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OPENSEQ.org
cIp_5_2_cIV_1_40
Genes: A B A+B
Length: 264 513 723
Sequences: 308 3286 72
Seq/Len: 1.17 6.41 0.1
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.27
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.00
5 0.00 0.01 0.00
10 0.00 0.01 0.00
20 0.00 0.01 0.01
100 0.00 0.02 0.02
∞ 0.00 0.06 0.09
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
207_Y 419_I 1.54 0.22 0.00
73_V 511_M 1.54 0.22 0.00
73_V 464_A 1.53 0.21 0.00
86_V 419_I 1.46 0.19 0.00
230_F 497_G 1.37 0.16 0.00
116_A 23_G 1.34 0.16 0.00
174_F 69_M 1.33 0.15 0.00
170_I 57_I 1.31 0.15 0.00
164_N 392_G 1.31 0.15 0.00
173_M 33_L 1.29 0.14 0.00
115_T 8_F 1.27 0.14 0.00
180_N 120_A 1.27 0.14 0.00
84_L 389_I 1.26 0.14 0.00
162_A 511_M 1.24 0.13 0.00
127_E 306_T 1.22 0.13 0.00
150_L 497_G 1.22 0.13 0.00
144_K 460_I 1.20 0.12 0.00
187_I 257_I 1.20 0.12 0.00
154_E 270_Y 1.19 0.12 0.00
180_N 298_D 1.13 0.11 0.00
174_F 23_G 1.12 0.11 0.00
116_A 419_I 1.12 0.11 0.00
214_D 198_S 1.10 0.10 0.00
184_L 223_A 1.10 0.10 0.00
86_V 343_G 1.10 0.10 0.00
159_V 58_V 1.09 0.10 0.00
177_F 303_A 1.09 0.10 0.00
73_V 222_P 1.08 0.10 0.00
62_G 124_T 1.08 0.10 0.00
152_P 466_M 1.07 0.10 0.00
115_T 264_K 1.05 0.10 0.00
143_V 469_I 1.05 0.09 0.00
96_V 392_G 1.05 0.09 0.00
205_S 137_S 1.04 0.09 0.00
171_W 119_E 1.03 0.09 0.00
214_D 476_F 1.03 0.09 0.00
170_I 464_A 1.02 0.09 0.00
215_E 221_D 1.02 0.09 0.00
171_W 3_A 1.01 0.09 0.00
93_V 511_M 1.00 0.09 0.00
229_E 454_S 1.00 0.09 0.00
111_L 206_I 1.00 0.09 0.00
62_G 152_L 1.00 0.09 0.00
252_L 424_T 0.99 0.09 0.00
119_V 392_G 0.99 0.09 0.00
158_S 318_V 0.99 0.08 0.00
174_F 250_G 0.99 0.08 0.00
86_V 178_Q 0.99 0.08 0.00
214_D 57_I 0.98 0.08 0.00
148_D 223_A 0.98 0.08 0.00
62_G 481_K 0.98 0.08 0.00
85_E 286_I 0.98 0.08 0.00
153_I 62_A 0.98 0.08 0.00
102_D 445_D 0.98 0.08 0.00
87_C 392_G 0.97 0.08 0.00
112_V 114_A 0.97 0.08 0.00
247_Q 23_G 0.97 0.08 0.00
170_I 198_S 0.97 0.08 0.00
82_N 37_I 0.97 0.08 0.00
225_E 110_L 0.97 0.08 0.00
94_I 392_G 0.97 0.08 0.00
132_L 150_L 0.97 0.08 0.00
93_V 478_S 0.97 0.08 0.00
108_F 505_F 0.96 0.08 0.00
161_K 314_I 0.96 0.08 0.00
127_E 302_R 0.96 0.08 0.00
65_V 406_D 0.96 0.08 0.00
76_V 282_F 0.96 0.08 0.00
194_E 164_F 0.96 0.08 0.00
173_M 392_G 0.96 0.08 0.00
63_E 36_L 0.95 0.08 0.00
176_V 359_A 0.95 0.08 0.00
166_Y 353_L 0.94 0.08 0.00
90_P 416_I 0.94 0.08 0.00
127_E 389_I 0.94 0.08 0.00
112_V 401_S 0.93 0.08 0.00
96_V 58_V 0.93 0.07 0.00
65_V 250_G 0.93 0.07 0.00
89_H 198_S 0.92 0.07 0.00
164_N 464_A 0.92 0.07 0.00
151_T 445_D 0.92 0.07 0.00
179_A 97_M 0.92 0.07 0.00
103_H 286_I 0.92 0.07 0.00
148_D 433_L 0.92 0.07 0.00
116_A 367_L 0.92 0.07 0.00
157_V 470_F 0.92 0.07 0.00
171_W 298_D 0.92 0.07 0.00
156_A 452_I 0.92 0.07 0.00
216_V 169_I 0.92 0.07 0.00
94_I 37_I 0.92 0.07 0.00
93_V 363_L 0.92 0.07 0.00
210_L 454_S 0.92 0.07 0.00
187_I 27_G 0.92 0.07 0.00
131_N 120_A 0.91 0.07 0.00
156_A 60_A 0.91 0.07 0.00
114_L 282_F 0.91 0.07 0.00
230_F 465_V 0.91 0.07 0.00
160_F 7_L 0.91 0.07 0.00
98_T 283_L 0.91 0.07 0.00
63_E 481_K 0.91 0.07 0.00
230_F 119_E 0.91 0.07 0.00
78_V 507_E 0.91 0.07 0.00
69_L 20_L 0.90 0.07 0.00
77_Q 297_M 0.90 0.07 0.00
174_F 108_S 0.90 0.07 0.00
146_Y 223_A 0.90 0.07 0.00
216_V 178_Q 0.90 0.07 0.00
69_L 139_P 0.90 0.07 0.00
123_Q 220_F 0.90 0.07 0.00
135_L 311_I 0.90 0.07 0.00
136_R 28_V 0.90 0.07 0.00
62_G 389_I 0.90 0.07 0.00
148_D 168_I 0.90 0.07 0.00
215_E 465_V 0.89 0.07 0.00
236_N 363_L 0.89 0.07 0.00
73_V 460_I 0.89 0.07 0.00
147_T 51_D 0.89 0.07 0.00
63_E 28_V 0.89 0.07 0.00
174_F 461_S 0.89 0.07 0.00
225_E 279_S 0.89 0.07 0.00
207_Y 398_P 0.89 0.07 0.00
116_A 467_L 0.88 0.07 0.00
150_L 211_T 0.88 0.07 0.00
205_S 216_N 0.88 0.07 0.00
85_E 253_M 0.88 0.07 0.00
221_A 489_S 0.88 0.07 0.00
143_V 143_V 0.88 0.07 0.00
79_S 392_G 0.88 0.07 0.00
139_S 483_L 0.88 0.07 0.00
106_A 484_M 0.88 0.07 0.00
127_E 299_V 0.87 0.07 0.00
102_D 153_A 0.87 0.07 0.00
156_A 454_S 0.87 0.07 0.00
111_L 112_L 0.87 0.07 0.00
144_K 388_A 0.87 0.07 0.00
107_Q 28_V 0.87 0.07 0.00
242_F 188_V 0.87 0.07 0.00
152_P 46_N 0.86 0.07 0.00
94_I 467_L 0.86 0.07 0.00
157_V 303_A 0.86 0.07 0.00
58_L 267_P 0.86 0.07 0.00
103_H 216_N 0.86 0.07 0.00
166_Y 63_F 0.86 0.07 0.00
222_E 368_H 0.86 0.07 0.00
171_W 339_L 0.86 0.07 0.00
132_L 234_L 0.86 0.07 0.00
60_A 456_V 0.85 0.07 0.00
124_N 198_S 0.85 0.07 0.00
85_E 398_P 0.85 0.07 0.00
93_V 79_G 0.85 0.07 0.00
149_E 373_V 0.85 0.07 0.00
156_A 473_W 0.85 0.07 0.00
96_V 152_L 0.85 0.07 0.00
150_L 202_L 0.85 0.06 0.00
180_N 489_S 0.84 0.06 0.00
222_E 130_P 0.84 0.06 0.00
88_I 4_D 0.84 0.06 0.00
204_L 124_T 0.84 0.06 0.00
224_V 468_M 0.84 0.06 0.00
62_G 24_A 0.84 0.06 0.00
135_L 472_I 0.84 0.06 0.00
205_S 489_S 0.84 0.06 0.00
173_M 488_P 0.84 0.06 0.00
72_Y 297_M 0.84 0.06 0.00
230_F 445_D 0.84 0.06 0.00
164_N 511_M 0.84 0.06 0.00
107_Q 460_I 0.84 0.06 0.00
152_P 52_H 0.83 0.06 0.00
63_E 466_M 0.83 0.06 0.00
230_F 421_V 0.83 0.06 0.00
224_V 489_S 0.83 0.06 0.00
127_E 307_S 0.83 0.06 0.00
58_L 128_V 0.83 0.06 0.00
116_A 117_M 0.83 0.06 0.00
88_I 350_V 0.83 0.06 0.00
166_Y 470_F 0.83 0.06 0.00
158_S 21_L 0.83 0.06 0.00
245_Y 222_P 0.83 0.06 0.00
89_H 246_L 0.83 0.06 0.00
70_P 359_A 0.83 0.06 0.00
93_V 21_L 0.83 0.06 0.00
216_V 158_I 0.82 0.06 0.00
61_F 393_F 0.82 0.06 0.00
127_E 441_S 0.82 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
4349 0.11 cIp_5_2_cIV_1_20 Δgene:(1, ∞) A:(1E-02, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.02 Done - Shared
4348 0.1 cIp_5_2_cIV_1_40 Δgene:(1, ∞) A:(1E-02, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
4347 0.11 cIp_5_4_cIV_1_10 Δgene:(1, ∞) A:(1E-04, 8) B:(1E-10, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.01 Done - Shared
4340 0.11 cIp_5_2_cIV_1_10 Δgene:(1, ∞) A:(1E-02, 8) B:(1E-10, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.03 Done - Shared
4339 0.11 cIp_5_2_cIV_1_4 Δgene:(1, ∞) A:(1E-02, 8) B:(1E-04, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.01 Done - Shared
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