May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
cIV_B_80_cI_M_80_1_Pdenitri
Genes: A B A+B
Length: 252 513 740
Sequences: 2165 1612 404
Seq/Len: 8.59 3.14 0.55
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.55
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.02
2 0.00 0.00 0.04
5 0.00 0.01 0.10
10 0.00 0.01 0.20
20 0.00 0.01 0.24
100 0.00 0.02 0.28
∞ 0.00 0.05 0.53
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
164_V 295_A 1.53 0.62 0.00
239_Y 220_L 1.52 0.61 0.00
32_Q 164_F 1.40 0.51 0.00
170_V 66_V 1.39 0.50 0.00
211_V 134_V 1.37 0.49 0.00
157_A 156_G 1.37 0.49 0.00
237_E 190_T 1.33 0.46 0.00
231_V 270_L 1.32 0.45 0.00
13_P 281_S 1.30 0.43 0.00
48_F 270_L 1.26 0.40 0.00
173_Q 336_V 1.23 0.38 0.00
27_L 149_L 1.22 0.38 0.00
201_Q 393_N 1.21 0.37 0.00
206_V 376_V 1.21 0.37 0.00
116_A 160_I 1.20 0.36 0.00
105_E 393_N 1.19 0.35 0.00
142_E 420_A 1.19 0.35 0.00
114_I 431_A 1.19 0.35 0.00
33_W 238_V 1.18 0.35 0.00
160_N 297_V 1.16 0.33 0.00
45_V 107_Q 1.16 0.33 0.00
95_F 349_I 1.14 0.32 0.00
103_S 413_F 1.14 0.32 0.00
182_A 366_T 1.14 0.31 0.00
74_N 303_A 1.13 0.31 0.00
133_A 416_D 1.12 0.31 0.00
151_E 44_A 1.09 0.28 0.00
114_I 430_S 1.09 0.28 0.00
89_L 262_L 1.09 0.28 0.00
103_S 443_L 1.08 0.28 0.00
180_I 421_L 1.07 0.27 0.00
162_V 163_S 1.07 0.27 0.00
38_V 348_F 1.07 0.27 0.00
143_A 256_L 1.06 0.27 0.00
203_W 435_L 1.06 0.27 0.00
116_A 328_V 1.06 0.26 0.00
52_L 247_V 1.05 0.26 0.00
206_V 451_L 1.04 0.25 0.00
195_V 322_G 1.03 0.25 0.00
28_A 164_F 1.03 0.24 0.00
31_Q 473_L 1.03 0.24 0.00
46_T 125_I 1.02 0.24 0.00
225_A 46_F 1.02 0.24 0.00
100_L 277_F 1.02 0.24 0.00
114_I 50_L 1.02 0.24 0.00
222_I 299_T 1.02 0.24 0.00
223_N 309_M 1.02 0.24 0.00
31_Q 186_R 1.02 0.24 0.00
73_H 386_F 1.02 0.24 0.00
188_F 303_A 1.01 0.24 0.00
219_L 68_D 1.01 0.23 0.00
34_L 326_M 1.00 0.23 0.00
116_A 429_L 1.00 0.23 0.00
16_G 404_G 1.00 0.23 0.00
202_L 93_T 1.00 0.23 0.00
73_H 201_F 1.00 0.23 0.00
243_L 475_L 1.00 0.23 0.00
83_L 348_F 0.99 0.23 0.00
212_Y 21_L 0.99 0.22 0.00
106_M 292_S 0.99 0.22 0.00
80_I 344_L 0.99 0.22 0.00
139_L 443_L 0.98 0.22 0.00
170_V 10_F 0.98 0.22 0.00
87_L 223_L 0.98 0.22 0.00
209_E 304_L 0.98 0.22 0.00
114_I 238_V 0.98 0.22 0.00
223_N 101_L 0.98 0.22 0.00
73_H 168_L 0.98 0.22 0.00
231_V 301_L 0.97 0.22 0.00
80_I 138_L 0.97 0.22 0.00
77_I 252_A 0.97 0.21 0.00
136_A 119_V 0.97 0.21 0.00
43_T 148_F 0.97 0.21 0.00
22_P 349_I 0.97 0.21 0.00
73_H 358_G 0.97 0.21 0.00
183_W 388_F 0.96 0.21 0.00
25_S 323_Y 0.96 0.21 0.00
231_V 392_A 0.96 0.21 0.00
13_P 134_V 0.96 0.21 0.00
48_F 355_L 0.96 0.21 0.00
80_I 425_S 0.96 0.21 0.00
167_G 38_A 0.96 0.21 0.00
219_L 304_L 0.96 0.21 0.00
171_L 153_I 0.96 0.21 0.00
17_G 150_I 0.95 0.20 0.00
155_L 125_I 0.95 0.20 0.00
190_V 392_A 0.95 0.20 0.00
202_L 88_F 0.95 0.20 0.00
187_A 44_A 0.95 0.20 0.00
237_E 264_M 0.95 0.20 0.00
176_A 430_S 0.95 0.20 0.00
18_M 71_W 0.95 0.20 0.00
79_V 430_S 0.94 0.20 0.00
225_A 159_R 0.94 0.20 0.00
49_V 275_P 0.94 0.20 0.00
170_V 86_V 0.94 0.20 0.00
73_H 313_I 0.94 0.20 0.00
112_L 277_F 0.94 0.20 0.00
39_L 470_A 0.94 0.20 0.00
158_T 473_L 0.94 0.20 0.00
243_L 67_E 0.93 0.20 0.00
87_L 297_V 0.93 0.19 0.00
183_W 373_G 0.93 0.19 0.00
138_M 321_M 0.93 0.19 0.00
176_A 65_F 0.93 0.19 0.00
208_Q 414_R 0.93 0.19 0.00
57_I 100_I 0.93 0.19 0.00
188_F 414_R 0.93 0.19 0.00
225_A 165_K 0.93 0.19 0.00
30_D 184_M 0.92 0.19 0.00
175_T 438_Y 0.92 0.19 0.00
31_Q 106_V 0.92 0.19 0.00
170_V 36_W 0.92 0.19 0.00
39_L 238_V 0.92 0.19 0.00
180_I 48_I 0.92 0.18 0.00
167_G 296_I 0.92 0.18 0.00
239_Y 432_A 0.92 0.18 0.00
106_M 275_P 0.91 0.18 0.00
174_V 123_L 0.91 0.18 0.00
42_I 299_T 0.91 0.18 0.00
84_V 126_G 0.91 0.18 0.00
106_M 422_V 0.91 0.18 0.00
233_A 220_L 0.91 0.18 0.00
44_A 223_L 0.91 0.18 0.00
74_N 342_Q 0.91 0.18 0.00
23_A 181_M 0.91 0.18 0.00
30_D 358_G 0.91 0.18 0.00
162_V 77_Y 0.91 0.18 0.00
25_S 399_T 0.91 0.18 0.00
155_L 324_V 0.90 0.18 0.00
243_L 181_M 0.90 0.18 0.00
42_I 277_F 0.90 0.18 0.00
34_L 408_T 0.90 0.18 0.00
115_K 306_Q 0.90 0.18 0.00
10_I 65_F 0.90 0.18 0.00
219_L 103_T 0.90 0.18 0.00
37_F 395_G 0.90 0.18 0.00
80_I 22_F 0.90 0.18 0.00
231_V 293_A 0.90 0.18 0.00
100_L 308_D 0.90 0.18 0.00
132_V 465_F 0.90 0.18 0.00
227_M 321_M 0.90 0.18 0.00
25_S 400_S 0.90 0.18 0.00
177_T 127_V 0.90 0.18 0.00
39_L 236_W 0.90 0.18 0.00
239_Y 352_A 0.90 0.18 0.00
53_L 399_T 0.90 0.18 0.00
146_D 190_T 0.89 0.17 0.00
183_W 447_I 0.89 0.17 0.00
114_I 48_I 0.89 0.17 0.00
16_G 428_I 0.89 0.17 0.00
42_I 176_L 0.89 0.17 0.00
188_F 92_T 0.88 0.17 0.00
83_L 106_V 0.88 0.17 0.00
34_L 305_A 0.88 0.17 0.00
63_R 44_A 0.88 0.17 0.00
34_L 303_A 0.88 0.17 0.00
114_I 484_D 0.87 0.17 0.00
231_V 458_T 0.87 0.17 0.00
164_V 236_W 0.87 0.17 0.00
155_L 237_P 0.87 0.17 0.00
57_I 164_F 0.87 0.17 0.00
207_D 156_G 0.87 0.17 0.00
180_I 123_L 0.87 0.16 0.00
231_V 200_D 0.87 0.16 0.00
213_F 284_A 0.86 0.16 0.00
115_K 237_P 0.86 0.16 0.00
34_L 186_R 0.86 0.16 0.00
79_V 81_V 0.86 0.16 0.00
71_F 303_A 0.86 0.16 0.00
77_I 465_F 0.86 0.16 0.00
195_V 319_A 0.86 0.16 0.00
225_A 337_D 0.86 0.16 0.00
114_I 304_L 0.86 0.16 0.00
180_I 480_R 0.86 0.16 0.00
184_T 140_F 0.86 0.16 0.00
183_W 408_T 0.86 0.16 0.00
87_L 457_M 0.86 0.16 0.00
100_L 133_L 0.86 0.16 0.00
87_L 366_T 0.85 0.16 0.00
23_A 384_A 0.85 0.16 0.00
239_Y 46_F 0.85 0.16 0.00
73_H 420_A 0.85 0.16 0.00
83_L 457_M 0.85 0.15 0.00
63_R 45_T 0.85 0.15 0.00
194_A 247_V 0.85 0.15 0.00
128_P 240_T 0.85 0.15 0.00
172_V 415_V 0.85 0.15 0.00
237_E 428_I 0.85 0.15 0.00
230_V 406_F 0.84 0.15 0.00
239_Y 145_I 0.84 0.15 0.00
13_P 140_F 0.84 0.15 0.00
71_F 471_M 0.84 0.15 0.00
225_A 251_T 0.84 0.15 0.00
246_A 260_V 0.84 0.15 0.00
174_V 406_F 0.84 0.15 0.00
97_L 289_F 0.84 0.15 0.00
188_F 446_L 0.84 0.15 0.00
70_R 332_N 0.84 0.15 0.00
87_L 428_I 0.84 0.15 0.00
67_V 336_V 0.84 0.15 0.00
153_E 119_V 0.84 0.15 0.00
187_A 252_A 0.84 0.15 0.00
97_L 115_I 0.84 0.15 0.00
89_L 177_M 0.84 0.15 0.00
187_A 32_R 0.84 0.15 0.00
170_V 94_F 0.84 0.15 0.00
68_P 373_G 0.84 0.15 0.00
104_Q 283_V 0.83 0.15 0.00
114_I 224_A 0.83 0.15 0.00
70_R 251_T 0.83 0.15 0.00
126_E 326_M 0.83 0.15 0.00
246_A 422_V 0.83 0.15 0.00
207_D 265_G 0.83 0.15 0.00
182_A 392_A 0.83 0.15 0.00
180_I 175_V 0.83 0.15 0.00
166_V 434_A 0.83 0.15 0.00
142_E 468_L 0.83 0.15 0.00
48_F 396_L 0.83 0.15 0.00
166_V 66_V 0.83 0.15 0.00
65_N 389_F 0.83 0.15 0.00
83_L 44_A 0.83 0.15 0.00
174_V 391_M 0.83 0.15 0.00
15_N 14_V 0.83 0.15 0.00
73_H 121_E 0.82 0.15 0.00
38_V 126_G 0.82 0.15 0.00
73_H 437_L 0.82 0.14 0.00
70_R 398_G 0.82 0.14 0.00
219_L 323_Y 0.82 0.14 0.00
174_V 81_V 0.82 0.14 0.00
102_R 373_G 0.82 0.14 0.00
243_L 163_S 0.82 0.14 0.00
187_A 340_I 0.82 0.14 0.00
83_L 281_S 0.82 0.14 0.00
114_I 58_P 0.82 0.14 0.00
9_V 292_S 0.82 0.14 0.00
74_N 439_R 0.82 0.14 0.00
116_A 236_W 0.81 0.14 0.00
99_I 226_F 0.81 0.14 0.00
111_D 295_A 0.81 0.14 0.00
90_V 471_M 0.81 0.14 0.00
170_V 17_I 0.81 0.14 0.00
167_G 46_F 0.81 0.14 0.00
107_P 428_I 0.81 0.14 0.00
73_H 304_L 0.81 0.14 0.00
225_A 423_A 0.81 0.14 0.00
13_P 150_I 0.81 0.14 0.00
56_C 238_V 0.81 0.14 0.00
119_H 179_V 0.81 0.14 0.00
38_V 351_G 0.81 0.14 0.00
13_P 120_L 0.81 0.14 0.00
132_V 112_E 0.81 0.14 0.00
235_S 260_V 0.81 0.14 0.00
223_N 351_G 0.81 0.14 0.00
48_F 252_A 0.81 0.14 0.00
160_N 429_L 0.80 0.14 0.00
23_A 116_A 0.80 0.14 0.00
173_Q 351_G 0.80 0.14 0.00
19_N 143_G 0.80 0.14 0.00
183_W 105_Q 0.80 0.14 0.00
245_G 90_L 0.80 0.14 0.00
16_G 161_Y 0.80 0.14 0.00
19_N 222_F 0.80 0.14 0.00
246_A 43_T 0.80 0.14 0.00
84_V 351_G 0.80 0.14 0.00
68_P 398_G 0.80 0.14 0.00
40_Y 140_F 0.80 0.14 0.00
119_H 330_A 0.80 0.14 0.00
95_F 248_Q 0.80 0.14 0.00
90_V 216_G 0.80 0.14 0.00
102_R 447_I 0.80 0.14 0.00
140_E 175_V 0.80 0.14 0.00
31_Q 221_L 0.80 0.14 0.00
140_E 43_T 0.80 0.14 0.00
134_F 181_M 0.80 0.14 0.00
58_V 180_A 0.79 0.13 0.00
45_V 68_D 0.79 0.13 0.00
75_T 135_L 0.79 0.13 0.00
29_H 124_M 0.79 0.13 0.00
172_V 273_S 0.79 0.13 0.00
23_A 255_V 0.79 0.13 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
4436 0.55 cIV_B_80_cI_M_80_1_Pdenitri Δgene:(1, ∞) A:(1E-80, 8) B:(1E-80, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
3317 2.62 cIV_B_4_cI_M_40_1_Pdenitr Δgene:(1, ∞) A:(1E-04, 8) B:(1E-40, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
3316 2.62 cIV_B_2_cI_M_40_1_Pdenitr Δgene:(1, ∞) A:(1E-02, 8) B:(1E-40, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
Page generated in 0.1549 seconds.