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OPENSEQ.org
cIV_B_60_cI_M_80_1_human
Genes: A B A+B
Length: 252 459 681
Sequences: 2518 2074 1738
Seq/Len: 9.99 4.52 2.55
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.84
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.02
5 0.00 0.00 0.15
10 0.00 0.00 2.44
20 0.00 0.00 2.44
100 0.00 0.00 2.44
∞ 0.00 0.00 2.44
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
112_L 164_L 1.53 0.95 0.69
51_L 388_W 1.40 0.91 0.58
92_I 336_R 1.38 0.90 0.57
87_L 367_L 1.36 0.89 0.54
68_P 388_W 1.33 0.88 0.52
212_Y 214_L 1.31 0.87 0.50
176_A 362_A 1.29 0.86 0.48
114_I 344_L 1.29 0.85 0.48
173_Q 198_A 1.27 0.84 0.47
127_Y 87_E 1.27 0.84 0.46
71_F 410_M 1.27 0.84 0.46
175_T 244_M 1.26 0.84 0.46
140_E 330_A 1.25 0.83 0.45
20_F 380_S 1.25 0.83 0.44
205_S 65_L 1.21 0.80 0.40
139_L 262_L 1.20 0.79 0.39
39_L 72_L 1.20 0.79 0.39
139_L 214_L 1.19 0.79 0.39
102_R 388_W 1.18 0.78 0.37
72_T 243_M 1.17 0.77 0.37
187_A 284_S 1.17 0.77 0.36
80_I 205_V 1.15 0.75 0.35
13_P 113_T 1.14 0.74 0.34
108_N 356_A 1.12 0.72 0.32
29_H 433_E 1.11 0.71 0.31
113_V 315_L 1.09 0.69 0.29
213_F 205_V 1.07 0.68 0.28
22_P 326_L 1.07 0.67 0.28
38_V 272_T 1.06 0.67 0.27
24_S 265_S 1.06 0.66 0.27
143_A 301_I 1.06 0.66 0.27
74_N 210_Y 1.06 0.66 0.27
22_P 271_M 1.06 0.66 0.27
92_I 433_E 1.06 0.66 0.27
68_P 234_V 1.05 0.66 0.26
205_S 411_F 1.05 0.66 0.26
17_G 226_A 1.04 0.64 0.25
39_L 149_F 1.04 0.64 0.25
231_V 442_S 1.04 0.64 0.25
114_I 202_A 1.03 0.64 0.25
87_L 226_A 1.02 0.62 0.23
80_I 444_I 1.02 0.62 0.23
103_S 85_S 1.01 0.61 0.23
128_P 292_S 1.01 0.61 0.23
99_I 69_T 1.01 0.61 0.23
20_F 368_A 1.01 0.61 0.23
163_V 129_T 1.01 0.61 0.23
175_T 301_I 1.01 0.61 0.23
106_M 428_P 1.01 0.60 0.23
113_V 246_L 1.00 0.60 0.22
204_F 278_R 1.00 0.60 0.22
185_I 201_M 1.00 0.59 0.22
14_V 77_I 0.99 0.59 0.22
152_D 69_T 0.99 0.59 0.21
147_A 278_R 0.99 0.59 0.21
153_E 339_S 0.99 0.58 0.21
20_F 407_S 0.99 0.58 0.21
41_I 51_S 0.99 0.58 0.21
175_T 127_I 0.99 0.58 0.21
212_Y 226_A 0.99 0.58 0.21
172_V 315_L 0.98 0.57 0.21
212_Y 436_L 0.97 0.57 0.20
13_P 210_Y 0.97 0.56 0.20
141_K 249_I 0.97 0.56 0.20
42_I 411_F 0.97 0.56 0.20
174_V 52_C 0.97 0.56 0.20
187_A 178_L 0.96 0.56 0.20
235_S 212_L 0.96 0.56 0.20
185_I 162_I 0.96 0.55 0.19
48_F 151_F 0.95 0.54 0.19
213_F 210_Y 0.95 0.54 0.18
29_H 336_R 0.94 0.53 0.18
157_A 60_P 0.94 0.53 0.18
161_P 450_N 0.93 0.52 0.17
174_V 280_T 0.93 0.52 0.17
107_P 243_M 0.93 0.51 0.17
195_V 116_I 0.93 0.51 0.17
211_V 150_L 0.93 0.51 0.17
92_I 388_W 0.93 0.51 0.17
79_V 308_S 0.93 0.51 0.17
51_L 124_T 0.93 0.51 0.17
43_T 402_V 0.92 0.51 0.17
158_T 457_F 0.92 0.51 0.17
212_Y 164_L 0.92 0.50 0.17
185_I 205_V 0.92 0.50 0.16
174_V 291_I 0.91 0.49 0.16
38_V 61_L 0.91 0.49 0.16
111_D 305_T 0.91 0.49 0.16
27_L 360_L 0.91 0.49 0.16
112_L 143_L 0.91 0.49 0.16
31_Q 278_R 0.91 0.49 0.16
144_L 130_L 0.91 0.48 0.16
69_A 300_A 0.90 0.48 0.16
222_I 448_S 0.90 0.48 0.15
160_N 299_T 0.90 0.48 0.15
176_A 426_M 0.90 0.48 0.15
176_A 7_P 0.90 0.48 0.15
90_V 419_L 0.90 0.48 0.15
213_F 362_A 0.90 0.47 0.15
175_T 376_L 0.90 0.47 0.15
241_A 339_S 0.90 0.47 0.15
56_C 230_V 0.89 0.47 0.15
76_P 199_Y 0.89 0.47 0.15
27_L 298_V 0.89 0.47 0.15
50_C 317_I 0.89 0.46 0.15
43_T 451_P 0.88 0.46 0.14
139_L 404_A 0.88 0.46 0.14
157_A 368_A 0.88 0.46 0.14
24_S 214_L 0.88 0.46 0.14
114_I 2_L 0.88 0.46 0.14
20_F 11_L 0.88 0.46 0.14
213_F 104_I 0.88 0.45 0.14
235_S 446_L 0.88 0.45 0.14
175_T 446_L 0.88 0.45 0.14
56_C 398_L 0.88 0.45 0.14
20_F 209_L 0.88 0.45 0.14
87_L 39_L 0.88 0.45 0.14
180_I 235_L 0.87 0.45 0.14
144_L 134_T 0.87 0.44 0.14
173_Q 207_M 0.87 0.44 0.14
66_P 389_S 0.87 0.44 0.14
103_S 439_M 0.87 0.44 0.13
48_F 149_F 0.86 0.43 0.13
66_P 113_T 0.86 0.43 0.13
132_V 9_I 0.86 0.43 0.13
175_T 112_A 0.86 0.43 0.13
43_T 234_V 0.86 0.43 0.13
174_V 61_L 0.86 0.43 0.13
180_I 333_N 0.86 0.43 0.13
207_D 381_V 0.86 0.43 0.13
83_L 333_N 0.86 0.43 0.13
65_N 391_I 0.85 0.42 0.13
39_L 434_N 0.85 0.42 0.13
19_N 397_G 0.85 0.42 0.13
180_I 177_L 0.85 0.42 0.13
111_D 210_Y 0.85 0.42 0.13
87_L 339_S 0.85 0.42 0.12
48_F 244_M 0.85 0.41 0.12
68_P 317_I 0.84 0.41 0.12
174_V 198_A 0.84 0.41 0.12
144_L 337_T 0.84 0.41 0.12
163_V 56_F 0.84 0.41 0.12
77_I 452_D 0.84 0.41 0.12
162_V 424_N 0.84 0.41 0.12
243_L 63_A 0.84 0.41 0.12
98_P 328_C 0.83 0.40 0.12
187_A 305_T 0.83 0.40 0.12
208_Q 377_G 0.83 0.40 0.12
157_A 42_F 0.83 0.40 0.12
18_M 250_L 0.83 0.40 0.12
116_A 400_M 0.83 0.40 0.12
98_P 102_L 0.83 0.40 0.12
16_G 202_A 0.83 0.40 0.12
100_L 388_W 0.83 0.40 0.12
194_A 315_L 0.83 0.40 0.12
184_T 350_T 0.83 0.40 0.12
147_A 202_A 0.83 0.39 0.11
158_T 372_T 0.83 0.39 0.11
45_V 437_M 0.83 0.39 0.11
180_I 156_G 0.83 0.39 0.11
195_V 120_I 0.83 0.39 0.11
76_P 420_T 0.83 0.39 0.11
68_P 405_L 0.83 0.39 0.11
92_I 151_F 0.83 0.39 0.11
170_V 106_L 0.82 0.39 0.11
51_L 343_I 0.82 0.39 0.11
20_F 422_H 0.82 0.39 0.11
113_V 147_T 0.82 0.39 0.11
20_F 53_S 0.82 0.39 0.11
160_N 402_V 0.82 0.38 0.11
237_E 121_F 0.82 0.38 0.11
192_Q 134_T 0.82 0.38 0.11
14_V 209_L 0.82 0.38 0.11
77_I 409_Y 0.81 0.38 0.11
136_A 372_T 0.81 0.38 0.11
98_P 368_A 0.81 0.38 0.11
88_I 348_L 0.81 0.38 0.11
190_V 314_I 0.81 0.38 0.11
189_A 65_L 0.81 0.38 0.11
184_T 4_L 0.81 0.38 0.11
94_A 420_T 0.81 0.38 0.11
234_V 418_S 0.81 0.37 0.10
231_V 446_L 0.81 0.37 0.10
163_V 252_P 0.81 0.37 0.10
185_I 169_N 0.81 0.37 0.10
166_V 161_L 0.81 0.37 0.10
187_A 386_F 0.81 0.37 0.10
45_V 328_C 0.81 0.37 0.10
65_N 312_A 0.81 0.37 0.10
241_A 258_A 0.80 0.37 0.10
172_V 309_F 0.80 0.37 0.10
173_Q 438_F 0.80 0.37 0.10
56_C 430_F 0.80 0.37 0.10
18_M 349_Q 0.80 0.36 0.10
231_V 99_L 0.80 0.36 0.10
145_A 164_L 0.80 0.36 0.10
180_I 252_P 0.80 0.36 0.10
70_R 201_M 0.80 0.36 0.10
211_V 450_N 0.80 0.36 0.10
58_V 84_L 0.80 0.36 0.10
70_R 101_S 0.79 0.36 0.10
57_I 246_L 0.79 0.35 0.10
180_I 207_M 0.79 0.35 0.10
235_S 419_L 0.79 0.35 0.10
69_A 360_L 0.79 0.35 0.10
176_A 98_M 0.79 0.35 0.10
43_T 326_L 0.79 0.35 0.10
107_P 162_I 0.79 0.35 0.10
94_A 193_N 0.79 0.35 0.10
44_A 428_P 0.79 0.35 0.10
177_T 397_G 0.79 0.35 0.10
65_N 56_F 0.79 0.35 0.10
16_G 346_Q 0.78 0.35 0.10
106_M 78_M 0.78 0.34 0.09
152_D 209_L 0.78 0.34 0.09
90_V 449_L 0.78 0.34 0.09
212_Y 194_L 0.78 0.34 0.09
41_I 435_T 0.78 0.34 0.09
102_R 144_N 0.78 0.34 0.09
163_V 355_M 0.78 0.34 0.09
176_A 380_S 0.78 0.34 0.09
245_G 195_M 0.78 0.34 0.09
92_I 321_L 0.78 0.34 0.09
235_S 415_Q 0.78 0.34 0.09
92_I 150_L 0.77 0.33 0.09
113_V 297_V 0.77 0.33 0.09
176_A 149_F 0.77 0.33 0.09
97_L 119_Y 0.77 0.33 0.09
74_N 329_L 0.77 0.33 0.09
236_Q 233_A 0.77 0.33 0.09
16_G 280_T 0.77 0.33 0.09
67_V 437_M 0.77 0.33 0.09
164_V 56_F 0.77 0.33 0.09
174_V 238_L 0.77 0.33 0.09
47_I 253_L 0.77 0.33 0.09
19_N 64_P 0.77 0.33 0.09
117_I 105_S 0.77 0.33 0.09
69_A 372_T 0.77 0.33 0.09
23_A 161_L 0.77 0.33 0.09
57_I 164_L 0.77 0.33 0.09
175_T 92_K 0.77 0.33 0.09
187_A 393_L 0.77 0.33 0.09
40_Y 277_L 0.77 0.33 0.09
117_I 160_L 0.77 0.33 0.09
107_P 424_N 0.76 0.32 0.09
188_F 100_I 0.76 0.32 0.09
87_L 442_S 0.76 0.32 0.09
22_P 96_L 0.76 0.32 0.09
107_P 337_T 0.76 0.32 0.09
128_P 382_L 0.76 0.32 0.09
47_I 173_S 0.76 0.32 0.09
192_Q 298_V 0.76 0.32 0.09
213_F 175_N 0.76 0.32 0.09
184_T 394_L 0.76 0.32 0.09
92_I 377_G 0.76 0.32 0.09
65_N 84_L 0.76 0.32 0.08
18_M 30_H 0.76 0.32 0.08
116_A 248_L 0.76 0.32 0.08
38_V 410_M 0.76 0.32 0.08
213_F 96_L 0.76 0.32 0.08
70_R 367_L 0.76 0.32 0.08
175_T 264_L 0.76 0.32 0.08
206_V 104_I 0.76 0.32 0.08
91_A 414_T 0.76 0.32 0.08
40_Y 275_I 0.76 0.32 0.08
212_Y 134_T 0.75 0.31 0.08
19_N 124_T 0.75 0.31 0.08
102_R 202_A 0.75 0.31 0.08
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
4424 3.26 cIV_B_60_cI_M_60_1_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 8) B:(1E-60, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.95 Done - Shared
4423 2.55 cIV_B_60_cI_M_80_1_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 8) B:(1E-80, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.69 Done - Shared
4422 2.51 cIV_B_80_cI_M_80_1_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-80, 8) B:(1E-80, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.69 Done - Shared
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