May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
vipA_VipB
Genes: A B A+B
Length: 168 492 610
Sequences: 668 513 479
Seq/Len: 3.98 1.04 0.79
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.91
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.06 0.72
2 0.00 0.06 0.72
5 0.00 0.06 0.73
10 0.00 0.06 0.73
20 0.01 0.06 0.73
100 0.02 0.08 0.73
∞ 0.11 0.16 0.73
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
110_V 83_I 4.33 1.00 1.00
36_V 114_V 2.37 0.98 0.96
34_T 286_T 1.97 0.92 0.87
104_D 258_S 1.93 0.91 0.85
80_K 82_E 1.87 0.90 0.82
10_K 107_D 1.84 0.88 0.80
41_K 118_H 1.83 0.88 0.80
14_N 148_Y 1.65 0.80 0.68
37_V 139_L 1.64 0.79 0.66
49_L 117_L 1.61 0.77 0.64
106_V 80_M 1.60 0.77 0.63
36_V 102_F 1.54 0.73 0.57
47_T 123_E 1.47 0.68 0.51
42_G 332_T 1.43 0.65 0.46
33_K 115_E 1.38 0.60 0.41
49_L 119_V 1.38 0.60 0.41
106_V 425_S 1.38 0.60 0.41
106_V 86_N 1.30 0.54 0.34
75_A 86_N 1.29 0.53 0.33
66_M 283_T 1.29 0.53 0.32
58_D 415_E 1.27 0.51 0.30
73_I 92_M 1.26 0.51 0.30
83_D 205_E 1.26 0.50 0.29
34_T 282_A 1.25 0.50 0.29
34_T 158_A 1.24 0.48 0.28
108_S 440_D 1.23 0.48 0.27
66_M 213_K 1.21 0.46 0.26
144_L 256_V 1.20 0.45 0.24
59_K 66_D 1.19 0.44 0.23
51_E 59_P 1.17 0.43 0.22
111_P 410_I 1.17 0.42 0.22
35_L 337_F 1.17 0.42 0.22
32_L 148_Y 1.16 0.42 0.21
40_F 49_N 1.16 0.41 0.21
79_N 315_F 1.15 0.41 0.21
117_I 393_M 1.15 0.41 0.21
144_L 242_R 1.15 0.41 0.21
73_I 89_F 1.14 0.40 0.20
98_L 133_E 1.14 0.40 0.20
90_P 453_E 1.12 0.39 0.18
49_L 127_D 1.11 0.38 0.18
8_A 134_T 1.11 0.38 0.18
49_L 123_E 1.11 0.37 0.18
40_F 233_A 1.11 0.37 0.17
143_L 174_L 1.10 0.37 0.17
5_G 235_Y 1.10 0.37 0.17
57_V 72_L 1.10 0.37 0.17
69_S 116_I 1.09 0.36 0.17
18_I 482_E 1.09 0.36 0.17
21_T 404_V 1.09 0.36 0.17
96_K 74_K 1.09 0.36 0.17
106_V 70_V 1.09 0.36 0.17
117_I 420_E 1.09 0.36 0.16
43_H 88_Q 1.09 0.36 0.16
11_E 334_R 1.08 0.35 0.16
24_A 427_I 1.08 0.35 0.16
22_G 203_F 1.07 0.34 0.15
60_N 136_Q 1.07 0.34 0.15
66_M 265_V 1.07 0.34 0.15
140_L 87_S 1.07 0.34 0.15
125_A 219_P 1.05 0.33 0.14
69_S 314_V 1.05 0.33 0.14
148_E 368_K 1.05 0.33 0.14
109_Q 452_I 1.04 0.32 0.14
119_L 385_L 1.04 0.32 0.14
64_A 190_I 1.03 0.32 0.13
57_V 143_V 1.03 0.31 0.13
16_K 333_D 1.03 0.31 0.13
36_V 483_L 1.03 0.31 0.13
41_K 147_G 1.03 0.31 0.13
26_A 154_E 1.03 0.31 0.13
73_I 94_S 1.02 0.31 0.12
17_Y 430_Y 1.02 0.30 0.12
15_I 390_P 1.02 0.30 0.12
24_A 371_P 1.02 0.30 0.12
78_K 82_E 1.01 0.30 0.12
80_K 78_A 1.01 0.30 0.12
106_V 84_L 1.01 0.30 0.12
66_M 123_E 1.00 0.29 0.12
106_V 361_A 1.00 0.29 0.11
140_L 488_R 1.00 0.29 0.11
71_L 490_D 0.99 0.29 0.11
135_A 303_S 0.99 0.29 0.11
125_A 179_G 0.99 0.29 0.11
19_P 476_Y 0.99 0.28 0.11
53_A 65_V 0.99 0.28 0.11
132_N 385_L 0.98 0.28 0.10
148_E 332_T 0.98 0.28 0.10
49_L 420_E 0.98 0.28 0.10
110_V 415_E 0.97 0.27 0.10
141_Q 151_F 0.97 0.27 0.10
146_S 66_D 0.96 0.27 0.10
19_P 383_Y 0.96 0.26 0.10
46_Q 92_M 0.96 0.26 0.09
117_I 483_L 0.95 0.26 0.09
98_L 100_K 0.95 0.26 0.09
95_F 447_L 0.95 0.26 0.09
51_E 119_V 0.95 0.26 0.09
75_A 221_Y 0.95 0.26 0.09
23_D 345_I 0.95 0.26 0.09
97_S 143_V 0.95 0.26 0.09
30_L 155_P 0.95 0.25 0.09
32_L 46_F 0.94 0.25 0.09
36_V 395_I 0.94 0.25 0.09
119_L 352_G 0.94 0.25 0.09
131_G 432_A 0.94 0.25 0.09
35_L 135_A 0.94 0.25 0.09
53_A 160_I 0.94 0.25 0.09
21_T 405_L 0.93 0.24 0.08
47_T 182_G 0.93 0.24 0.08
37_V 119_V 0.93 0.24 0.08
70_E 129_E 0.92 0.24 0.08
8_A 479_A 0.92 0.24 0.08
132_N 473_H 0.92 0.24 0.08
80_K 410_I 0.92 0.24 0.08
159_L 392_M 0.92 0.24 0.08
130_L 181_L 0.92 0.24 0.08
40_F 346_A 0.92 0.23 0.08
36_V 468_L 0.92 0.23 0.08
110_V 237_G 0.92 0.23 0.08
53_A 195_P 0.91 0.23 0.08
110_V 261_Y 0.91 0.23 0.08
40_F 197_F 0.91 0.23 0.08
66_M 261_Y 0.91 0.23 0.07
5_G 186_H 0.91 0.23 0.07
71_L 475_K 0.91 0.23 0.07
38_G 365_Q 0.91 0.23 0.07
10_K 94_S 0.91 0.23 0.07
57_V 206_L 0.91 0.23 0.07
50_E 219_P 0.90 0.23 0.07
36_V 99_L 0.90 0.23 0.07
153_L 172_M 0.90 0.23 0.07
131_G 66_D 0.90 0.22 0.07
51_E 69_L 0.90 0.22 0.07
134_P 49_N 0.90 0.22 0.07
19_P 302_Q 0.90 0.22 0.07
127_K 66_D 0.89 0.22 0.07
37_V 163_Y 0.89 0.22 0.07
35_L 143_V 0.89 0.22 0.07
102_A 235_Y 0.89 0.22 0.07
92_E 163_Y 0.89 0.22 0.07
21_T 183_A 0.89 0.22 0.07
133_I 68_M 0.89 0.22 0.07
26_A 187_A 0.89 0.22 0.07
89_L 169_T 0.89 0.22 0.07
158_N 229_E 0.88 0.21 0.07
60_N 209_I 0.88 0.21 0.07
63_E 456_D 0.88 0.21 0.07
138_E 191_S 0.88 0.21 0.07
43_H 143_V 0.88 0.21 0.07
144_L 303_S 0.88 0.21 0.07
26_A 193_V 0.88 0.21 0.07
66_M 242_R 0.88 0.21 0.07
53_A 315_F 0.88 0.21 0.07
22_G 474_F 0.88 0.21 0.07
69_S 123_E 0.88 0.21 0.06
140_L 94_S 0.87 0.21 0.06
11_E 149_G 0.87 0.21 0.06
140_L 256_V 0.87 0.21 0.06
104_D 348_T 0.87 0.21 0.06
41_K 392_M 0.87 0.21 0.06
107_A 416_R 0.87 0.21 0.06
139_R 143_V 0.87 0.21 0.06
39_D 354_D 0.87 0.20 0.06
92_E 405_L 0.86 0.20 0.06
15_I 250_D 0.86 0.20 0.06
128_G 420_E 0.86 0.20 0.06
143_L 227_L 0.86 0.20 0.06
107_A 364_I 0.86 0.20 0.06
144_L 170_P 0.86 0.20 0.06
127_K 128_F 0.86 0.20 0.06
36_V 278_A 0.86 0.20 0.06
17_Y 215_T 0.86 0.20 0.06
21_T 348_T 0.86 0.20 0.06
124_V 385_L 0.85 0.20 0.06
19_P 447_L 0.85 0.20 0.06
155_A 366_K 0.85 0.20 0.06
131_G 128_F 0.85 0.20 0.06
142_S 366_K 0.85 0.20 0.06
11_E 209_I 0.85 0.20 0.06
63_E 370_F 0.85 0.20 0.06
60_N 265_V 0.85 0.19 0.06
99_A 331_I 0.85 0.19 0.06
123_L 90_Q 0.84 0.19 0.06
40_F 284_R 0.84 0.19 0.05
106_V 465_Q 0.84 0.19 0.05
144_L 114_V 0.84 0.19 0.05
140_L 452_I 0.84 0.19 0.05
146_S 190_I 0.84 0.19 0.05
75_A 410_I 0.84 0.19 0.05
107_A 340_A 0.84 0.19 0.05
106_V 83_I 0.84 0.19 0.05
6_S 242_R 0.83 0.19 0.05
20_A 302_Q 0.83 0.19 0.05
28_V 322_Q 0.83 0.19 0.05
16_K 182_G 0.83 0.19 0.05
71_L 299_I 0.83 0.19 0.05
96_K 120_T 0.83 0.19 0.05
63_E 374_K 0.83 0.18 0.05
68_E 122_D 0.82 0.18 0.05
59_K 133_E 0.82 0.18 0.05
45_E 383_Y 0.82 0.18 0.05
22_G 402_V 0.82 0.18 0.05
66_M 91_A 0.82 0.18 0.05
86_N 279_F 0.82 0.18 0.05
95_F 112_N 0.82 0.18 0.05
145_N 190_I 0.82 0.18 0.05
33_K 335_K 0.82 0.18 0.05
76_T 84_L 0.82 0.18 0.05
95_F 98_G 0.81 0.18 0.05
26_A 388_Q 0.81 0.18 0.05
81_L 256_V 0.81 0.18 0.05
10_K 309_D 0.81 0.18 0.05
51_E 167_P 0.81 0.18 0.05
37_V 187_A 0.81 0.17 0.05
117_I 114_V 0.81 0.17 0.05
141_Q 489_L 0.81 0.17 0.05
71_L 447_L 0.81 0.17 0.05
19_P 413_W 0.81 0.17 0.04
32_L 101_L 0.81 0.17 0.04
106_V 91_A 0.81 0.17 0.04
106_V 222_T 0.81 0.17 0.04
42_G 145_S 0.81 0.17 0.04
66_M 252_I 0.80 0.17 0.04
154_L 340_A 0.80 0.17 0.04
51_E 192_S 0.80 0.17 0.04
106_V 89_F 0.80 0.17 0.04
100_D 319_G 0.80 0.17 0.04
158_N 368_K 0.80 0.17 0.04
10_K 106_T 0.80 0.17 0.04
3_K 308_E 0.80 0.17 0.04
137_R 346_A 0.80 0.17 0.04
16_K 72_L 0.80 0.17 0.04
118_E 308_E 0.80 0.17 0.04
96_K 83_I 0.80 0.17 0.04
39_D 131_A 0.80 0.17 0.04
27_E 429_Q 0.80 0.17 0.04
78_K 86_N 0.80 0.17 0.04
72_K 315_F 0.80 0.17 0.04
24_A 201_D 0.80 0.17 0.04
38_G 295_C 0.80 0.17 0.04
72_K 264_N 0.80 0.17 0.04
132_N 474_F 0.80 0.17 0.04
145_N 205_E 0.80 0.17 0.04
51_E 99_L 0.79 0.17 0.04
128_G 218_S 0.79 0.17 0.04
8_A 68_M 0.79 0.17 0.04
106_V 457_V 0.79 0.17 0.04
104_D 322_Q 0.79 0.17 0.04
40_F 192_S 0.79 0.17 0.04
127_K 360_S 0.79 0.17 0.04
67_R 201_D 0.79 0.17 0.04
122_A 448_R 0.79 0.17 0.04
20_A 484_S 0.79 0.17 0.04
41_K 288_S 0.79 0.17 0.04
26_A 284_R 0.79 0.17 0.04
115_K 236_L 0.79 0.17 0.04
14_N 408_E 0.79 0.16 0.04
145_N 143_V 0.79 0.16 0.04
33_K 162_N 0.79 0.16 0.04
140_L 399_A 0.79 0.16 0.04
74_T 159_I 0.79 0.16 0.04
110_V 95_A 0.79 0.16 0.04
136_F 68_M 0.79 0.16 0.04
34_T 112_N 0.78 0.16 0.04
37_V 231_E 0.78 0.16 0.04
96_K 366_K 0.78 0.16 0.04
84_D 71_E 0.78 0.16 0.04
107_A 83_I 0.78 0.16 0.04
35_L 162_N 0.78 0.16 0.04
108_S 65_V 0.78 0.16 0.04
117_I 242_R 0.78 0.16 0.04
11_E 145_S 0.78 0.16 0.04
66_M 285_L 0.78 0.16 0.04
78_K 384_K 0.78 0.16 0.04
107_A 292_Y 0.78 0.16 0.04
102_A 198_F 0.78 0.16 0.04
126_L 447_L 0.78 0.16 0.04
69_S 261_Y 0.78 0.16 0.04
32_L 286_T 0.78 0.16 0.04
74_T 146_A 0.78 0.16 0.04
163_Q 194_G 0.77 0.16 0.04
33_K 281_F 0.77 0.16 0.04
130_L 393_M 0.77 0.16 0.04
136_F 359_F 0.77 0.16 0.04
24_A 449_A 0.77 0.16 0.04
57_V 366_K 0.77 0.16 0.04
130_L 138_G 0.77 0.16 0.04
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
14060 0.77 VipAVipB coevolution analysis try 2 Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 1.00 Done
4275 0.79 vipA_VipB Δgene:(0, 5) A:(1E-02, 8) B:(1E-02, 8) msa: HHblits (2015_06) 1.00 Done
4273 0.74 VipA_B Δgene:(1, 5) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 1.00 Done - Shared
0055 0.42 vipAB Δgene:(0, 20) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) (2013_03) Killed
Page generated in 0.2794 seconds.