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OPENSEQ.org
DK
Genes: A B A+B
Length: 492 523 993
Sequences: 627 707 474
Seq/Len: 1.27 1.35 0.48
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.83
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.13 0.15 0.42
2 0.44 0.48 0.46
5 0.56 0.59 0.47
10 0.60 0.62 0.47
20 0.61 0.64 0.47
100 0.64 0.67 0.47
∞ 0.68 0.70 0.47
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
305_T 369_L 1.73 0.71 0.01
265_T 103_F 1.55 0.59 0.01
249_C 235_G 1.46 0.52 0.00
63_A 189_F 1.40 0.47 0.00
119_Q 258_E 1.38 0.46 0.00
241_L 507_E 1.24 0.36 0.00
308_S 135_L 1.23 0.35 0.00
369_D 137_N 1.20 0.33 0.00
172_A 166_I 1.20 0.33 0.00
58_T 117_S 1.19 0.33 0.00
211_D 316_L 1.19 0.32 0.00
480_E 345_T 1.19 0.32 0.00
242_L 416_G 1.18 0.32 0.00
249_C 301_T 1.18 0.31 0.00
256_D 387_G 1.17 0.31 0.00
374_V 167_N 1.16 0.30 0.00
225_I 281_M 1.15 0.30 0.00
165_S 366_R 1.14 0.29 0.00
223_V 185_H 1.13 0.28 0.00
242_L 337_G 1.12 0.28 0.00
459_F 98_Y 1.12 0.28 0.00
179_V 334_E 1.12 0.28 0.00
241_L 269_F 1.12 0.28 0.00
270_L 201_F 1.11 0.27 0.00
312_I 64_V 1.11 0.27 0.00
292_I 146_M 1.11 0.27 0.00
261_E 243_M 1.10 0.27 0.00
375_V 493_I 1.10 0.26 0.00
137_E 382_F 1.09 0.26 0.00
290_Y 366_R 1.09 0.26 0.00
343_R 248_G 1.08 0.26 0.00
236_W 387_G 1.08 0.26 0.00
305_T 372_D 1.08 0.26 0.00
258_S 446_S 1.08 0.25 0.00
122_D 230_F 1.08 0.25 0.00
378_G 110_P 1.08 0.25 0.00
86_V 376_V 1.07 0.25 0.00
277_R 189_F 1.07 0.25 0.00
436_I 368_A 1.07 0.24 0.00
123_I 217_V 1.06 0.24 0.00
436_I 306_E 1.06 0.24 0.00
353_L 224_I 1.06 0.24 0.00
85_P 72_P 1.05 0.24 0.00
175_S 248_G 1.05 0.24 0.00
163_I 115_S 1.05 0.24 0.00
72_W 359_H 1.05 0.24 0.00
279_M 97_A 1.05 0.23 0.00
16_V 60_E 1.04 0.23 0.00
247_L 291_V 1.04 0.23 0.00
370_L 240_I 1.04 0.23 0.00
286_M 108_R 1.04 0.23 0.00
343_R 464_V 1.04 0.23 0.00
80_H 387_G 1.03 0.23 0.00
314_A 226_I 1.03 0.23 0.00
292_I 168_N 1.03 0.22 0.00
13_I 226_I 1.02 0.22 0.00
137_E 493_I 1.02 0.22 0.00
170_K 376_V 1.02 0.22 0.00
312_I 268_Q 1.02 0.22 0.00
254_S 225_N 1.02 0.22 0.00
168_K 291_V 1.01 0.22 0.00
396_D 217_V 1.01 0.22 0.00
408_E 120_E 1.00 0.21 0.00
270_L 444_G 1.00 0.21 0.00
178_I 502_L 1.00 0.21 0.00
163_I 241_K 1.00 0.21 0.00
243_E 445_N 0.99 0.21 0.00
283_S 28_R 0.99 0.21 0.00
245_M 339_P 0.99 0.20 0.00
247_L 85_T 0.99 0.20 0.00
257_G 369_L 0.99 0.20 0.00
346_L 184_A 0.98 0.20 0.00
50_K 355_M 0.98 0.20 0.00
250_V 379_L 0.98 0.20 0.00
81_I 291_V 0.97 0.20 0.00
127_G 127_G 0.97 0.20 0.00
262_I 442_M 0.97 0.20 0.00
260_S 329_L 0.97 0.19 0.00
262_I 149_V 0.97 0.19 0.00
378_G 449_K 0.97 0.19 0.00
317_D 226_I 0.96 0.19 0.00
104_T 291_V 0.96 0.19 0.00
232_G 97_A 0.96 0.19 0.00
168_K 143_K 0.96 0.19 0.00
270_L 306_E 0.96 0.19 0.00
187_R 98_Y 0.96 0.19 0.00
75_I 387_G 0.96 0.19 0.00
120_E 378_G 0.95 0.19 0.00
368_E 378_G 0.95 0.19 0.00
323_K 291_V 0.95 0.19 0.00
469_N 208_F 0.95 0.19 0.00
165_S 223_K 0.94 0.18 0.00
207_L 133_D 0.94 0.18 0.00
315_K 334_E 0.94 0.18 0.00
119_Q 85_T 0.94 0.18 0.00
471_C 351_L 0.94 0.18 0.00
273_V 281_M 0.94 0.18 0.00
351_V 197_W 0.94 0.18 0.00
399_L 243_M 0.94 0.18 0.00
445_D 349_G 0.94 0.18 0.00
111_T 185_H 0.93 0.18 0.00
339_V 334_E 0.93 0.18 0.00
343_R 502_L 0.93 0.18 0.00
382_A 248_G 0.93 0.18 0.00
151_Q 478_H 0.93 0.18 0.00
233_G 90_H 0.93 0.18 0.00
225_I 108_R 0.93 0.18 0.00
100_Y 454_D 0.93 0.18 0.00
251_A 279_E 0.93 0.17 0.00
318_E 300_K 0.92 0.17 0.00
372_M 424_G 0.92 0.17 0.00
262_I 421_V 0.92 0.17 0.00
332_K 107_F 0.92 0.17 0.00
374_V 203_G 0.92 0.17 0.00
136_D 227_V 0.92 0.17 0.00
161_D 72_P 0.92 0.17 0.00
198_A 494_L 0.92 0.17 0.00
142_F 71_Q 0.92 0.17 0.00
287_E 203_G 0.92 0.17 0.00
141_L 280_E 0.92 0.17 0.00
226_I 427_L 0.92 0.17 0.00
203_R 446_S 0.91 0.17 0.00
342_Y 244_L 0.91 0.17 0.00
122_D 502_L 0.91 0.17 0.00
192_S 124_V 0.91 0.17 0.00
279_M 86_M 0.91 0.17 0.00
125_F 120_E 0.91 0.17 0.00
223_V 421_V 0.91 0.17 0.00
81_I 308_T 0.91 0.17 0.00
254_S 279_E 0.91 0.17 0.00
168_K 352_V 0.91 0.17 0.00
224_A 446_S 0.91 0.17 0.00
18_E 401_R 0.91 0.17 0.00
461_R 133_D 0.91 0.17 0.00
92_S 376_V 0.91 0.17 0.00
421_I 148_A 0.90 0.17 0.00
350_R 366_R 0.90 0.16 0.00
374_V 265_A 0.90 0.16 0.00
168_K 366_R 0.90 0.16 0.00
89_G 189_F 0.90 0.16 0.00
290_Y 212_S 0.89 0.16 0.00
223_V 143_K 0.89 0.16 0.00
289_K 137_N 0.89 0.16 0.00
120_E 137_N 0.89 0.16 0.00
120_E 189_F 0.89 0.16 0.00
169_V 410_L 0.89 0.16 0.00
135_I 35_Y 0.89 0.16 0.00
369_D 167_N 0.89 0.16 0.00
110_V 369_L 0.89 0.16 0.00
347_E 328_F 0.89 0.16 0.00
229_Y 431_R 0.89 0.16 0.00
70_V 153_C 0.89 0.16 0.00
14_Q 249_V 0.88 0.16 0.00
225_I 427_L 0.88 0.16 0.00
427_E 100_R 0.88 0.16 0.00
323_K 290_T 0.88 0.16 0.00
107_N 421_V 0.88 0.16 0.00
372_M 170_K 0.88 0.15 0.00
241_L 424_G 0.87 0.15 0.00
81_I 185_H 0.87 0.15 0.00
326_E 111_V 0.87 0.15 0.00
140_T 339_P 0.87 0.15 0.00
329_A 249_V 0.87 0.15 0.00
257_G 427_L 0.87 0.15 0.00
168_K 381_K 0.87 0.15 0.00
295_M 114_V 0.87 0.15 0.00
150_V 109_E 0.87 0.15 0.00
346_L 427_L 0.87 0.15 0.00
223_V 291_V 0.87 0.15 0.00
449_P 466_L 0.87 0.15 0.00
92_S 97_A 0.87 0.15 0.00
262_I 140_A 0.87 0.15 0.00
243_E 350_R 0.87 0.15 0.00
345_R 204_I 0.87 0.15 0.00
350_R 252_S 0.87 0.15 0.00
451_H 144_P 0.87 0.15 0.00
333_P 280_E 0.86 0.15 0.00
261_E 82_F 0.86 0.15 0.00
473_K 502_L 0.86 0.15 0.00
257_G 86_M 0.86 0.15 0.00
338_V 291_V 0.86 0.15 0.00
343_R 170_K 0.86 0.15 0.00
198_A 445_N 0.86 0.15 0.00
123_I 288_L 0.86 0.15 0.00
375_V 280_E 0.86 0.15 0.00
122_D 387_G 0.86 0.15 0.00
105_G 409_I 0.86 0.15 0.00
280_N 444_G 0.86 0.15 0.00
221_Y 252_S 0.86 0.15 0.00
256_D 262_D 0.86 0.15 0.00
80_H 427_L 0.86 0.15 0.00
345_R 197_W 0.86 0.15 0.00
330_K 201_F 0.85 0.15 0.00
82_S 300_K 0.85 0.15 0.00
53_Q 379_L 0.85 0.15 0.00
152_S 163_N 0.85 0.14 0.00
107_N 240_I 0.85 0.14 0.00
369_D 174_F 0.85 0.14 0.00
369_D 147_I 0.85 0.14 0.00
370_L 197_W 0.85 0.14 0.00
461_R 366_R 0.85 0.14 0.00
158_L 321_G 0.85 0.14 0.00
138_V 336_S 0.85 0.14 0.00
254_S 448_G 0.85 0.14 0.00
182_R 340_I 0.85 0.14 0.00
76_K 102_Y 0.85 0.14 0.00
370_L 100_R 0.85 0.14 0.00
471_C 430_L 0.85 0.14 0.00
282_I 340_I 0.85 0.14 0.00
59_I 355_M 0.85 0.14 0.00
351_V 269_F 0.85 0.14 0.00
364_I 366_R 0.85 0.14 0.00
223_V 501_I 0.85 0.14 0.00
150_V 329_L 0.84 0.14 0.00
249_C 378_G 0.84 0.14 0.00
150_V 337_G 0.84 0.14 0.00
221_Y 197_W 0.84 0.14 0.00
238_S 384_L 0.84 0.14 0.00
150_V 136_Q 0.84 0.14 0.00
179_V 146_M 0.84 0.14 0.00
286_M 360_T 0.84 0.14 0.00
221_Y 107_F 0.84 0.14 0.00
122_D 151_T 0.84 0.14 0.00
124_V 177_D 0.84 0.14 0.00
125_F 158_I 0.84 0.14 0.00
453_F 188_S 0.84 0.14 0.00
315_K 378_G 0.84 0.14 0.00
342_Y 262_D 0.84 0.14 0.00
70_V 142_Y 0.84 0.14 0.00
138_V 490_A 0.83 0.14 0.00
223_V 404_K 0.83 0.14 0.00
172_A 322_L 0.83 0.14 0.00
90_Q 471_F 0.83 0.14 0.00
272_L 366_R 0.83 0.14 0.00
50_K 281_M 0.83 0.14 0.00
471_C 281_M 0.83 0.14 0.00
251_A 240_I 0.83 0.14 0.00
119_Q 310_K 0.83 0.14 0.00
396_D 441_F 0.83 0.14 0.00
130_K 127_G 0.83 0.14 0.00
257_G 323_D 0.83 0.14 0.00
174_L 382_F 0.83 0.14 0.00
242_L 208_F 0.83 0.14 0.00
81_I 79_A 0.83 0.14 0.00
19_V 50_K 0.83 0.14 0.00
151_Q 102_Y 0.83 0.14 0.00
265_T 167_N 0.83 0.14 0.00
404_V 388_C 0.82 0.14 0.00
248_R 360_T 0.82 0.14 0.00
364_I 62_L 0.82 0.14 0.00
141_L 46_W 0.82 0.13 0.00
242_L 356_T 0.82 0.13 0.00
444_W 99_F 0.82 0.13 0.00
242_L 295_P 0.82 0.13 0.00
460_A 193_H 0.82 0.13 0.00
56_L 261_L 0.82 0.13 0.00
369_D 64_V 0.82 0.13 0.00
235_A 267_G 0.82 0.13 0.00
37_P 252_S 0.82 0.13 0.00
228_D 379_L 0.82 0.13 0.00
264_L 443_I 0.82 0.13 0.00
159_I 120_E 0.82 0.13 0.00
305_T 155_A 0.82 0.13 0.00
80_H 135_L 0.82 0.13 0.00
261_E 98_Y 0.82 0.13 0.00
307_E 197_W 0.82 0.13 0.00
99_Y 389_E 0.81 0.13 0.00
137_E 61_A 0.81 0.13 0.00
158_L 123_A 0.81 0.13 0.00
167_S 241_K 0.81 0.13 0.00
231_I 93_Q 0.81 0.13 0.00
318_E 386_L 0.81 0.13 0.00
471_C 355_M 0.81 0.13 0.00
95_G 87_P 0.81 0.13 0.00
175_S 312_E 0.81 0.13 0.00
370_L 108_R 0.81 0.13 0.00
11_S 346_K 0.81 0.13 0.00
40_T 322_L 0.81 0.13 0.00
33_A 11_S 0.81 0.13 0.00
123_I 394_L 0.81 0.13 0.00
292_I 376_V 0.81 0.13 0.00
273_V 155_A 0.81 0.13 0.00
272_L 521_L 0.81 0.13 0.00
251_A 443_I 0.81 0.13 0.00
120_E 359_H 0.81 0.13 0.00
68_K 97_A 0.81 0.13 0.00
438_F 449_K 0.81 0.13 0.00
135_I 355_M 0.81 0.13 0.00
413_V 394_L 0.81 0.13 0.00
277_R 64_V 0.81 0.13 0.00
357_G 274_G 0.81 0.13 0.00
70_V 125_F 0.80 0.13 0.00
326_E 215_D 0.80 0.13 0.00
418_P 123_A 0.80 0.13 0.00
81_I 331_K 0.80 0.13 0.00
288_E 266_D 0.80 0.13 0.00
254_S 317_N 0.80 0.13 0.00
18_E 141_T 0.80 0.13 0.00
235_A 185_H 0.80 0.13 0.00
133_K 60_E 0.80 0.13 0.00
375_V 407_D 0.80 0.13 0.00
370_L 406_V 0.80 0.13 0.00
24_A 24_L 0.80 0.13 0.00
99_Y 127_G 0.80 0.13 0.00
9_V 43_V 0.80 0.13 0.00
329_A 389_E 0.80 0.13 0.00
401_Y 62_L 0.80 0.13 0.00
370_L 499_N 0.80 0.13 0.00
411_E 209_T 0.80 0.13 0.00
225_I 87_P 0.80 0.13 0.00
321_Q 291_V 0.80 0.13 0.00
168_K 447_Y 0.80 0.13 0.00
130_K 59_R 0.80 0.13 0.00
236_W 454_D 0.80 0.13 0.00
175_S 308_T 0.80 0.13 0.00
163_I 466_L 0.80 0.13 0.00
31_H 262_D 0.80 0.12 0.00
311_A 167_N 0.80 0.12 0.00
169_V 278_Q 0.80 0.12 0.00
184_E 160_D 0.80 0.12 0.00
171_G 282_K 0.80 0.12 0.00
435_G 193_H 0.80 0.12 0.00
31_H 499_N 0.80 0.12 0.00
295_M 296_W 0.80 0.12 0.00
238_S 400_K 0.80 0.12 0.00
289_K 503_E 0.80 0.12 0.00
453_F 54_E 0.80 0.12 0.00
109_F 247_M 0.80 0.12 0.00
198_A 68_K 0.79 0.12 0.00
402_D 319_P 0.79 0.12 0.00
163_I 499_N 0.79 0.12 0.00
34_V 401_R 0.79 0.12 0.00
372_M 201_F 0.79 0.12 0.00
96_R 130_N 0.79 0.12 0.00
220_P 170_K 0.79 0.12 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
WARNING: The input alignment may be corrupted!
  • For sequence A, there is a high ratio (0.61 > 0.4) of paralogs.
  • For sequence B, there is a high ratio (0.64 > 0.4) of paralogs.
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
4432 0.26 DK Δgene:(1, 20) A:(1E-04, 2) B:(1E-04, 2) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
4431 0.5 DK Δgene:(1, 20) A:(1E-10, 1) B:(1E-10, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
4430 0 DK Δgene:(1, 20) A:(1E-10, 8) B:(1E-10, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) Killed - Shared
4429 0 DK Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) Killed - Shared
3662 0.48 DK Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 1) B:(1E-20, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.01 Done - Shared
3617 0 DK Δgene:(1, 20) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) Killed - Shared
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