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OPENSEQ.org
BD
Genes: A B A+B
Length: 503 492 953
Sequences: 176 2537 129
Seq/Len: 0.35 5.16 0.14
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.25
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.61 0.01
2 0.00 0.62 0.01
5 0.00 0.63 0.05
10 0.00 0.65 0.09
20 0.00 0.65 0.13
100 0.01 0.75 0.16
∞ 0.02 0.76 0.17
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
96_E 225_I 1.59 0.29 0.00
382_T 135_I 1.41 0.22 0.00
201_A 259_I 1.35 0.20 0.00
278_P 326_E 1.34 0.19 0.00
162_L 350_R 1.26 0.17 0.00
263_E 417_K 1.25 0.16 0.00
42_V 250_V 1.22 0.15 0.00
203_K 326_E 1.20 0.15 0.00
404_S 321_Q 1.20 0.15 0.00
267_F 364_I 1.19 0.15 0.00
388_I 178_I 1.19 0.15 0.00
206_I 466_T 1.18 0.14 0.00
449_S 411_E 1.18 0.14 0.00
442_G 75_I 1.15 0.14 0.00
447_L 227_G 1.14 0.13 0.00
115_L 145_N 1.14 0.13 0.00
161_E 322_K 1.13 0.13 0.00
243_K 173_E 1.12 0.13 0.00
440_L 43_K 1.11 0.13 0.00
442_G 257_G 1.11 0.13 0.00
127_P 374_V 1.11 0.13 0.00
221_I 350_R 1.10 0.12 0.00
443_C 75_I 1.10 0.12 0.00
321_K 225_I 1.09 0.12 0.00
125_A 431_F 1.09 0.12 0.00
387_L 417_K 1.08 0.12 0.00
125_A 430_I 1.07 0.12 0.00
126_N 95_G 1.06 0.12 0.00
261_E 417_K 1.05 0.11 0.00
233_V 339_V 1.05 0.11 0.00
443_C 177_T 1.05 0.11 0.00
442_G 430_I 1.04 0.11 0.00
223_V 430_I 1.04 0.11 0.00
92_V 411_E 1.04 0.11 0.00
148_V 350_R 1.04 0.11 0.00
72_H 400_L 1.04 0.11 0.00
477_E 75_I 1.04 0.11 0.00
115_L 108_A 1.04 0.11 0.00
172_I 314_A 1.03 0.11 0.00
245_V 373_E 1.03 0.11 0.00
408_V 374_V 1.03 0.11 0.00
125_A 95_G 1.03 0.11 0.00
426_C 43_K 1.02 0.11 0.00
219_R 201_A 1.02 0.10 0.00
388_I 303_T 1.01 0.10 0.00
56_F 268_V 1.01 0.10 0.00
81_A 106_V 1.01 0.10 0.00
246_K 138_V 1.00 0.10 0.00
426_C 46_I 1.00 0.10 0.00
123_P 411_E 1.00 0.10 0.00
270_V 453_F 0.99 0.10 0.00
208_Q 113_N 0.99 0.10 0.00
478_A 140_T 0.99 0.10 0.00
245_V 436_I 0.99 0.10 0.00
479_V 409_F 0.99 0.10 0.00
442_G 350_R 0.98 0.10 0.00
112_M 414_K 0.98 0.10 0.00
221_I 330_K 0.98 0.10 0.00
278_P 314_A 0.98 0.10 0.00
167_I 290_Y 0.98 0.10 0.00
400_V 245_M 0.97 0.10 0.00
347_L 435_G 0.96 0.10 0.00
189_I 467_L 0.96 0.10 0.00
466_P 257_G 0.96 0.09 0.00
482_V 476_Q 0.96 0.09 0.00
113_S 467_L 0.96 0.09 0.00
449_S 466_T 0.96 0.09 0.00
161_E 364_I 0.95 0.09 0.00
126_N 431_F 0.95 0.09 0.00
246_K 178_I 0.95 0.09 0.00
450_K 421_I 0.95 0.09 0.00
292_M 374_V 0.95 0.09 0.00
426_C 27_D 0.95 0.09 0.00
124_L 252_Q 0.94 0.09 0.00
387_L 414_K 0.94 0.09 0.00
112_M 14_Q 0.94 0.09 0.00
56_F 354_Y 0.94 0.09 0.00
128_K 25_R 0.94 0.09 0.00
89_V 436_I 0.94 0.09 0.00
449_S 477_A 0.94 0.09 0.00
388_I 411_E 0.93 0.09 0.00
446_V 237_S 0.93 0.09 0.00
126_N 94_A 0.93 0.09 0.00
285_Q 138_V 0.93 0.09 0.00
306_V 179_V 0.92 0.09 0.00
344_K 75_I 0.92 0.09 0.00
440_L 354_Y 0.92 0.09 0.00
382_T 134_L 0.92 0.09 0.00
246_K 167_S 0.92 0.09 0.00
403_A 37_P 0.92 0.09 0.00
167_I 333_P 0.91 0.08 0.00
225_V 177_T 0.91 0.08 0.00
213_L 115_T 0.91 0.08 0.00
479_V 43_K 0.91 0.08 0.00
172_I 18_E 0.91 0.08 0.00
223_V 59_I 0.90 0.08 0.00
450_K 219_T 0.90 0.08 0.00
464_I 353_L 0.90 0.08 0.00
125_A 391_M 0.90 0.08 0.00
308_M 430_I 0.90 0.08 0.00
357_L 467_L 0.90 0.08 0.00
184_K 314_A 0.90 0.08 0.00
466_P 75_I 0.90 0.08 0.00
478_A 354_Y 0.90 0.08 0.00
181_I 213_D 0.90 0.08 0.00
126_N 251_A 0.90 0.08 0.00
233_V 315_K 0.90 0.08 0.00
109_I 431_F 0.90 0.08 0.00
279_E 417_K 0.90 0.08 0.00
162_L 33_A 0.90 0.08 0.00
181_I 172_A 0.89 0.08 0.00
35_P 11_S 0.89 0.08 0.00
268_Y 466_T 0.89 0.08 0.00
109_I 374_V 0.89 0.08 0.00
56_F 417_K 0.89 0.08 0.00
37_N 178_I 0.89 0.08 0.00
468_G 466_T 0.89 0.08 0.00
382_T 376_G 0.89 0.08 0.00
378_M 213_D 0.89 0.08 0.00
284_L 18_E 0.89 0.08 0.00
97_Q 263_E 0.89 0.08 0.00
89_V 324_C 0.88 0.08 0.00
41_K 59_I 0.88 0.08 0.00
456_W 14_Q 0.88 0.08 0.00
461_T 219_T 0.88 0.08 0.00
283_D 29_N 0.88 0.08 0.00
440_L 353_L 0.87 0.08 0.00
279_E 364_I 0.87 0.08 0.00
197_R 374_V 0.87 0.08 0.00
125_A 257_G 0.87 0.08 0.00
181_I 233_G 0.87 0.08 0.00
237_H 116_S 0.87 0.08 0.00
55_Y 431_F 0.87 0.08 0.00
342_A 150_V 0.86 0.08 0.00
248_K 266_P 0.86 0.08 0.00
329_Y 211_D 0.86 0.08 0.00
428_E 273_V 0.86 0.08 0.00
139_E 374_V 0.86 0.08 0.00
41_K 471_C 0.86 0.08 0.00
135_R 168_K 0.86 0.08 0.00
423_N 46_I 0.86 0.08 0.00
448_C 391_M 0.86 0.08 0.00
339_I 303_T 0.86 0.08 0.00
38_I 474_K 0.85 0.08 0.00
167_I 108_A 0.85 0.08 0.00
450_K 207_L 0.85 0.08 0.00
31_L 364_I 0.85 0.08 0.00
23_S 25_R 0.85 0.08 0.00
127_P 365_G 0.85 0.08 0.00
34_L 343_R 0.85 0.08 0.00
320_D 140_T 0.85 0.08 0.00
115_L 75_I 0.85 0.07 0.00
442_G 394_M 0.85 0.07 0.00
125_A 43_K 0.85 0.07 0.00
44_N 245_M 0.85 0.07 0.00
109_I 257_G 0.85 0.07 0.00
167_I 396_D 0.84 0.07 0.00
306_V 404_V 0.84 0.07 0.00
292_M 273_V 0.84 0.07 0.00
212_G 11_S 0.84 0.07 0.00
343_I 467_L 0.84 0.07 0.00
246_K 201_A 0.84 0.07 0.00
35_P 168_K 0.84 0.07 0.00
268_Y 208_G 0.84 0.07 0.00
410_F 150_V 0.84 0.07 0.00
219_R 422_G 0.84 0.07 0.00
478_A 37_P 0.84 0.07 0.00
115_L 338_V 0.84 0.07 0.00
375_P 25_R 0.84 0.07 0.00
183_A 140_T 0.84 0.07 0.00
308_M 175_S 0.84 0.07 0.00
263_E 75_I 0.84 0.07 0.00
404_S 283_S 0.84 0.07 0.00
449_S 382_A 0.84 0.07 0.00
255_V 36_D 0.83 0.07 0.00
429_K 453_F 0.83 0.07 0.00
115_L 177_T 0.83 0.07 0.00
400_V 416_I 0.83 0.07 0.00
125_A 252_Q 0.83 0.07 0.00
109_I 43_K 0.83 0.07 0.00
183_A 269_K 0.83 0.07 0.00
411_I 168_K 0.83 0.07 0.00
35_P 476_Q 0.83 0.07 0.00
127_P 430_I 0.83 0.07 0.00
480_M 323_K 0.83 0.07 0.00
411_I 315_K 0.83 0.07 0.00
137_L 213_D 0.83 0.07 0.00
192_N 283_S 0.83 0.07 0.00
292_M 395_G 0.83 0.07 0.00
208_Q 466_T 0.83 0.07 0.00
123_P 42_S 0.83 0.07 0.00
206_I 46_I 0.83 0.07 0.00
320_D 173_E 0.82 0.07 0.00
109_I 95_G 0.82 0.07 0.00
134_F 138_V 0.82 0.07 0.00
55_Y 374_V 0.82 0.07 0.00
428_E 201_A 0.82 0.07 0.00
54_H 360_P 0.82 0.07 0.00
427_G 290_Y 0.82 0.07 0.00
181_I 250_V 0.82 0.07 0.00
112_M 265_T 0.82 0.07 0.00
261_E 364_I 0.82 0.07 0.00
206_I 392_K 0.82 0.07 0.00
126_N 430_I 0.82 0.07 0.00
330_E 39_V 0.82 0.07 0.00
299_R 301_G 0.82 0.07 0.00
481_A 469_N 0.81 0.07 0.00
269_G 453_F 0.81 0.07 0.00
38_I 94_A 0.81 0.07 0.00
401_Y 350_R 0.81 0.07 0.00
162_L 373_E 0.81 0.07 0.00
78_Y 13_I 0.81 0.07 0.00
123_P 257_G 0.81 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
WARNING: The input alignment may be corrupted!
  • For sequence B, there is a high ratio (0.65 > 0.4) of paralogs.
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