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OPENSEQ.org
Hsp104Hsp70
Genes: A B A+B
Length: 908 642 1480
Sequences: 3163 5343 291
Seq/Len: 3.48 8.32 0.2
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.69
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.04 0.01
2 0.01 0.05 0.01
5 0.01 0.06 0.09
10 0.01 0.07 0.13
20 0.02 0.08 0.19
100 0.03 0.10 0.38
∞ 0.08 0.15 1.10
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
240_G 511_D 1.55 0.35 0.00
685_F 121_V 1.50 0.32 0.00
425_Q 116_Q 1.43 0.29 0.00
545_T 17_A 1.40 0.27 0.00
507_Y 377_L 1.34 0.24 0.00
480_K 377_L 1.34 0.24 0.00
591_S 274_S 1.33 0.24 0.00
239_Q 323_L 1.33 0.24 0.00
350_A 17_A 1.32 0.23 0.00
570_I 400_I 1.29 0.22 0.00
599_S 294_I 1.28 0.22 0.00
423_L 206_L 1.28 0.21 0.00
685_F 533_I 1.28 0.21 0.00
770_V 218_A 1.27 0.21 0.00
594_V 154_Q 1.26 0.21 0.00
734_I 462_P 1.26 0.21 0.00
214_P 117_I 1.25 0.20 0.00
591_S 192_V 1.24 0.20 0.00
147_L 26_I 1.23 0.20 0.00
755_R 384_K 1.22 0.20 0.00
362_H 523_K 1.22 0.20 0.00
560_K 17_A 1.22 0.19 0.00
214_P 376_I 1.22 0.19 0.00
694_D 284_L 1.22 0.19 0.00
295_D 223_T 1.22 0.19 0.00
656_L 559_Q 1.22 0.19 0.00
560_K 603_S 1.19 0.18 0.00
75_R 424_I 1.18 0.18 0.00
844_I 368_Y 1.18 0.18 0.00
147_L 555_D 1.18 0.18 0.00
372_L 346_L 1.17 0.18 0.00
119_A 566_T 1.17 0.18 0.00
171_A 128_T 1.17 0.17 0.00
840_L 565_V 1.16 0.17 0.00
267_G 39_F 1.16 0.17 0.00
387_R 391_L 1.16 0.17 0.00
175_T 269_R 1.16 0.17 0.00
521_E 426_S 1.16 0.17 0.00
594_V 166_N 1.16 0.17 0.00
222_I 295_T 1.16 0.17 0.00
542_D 595_Q 1.15 0.17 0.00
512_D 570_E 1.15 0.17 0.00
517_I 301_E 1.15 0.17 0.00
313_I 540_E 1.15 0.17 0.00
717_D 295_T 1.15 0.17 0.00
58_G 429_A 1.14 0.17 0.00
433_R 284_L 1.14 0.17 0.00
425_Q 120_M 1.13 0.16 0.00
646_L 342_K 1.12 0.16 0.00
601_L 352_N 1.12 0.16 0.00
560_K 125_M 1.12 0.16 0.00
140_I 512_I 1.12 0.16 0.00
329_G 51_D 1.12 0.16 0.00
670_F 128_T 1.12 0.16 0.00
11_A 421_K 1.12 0.16 0.00
452_E 433_P 1.11 0.15 0.00
840_L 208_S 1.11 0.15 0.00
337_K 244_R 1.11 0.15 0.00
844_I 601_I 1.10 0.15 0.00
561_L 568_K 1.10 0.15 0.00
248_L 206_L 1.10 0.15 0.00
558_V 549_T 1.10 0.15 0.00
561_L 235_V 1.10 0.15 0.00
831_L 166_N 1.10 0.15 0.00
829_N 214_F 1.10 0.15 0.00
425_Q 195_F 1.10 0.15 0.00
240_G 585_E 1.10 0.15 0.00
313_I 291_Y 1.10 0.15 0.00
768_S 527_E 1.09 0.15 0.00
355_L 16_V 1.09 0.15 0.00
666_D 114_P 1.09 0.15 0.00
649_K 359_S 1.09 0.15 0.00
376_A 486_S 1.09 0.15 0.00
560_K 295_T 1.09 0.15 0.00
154_D 280_E 1.09 0.15 0.00
252_T 423_E 1.08 0.15 0.00
140_I 26_I 1.08 0.15 0.00
116_I 412_P 1.08 0.14 0.00
647_S 348_T 1.08 0.14 0.00
140_I 269_R 1.08 0.14 0.00
171_A 195_F 1.07 0.14 0.00
866_D 192_V 1.07 0.14 0.00
144_A 190_E 1.07 0.14 0.00
249_A 44_D 1.07 0.14 0.00
682_V 124_K 1.06 0.14 0.00
838_N 351_F 1.06 0.14 0.00
27_H 237_H 1.06 0.14 0.00
594_V 527_E 1.06 0.14 0.00
160_T 533_I 1.06 0.14 0.00
387_R 266_R 1.06 0.14 0.00
241_A 410_L 1.06 0.14 0.00
802_Y 554_G 1.05 0.14 0.00
624_A 193_L 1.05 0.14 0.00
587_I 518_E 1.05 0.14 0.00
759_R 330_E 1.05 0.14 0.00
332_E 125_M 1.05 0.14 0.00
537_I 276_Q 1.05 0.14 0.00
694_D 189_E 1.05 0.14 0.00
464_Q 555_D 1.04 0.14 0.00
789_K 585_E 1.04 0.13 0.00
248_L 66_F 1.04 0.13 0.00
561_L 304_A 1.04 0.13 0.00
646_L 128_T 1.04 0.13 0.00
510_I 189_E 1.04 0.13 0.00
724_I 261_R 1.04 0.13 0.00
656_L 300_E 1.04 0.13 0.00
814_L 166_N 1.03 0.13 0.00
647_S 318_L 1.03 0.13 0.00
244_F 195_F 1.03 0.13 0.00
536_M 451_N 1.03 0.13 0.00
625_K 112_F 1.03 0.13 0.00
840_L 457_E 1.03 0.13 0.00
313_I 261_R 1.03 0.13 0.00
711_G 340_I 1.03 0.13 0.00
40_I 578_S 1.03 0.13 0.00
242_K 327_Q 1.03 0.13 0.00
139_A 295_T 1.02 0.13 0.00
21_L 344_Q 1.02 0.13 0.00
835_E 190_E 1.02 0.13 0.00
78_Q 562_K 1.02 0.13 0.00
364_G 266_R 1.02 0.13 0.00
801_H 307_F 1.02 0.13 0.00
358_K 378_T 1.01 0.13 0.00
342_E 206_L 1.01 0.13 0.00
685_F 92_L 1.01 0.13 0.00
406_A 67_D 1.01 0.13 0.00
567_E 121_V 1.01 0.13 0.00
725_M 344_Q 1.01 0.13 0.00
356_Q 446_K 1.01 0.13 0.00
366_R 391_L 1.01 0.13 0.00
572_M 332_V 1.01 0.12 0.00
300_I 378_T 1.00 0.12 0.00
545_T 569_A 1.00 0.12 0.00
802_Y 345_K 1.00 0.12 0.00
298_A 138_N 1.00 0.12 0.00
535_S 522_F 1.00 0.12 0.00
763_L 17_A 1.00 0.12 0.00
647_S 58_A 1.00 0.12 0.00
595_R 130_E 0.99 0.12 0.00
666_D 323_L 0.99 0.12 0.00
670_F 342_K 0.99 0.12 0.00
272_I 314_V 0.99 0.12 0.00
401_A 524_E 0.99 0.12 0.00
423_L 214_F 0.99 0.12 0.00
304_A 128_T 0.99 0.12 0.00
150_N 121_V 0.99 0.12 0.00
574_R 388_L 0.98 0.12 0.00
651_A 534_A 0.98 0.12 0.00
141_K 368_Y 0.98 0.12 0.00
401_A 307_F 0.98 0.12 0.00
344_S 209_I 0.98 0.12 0.00
42_T 544_Y 0.98 0.12 0.00
281_L 426_S 0.98 0.12 0.00
770_V 505_G 0.98 0.12 0.00
560_K 236_N 0.98 0.12 0.00
724_I 440_F 0.98 0.12 0.00
599_S 375_A 0.98 0.12 0.00
796_E 592_K 0.97 0.12 0.00
807_T 63_N 0.97 0.12 0.00
653_S 584_K 0.97 0.12 0.00
329_G 461_I 0.97 0.12 0.00
94_K 116_Q 0.97 0.12 0.00
838_N 340_I 0.97 0.12 0.00
522_D 206_L 0.97 0.12 0.00
236_T 48_L 0.97 0.12 0.00
480_K 542_I 0.97 0.12 0.00
836_I 460_G 0.97 0.12 0.00
861_K 295_T 0.97 0.12 0.00
191_E 214_F 0.97 0.12 0.00
165_E 17_A 0.96 0.12 0.00
857_V 544_Y 0.96 0.12 0.00
72_N 209_I 0.96 0.12 0.00
160_T 209_I 0.96 0.12 0.00
561_L 128_T 0.96 0.11 0.00
694_D 600_P 0.96 0.11 0.00
831_L 139_D 0.96 0.11 0.00
359_Y 529_E 0.96 0.11 0.00
407_R 542_I 0.96 0.11 0.00
304_A 342_K 0.96 0.11 0.00
283_I 460_G 0.96 0.11 0.00
694_D 218_A 0.96 0.11 0.00
46_G 572_T 0.96 0.11 0.00
729_L 71_L 0.96 0.11 0.00
118_F 298_R 0.95 0.11 0.00
436_D 377_L 0.95 0.11 0.00
237_I 58_A 0.95 0.11 0.00
490_A 158_D 0.95 0.11 0.00
144_A 15_C 0.95 0.11 0.00
144_A 544_Y 0.95 0.11 0.00
454_S 552_E 0.95 0.11 0.00
771_I 557_L 0.95 0.11 0.00
725_M 184_D 0.95 0.11 0.00
243_L 349_D 0.95 0.11 0.00
766_I 65_V 0.95 0.11 0.00
605_R 508_S 0.95 0.11 0.00
295_D 483_L 0.95 0.11 0.00
537_I 161_T 0.95 0.11 0.00
802_Y 349_D 0.95 0.11 0.00
451_K 613_G 0.94 0.11 0.00
405_V 47_R 0.94 0.11 0.00
430_A 601_I 0.94 0.11 0.00
703_L 337_S 0.94 0.11 0.00
75_R 573_I 0.94 0.11 0.00
117_L 295_T 0.94 0.11 0.00
845_L 511_D 0.94 0.11 0.00
407_R 286_E 0.94 0.11 0.00
807_T 397_S 0.94 0.11 0.00
313_I 585_E 0.94 0.11 0.00
313_I 552_E 0.94 0.11 0.00
295_D 15_C 0.94 0.11 0.00
688_V 206_L 0.93 0.11 0.00
312_V 318_L 0.93 0.11 0.00
245_S 586_E 0.93 0.11 0.00
725_M 120_M 0.93 0.11 0.00
286_I 448_K 0.93 0.11 0.00
570_I 277_T 0.93 0.11 0.00
286_I 2_S 0.93 0.11 0.00
15_L 527_E 0.93 0.11 0.00
492_D 121_V 0.93 0.11 0.00
401_A 578_S 0.93 0.11 0.00
10_R 511_D 0.93 0.11 0.00
740_S 54_K 0.93 0.11 0.00
504_D 213_I 0.93 0.11 0.00
561_L 351_F 0.93 0.11 0.00
574_R 324_D 0.93 0.11 0.00
257_Y 433_P 0.93 0.11 0.00
629_G 240_Q 0.93 0.11 0.00
430_A 222_D 0.93 0.10 0.00
426_V 317_V 0.93 0.10 0.00
832_I 518_E 0.92 0.10 0.00
387_R 212_G 0.92 0.10 0.00
420_Q 26_I 0.92 0.10 0.00
804_L 525_E 0.92 0.10 0.00
221_I 317_V 0.92 0.10 0.00
502_A 483_L 0.92 0.10 0.00
129_I 511_D 0.92 0.10 0.00
653_S 278_S 0.92 0.10 0.00
80_Q 569_A 0.92 0.10 0.00
404_A 332_V 0.92 0.10 0.00
685_F 51_D 0.92 0.10 0.00
788_L 491_G 0.92 0.10 0.00
597_S 490_K 0.92 0.10 0.00
695_V 114_P 0.91 0.10 0.00
697_T 330_E 0.91 0.10 0.00
412_E 311_L 0.91 0.10 0.00
168_S 224_H 0.91 0.10 0.00
73_L 434_G 0.91 0.10 0.00
572_M 206_L 0.91 0.10 0.00
203_R 436_L 0.91 0.10 0.00
599_S 565_V 0.91 0.10 0.00
819_Y 518_E 0.91 0.10 0.00
80_Q 137_V 0.91 0.10 0.00
843_R 218_A 0.91 0.10 0.00
759_R 77_N 0.91 0.10 0.00
400_C 529_E 0.91 0.10 0.00
504_D 498_I 0.90 0.10 0.00
12_L 276_Q 0.90 0.10 0.00
763_L 209_I 0.90 0.10 0.00
768_S 248_K 0.90 0.10 0.00
227_Q 223_T 0.90 0.10 0.00
61_D 193_L 0.90 0.10 0.00
506_R 423_E 0.90 0.10 0.00
412_E 214_F 0.90 0.10 0.00
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146_E 566_T 0.83 0.09 0.00
483_L 248_K 0.83 0.09 0.00
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719_S 429_A 0.83 0.09 0.00
481_K 242_F 0.83 0.09 0.00
838_N 193_L 0.83 0.09 0.00
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656_L 628_P 0.83 0.09 0.00
837_L 436_L 0.83 0.09 0.00
549_T 568_K 0.83 0.09 0.00
731_A 572_T 0.83 0.09 0.00
279_I 121_V 0.83 0.09 0.00
455_L 607_Q 0.83 0.09 0.00
406_A 228_E 0.83 0.09 0.00
492_D 280_E 0.83 0.09 0.00
401_A 340_I 0.83 0.09 0.00
313_I 533_I 0.82 0.08 0.00
500_A 566_T 0.82 0.08 0.00
58_G 311_L 0.82 0.08 0.00
123_D 609_G 0.82 0.08 0.00
863_K 248_K 0.82 0.08 0.00
311_K 291_Y 0.82 0.08 0.00
647_S 230_F 0.82 0.08 0.00
785_D 608_A 0.82 0.08 0.00
601_L 378_T 0.82 0.08 0.00
754_V 332_V 0.82 0.08 0.00
44_E 497_K 0.82 0.08 0.00
551_A 490_K 0.82 0.08 0.00
813_F 440_F 0.82 0.08 0.00
647_S 28_A 0.82 0.08 0.00
551_A 513_E 0.82 0.08 0.00
831_L 357_N 0.82 0.08 0.00
199_V 206_L 0.82 0.08 0.00
754_V 71_L 0.82 0.08 0.00
470_K 539_L 0.82 0.08 0.00
245_S 184_D 0.82 0.08 0.00
802_Y 376_I 0.82 0.08 0.00
159_D 220_A 0.82 0.08 0.00
651_A 33_N 0.82 0.08 0.00
358_K 386_Q 0.82 0.08 0.00
510_I 123_G 0.82 0.08 0.00
542_D 490_K 0.82 0.08 0.00
407_R 210_E 0.82 0.08 0.00
594_V 132_Y 0.82 0.08 0.00
420_Q 498_I 0.82 0.08 0.00
770_V 138_N 0.81 0.08 0.00
364_G 385_T 0.81 0.08 0.00
298_A 445_A 0.81 0.08 0.00
486_L 299_F 0.81 0.08 0.00
355_L 595_Q 0.81 0.08 0.00
304_A 116_Q 0.81 0.08 0.00
788_L 512_I 0.81 0.08 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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