_S 363_S 0.82 0.37 0.13
184_S 270_I 0.82 0.37 0.13
39_S 56_F 0.82 0.37 0.13
125_N 22_M 0.82 0.37 0.13
41_T 143_L 0.82 0.37 0.13
213_T 318_A 0.82 0.37 0.13
49_T 450_N 0.82 0.36 0.13
222_Q 149_F 0.82 0.36 0.13
187_T 295_A 0.81 0.36 0.13
168_L 312_A 0.81 0.36 0.13
109_T 131_A 0.81 0.36 0.13
21_A 317_I 0.81 0.36 0.13
182_F 35_S 0.81 0.36 0.13
225_F 121_F 0.81 0.36 0.13
21_A 390_N 0.81 0.35 0.12
139_A 149_F 0.81 0.35 0.12
143_S 121_F 0.81 0.35 0.12
13_P 98_M 0.81 0.35 0.12
139_A 143_L 0.81 0.35 0.12
255_S 368_A 0.80 0.35 0.12
112_L 275_I 0.80 0.35 0.12
122_T 109_T 0.80 0.35 0.12
122_T 94_L 0.80 0.35 0.12
213_T 363_S 0.80 0.35 0.12
167_I 101_S 0.80 0.35 0.12
127_L 257_M 0.80 0.35 0.12
110_P 377_G 0.80 0.35 0.12
61_V 190_W 0.80 0.35 0.12
44_M 253_L 0.80 0.34 0.12
147_A 291_I 0.80 0.34 0.12
6_H 388_W 0.80 0.34 0.12
112_L 379_L 0.80 0.34 0.12
250_L 358_W 0.80 0.34 0.12
213_T 244_M 0.80 0.34 0.12
104_S 247_T 0.80 0.34 0.12
222_Q 313_V 0.80 0.34 0.12
191_G 163_A 0.80 0.34 0.12
8_Y 444_I 0.79 0.34 0.12
112_L 447_L 0.79 0.34 0.12
50_N 101_S 0.79 0.34 0.12
23_S 348_L 0.79 0.34 0.12
81_Y 368_A 0.79 0.34 0.12
104_S 106_L 0.79 0.34 0.12
216_T 77_I 0.79 0.34 0.12
10_M 156_G 0.79 0.34 0.12
191_G 414_T 0.79 0.34 0.12
156_R 274_S 0.79 0.33 0.11
67_Y 446_L 0.79 0.33 0.11
80_R 415_Q 0.79 0.33 0.11
65_S 45_I 0.79 0.33 0.11
8_Y 90_S 0.79 0.33 0.11
74_P 295_A 0.78 0.33 0.11
129_V 298_V 0.78 0.33 0.11
189_S 418_S 0.78 0.33 0.11
51_T 177_L 0.78 0.33 0.11
183_E 339_S 0.78 0.33 0.11
101_F 336_R 0.78 0.32 0.11
21_A 199_Y 0.78 0.32 0.11
212_S 207_M 0.78 0.32 0.11
158_Q 360_L 0.78 0.32 0.11
45_L 46_N 0.78 0.32 0.11
185_P 177_L 0.78 0.32 0.11
159_M 86_S 0.78 0.32 0.11
185_P 70_T 0.78 0.32 0.11
192_I 405_L 0.77 0.32 0.11
220_I 11_L 0.77 0.32 0.11
189_S 410_M 0.77 0.32 0.11
32_A 155_V 0.77 0.32 0.11
121_I 391_I 0.77 0.32 0.11
77_K 407_S 0.77 0.32 0.11
55_Y 112_A 0.77 0.32 0.11
40_M 179_L 0.77 0.32 0.10
229_S 24_W 0.77 0.32 0.10
144_I 381_V 0.77 0.31 0.10
6_H 151_F 0.77 0.31 0.10
13_P 385_T 0.77 0.31 0.10
125_N 256_H 0.77 0.31 0.10
80_R 358_W 0.77 0.31 0.10
20_G 382_L 0.77 0.31 0.10
37_F 263_V 0.77 0.31 0.10
21_A 164_L 0.77 0.31 0.10
54_M 372_T 0.77 0.31 0.10
174_T 55_T 0.77 0.31 0.10
13_P 346_Q 0.76 0.31 0.10
53_T 161_L 0.76 0.31 0.10
127_L 349_Q 0.76 0.31 0.10
104_S 234_V 0.76 0.31 0.10
151_L 285_L 0.76 0.31 0.10
65_S 115_L 0.76 0.31 0.10
31_L 452_D 0.76 0.30 0.10
120_G 271_M 0.76 0.30 0.10
52_L 349_Q 0.76 0.30 0.10
139_A 301_I 0.76 0.30 0.10
32_A 304_Q 0.76 0.30 0.10
78_G 158_L 0.76 0.30 0.10
135_S 280_T 0.75 0.30 0.10
107_A 70_T 0.75 0.30 0.10
7_A 266_L 0.75 0.30 0.10
44_M 449_L 0.75 0.30 0.10
136_V 112_A 0.75 0.30 0.10
157_N 385_T 0.75 0.30 0.10
70_H 338_H 0.75 0.30 0.10
254_V 69_T 0.75 0.30 0.10
51_T 166_Y 0.75 0.30 0.10
53_T 344_L 0.75 0.30 0.10
178_A 21_H 0.75 0.30 0.10
61_V 339_S 0.75 0.30 0.10
6_H 154_L 0.75 0.30 0.10
189_S 24_W 0.75 0.30 0.10
114_G 95_Y 0.75 0.30 0.10
61_V 332_S 0.75 0.30 0.10
114_G 367_L 0.75 0.30 0.10
27_M 299_T 0.75 0.30 0.10
54_M 284_S 0.75 0.29 0.10
41_T 131_A 0.75 0.29 0.10
25_L 333_N 0.75 0.29 0.10
104_S 375_L 0.75 0.29 0.10
13_P 204_M 0.75 0.29 0.10
138_L 55_T 0.74 0.29 0.09
49_T 298_V 0.74 0.29 0.09
100_A 385_T 0.74 0.29 0.09
253_Y 453_I 0.74 0.29 0.09
68_Q 336_R 0.74 0.29 0.09
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
4673 3.07 cIV_C_60_cI_M_60_1_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 8) B:(1E-60, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.57 Done - Shared
4438 2.36 cIV_C_60_cI_M_80_1_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 8) B:(1E-80, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.80 Done - Shared
4437 2.38 cIV_C_80_cI_M_80_1_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-80, 8) B:(1E-80, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.83 Done - Shared
4435 3.05 cIV_C_60_cI_M_60_1_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-80, 8) B:(1E-60, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.66 Done - Shared
Page generated in 0.0295 seconds.