May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
M N
Genes: A B A+B
Length: 469 427 885
Sequences: 2628 1363 968
Seq/Len: 5.6 3.19 1.09
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.76
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.02 0.97
2 0.02 0.02 0.99
5 0.03 0.02 1.02
10 0.03 0.02 1.06
20 0.03 0.02 1.08
100 0.05 0.03 1.12
∞ 0.31 0.09 1.41
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. Blue filled circles are GREMLIN results (Scaled_score >1). The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment confidence. Inter-chain contacts in the pdb are in shades of red. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
153_L 336_L 2.15 0.98 0.91
157_L 369_A 1.95 0.95 0.84
161_A 353_A 1.61 0.85 0.62
154_V 369_A 1.34 0.67 0.38
134_Y 382_V 1.32 0.66 0.35
158_P 366_V 1.31 0.65 0.35
134_Y 384_A 1.30 0.64 0.34
313_Y 138_L 1.23 0.58 0.28
127_I 331_L 1.20 0.55 0.25
266_L 190_A 1.18 0.53 0.24
215_P 338_P 1.17 0.52 0.23
60_G 153_L 1.16 0.51 0.22
200_A 211_M 1.15 0.50 0.21
74_F 108_L 1.13 0.48 0.20
70_L 129_G 1.13 0.48 0.20
79_A 34_A 1.11 0.46 0.18
200_A 114_L 1.10 0.45 0.18
161_A 365_L 1.09 0.45 0.17
12_F 268_Y 1.09 0.44 0.17
149_V 215_V 1.08 0.43 0.17
82_V 271_L 1.05 0.40 0.15
339_L 109_V 1.04 0.40 0.14
402_S 265_H 1.04 0.39 0.14
363_L 266_A 1.02 0.38 0.13
272_A 326_F 1.02 0.38 0.13
300_V 324_L 1.02 0.38 0.13
228_D 349_F 1.01 0.37 0.12
150_L 372_A 1.01 0.36 0.12
347_L 285_L 1.00 0.36 0.12
203_I 178_L 1.00 0.36 0.12
157_L 365_L 0.99 0.35 0.12
210_L 364_A 0.98 0.34 0.11
370_G 182_G 0.98 0.34 0.11
63_W 227_A 0.98 0.34 0.11
61_V 188_A 0.97 0.34 0.11
161_A 349_F 0.97 0.33 0.10
438_L 203_S 0.96 0.33 0.10
74_F 266_A 0.96 0.33 0.10
436_S 257_L 0.95 0.32 0.10
208_F 184_G 0.95 0.32 0.10
11_V 293_G 0.95 0.32 0.10
33_F 154_F 0.95 0.31 0.10
437_V 297_A 0.94 0.31 0.10
111_A 45_G 0.94 0.31 0.10
7_L 344_G 0.93 0.30 0.09
405_Y 112_E 0.93 0.30 0.09
112_A 45_G 0.93 0.30 0.09
398_S 161_L 0.93 0.30 0.09
249_A 356_G 0.93 0.30 0.09
303_G 348_A 0.93 0.30 0.09
317_A 152_A 0.92 0.29 0.09
392_A 415_L 0.91 0.29 0.08
190_A 148_L 0.91 0.28 0.08
150_L 369_A 0.91 0.28 0.08
220_E 402_V 0.91 0.28 0.08
267_S 142_L 0.91 0.28 0.08
275_A 94_G 0.91 0.28 0.08
283_T 145_A 0.91 0.28 0.08
120_V 188_A 0.90 0.28 0.08
71_S 311_A 0.90 0.28 0.08
43_H 407_V 0.90 0.28 0.08
86_A 364_A 0.90 0.27 0.08
83_F 273_L 0.89 0.27 0.07
285_L 143_A 0.89 0.27 0.07
84_L 134_L 0.89 0.27 0.07
106_L 221_A 0.89 0.27 0.07
445_V 402_V 0.89 0.27 0.07
22_R 299_L 0.88 0.27 0.07
151_F 163_L 0.88 0.26 0.07
105_L 245_N 0.88 0.26 0.07
164_L 121_L 0.88 0.26 0.07
341_I 9_F 0.88 0.26 0.07
295_V 182_G 0.87 0.26 0.07
149_V 376_L 0.87 0.26 0.07
176_L 293_G 0.87 0.26 0.07
107_L 72_W 0.87 0.26 0.07
308_A 73_T 0.87 0.26 0.07
354_L 262_S 0.87 0.25 0.07
132_M 193_H 0.87 0.25 0.07
375_P 110_A 0.86 0.25 0.07
154_V 91_A 0.86 0.25 0.07
378_F 336_L 0.86 0.25 0.07
112_A 132_A 0.86 0.25 0.07
365_M 174_L 0.86 0.25 0.07
304_T 101_T 0.86 0.25 0.07
355_A 147_F 0.86 0.25 0.07
290_L 155_Y 0.86 0.25 0.07
203_I 377_G 0.86 0.25 0.06
17_L 324_L 0.85 0.24 0.06
14_A 404_A 0.85 0.24 0.06
359_L 344_G 0.85 0.24 0.06
283_T 152_A 0.85 0.24 0.06
192_W 76_L 0.85 0.24 0.06
285_L 368_S 0.85 0.24 0.06
105_L 240_S 0.85 0.24 0.06
180_L 213_T 0.85 0.24 0.06
385_Y 265_H 0.84 0.24 0.06
407_L 94_G 0.84 0.24 0.06
88_V 236_L 0.84 0.24 0.06
216_P 185_F 0.84 0.24 0.06
161_A 361_L 0.84 0.24 0.06
451_A 383_F 0.84 0.23 0.06
125_A 265_H 0.84 0.23 0.06
313_Y 348_A 0.84 0.23 0.06
198_A 370_V 0.84 0.23 0.06
95_F 88_V 0.84 0.23 0.06
103_E 126_R 0.84 0.23 0.06
83_F 400_A 0.84 0.23 0.06
122_F 18_F 0.84 0.23 0.06
296_A 63_T 0.84 0.23 0.06
155_G 156_G 0.83 0.23 0.06
97_G 41_L 0.83 0.23 0.06
200_A 139_L 0.83 0.23 0.06
154_V 366_V 0.83 0.23 0.06
262_F 212_A 0.83 0.23 0.06
95_F 371_S 0.83 0.23 0.06
81_T 378_L 0.83 0.23 0.06
74_F 77_V 0.83 0.23 0.06
159_M 368_S 0.83 0.23 0.06
434_L 328_V 0.83 0.23 0.06
268_A 183_L 0.82 0.22 0.06
360_I 233_L 0.82 0.22 0.05
272_A 211_M 0.82 0.22 0.05
410_F 84_F 0.82 0.22 0.05
261_L 266_A 0.81 0.22 0.05
1_M 290_L 0.81 0.22 0.05
200_A 283_F 0.81 0.22 0.05
325_L 209_L 0.81 0.22 0.05
233_L 95_M 0.81 0.22 0.05
334_E 116_L 0.81 0.22 0.05
134_Y 208_V 0.81 0.22 0.05
197_F 137_F 0.81 0.21 0.05
200_A 367_T 0.81 0.21 0.05
123_E 112_E 0.81 0.21 0.05
132_M 339_L 0.81 0.21 0.05
320_V 330_M 0.81 0.21 0.05
198_A 96_H 0.81 0.21 0.05
167_R 383_F 0.81 0.21 0.05
74_F 60_Q 0.81 0.21 0.05
447_P 338_P 0.81 0.21 0.05
200_A 220_F 0.81 0.21 0.05
39_L 180_L 0.80 0.21 0.05
413_T 360_V 0.80 0.21 0.05
98_L 249_L 0.80 0.21 0.05
128_P 112_E 0.80 0.21 0.05
119_Y 140_G 0.80 0.21 0.05
35_L 11_V 0.80 0.21 0.05
431_G 224_L 0.80 0.21 0.05
347_L 184_G 0.80 0.21 0.05
203_I 184_G 0.80 0.21 0.05
104_G 196_T 0.80 0.21 0.05
273_W 185_F 0.80 0.21 0.05
383_G 196_T 0.80 0.21 0.05
440_L 146_F 0.80 0.20 0.05
438_L 421_P 0.79 0.20 0.05
406_A 212_A 0.79 0.20 0.05
321_Y 380_L 0.79 0.20 0.05
231_G 349_F 0.79 0.20 0.05
102_M 213_T 0.79 0.20 0.05
197_F 211_M 0.79 0.20 0.05
93_G 371_S 0.79 0.20 0.05
280_D 352_A 0.79 0.20 0.05
436_S 118_L 0.79 0.20 0.05
264_A 137_F 0.79 0.20 0.05
301_F 311_A 0.79 0.20 0.05
53_A 291_A 0.79 0.20 0.05
261_L 240_S 0.78 0.20 0.04
413_T 81_R 0.78 0.20 0.04
293_M 142_L 0.78 0.20 0.04
156_S 338_P 0.78 0.20 0.04
102_M 291_A 0.78 0.20 0.04
150_L 116_L 0.78 0.20 0.04
408_T 329_A 0.78 0.20 0.04
14_A 414_L 0.78 0.20 0.04
321_Y 368_S 0.78 0.20 0.04
413_T 254_A 0.78 0.20 0.04
190_A 287_T 0.78 0.20 0.04
98_L 116_L 0.78 0.19 0.04
301_F 139_L 0.78 0.19 0.04
382_L 221_A 0.78 0.19 0.04
290_L 363_L 0.77 0.19 0.04
228_D 203_S 0.77 0.19 0.04
231_G 315_L 0.77 0.19 0.04
297_A 215_V 0.77 0.19 0.04
12_F 265_H 0.77 0.19 0.04
12_F 203_S 0.77 0.19 0.04
350_S 107_M 0.77 0.19 0.04
132_M 368_S 0.77 0.19 0.04
123_E 200_Y 0.77 0.19 0.04
264_A 86_L 0.77 0.19 0.04
119_Y 95_M 0.77 0.19 0.04
21_P 363_L 0.77 0.19 0.04
317_A 115_S 0.77 0.19 0.04
167_R 154_F 0.77 0.19 0.04
41_L 410_L 0.77 0.19 0.04
39_L 348_A 0.77 0.19 0.04
216_P 196_T 0.77 0.19 0.04
315_L 103_H 0.77 0.19 0.04
411_Q 339_L 0.77 0.19 0.04
65_F 363_L 0.77 0.19 0.04
113_R 215_V 0.77 0.19 0.04
389_P 263_I 0.76 0.19 0.04
12_F 146_F 0.76 0.19 0.04
22_R 143_A 0.76 0.19 0.04
108_G 245_N 0.76 0.19 0.04
401_A 273_L 0.76 0.18 0.04
108_G 314_G 0.76 0.18 0.04
268_A 158_T 0.76 0.18 0.04
413_T 227_A 0.76 0.18 0.04
120_V 65_L 0.76 0.18 0.04
145_L 207_V 0.76 0.18 0.04
63_W 140_G 0.76 0.18 0.04
161_A 379_G 0.76 0.18 0.04
285_L 379_G 0.76 0.18 0.04
394_L 407_V 0.76 0.18 0.04
271_G 190_A 0.76 0.18 0.04
323_G 293_G 0.76 0.18 0.04
321_Y 108_L 0.75 0.18 0.04
228_D 221_A 0.75 0.18 0.04
303_G 373_Y 0.75 0.18 0.04
347_L 268_Y 0.75 0.18 0.04
385_Y 75_G 0.75 0.18 0.04
288_A 338_P 0.75 0.18 0.04
285_L 67_L 0.75 0.18 0.04
445_V 281_L 0.75 0.18 0.04
302_S 343_W 0.75 0.18 0.04
455_H 404_A 0.75 0.18 0.04
266_L 71_L 0.75 0.18 0.04
314_L 253_E 0.75 0.18 0.04
70_L 383_F 0.75 0.18 0.04
203_I 201_Q 0.75 0.18 0.04
55_L 299_L 0.75 0.18 0.04
284_L 372_A 0.75 0.18 0.04
381_L 293_G 0.75 0.18 0.04
317_A 3_L 0.75 0.18 0.04
267_S 138_L 0.75 0.18 0.04
103_E 123_T 0.74 0.18 0.04
366_V 370_V 0.74 0.18 0.04
119_Y 265_H 0.74 0.18 0.04
73_L 213_T 0.74 0.17 0.04
152_T 338_P 0.74 0.17 0.04
189_A 235_L 0.74 0.17 0.04
125_A 339_L 0.74 0.17 0.04
301_F 265_H 0.74 0.17 0.04
19_G 103_H 0.74 0.17 0.04
438_L 164_G 0.74 0.17 0.04
153_L 372_A 0.74 0.17 0.04
7_L 329_A 0.74 0.17 0.04
231_G 196_T 0.74 0.17 0.04
232_T 52_P 0.74 0.17 0.04
20_L 386_P 0.74 0.17 0.04
286_A 333_L 0.74 0.17 0.04
140_G 51_G 0.74 0.17 0.04
425_L 328_V 0.74 0.17 0.04
194_F 413_G 0.74 0.17 0.04
65_F 143_A 0.74 0.17 0.04
200_A 339_L 0.74 0.17 0.04
74_F 248_A 0.74 0.17 0.04
190_A 376_L 0.74 0.17 0.04
232_T 364_A 0.74 0.17 0.04
65_F 106_L 0.74 0.17 0.04
162_A 219_A 0.74 0.17 0.04
10_V 287_T 0.74 0.17 0.04
273_W 411_A 0.74 0.17 0.04
135_L 249_L 0.73 0.17 0.04
373_G 365_L 0.73 0.17 0.04
375_P 12_A 0.73 0.17 0.04
359_L 210_F 0.73 0.17 0.04
16_L 410_L 0.73 0.17 0.04
426_A 287_T 0.73 0.17 0.04
348_A 257_L 0.73 0.17 0.04
448_G 326_F 0.73 0.17 0.04
329_A 183_L 0.73 0.17 0.04
290_L 414_L 0.73 0.17 0.04
47_V 175_A 0.73 0.17 0.04
400_I 382_V 0.73 0.17 0.03
359_L 232_A 0.73 0.17 0.03
166_A 37_L 0.73 0.17 0.03
74_F 113_A 0.73 0.17 0.03
203_I 294_L 0.73 0.17 0.03
273_W 101_T 0.73 0.17 0.03
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
HHsearch results
4he8MG:NI:LF:NI:MG:LFContact Map
3rkoMC:ND:LB:ND:MC:LBContact Map
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
0004 1.09 M N Δgene:(1, 20) A:(1E-80, 8) B:(1E-80, 8) (2013_03) 0.91 Done - Shared
0003 0.03 M N Δgene:(1, 20) A:(1E-60, 8) B:(1E-60, 8) (2013_03) Killed - Shared
0002 0.03 4HEA_M - 4HEA_N Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) (2013_03) Killed - Shared
Page generated in 0.1564 seconds.