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OPENSEQ.org
cIV_B_80_cI_M_80_1_human
Genes: A B A+B
Length: 227 459 681
Sequences: 1814 2074 1707
Seq/Len: 7.99 4.52 2.51
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.85
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.02
5 0.00 0.00 0.16
10 0.00 0.00 2.49
20 0.00 0.00 2.49
100 0.00 0.00 2.49
∞ 0.00 0.00 2.49
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
95_L 164_L 1.55 0.95 0.72
40_Y 388_W 1.42 0.92 0.62
156_S 362_A 1.37 0.89 0.57
76_I 336_R 1.37 0.89 0.57
71_I 367_L 1.35 0.89 0.56
52_N 388_W 1.33 0.88 0.53
192_Y 214_L 1.32 0.87 0.52
153_M 198_A 1.31 0.86 0.51
55_I 410_M 1.31 0.86 0.51
97_I 344_L 1.30 0.85 0.50
9_L 380_S 1.29 0.85 0.49
124_P 330_A 1.29 0.85 0.49
155_T 244_M 1.28 0.85 0.48
110_Y 87_E 1.25 0.83 0.46
28_L 72_L 1.24 0.82 0.44
86_M 388_W 1.20 0.79 0.41
123_L 214_L 1.20 0.79 0.41
165_V 162_I 1.19 0.78 0.40
56_S 243_M 1.18 0.78 0.39
185_T 65_L 1.17 0.76 0.38
64_V 205_V 1.16 0.76 0.37
96_T 315_L 1.13 0.73 0.34
9_L 407_S 1.12 0.72 0.33
127_F 301_I 1.12 0.71 0.33
28_L 149_F 1.12 0.71 0.33
167_T 284_S 1.11 0.71 0.32
27_A 272_T 1.10 0.70 0.32
18_E 433_E 1.10 0.70 0.32
2_A 210_Y 1.09 0.69 0.31
185_T 411_F 1.09 0.69 0.30
58_A 210_Y 1.07 0.67 0.29
6_Q 226_A 1.07 0.67 0.28
11_D 326_L 1.07 0.67 0.28
155_T 301_I 1.06 0.66 0.28
83_I 69_T 1.06 0.66 0.28
11_D 271_M 1.06 0.66 0.28
123_L 262_L 1.06 0.66 0.28
64_V 444_I 1.05 0.65 0.27
92_D 356_A 1.04 0.64 0.26
184_F 278_R 1.04 0.63 0.26
76_I 433_E 1.03 0.63 0.26
138_V 457_F 1.03 0.62 0.25
192_Y 436_L 1.03 0.62 0.25
13_T 265_S 1.03 0.62 0.25
132_D 69_T 1.03 0.62 0.25
128_L 130_L 1.02 0.62 0.25
192_Y 226_A 1.02 0.62 0.25
155_T 127_I 1.02 0.62 0.25
9_L 368_A 1.01 0.61 0.24
143_V 129_T 1.01 0.60 0.24
52_N 234_V 1.01 0.60 0.24
211_L 442_S 1.01 0.60 0.23
137_D 60_P 1.01 0.60 0.23
143_V 56_F 1.00 0.59 0.23
71_I 226_A 0.99 0.58 0.22
111_T 292_S 0.99 0.58 0.22
96_T 246_L 0.99 0.58 0.22
87_T 85_S 0.98 0.57 0.21
125_P 249_I 0.98 0.57 0.21
37_L 151_F 0.98 0.57 0.21
18_E 336_R 0.98 0.57 0.21
30_I 51_S 0.98 0.56 0.21
97_I 202_A 0.97 0.55 0.20
223_P 63_A 0.96 0.55 0.20
90_V 428_P 0.96 0.55 0.20
192_Y 164_L 0.96 0.55 0.20
193_Y 205_V 0.96 0.55 0.20
128_L 134_T 0.96 0.54 0.20
40_Y 124_T 0.96 0.54 0.20
45_T 230_V 0.96 0.54 0.20
31_I 411_F 0.95 0.54 0.20
155_T 376_L 0.95 0.53 0.19
9_L 209_L 0.95 0.53 0.19
193_Y 210_Y 0.95 0.53 0.19
20_L 278_R 0.94 0.53 0.19
154_I 52_C 0.94 0.52 0.18
95_L 143_L 0.94 0.52 0.18
91_N 243_M 0.93 0.51 0.18
165_V 205_V 0.93 0.51 0.18
193_Y 362_A 0.93 0.51 0.18
37_L 149_F 0.93 0.51 0.17
76_I 388_W 0.92 0.50 0.17
94_S 305_T 0.92 0.50 0.17
3_H 77_I 0.92 0.50 0.17
191_V 150_L 0.92 0.49 0.17
60_E 199_Y 0.92 0.49 0.17
156_S 7_P 0.92 0.49 0.17
113_Y 400_M 0.92 0.49 0.17
150_I 106_L 0.92 0.49 0.17
71_I 39_L 0.91 0.49 0.17
129_E 164_L 0.91 0.48 0.16
16_I 360_L 0.91 0.48 0.16
152_M 315_L 0.91 0.48 0.16
32_F 451_P 0.91 0.48 0.16
154_I 280_T 0.90 0.48 0.16
27_A 61_L 0.90 0.47 0.16
32_F 402_V 0.90 0.47 0.16
16_I 298_V 0.90 0.47 0.16
165_V 201_M 0.89 0.47 0.15
137_D 368_A 0.89 0.46 0.15
123_L 404_A 0.89 0.46 0.15
13_T 214_L 0.89 0.46 0.15
154_I 198_A 0.89 0.46 0.15
160_L 333_N 0.89 0.46 0.15
167_T 305_T 0.89 0.46 0.15
133_L 339_S 0.88 0.45 0.15
45_T 398_L 0.88 0.45 0.15
50_L 389_S 0.88 0.45 0.15
67_I 356_A 0.88 0.45 0.14
167_T 178_L 0.88 0.45 0.14
175_I 116_I 0.88 0.45 0.14
141_R 450_N 0.88 0.45 0.14
153_M 207_M 0.87 0.44 0.14
27_A 248_L 0.87 0.44 0.14
53_T 300_A 0.87 0.44 0.14
37_L 244_M 0.87 0.44 0.14
156_S 426_M 0.87 0.44 0.14
54_N 101_S 0.86 0.43 0.14
146_I 161_L 0.86 0.43 0.14
28_L 434_N 0.86 0.43 0.14
2_A 113_T 0.86 0.43 0.14
9_L 11_L 0.86 0.43 0.14
97_I 2_L 0.86 0.43 0.14
154_I 61_L 0.86 0.42 0.13
137_D 42_F 0.86 0.42 0.13
188_R 377_G 0.86 0.42 0.13
67_I 333_N 0.86 0.42 0.13
82_R 102_L 0.86 0.42 0.13
215_P 446_L 0.86 0.42 0.13
128_L 337_T 0.85 0.42 0.13
49_K 312_A 0.85 0.42 0.13
60_E 420_T 0.85 0.42 0.13
160_L 235_L 0.85 0.42 0.13
164_A 4_L 0.85 0.42 0.13
174_A 315_L 0.85 0.42 0.13
113_Y 375_L 0.85 0.42 0.13
8_G 397_G 0.85 0.41 0.13
40_Y 343_I 0.85 0.41 0.13
39_L 317_I 0.85 0.41 0.13
94_S 210_Y 0.84 0.41 0.13
160_L 177_L 0.84 0.41 0.12
215_P 212_L 0.84 0.41 0.12
84_L 388_W 0.84 0.41 0.12
193_Y 104_I 0.84 0.40 0.12
49_K 56_F 0.84 0.40 0.12
167_T 386_F 0.84 0.40 0.12
82_R 328_C 0.84 0.40 0.12
155_T 446_L 0.84 0.40 0.12
138_V 372_T 0.83 0.40 0.12
49_K 391_I 0.83 0.40 0.12
82_R 368_A 0.83 0.40 0.12
169_G 65_L 0.83 0.40 0.12
63_T 308_S 0.83 0.40 0.12
99_S 400_M 0.83 0.40 0.12
142_V 424_N 0.83 0.40 0.12
160_L 282_L 0.83 0.40 0.12
160_L 149_F 0.83 0.40 0.12
165_V 169_N 0.83 0.39 0.12
51_T 437_M 0.83 0.39 0.12
34_I 328_C 0.83 0.39 0.12
3_H 209_L 0.83 0.39 0.12
99_S 248_L 0.83 0.39 0.12
192_Y 194_L 0.83 0.39 0.12
45_T 430_F 0.83 0.39 0.12
140_N 299_T 0.83 0.39 0.12
61_M 452_D 0.82 0.39 0.12
116_L 9_I 0.82 0.39 0.12
170_L 314_I 0.82 0.39 0.12
215_P 419_L 0.82 0.39 0.12
50_L 113_T 0.82 0.39 0.12
3_H 57_S 0.82 0.38 0.11
191_V 450_N 0.82 0.38 0.11
47_S 84_L 0.82 0.38 0.11
113_Y 69_T 0.82 0.38 0.11
202_A 448_S 0.82 0.38 0.11
193_Y 175_N 0.82 0.38 0.11
221_M 258_A 0.81 0.38 0.11
7_V 250_L 0.81 0.37 0.11
61_M 409_Y 0.81 0.37 0.11
96_T 147_T 0.81 0.37 0.11
129_E 87_E 0.81 0.37 0.11
74_V 258_A 0.81 0.37 0.11
87_T 439_M 0.81 0.37 0.11
160_L 156_G 0.81 0.37 0.11
152_M 42_F 0.81 0.37 0.11
164_A 350_T 0.81 0.36 0.11
78_L 420_T 0.80 0.36 0.11
5_A 202_A 0.80 0.36 0.11
29_M 275_I 0.80 0.36 0.10
7_V 349_Q 0.80 0.36 0.10
32_F 234_V 0.80 0.36 0.10
43_F 442_S 0.80 0.36 0.10
132_D 209_L 0.80 0.36 0.10
76_I 151_F 0.80 0.36 0.10
120_S 372_T 0.80 0.36 0.10
51_T 74_P 0.80 0.36 0.10
175_I 120_I 0.80 0.36 0.10
217_K 121_F 0.80 0.35 0.10
154_I 410_M 0.80 0.35 0.10
155_T 92_K 0.80 0.35 0.10
189_P 202_A 0.79 0.35 0.10
160_L 207_M 0.79 0.35 0.10
155_T 112_A 0.79 0.35 0.10
140_N 402_V 0.79 0.35 0.10
131_G 202_A 0.79 0.35 0.10
5_A 280_T 0.79 0.35 0.10
86_M 144_N 0.79 0.35 0.10
34_I 437_M 0.79 0.35 0.10
144_L 388_W 0.79 0.35 0.10
187_T 381_V 0.79 0.34 0.10
74_V 419_L 0.79 0.34 0.10
96_T 297_V 0.79 0.34 0.10
215_P 415_Q 0.79 0.34 0.10
32_F 326_L 0.78 0.34 0.10
172_T 134_T 0.78 0.34 0.10
72_I 348_L 0.78 0.34 0.10
160_L 263_V 0.78 0.34 0.10
5_A 346_Q 0.78 0.34 0.10
63_T 376_L 0.78 0.34 0.10
52_N 69_T 0.78 0.34 0.10
100_I 113_T 0.78 0.34 0.10
23_F 339_S 0.78 0.34 0.10
8_G 64_P 0.78 0.34 0.10
156_S 149_F 0.78 0.34 0.10
9_L 53_S 0.78 0.33 0.09
43_F 343_I 0.78 0.33 0.09
131_G 278_R 0.77 0.33 0.09
12_A 161_L 0.77 0.33 0.09
72_I 255_K 0.77 0.33 0.09
168_L 100_I 0.77 0.33 0.09
76_I 377_G 0.77 0.33 0.09
11_D 313_V 0.77 0.33 0.09
160_L 252_P 0.77 0.33 0.09
192_Y 134_T 0.77 0.33 0.09
154_I 238_L 0.77 0.33 0.09
55_I 377_G 0.77 0.33 0.09
99_S 53_S 0.77 0.33 0.09
156_S 332_S 0.77 0.33 0.09
71_I 339_S 0.77 0.33 0.09
216_L 233_A 0.77 0.32 0.09
81_L 119_Y 0.77 0.32 0.09
111_T 382_L 0.77 0.32 0.09
54_N 201_M 0.77 0.32 0.09
87_T 230_V 0.77 0.32 0.09
18_E 388_W 0.77 0.32 0.09
160_L 164_L 0.77 0.32 0.09
71_I 345_S 0.77 0.32 0.09
49_K 84_L 0.76 0.32 0.09
110_Y 313_V 0.76 0.32 0.09
30_I 435_T 0.76 0.32 0.09
53_T 372_T 0.76 0.32 0.09
47_S 150_L 0.76 0.32 0.09
82_R 178_L 0.76 0.32 0.09
221_M 339_S 0.76 0.31 0.09
29_M 277_L 0.76 0.31 0.09
157_Q 318_A 0.75 0.31 0.09
58_A 329_L 0.75 0.31 0.09
129_E 85_S 0.75 0.31 0.09
75_L 414_T 0.75 0.31 0.08
153_M 438_F 0.75 0.31 0.08
191_V 314_I 0.75 0.31 0.08
9_L 422_H 0.75 0.31 0.08
29_M 318_A 0.75 0.31 0.08
84_L 210_Y 0.75 0.31 0.08
157_Q 397_G 0.75 0.31 0.08
33_L 428_P 0.75 0.31 0.08
164_A 411_F 0.75 0.31 0.08
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
4434 3.17 cIV_B_80_cI_M_60_1_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-80, 8) B:(1E-60, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.94 Done - Shared
4433 2.51 cIV_B_60_cI_M_80_1_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 8) B:(1E-80, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.68 Done - Shared
4427 4.27 cIV_B_40_cI_M_40_1_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.16 Done - Shared
4426 3.25 cIV_B_60_cI_M_60_1_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 8) B:(1E-60, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.95 Done - Shared
4425 2.51 cIV_B_80_cI_M_80_1_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-80, 8) B:(1E-80, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.72 Done - Shared
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