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OPENSEQ.org
ACRA_TOLC
Genes: A B A+B
Length: 397 493 800
Sequences: 3744 11324 279
Seq/Len: 9.43 22.97 0.35
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.65
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.05 0.31
2 0.02 0.05 2.00
5 0.03 0.07 2.30
10 0.05 0.09 2.34
20 0.06 0.11 2.37
100 0.08 0.15 2.60
∞ 0.16 0.20 3.12
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
137_Y 379_A 1.85 0.69 0.01
53_T 394_V 1.64 0.56 0.01
136_Q 166_F 1.53 0.48 0.01
325_V 68_A 1.50 0.46 0.01
134_G 107_T 1.48 0.44 0.00
244_V 116_Q 1.35 0.35 0.00
68_V 63_Q 1.32 0.34 0.00
292_F 195_N 1.30 0.33 0.00
353_L 374_Q 1.30 0.32 0.00
212_I 122_T 1.29 0.32 0.00
132_L 404_A 1.27 0.31 0.00
349_V 255_A 1.26 0.30 0.00
366_K 373_A 1.25 0.30 0.00
129_Y 388_T 1.25 0.29 0.00
313_V 365_A 1.25 0.29 0.00
139_S 339_E 1.21 0.27 0.00
204_A 384_Y 1.21 0.27 0.00
367_V 398_T 1.21 0.27 0.00
373_V 58_S 1.20 0.27 0.00
274_I 64_L 1.19 0.26 0.00
209_L 404_A 1.19 0.26 0.00
178_S 245_L 1.19 0.26 0.00
42_V 362_S 1.18 0.26 0.00
137_Y 260_R 1.18 0.26 0.00
68_V 332_V 1.18 0.25 0.00
105_Y 261_Q 1.17 0.25 0.00
308_V 178_N 1.17 0.25 0.00
335_R 32_A 1.17 0.25 0.00
313_V 129_L 1.17 0.25 0.00
37_M 159_L 1.17 0.25 0.00
181_S 314_I 1.16 0.25 0.00
306_I 270_L 1.16 0.24 0.00
292_F 136_F 1.16 0.24 0.00
283_P 32_A 1.16 0.24 0.00
332_V 68_A 1.15 0.24 0.00
171_L 109_Q 1.15 0.24 0.00
366_K 397_A 1.14 0.23 0.00
131_K 386_V 1.14 0.23 0.00
169_I 48_A 1.14 0.23 0.00
274_I 263_Q 1.12 0.23 0.00
154_N 234_L 1.12 0.23 0.00
148_A 108_L 1.11 0.22 0.00
351_E 327_A 1.10 0.22 0.00
356_G 57_R 1.10 0.22 0.00
32_Q 420_L 1.10 0.22 0.00
183_R 338_L 1.10 0.21 0.00
187_S 100_M 1.10 0.21 0.00
360_V 85_N 1.09 0.21 0.00
88_E 108_L 1.09 0.21 0.00
206_V 79_A 1.09 0.21 0.00
349_V 26_M 1.08 0.21 0.00
338_V 29_Y 1.08 0.21 0.00
137_Y 384_Y 1.08 0.21 0.00
135_T 174_T 1.07 0.20 0.00
67_E 41_K 1.07 0.20 0.00
204_A 125_Q 1.07 0.20 0.00
360_V 43_A 1.07 0.20 0.00
33_G 160_D 1.07 0.20 0.00
157_V 267_L 1.06 0.20 0.00
335_R 97_I 1.06 0.20 0.00
349_V 70_Y 1.06 0.20 0.00
255_P 424_S 1.06 0.20 0.00
244_V 239_E 1.06 0.20 0.00
308_V 156_Y 1.06 0.20 0.00
148_A 255_A 1.06 0.20 0.00
76_I 178_N 1.06 0.20 0.00
335_R 131_T 1.06 0.20 0.00
138_I 401_L 1.06 0.20 0.00
112_L 29_Y 1.05 0.20 0.00
378_V 66_L 1.05 0.20 0.00
292_F 402_Y 1.05 0.19 0.00
278_A 180_R 1.05 0.19 0.00
293_V 175_D 1.04 0.19 0.00
361_I 259_I 1.04 0.19 0.00
331_K 94_T 1.04 0.19 0.00
329_D 213_P 1.04 0.19 0.00
25_C 91_L 1.04 0.19 0.00
144_D 383_G 1.04 0.19 0.00
16_L 311_S 1.03 0.19 0.00
308_V 360_I 1.02 0.18 0.00
139_S 172_A 1.02 0.18 0.00
358_R 69_D 1.02 0.18 0.00
16_L 58_S 1.01 0.18 0.00
122_A 267_L 1.01 0.17 0.00
172_A 167_N 1.01 0.17 0.00
274_I 159_L 1.01 0.17 0.00
178_S 376_S 1.01 0.17 0.00
267_V 53_I 1.00 0.17 0.00
176_V 236_K 1.00 0.17 0.00
349_V 397_A 1.00 0.17 0.00
313_V 271_D 1.00 0.17 0.00
295_A 368_Q 1.00 0.17 0.00
91_V 419_Q 1.00 0.17 0.00
269_Q 422_I 1.00 0.17 0.00
361_I 107_T 1.00 0.17 0.00
360_V 416_L 0.99 0.17 0.00
289_P 184_D 0.99 0.17 0.00
62_A 371_V 0.99 0.17 0.00
154_N 66_L 0.99 0.17 0.00
292_F 106_L 0.99 0.17 0.00
180_I 61_L 0.99 0.17 0.00
144_D 376_S 0.99 0.17 0.00
254_F 353_F 0.98 0.17 0.00
264_D 184_D 0.98 0.17 0.00
325_V 404_A 0.98 0.17 0.00
325_V 205_R 0.98 0.17 0.00
189_V 319_M 0.98 0.17 0.00
129_Y 170_L 0.98 0.16 0.00
107_S 305_K 0.98 0.16 0.00
372_Q 34_L 0.98 0.16 0.00
58_G 175_D 0.98 0.16 0.00
137_Y 391_I 0.98 0.16 0.00
278_A 42_S 0.98 0.16 0.00
155_A 42_S 0.98 0.16 0.00
267_V 324_V 0.97 0.16 0.00
366_K 362_S 0.97 0.16 0.00
206_V 128_I 0.97 0.16 0.00
373_V 400_T 0.97 0.16 0.00
277_R 426_L 0.97 0.16 0.00
194_L 115_I 0.97 0.16 0.00
246_L 159_L 0.96 0.16 0.00
355_A 334_A 0.96 0.16 0.00
326_V 32_A 0.96 0.16 0.00
180_I 186_V 0.96 0.16 0.00
119_A 93_L 0.96 0.16 0.00
70_P 59_P 0.96 0.16 0.00
55_E 102_K 0.96 0.16 0.00
142_E 399_T 0.95 0.15 0.00
360_V 29_Y 0.95 0.15 0.00
357_D 128_I 0.95 0.15 0.00
176_V 66_L 0.95 0.15 0.00
60_T 376_S 0.95 0.15 0.00
139_S 301_M 0.95 0.15 0.00
161_K 367_K 0.95 0.15 0.00
103_A 257_E 0.95 0.15 0.00
132_L 170_L 0.95 0.15 0.00
89_A 263_Q 0.95 0.15 0.00
116_Q 229_Q 0.95 0.15 0.00
325_V 229_Q 0.95 0.15 0.00
139_S 396_D 0.94 0.15 0.00
116_Q 138_V 0.94 0.15 0.00
206_V 296_Y 0.94 0.15 0.00
304_N 97_I 0.94 0.15 0.00
383_N 66_L 0.94 0.15 0.00
58_G 101_S 0.94 0.15 0.00
226_L 378_D 0.94 0.15 0.00
82_K 94_T 0.94 0.15 0.00
360_V 400_T 0.94 0.15 0.00
276_L 68_A 0.94 0.15 0.00
57_P 61_L 0.94 0.15 0.00
197_N 177_Q 0.94 0.15 0.00
62_A 252_Q 0.94 0.15 0.00
312_G 69_D 0.94 0.15 0.00
375_A 59_P 0.93 0.15 0.00
94_Y 36_N 0.93 0.15 0.00
134_G 270_L 0.93 0.14 0.00
181_S 386_V 0.93 0.14 0.00
284_D 223_F 0.93 0.14 0.00
188_N 383_G 0.93 0.14 0.00
38_P 241_R 0.93 0.14 0.00
244_V 402_Y 0.92 0.14 0.00
218_Q 208_T 0.92 0.14 0.00
39_A 265_G 0.92 0.14 0.00
295_A 38_E 0.92 0.14 0.00
373_V 307_G 0.92 0.14 0.00
177_T 81_G 0.92 0.14 0.00
123_Q 64_L 0.92 0.14 0.00
101_Y 321_N 0.92 0.14 0.00
74_G 427_G 0.92 0.14 0.00
76_I 28_V 0.92 0.14 0.00
189_V 183_Y 0.91 0.14 0.00
178_S 62_P 0.91 0.14 0.00
339_A 162_T 0.91 0.14 0.00
157_V 400_T 0.91 0.14 0.00
357_D 245_L 0.91 0.14 0.00
344_G 324_V 0.91 0.14 0.00
119_A 144_V 0.91 0.14 0.00
360_V 213_P 0.91 0.14 0.00
37_M 64_L 0.91 0.14 0.00
362_S 48_A 0.90 0.14 0.00
359_V 183_Y 0.90 0.14 0.00
136_Q 213_P 0.90 0.14 0.00
94_Y 154_A 0.90 0.14 0.00
359_V 228_P 0.90 0.14 0.00
370_G 134_A 0.90 0.14 0.00
57_P 100_M 0.90 0.14 0.00
122_A 274_A 0.90 0.13 0.00
373_V 91_L 0.89 0.13 0.00
206_V 370_V 0.89 0.13 0.00
373_V 126_T 0.89 0.13 0.00
297_L 144_V 0.89 0.13 0.00
206_V 270_L 0.89 0.13 0.00
26_D 163_T 0.89 0.13 0.00
43_V 74_N 0.89 0.13 0.00
288_L 259_I 0.89 0.13 0.00
104_T 403_N 0.89 0.13 0.00
174_T 125_Q 0.89 0.13 0.00
89_A 190_E 0.89 0.13 0.00
181_S 355_N 0.89 0.13 0.00
256_Q 187_L 0.89 0.13 0.00
154_N 64_L 0.89 0.13 0.00
162_A 318_G 0.89 0.13 0.00
104_T 214_E 0.89 0.13 0.00
198_G 183_Y 0.88 0.13 0.00
187_S 384_Y 0.88 0.13 0.00
295_A 123_D 0.88 0.13 0.00
72_V 352_S 0.88 0.13 0.00
338_V 422_I 0.88 0.13 0.00
178_S 142_I 0.88 0.13 0.00
146_A 317_G 0.88 0.13 0.00
308_V 32_A 0.88 0.13 0.00
177_T 361_S 0.88 0.13 0.00
324_L 318_G 0.88 0.13 0.00
276_L 314_I 0.88 0.13 0.00
91_V 138_V 0.87 0.13 0.00
165_E 374_Q 0.87 0.13 0.00
13_V 30_Q 0.87 0.13 0.00
349_V 220_V 0.87 0.13 0.00
215_D 95_Q 0.87 0.13 0.00
138_I 330_N 0.87 0.13 0.00
313_V 355_N 0.87 0.13 0.00
61_S 376_S 0.87 0.13 0.00
216_V 422_I 0.87 0.13 0.00
194_L 147_Y 0.87 0.13 0.00
94_Y 165_R 0.87 0.12 0.00
353_L 318_G 0.87 0.12 0.00
332_V 211_Y 0.87 0.12 0.00
211_P 93_L 0.87 0.12 0.00
183_R 245_L 0.87 0.12 0.00
332_V 344_S 0.86 0.12 0.00
188_N 272_L 0.86 0.12 0.00
259_T 394_V 0.86 0.12 0.00
353_L 418_N 0.86 0.12 0.00
206_V 143_D 0.86 0.12 0.00
101_Y 331_F 0.86 0.12 0.00
325_V 127_L 0.86 0.12 0.00
176_V 372_S 0.86 0.12 0.00
122_A 81_G 0.86 0.12 0.00
73_S 414_N 0.86 0.12 0.00
48_E 123_D 0.86 0.12 0.00
71_Q 347_Q 0.86 0.12 0.00
173_Y 373_A 0.85 0.12 0.00
353_L 201_V 0.85 0.12 0.00
220_S 139_L 0.85 0.12 0.00
174_T 44_A 0.85 0.12 0.00
285_H 265_G 0.85 0.12 0.00
184_I 377_L 0.85 0.12 0.00
288_L 376_S 0.85 0.12 0.00
172_A 94_T 0.85 0.12 0.00
70_P 197_L 0.85 0.12 0.00
322_T 55_E 0.85 0.12 0.00
315_R 100_M 0.85 0.12 0.00
176_V 108_L 0.85 0.12 0.00
181_S 298_D 0.85 0.12 0.00
48_E 245_L 0.85 0.12 0.00
173_Y 394_V 0.85 0.12 0.00
68_V 249_R 0.85 0.12 0.00
172_A 238_A 0.85 0.12 0.00
361_I 307_G 0.85 0.12 0.00
24_G 314_I 0.84 0.12 0.00
277_R 242_N 0.84 0.12 0.00
267_V 402_Y 0.84 0.12 0.00
330_D 380_M 0.84 0.12 0.00
89_A 398_T 0.84 0.12 0.00
348_L 365_A 0.84 0.12 0.00
50_L 258_Q 0.84 0.12 0.00
140_K 195_N 0.84 0.12 0.00
19_S 153_E 0.84 0.12 0.00
125_T 388_T 0.84 0.12 0.00
138_I 57_R 0.84 0.12 0.00
211_P 259_I 0.84 0.12 0.00
369_P 269_T 0.84 0.12 0.00
190_T 100_M 0.84 0.12 0.00
124_L 419_Q 0.84 0.12 0.00
69_R 347_Q 0.84 0.12 0.00
68_V 99_D 0.84 0.12 0.00
13_V 97_I 0.84 0.12 0.00
13_V 56_A 0.84 0.12 0.00
96_I 315_Y 0.84 0.12 0.00
142_E 61_L 0.84 0.12 0.00
376_Q 425_A 0.83 0.12 0.00
189_V 296_Y 0.83 0.12 0.00
369_P 70_Y 0.83 0.12 0.00
357_D 270_L 0.83 0.12 0.00
208_Q 178_N 0.83 0.12 0.00
61_S 100_M 0.83 0.12 0.00
161_K 348_T 0.83 0.12 0.00
161_K 405_K 0.83 0.12 0.00
375_A 396_D 0.83 0.12 0.00
310_Q 337_Q 0.83 0.12 0.00
179_P 268_P 0.83 0.11 0.00
132_L 388_T 0.83 0.11 0.00
105_Y 154_A 0.83 0.11 0.00
35_Q 240_K 0.83 0.11 0.00
325_V 50_F 0.83 0.11 0.00
384_Q 247_Q 0.83 0.11 0.00
335_R 144_V 0.83 0.11 0.00
191_E 106_L 0.83 0.11 0.00
203_L 25_L 0.83 0.11 0.00
83_E 353_F 0.83 0.11 0.00
212_I 403_N 0.83 0.11 0.00
23_T 239_E 0.83 0.11 0.00
137_Y 160_D 0.83 0.11 0.00
18_G 99_D 0.83 0.11 0.00
322_T 329_Y 0.83 0.11 0.00
337_I 26_M 0.82 0.11 0.00
16_L 145_L 0.82 0.11 0.00
10_L 310_F 0.82 0.11 0.00
59_R 372_S 0.82 0.11 0.00
267_V 298_D 0.82 0.11 0.00
101_Y 405_K 0.82 0.11 0.00
351_E 389_R 0.82 0.11 0.00
174_T 408_L 0.82 0.11 0.00
70_P 142_I 0.82 0.11 0.00
327_G 34_L 0.82 0.11 0.00
110_G 108_L 0.82 0.11 0.00
336_P 237_E 0.82 0.11 0.00
203_L 183_Y 0.82 0.11 0.00
137_Y 420_L 0.82 0.11 0.00
214_V 344_S 0.82 0.11 0.00
97_D 420_L 0.82 0.11 0.00
81_F 259_I 0.82 0.11 0.00
38_P 408_L 0.82 0.11 0.00
360_V 238_A 0.82 0.11 0.00
305_A 91_L 0.82 0.11 0.00
317_P 95_Q 0.82 0.11 0.00
137_Y 373_A 0.82 0.11 0.00
283_P 153_E 0.82 0.11 0.00
68_V 255_A 0.82 0.11 0.00
313_V 120_Y 0.81 0.11 0.00
349_V 385_S 0.81 0.11 0.00
353_L 411_A 0.81 0.11 0.00
250_D 147_Y 0.81 0.11 0.00
62_A 264_D 0.81 0.11 0.00
84_G 268_P 0.81 0.11 0.00
186_K 380_M 0.81 0.11 0.00
85_S 367_K 0.81 0.11 0.00
140_K 61_L 0.81 0.11 0.00
170_N 335_S 0.81 0.11 0.00
319_G 134_A 0.81 0.11 0.00
293_V 341_A 0.81 0.11 0.00
330_D 91_L 0.81 0.11 0.00
157_V 403_N 0.81 0.11 0.00
137_Y 161_Q 0.81 0.11 0.00
355_A 270_L 0.81 0.11 0.00
109_K 116_Q 0.81 0.11 0.00
277_R 254_L 0.81 0.11 0.00
144_D 168_V 0.81 0.11 0.00
158_T 97_I 0.81 0.11 0.00
281_P 164_Q 0.81 0.11 0.00
241_K 186_V 0.81 0.11 0.00
103_A 385_S 0.81 0.11 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
5917 6.61 acra-tolc Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.99 Done - Shared
4292 2.61 ACRA_TOLC Δgene:(1, 5) A:(1E-80, 4) B:(1E-40, 4) msa: Jackhmmer (2015_06) 1.00 Done
4290 0.35 ACRA_TOLC Δgene:(1, 1) A:(1E-80, 4) B:(1E-40, 4) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.01 Done
4288 0.03 ACRA_TOLC Δgene:(1, 1) A:(1E-80, 4) B:(1E-60, 4) msa: Jackhmmer (2015_06) Killed
4286 0.02 ACRA_TOLC Δgene:(1, 1) A:(1E-80, 4) B:(1E-80, 4) msa: Jackhmmer (2015_06) Killed
4283 4.75 ACRA_TOLC Δgene:(1, 1) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.99 Done
4276 9.31 ACRA_TOLC Δgene:(1, 5) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 1.00 Done
0669 4.67 A-C Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2013_03) 0.99 Done
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