May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
DK
Genes: A B A+B
Length: 492 523 994
Sequences: 667 779 499
Seq/Len: 1.36 1.49 0.5
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.85
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.13 0.14 0.44
2 0.44 0.46 0.48
5 0.56 0.57 0.49
10 0.60 0.60 0.49
20 0.61 0.62 0.49
100 0.65 0.65 0.49
∞ 0.68 0.68 0.50
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
305_T 369_L 1.66 0.68 0.00
265_T 103_F 1.55 0.60 0.00
249_C 235_G 1.32 0.43 0.00
63_A 189_F 1.32 0.42 0.00
165_S 366_R 1.30 0.41 0.00
119_Q 258_E 1.27 0.39 0.00
290_Y 366_R 1.25 0.37 0.00
375_V 493_I 1.23 0.36 0.00
241_L 507_E 1.21 0.35 0.00
241_L 269_F 1.20 0.34 0.00
305_T 372_D 1.20 0.34 0.00
86_V 376_V 1.18 0.33 0.00
408_E 120_E 1.17 0.32 0.00
378_G 110_P 1.17 0.31 0.00
480_E 345_T 1.17 0.31 0.00
168_K 352_V 1.16 0.31 0.00
436_I 306_E 1.16 0.31 0.00
370_L 240_I 1.15 0.30 0.00
289_K 137_N 1.15 0.30 0.00
249_C 301_T 1.13 0.29 0.00
211_D 316_L 1.12 0.28 0.00
260_S 329_L 1.11 0.28 0.00
137_E 493_I 1.11 0.28 0.00
308_S 135_L 1.10 0.27 0.00
262_I 442_M 1.10 0.27 0.00
261_E 243_M 1.10 0.27 0.00
223_V 185_H 1.10 0.27 0.00
247_L 291_V 1.09 0.27 0.00
378_G 449_K 1.09 0.27 0.00
256_D 387_G 1.09 0.27 0.00
16_V 60_E 1.09 0.27 0.00
58_T 117_S 1.09 0.27 0.00
469_N 208_F 1.08 0.26 0.00
374_V 167_N 1.08 0.26 0.00
459_F 98_Y 1.07 0.26 0.00
172_A 166_I 1.07 0.26 0.00
123_I 217_V 1.07 0.25 0.00
314_A 226_I 1.05 0.25 0.00
247_L 85_T 1.05 0.25 0.00
178_I 502_L 1.05 0.24 0.00
107_N 421_V 1.05 0.24 0.00
127_G 127_G 1.05 0.24 0.00
137_E 382_F 1.04 0.24 0.00
188_G 152_T 1.04 0.24 0.00
369_D 137_N 1.04 0.24 0.00
343_R 248_G 1.04 0.23 0.00
257_G 369_L 1.03 0.23 0.00
75_I 387_G 1.03 0.23 0.00
122_D 230_F 1.03 0.23 0.00
311_A 240_I 1.02 0.23 0.00
175_S 248_G 1.02 0.23 0.00
122_D 387_G 1.02 0.23 0.00
151_Q 478_H 1.02 0.22 0.00
179_V 334_E 1.01 0.22 0.00
270_L 201_F 1.01 0.22 0.00
396_D 217_V 1.01 0.22 0.00
80_H 387_G 1.00 0.22 0.00
207_L 133_D 1.00 0.22 0.00
13_I 226_I 1.00 0.22 0.00
223_V 143_K 1.00 0.22 0.00
350_R 366_R 1.00 0.21 0.00
56_L 261_L 1.00 0.21 0.00
277_R 189_F 0.99 0.21 0.00
339_V 334_E 0.99 0.21 0.00
357_G 93_Q 0.99 0.21 0.00
238_S 400_K 0.99 0.21 0.00
312_I 268_Q 0.99 0.21 0.00
283_S 28_R 0.99 0.21 0.00
236_W 387_G 0.99 0.21 0.00
136_D 227_V 0.99 0.21 0.00
357_G 274_G 0.99 0.21 0.00
375_V 407_D 0.98 0.21 0.00
85_P 72_P 0.98 0.21 0.00
225_I 281_M 0.98 0.21 0.00
420_L 85_T 0.98 0.21 0.00
351_V 269_F 0.98 0.20 0.00
332_K 107_F 0.97 0.20 0.00
279_M 97_A 0.97 0.20 0.00
372_M 170_K 0.96 0.20 0.00
357_G 353_D 0.96 0.20 0.00
163_I 115_S 0.96 0.20 0.00
159_I 120_E 0.96 0.20 0.00
346_L 184_A 0.96 0.19 0.00
33_A 11_S 0.95 0.19 0.00
305_T 242_R 0.95 0.19 0.00
471_C 351_L 0.95 0.19 0.00
158_L 123_A 0.94 0.19 0.00
279_M 86_M 0.94 0.19 0.00
133_K 60_E 0.94 0.19 0.00
161_D 72_P 0.94 0.19 0.00
326_E 240_I 0.94 0.19 0.00
184_E 160_D 0.94 0.18 0.00
258_S 446_S 0.93 0.18 0.00
105_G 409_I 0.93 0.18 0.00
72_W 359_H 0.93 0.18 0.00
461_R 133_D 0.93 0.18 0.00
262_I 261_L 0.93 0.18 0.00
343_R 502_L 0.93 0.18 0.00
179_V 146_M 0.92 0.18 0.00
368_E 378_G 0.92 0.18 0.00
372_M 424_G 0.92 0.18 0.00
169_V 278_Q 0.92 0.18 0.00
326_E 430_L 0.92 0.17 0.00
81_I 291_V 0.92 0.17 0.00
242_L 416_G 0.91 0.17 0.00
96_R 130_N 0.91 0.17 0.00
347_E 328_F 0.91 0.17 0.00
165_S 223_K 0.91 0.17 0.00
282_I 340_I 0.91 0.17 0.00
130_K 127_G 0.91 0.17 0.00
92_S 376_V 0.91 0.17 0.00
427_E 100_R 0.91 0.17 0.00
451_H 144_P 0.91 0.17 0.00
159_I 321_G 0.91 0.17 0.00
223_V 501_I 0.91 0.17 0.00
235_A 267_G 0.91 0.17 0.00
138_V 490_A 0.90 0.17 0.00
374_V 265_A 0.90 0.17 0.00
342_Y 244_L 0.90 0.17 0.00
125_F 120_E 0.90 0.17 0.00
343_R 464_V 0.90 0.17 0.00
396_D 210_L 0.90 0.17 0.00
169_V 410_L 0.90 0.17 0.00
89_G 189_F 0.90 0.17 0.00
292_I 168_N 0.90 0.17 0.00
130_K 59_R 0.90 0.17 0.00
174_L 382_F 0.90 0.17 0.00
150_V 358_S 0.89 0.17 0.00
343_R 170_K 0.89 0.17 0.00
255_G 326_D 0.89 0.17 0.00
220_P 170_K 0.89 0.16 0.00
233_G 90_H 0.89 0.16 0.00
24_A 24_L 0.89 0.16 0.00
312_I 64_V 0.89 0.16 0.00
255_G 91_G 0.89 0.16 0.00
471_C 281_M 0.89 0.16 0.00
460_A 193_H 0.88 0.16 0.00
50_K 281_M 0.88 0.16 0.00
351_V 197_W 0.88 0.16 0.00
37_P 252_S 0.88 0.16 0.00
201_A 21_K 0.88 0.16 0.00
343_R 411_A 0.88 0.16 0.00
242_L 356_T 0.88 0.16 0.00
19_V 50_K 0.88 0.16 0.00
339_V 243_M 0.88 0.16 0.00
135_I 244_L 0.88 0.16 0.00
344_P 184_A 0.88 0.16 0.00
270_L 306_E 0.87 0.16 0.00
287_E 203_G 0.87 0.16 0.00
104_T 291_V 0.87 0.16 0.00
286_M 108_R 0.87 0.16 0.00
153_E 236_N 0.87 0.16 0.00
232_G 97_A 0.87 0.16 0.00
202_V 491_M 0.87 0.15 0.00
50_K 355_M 0.87 0.15 0.00
96_R 98_Y 0.87 0.15 0.00
18_E 401_R 0.87 0.15 0.00
70_V 142_Y 0.87 0.15 0.00
255_G 348_R 0.86 0.15 0.00
111_T 185_H 0.86 0.15 0.00
292_I 146_M 0.86 0.15 0.00
315_K 334_E 0.86 0.15 0.00
245_M 339_P 0.86 0.15 0.00
141_L 46_W 0.86 0.15 0.00
311_A 167_N 0.86 0.15 0.00
247_L 133_D 0.86 0.15 0.00
123_I 157_V 0.86 0.15 0.00
188_G 326_D 0.86 0.15 0.00
198_A 494_L 0.86 0.15 0.00
273_V 470_G 0.86 0.15 0.00
175_S 245_S 0.86 0.15 0.00
236_W 68_K 0.86 0.15 0.00
229_Y 187_P 0.85 0.15 0.00
124_V 177_D 0.85 0.15 0.00
254_S 279_E 0.85 0.15 0.00
258_S 64_V 0.85 0.15 0.00
399_L 243_M 0.85 0.15 0.00
159_I 160_D 0.85 0.15 0.00
168_K 366_R 0.85 0.15 0.00
329_A 249_V 0.85 0.15 0.00
273_V 281_M 0.85 0.15 0.00
135_I 430_L 0.85 0.15 0.00
99_Y 389_E 0.85 0.15 0.00
163_I 189_F 0.85 0.15 0.00
209_K 149_V 0.85 0.15 0.00
374_V 470_G 0.85 0.15 0.00
382_A 248_G 0.85 0.15 0.00
179_V 243_M 0.85 0.15 0.00
254_S 225_N 0.84 0.15 0.00
463_M 497_L 0.84 0.15 0.00
287_E 82_F 0.84 0.15 0.00
353_L 224_I 0.84 0.14 0.00
329_A 404_K 0.84 0.14 0.00
343_R 418_N 0.84 0.14 0.00
223_V 181_V 0.84 0.14 0.00
318_E 300_K 0.84 0.14 0.00
124_V 149_V 0.84 0.14 0.00
373_E 420_T 0.84 0.14 0.00
170_K 376_V 0.84 0.14 0.00
81_I 308_T 0.84 0.14 0.00
188_G 91_G 0.84 0.14 0.00
227_G 326_D 0.84 0.14 0.00
248_R 424_G 0.84 0.14 0.00
326_E 215_D 0.84 0.14 0.00
292_I 376_V 0.84 0.14 0.00
292_I 327_E 0.84 0.14 0.00
255_G 81_G 0.84 0.14 0.00
150_V 315_K 0.84 0.14 0.00
80_H 135_L 0.84 0.14 0.00
163_I 241_K 0.84 0.14 0.00
347_E 211_K 0.83 0.14 0.00
473_K 502_L 0.83 0.14 0.00
168_K 291_V 0.83 0.14 0.00
116_S 393_I 0.83 0.14 0.00
233_G 475_D 0.83 0.14 0.00
437_P 118_M 0.83 0.14 0.00
187_R 98_Y 0.83 0.14 0.00
242_L 242_R 0.83 0.14 0.00
74_P 91_G 0.83 0.14 0.00
351_V 501_I 0.83 0.14 0.00
345_R 204_I 0.83 0.14 0.00
225_I 42_E 0.83 0.14 0.00
257_G 86_M 0.83 0.14 0.00
230_N 72_P 0.83 0.14 0.00
449_P 291_V 0.83 0.14 0.00
27_D 235_G 0.83 0.14 0.00
68_K 97_A 0.83 0.14 0.00
229_Y 431_R 0.83 0.14 0.00
120_E 189_F 0.82 0.14 0.00
87_G 70_C 0.82 0.14 0.00
340_A 291_V 0.82 0.14 0.00
424_G 475_D 0.82 0.14 0.00
81_I 185_H 0.82 0.14 0.00
318_E 386_L 0.82 0.14 0.00
242_L 295_P 0.82 0.14 0.00
401_Y 62_L 0.82 0.14 0.00
427_E 193_H 0.82 0.14 0.00
140_T 339_P 0.82 0.14 0.00
364_I 62_L 0.82 0.14 0.00
119_Q 85_T 0.82 0.14 0.00
150_V 136_Q 0.82 0.14 0.00
471_C 355_M 0.82 0.14 0.00
421_I 148_A 0.82 0.14 0.00
122_D 355_M 0.82 0.14 0.00
198_A 68_K 0.81 0.13 0.00
286_M 360_T 0.81 0.13 0.00
223_V 404_K 0.81 0.13 0.00
227_G 106_H 0.81 0.13 0.00
76_K 477_H 0.81 0.13 0.00
95_G 522_V 0.81 0.13 0.00
120_E 378_G 0.81 0.13 0.00
188_G 144_P 0.81 0.13 0.00
11_S 346_K 0.81 0.13 0.00
141_L 280_E 0.81 0.13 0.00
370_L 406_V 0.81 0.13 0.00
236_W 262_D 0.81 0.13 0.00
140_T 334_E 0.81 0.13 0.00
122_D 502_L 0.81 0.13 0.00
323_K 291_V 0.81 0.13 0.00
188_G 81_G 0.80 0.13 0.00
243_E 350_R 0.80 0.13 0.00
472_W 78_C 0.80 0.13 0.00
250_V 490_A 0.80 0.13 0.00
332_K 62_L 0.80 0.13 0.00
206_V 494_L 0.80 0.13 0.00
249_C 282_K 0.80 0.13 0.00
119_Q 310_K 0.80 0.13 0.00
281_Y 153_C 0.80 0.13 0.00
95_G 87_P 0.80 0.13 0.00
262_I 149_V 0.80 0.13 0.00
19_V 55_L 0.80 0.13 0.00
137_E 61_A 0.80 0.13 0.00
198_A 151_T 0.80 0.13 0.00
203_R 329_L 0.80 0.13 0.00
27_D 51_E 0.80 0.13 0.00
9_V 43_V 0.80 0.13 0.00
324_C 409_I 0.80 0.13 0.00
330_K 201_F 0.80 0.13 0.00
123_I 394_L 0.80 0.13 0.00
138_V 336_S 0.80 0.13 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
WARNING: The input alignment may be corrupted!
  • For sequence A, there is a high ratio (0.61 > 0.4) of paralogs.
  • For sequence B, there is a high ratio (0.62 > 0.4) of paralogs.
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
4432 0.26 DK Δgene:(1, 20) A:(1E-04, 2) B:(1E-04, 2) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
4431 0.5 DK Δgene:(1, 20) A:(1E-10, 1) B:(1E-10, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
4430 0 DK Δgene:(1, 20) A:(1E-10, 8) B:(1E-10, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) Killed - Shared
4429 0 DK Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) Killed - Shared
3662 0.48 DK Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 1) B:(1E-20, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.01 Done - Shared
3617 0 DK Δgene:(1, 20) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) Killed - Shared
Page generated in 0.1243 seconds.