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OPENSEQ.org
cIV_B_60_cI_M_80_1_human
Genes: A B A+B
Length: 227 459 683
Sequences: 2677 2074 1714
Seq/Len: 11.79 4.52 2.51
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.85
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.02
5 0.00 0.00 0.16
10 0.00 0.00 2.50
20 0.00 0.00 2.50
100 0.00 0.00 2.50
∞ 0.00 0.00 2.50
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
95_L 164_L 1.53 0.95 0.68
40_Y 388_W 1.40 0.91 0.57
71_I 367_L 1.40 0.91 0.57
156_S 362_A 1.39 0.90 0.56
76_I 336_R 1.37 0.89 0.55
192_Y 214_L 1.31 0.86 0.48
52_N 388_W 1.30 0.86 0.48
153_M 198_A 1.29 0.85 0.47
55_I 410_M 1.29 0.85 0.47
155_T 244_M 1.27 0.84 0.45
97_I 344_L 1.26 0.83 0.44
124_P 330_A 1.25 0.83 0.43
110_Y 87_E 1.25 0.83 0.43
28_L 72_L 1.20 0.79 0.39
185_T 65_L 1.20 0.79 0.38
86_M 388_W 1.20 0.79 0.38
165_V 162_I 1.19 0.78 0.38
123_L 214_L 1.19 0.78 0.37
56_S 243_M 1.18 0.77 0.36
9_L 380_S 1.17 0.77 0.36
127_F 301_I 1.14 0.74 0.33
96_T 315_L 1.13 0.73 0.32
92_D 356_A 1.13 0.73 0.32
18_E 433_E 1.12 0.72 0.31
167_T 284_S 1.12 0.72 0.31
64_V 205_V 1.11 0.71 0.30
211_L 442_S 1.09 0.69 0.28
9_L 407_S 1.08 0.68 0.28
2_A 210_Y 1.08 0.68 0.28
27_A 272_T 1.08 0.68 0.28
11_D 271_M 1.07 0.67 0.27
123_L 262_L 1.07 0.67 0.27
11_D 326_L 1.07 0.67 0.27
185_T 411_F 1.07 0.67 0.27
58_A 210_Y 1.07 0.67 0.27
6_Q 226_A 1.07 0.67 0.27
193_Y 205_V 1.07 0.67 0.27
13_T 265_S 1.05 0.65 0.25
128_L 130_L 1.05 0.65 0.25
64_V 444_I 1.04 0.64 0.24
76_I 433_E 1.04 0.63 0.24
83_I 69_T 1.03 0.63 0.24
184_F 278_R 1.03 0.63 0.24
111_T 292_S 1.03 0.63 0.24
9_L 368_A 1.03 0.62 0.23
192_Y 226_A 1.03 0.62 0.23
138_V 457_F 1.03 0.62 0.23
30_I 51_S 1.02 0.62 0.23
155_T 301_I 1.02 0.62 0.23
192_Y 436_L 1.02 0.61 0.23
71_I 226_A 1.01 0.61 0.22
125_P 249_I 1.01 0.60 0.22
87_T 85_S 1.00 0.60 0.22
155_T 127_I 1.00 0.60 0.22
143_V 129_T 1.00 0.59 0.21
28_L 149_F 0.99 0.58 0.20
128_L 337_T 0.98 0.57 0.20
45_T 398_L 0.98 0.57 0.20
129_E 164_L 0.97 0.56 0.19
96_T 246_L 0.97 0.56 0.19
155_T 376_L 0.97 0.56 0.19
18_E 336_R 0.96 0.55 0.19
97_I 202_A 0.96 0.55 0.19
215_P 446_L 0.96 0.54 0.18
31_I 411_F 0.96 0.54 0.18
137_D 60_P 0.96 0.54 0.18
9_L 209_L 0.96 0.54 0.18
90_V 428_P 0.95 0.54 0.18
40_Y 124_T 0.95 0.54 0.18
16_I 360_L 0.95 0.53 0.18
132_D 69_T 0.95 0.53 0.18
152_M 315_L 0.94 0.53 0.17
91_N 243_M 0.94 0.52 0.17
133_L 339_S 0.94 0.52 0.17
20_L 278_R 0.93 0.52 0.17
2_A 113_T 0.93 0.52 0.17
154_I 280_T 0.93 0.52 0.17
39_L 317_I 0.93 0.51 0.17
52_N 234_V 0.93 0.51 0.17
3_H 77_I 0.93 0.51 0.17
165_V 205_V 0.93 0.51 0.17
193_Y 210_Y 0.93 0.51 0.16
94_S 305_T 0.92 0.50 0.16
37_L 151_F 0.92 0.50 0.16
170_L 314_I 0.92 0.50 0.16
160_L 177_L 0.92 0.50 0.16
175_I 116_I 0.92 0.50 0.16
154_I 52_C 0.92 0.49 0.16
123_L 404_A 0.92 0.49 0.16
155_T 446_L 0.92 0.49 0.16
27_A 61_L 0.91 0.49 0.16
60_E 199_Y 0.91 0.49 0.15
76_I 388_W 0.91 0.49 0.15
37_L 244_M 0.91 0.48 0.15
154_I 198_A 0.91 0.48 0.15
155_T 112_A 0.90 0.48 0.15
164_A 4_L 0.90 0.48 0.15
49_K 312_A 0.90 0.47 0.15
193_Y 362_A 0.90 0.47 0.15
113_Y 400_M 0.90 0.47 0.15
191_V 150_L 0.90 0.47 0.15
141_R 450_N 0.90 0.47 0.15
128_L 134_T 0.89 0.47 0.14
156_S 7_P 0.89 0.47 0.14
97_I 2_L 0.89 0.47 0.14
61_M 452_D 0.89 0.46 0.14
32_F 451_P 0.89 0.46 0.14
143_V 56_F 0.89 0.46 0.14
32_F 402_V 0.89 0.46 0.14
116_L 9_I 0.89 0.46 0.14
167_T 178_L 0.89 0.46 0.14
188_R 377_G 0.89 0.46 0.14
95_L 143_L 0.89 0.46 0.14
13_T 214_L 0.89 0.46 0.14
137_D 368_A 0.88 0.45 0.14
142_V 424_N 0.88 0.45 0.14
45_T 230_V 0.88 0.45 0.14
153_M 207_M 0.88 0.45 0.14
53_T 300_A 0.88 0.45 0.14
140_N 299_T 0.88 0.45 0.13
156_S 426_M 0.87 0.44 0.13
146_I 161_L 0.87 0.44 0.13
8_G 397_G 0.87 0.43 0.13
160_L 235_L 0.87 0.43 0.13
27_A 248_L 0.87 0.43 0.13
160_L 333_N 0.87 0.43 0.13
138_V 372_T 0.87 0.43 0.13
113_Y 375_L 0.86 0.43 0.13
28_L 434_N 0.86 0.43 0.13
99_S 248_L 0.86 0.43 0.13
7_V 250_L 0.86 0.43 0.13
71_I 339_S 0.86 0.43 0.13
167_T 386_F 0.86 0.43 0.13
192_Y 164_L 0.86 0.42 0.12
167_T 305_T 0.85 0.42 0.12
50_L 389_S 0.85 0.42 0.12
165_V 169_N 0.85 0.42 0.12
154_I 394_L 0.85 0.42 0.12
164_A 350_T 0.85 0.42 0.12
32_F 234_V 0.85 0.42 0.12
40_Y 343_I 0.85 0.42 0.12
94_S 210_Y 0.85 0.42 0.12
16_I 298_V 0.85 0.41 0.12
137_D 42_F 0.85 0.41 0.12
202_A 448_S 0.85 0.41 0.12
37_L 149_F 0.84 0.41 0.12
74_V 419_L 0.84 0.41 0.12
67_I 333_N 0.84 0.41 0.12
49_K 391_I 0.84 0.40 0.12
82_R 102_L 0.84 0.40 0.12
82_R 328_C 0.84 0.40 0.12
43_F 442_S 0.83 0.40 0.11
160_L 207_M 0.83 0.40 0.11
82_R 368_A 0.83 0.40 0.11
99_S 400_M 0.83 0.40 0.11
96_T 147_T 0.83 0.40 0.11
193_Y 104_I 0.83 0.40 0.11
87_T 439_M 0.83 0.40 0.11
60_E 420_T 0.83 0.40 0.11
3_H 209_L 0.83 0.39 0.11
215_P 419_L 0.83 0.39 0.11
84_L 388_W 0.83 0.39 0.11
63_T 308_S 0.83 0.39 0.11
45_T 209_L 0.83 0.39 0.11
34_I 328_C 0.83 0.39 0.11
50_L 113_T 0.82 0.39 0.11
160_L 156_G 0.82 0.39 0.11
150_I 106_L 0.82 0.39 0.11
215_P 212_L 0.82 0.39 0.11
165_V 201_M 0.82 0.39 0.11
78_L 420_T 0.82 0.39 0.11
154_I 61_L 0.82 0.38 0.11
172_T 134_T 0.82 0.38 0.11
61_M 409_Y 0.82 0.38 0.11
140_N 402_V 0.82 0.38 0.11
160_L 282_L 0.82 0.38 0.10
169_G 65_L 0.82 0.38 0.10
7_V 349_Q 0.81 0.38 0.10
193_Y 175_N 0.81 0.37 0.10
71_I 39_L 0.81 0.37 0.10
187_T 381_V 0.81 0.37 0.10
191_V 314_I 0.81 0.37 0.10
221_M 258_A 0.81 0.37 0.10
47_S 84_L 0.80 0.36 0.10
34_I 437_M 0.80 0.36 0.10
3_H 57_S 0.80 0.36 0.10
168_L 100_I 0.80 0.36 0.10
43_F 343_I 0.80 0.36 0.10
131_G 278_R 0.80 0.36 0.10
217_K 121_F 0.79 0.35 0.10
223_P 63_A 0.79 0.35 0.10
174_A 315_L 0.79 0.35 0.09
96_T 297_V 0.79 0.35 0.09
86_M 144_N 0.79 0.35 0.09
51_T 74_P 0.79 0.35 0.09
67_I 342_M 0.79 0.35 0.09
189_P 202_A 0.79 0.35 0.09
175_I 120_I 0.79 0.35 0.09
191_V 56_F 0.79 0.34 0.09
160_L 252_P 0.79 0.34 0.09
49_K 56_F 0.79 0.34 0.09
164_A 414_T 0.79 0.34 0.09
154_I 238_L 0.79 0.34 0.09
115_G 225_I 0.79 0.34 0.09
53_T 372_T 0.79 0.34 0.09
156_S 332_S 0.78 0.34 0.09
9_L 11_L 0.78 0.34 0.09
76_I 377_G 0.78 0.34 0.09
131_G 202_A 0.78 0.34 0.09
76_I 151_F 0.78 0.34 0.09
8_G 64_P 0.78 0.34 0.09
5_A 202_A 0.78 0.34 0.09
112_D 322_T 0.78 0.34 0.09
144_L 388_W 0.78 0.34 0.09
45_T 430_F 0.78 0.34 0.09
49_K 84_L 0.78 0.34 0.09
32_F 326_L 0.78 0.34 0.09
23_F 339_S 0.78 0.34 0.09
120_S 372_T 0.78 0.34 0.09
215_P 415_Q 0.78 0.34 0.09
52_N 317_I 0.78 0.33 0.09
8_G 124_T 0.78 0.33 0.09
216_L 233_A 0.78 0.33 0.09
78_L 193_N 0.78 0.33 0.09
3_H 69_T 0.78 0.33 0.09
91_N 337_T 0.77 0.33 0.09
7_V 30_H 0.77 0.33 0.09
72_I 348_L 0.77 0.33 0.09
214_I 418_S 0.77 0.33 0.09
29_M 275_I 0.77 0.33 0.09
71_I 431_T 0.77 0.33 0.09
52_N 405_L 0.77 0.33 0.09
100_I 105_S 0.77 0.33 0.09
154_I 410_M 0.77 0.32 0.08
153_M 438_F 0.77 0.32 0.08
72_I 407_S 0.77 0.32 0.08
155_T 264_L 0.76 0.32 0.08
143_V 355_M 0.76 0.32 0.08
192_Y 134_T 0.76 0.32 0.08
191_V 450_N 0.76 0.32 0.08
165_V 230_V 0.76 0.32 0.08
148_T 11_L 0.76 0.32 0.08
27_A 410_M 0.76 0.32 0.08
154_I 47_N 0.76 0.32 0.08
11_D 313_V 0.76 0.32 0.08
172_T 372_T 0.76 0.32 0.08
91_N 162_I 0.76 0.32 0.08
127_F 131_A 0.76 0.32 0.08
58_A 329_L 0.76 0.31 0.08
155_T 92_K 0.76 0.31 0.08
46_L 164_L 0.76 0.31 0.08
13_T 286_I 0.76 0.31 0.08
5_A 280_T 0.76 0.31 0.08
221_M 339_S 0.76 0.31 0.08
5_A 346_Q 0.76 0.31 0.08
211_L 99_L 0.76 0.31 0.08
81_L 119_Y 0.76 0.31 0.08
74_V 258_A 0.76 0.31 0.08
53_T 360_L 0.76 0.31 0.08
90_V 78_M 0.75 0.31 0.08
84_L 11_L 0.75 0.31 0.08
192_Y 194_L 0.75 0.31 0.08
29_M 277_L 0.75 0.31 0.08
144_L 56_F 0.75 0.31 0.08
84_L 210_Y 0.75 0.31 0.08
121_Y 114_E 0.75 0.31 0.08
72_I 255_K 0.75 0.30 0.08
29_M 318_A 0.75 0.30 0.08
132_D 209_L 0.75 0.30 0.08
92_D 284_S 0.75 0.30 0.08
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
4434 3.17 cIV_B_80_cI_M_60_1_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-80, 8) B:(1E-60, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.94 Done - Shared
4433 2.51 cIV_B_60_cI_M_80_1_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 8) B:(1E-80, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.68 Done - Shared
4427 4.27 cIV_B_40_cI_M_40_1_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.16 Done - Shared
4426 3.25 cIV_B_60_cI_M_60_1_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 8) B:(1E-60, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.95 Done - Shared
4425 2.51 cIV_B_80_cI_M_80_1_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-80, 8) B:(1E-80, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.72 Done - Shared
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