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OPENSEQ.org
FxR
Genes: A B A+B
Length: 560 255 789
Sequences: 1492 1848 1094
Seq/Len: 2.66 7.25 1.39
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.79
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.00
5 0.00 0.01 0.01
10 0.00 0.01 0.22
20 0.00 0.02 1.18
100 0.01 0.03 1.34
∞ 0.03 0.07 1.56
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
203_V 204_K 1.61 0.90 0.33
125_T 180_I 1.29 0.70 0.14
341_N 178_F 1.22 0.64 0.11
58_E 126_I 1.21 0.63 0.11
358_V 95_M 1.20 0.62 0.10
77_I 45_I 1.18 0.60 0.10
400_V 150_H 1.11 0.54 0.08
107_I 214_I 1.11 0.53 0.08
226_A 82_A 1.11 0.53 0.08
552_D 49_L 1.10 0.52 0.07
81_L 19_L 1.09 0.51 0.07
60_V 130_L 1.09 0.51 0.07
550_Q 170_L 1.08 0.50 0.07
151_I 179_I 1.08 0.50 0.07
362_S 29_F 1.07 0.49 0.07
240_S 170_L 1.06 0.48 0.07
243_E 109_A 1.06 0.48 0.07
317_N 106_F 1.05 0.47 0.06
15_Q 242_I 1.04 0.47 0.06
169_R 45_I 1.04 0.46 0.06
123_G 117_G 1.03 0.45 0.06
211_V 157_L 1.03 0.45 0.06
351_T 100_I 1.02 0.44 0.06
292_S 178_F 1.02 0.44 0.06
117_F 75_E 1.02 0.44 0.06
189_R 151_S 1.01 0.43 0.05
200_S 209_F 1.00 0.42 0.05
108_K 139_D 1.00 0.42 0.05
312_P 133_M 0.99 0.41 0.05
530_L 81_I 0.99 0.41 0.05
203_V 87_Q 0.99 0.41 0.05
290_V 47_L 0.99 0.41 0.05
151_I 182_F 0.99 0.41 0.05
189_R 179_I 0.98 0.40 0.05
326_N 46_V 0.98 0.40 0.05
355_F 232_L 0.98 0.40 0.05
125_T 75_E 0.98 0.40 0.05
250_I 221_A 0.98 0.40 0.05
211_V 158_G 0.98 0.40 0.05
246_L 95_M 0.98 0.40 0.05
103_S 210_N 0.97 0.40 0.05
342_N 223_G 0.97 0.39 0.05
118_D 107_T 0.97 0.39 0.05
242_Q 159_G 0.97 0.39 0.05
457_F 51_M 0.96 0.38 0.04
194_G 103_T 0.96 0.38 0.04
244_K 100_I 0.96 0.38 0.04
450_F 50_T 0.95 0.37 0.04
212_K 214_I 0.95 0.37 0.04
177_V 134_F 0.95 0.37 0.04
396_V 139_D 0.95 0.37 0.04
182_R 89_I 0.94 0.37 0.04
173_P 86_L 0.94 0.37 0.04
213_I 116_S 0.94 0.36 0.04
179_V 59_L 0.94 0.36 0.04
345_S 68_F 0.94 0.36 0.04
10_I 12_V 0.94 0.36 0.04
206_L 73_I 0.94 0.36 0.04
102_A 217_P 0.94 0.36 0.04
459_F 37_I 0.93 0.36 0.04
140_E 217_P 0.93 0.35 0.04
431_K 44_T 0.93 0.35 0.04
102_A 157_L 0.93 0.35 0.04
344_L 39_M 0.93 0.35 0.04
209_E 32_F 0.92 0.35 0.04
549_I 176_N 0.92 0.34 0.04
406_F 50_T 0.92 0.34 0.04
454_I 182_F 0.92 0.34 0.04
30_I 65_D 0.91 0.34 0.04
452_A 106_F 0.91 0.34 0.04
210_N 146_L 0.91 0.33 0.04
177_V 223_G 0.91 0.33 0.04
165_V 194_L 0.91 0.33 0.04
213_I 99_Q 0.91 0.33 0.04
224_Q 127_L 0.91 0.33 0.04
202_A 143_L 0.90 0.33 0.04
76_N 33_S 0.90 0.32 0.04
57_V 84_L 0.90 0.32 0.04
343_E 235_M 0.90 0.32 0.04
453_A 95_M 0.89 0.32 0.04
414_V 26_I 0.89 0.32 0.03
33_V 225_V 0.89 0.32 0.03
31_V 128_N 0.89 0.32 0.03
361_T 46_V 0.89 0.32 0.03
530_L 203_M 0.89 0.31 0.03
461_K 70_L 0.89 0.31 0.03
293_E 209_F 0.89 0.31 0.03
359_L 153_G 0.88 0.31 0.03
469_Q 139_D 0.88 0.31 0.03
213_I 56_L 0.88 0.30 0.03
421_F 151_S 0.88 0.30 0.03
400_V 181_G 0.88 0.30 0.03
97_Q 107_T 0.87 0.30 0.03
176_S 43_S 0.87 0.30 0.03
180_N 139_D 0.87 0.30 0.03
534_V 49_L 0.87 0.30 0.03
364_A 214_I 0.87 0.30 0.03
207_T 139_D 0.87 0.30 0.03
213_I 160_F 0.87 0.30 0.03
151_I 63_H 0.86 0.29 0.03
396_V 31_F 0.86 0.29 0.03
312_P 104_M 0.86 0.29 0.03
300_R 224_F 0.86 0.29 0.03
296_L 93_I 0.86 0.29 0.03
341_N 208_Q 0.86 0.29 0.03
163_D 152_L 0.86 0.29 0.03
125_T 110_S 0.86 0.29 0.03
549_I 80_M 0.86 0.29 0.03
447_V 174_M 0.85 0.29 0.03
105_G 178_F 0.85 0.29 0.03
138_E 142_H 0.85 0.28 0.03
483_Q 148_L 0.85 0.28 0.03
257_F 75_E 0.85 0.28 0.03
140_E 204_K 0.85 0.28 0.03
480_E 80_M 0.85 0.28 0.03
110_S 181_G 0.85 0.28 0.03
35_F 225_V 0.85 0.28 0.03
155_V 204_K 0.84 0.28 0.03
288_P 87_Q 0.84 0.28 0.03
328_G 148_L 0.84 0.28 0.03
479_E 185_S 0.84 0.28 0.03
168_E 196_D 0.84 0.28 0.03
399_I 40_V 0.84 0.28 0.03
313_G 133_M 0.84 0.28 0.03
194_G 221_A 0.84 0.27 0.03
17_L 16_M 0.84 0.27 0.03
342_N 171_N 0.84 0.27 0.03
343_E 178_F 0.84 0.27 0.03
290_V 223_G 0.84 0.27 0.03
244_K 144_M 0.83 0.27 0.03
463_V 97_G 0.83 0.27 0.03
258_A 197_V 0.83 0.27 0.03
414_V 35_N 0.83 0.27 0.03
60_V 155_I 0.83 0.27 0.03
310_G 114_P 0.83 0.27 0.03
149_E 50_T 0.83 0.27 0.03
174_T 248_H 0.83 0.27 0.03
161_P 196_D 0.83 0.27 0.03
43_R 89_I 0.83 0.27 0.03
337_Q 202_L 0.83 0.27 0.03
312_P 215_G 0.83 0.27 0.03
328_G 145_L 0.83 0.27 0.03
227_Y 145_L 0.83 0.27 0.03
137_I 135_F 0.83 0.26 0.03
204_P 193_L 0.83 0.26 0.03
254_L 181_G 0.82 0.26 0.03
308_I 137_A 0.82 0.26 0.03
212_K 228_I 0.82 0.26 0.03
161_P 33_S 0.82 0.26 0.03
125_T 68_F 0.82 0.26 0.03
537_K 209_F 0.82 0.26 0.03
549_I 125_Q 0.82 0.26 0.03
179_V 157_L 0.82 0.26 0.03
273_D 200_G 0.82 0.26 0.03
469_Q 157_L 0.82 0.26 0.03
157_H 141_H 0.81 0.26 0.03
179_V 164_E 0.81 0.26 0.03
217_S 42_K 0.81 0.25 0.03
166_F 91_A 0.81 0.25 0.03
293_E 111_I 0.81 0.25 0.03
253_N 33_S 0.81 0.25 0.02
97_Q 195_A 0.81 0.25 0.02
14_Y 148_L 0.81 0.25 0.02
407_S 169_Y 0.81 0.25 0.02
262_D 158_G 0.81 0.25 0.02
276_K 204_K 0.81 0.25 0.02
228_E 65_D 0.81 0.25 0.02
92_D 22_M 0.81 0.25 0.02
239_K 75_E 0.81 0.25 0.02
454_I 164_E 0.81 0.25 0.02
250_I 33_S 0.81 0.25 0.02
130_K 183_T 0.81 0.25 0.02
345_S 139_D 0.81 0.25 0.02
480_E 47_L 0.81 0.25 0.02
160_F 51_M 0.80 0.25 0.02
416_V 147_F 0.80 0.25 0.02
194_G 253_F 0.80 0.25 0.02
300_R 47_L 0.80 0.25 0.02
74_Q 183_T 0.80 0.24 0.02
358_V 134_F 0.80 0.24 0.02
117_F 53_L 0.80 0.24 0.02
463_V 225_V 0.80 0.24 0.02
231_L 240_N 0.80 0.24 0.02
520_S 42_K 0.80 0.24 0.02
77_I 175_F 0.80 0.24 0.02
126_N 101_A 0.80 0.24 0.02
401_K 18_L 0.80 0.24 0.02
358_V 26_I 0.80 0.24 0.02
543_A 201_L 0.80 0.24 0.02
27_A 243_L 0.80 0.24 0.02
42_F 199_F 0.80 0.24 0.02
202_A 210_N 0.80 0.24 0.02
250_I 85_M 0.80 0.24 0.02
272_F 69_V 0.79 0.24 0.02
348_I 148_L 0.79 0.24 0.02
57_V 250_Q 0.79 0.24 0.02
262_D 211_L 0.79 0.24 0.02
447_V 41_I 0.79 0.24 0.02
336_N 47_L 0.79 0.24 0.02
460_Y 246_F 0.79 0.24 0.02
211_V 209_F 0.79 0.24 0.02
529_K 50_T 0.79 0.24 0.02
387_P 49_L 0.79 0.24 0.02
400_V 57_A 0.79 0.24 0.02
176_S 30_P 0.79 0.24 0.02
151_I 227_L 0.79 0.24 0.02
307_E 57_A 0.79 0.23 0.02
129_Q 206_M 0.79 0.23 0.02
313_G 114_P 0.79 0.23 0.02
296_L 139_D 0.79 0.23 0.02
107_I 192_S 0.79 0.23 0.02
363_A 41_I 0.79 0.23 0.02
126_N 219_K 0.79 0.23 0.02
476_A 22_M 0.79 0.23 0.02
316_S 196_D 0.79 0.23 0.02
277_Q 139_D 0.79 0.23 0.02
262_D 28_F 0.79 0.23 0.02
418_N 106_F 0.79 0.23 0.02
179_V 252_L 0.79 0.23 0.02
543_A 107_T 0.78 0.23 0.02
450_F 197_V 0.78 0.23 0.02
74_Q 41_I 0.78 0.23 0.02
440_V 145_L 0.78 0.23 0.02
386_V 77_I 0.78 0.23 0.02
200_S 88_I 0.78 0.23 0.02
128_E 188_I 0.78 0.23 0.02
264_V 238_F 0.78 0.23 0.02
359_L 247_T 0.78 0.23 0.02
179_V 71_Q 0.78 0.23 0.02
364_A 124_S 0.78 0.23 0.02
477_A 148_L 0.78 0.23 0.02
342_N 19_L 0.78 0.23 0.02
467_F 18_L 0.78 0.23 0.02
151_I 160_F 0.78 0.23 0.02
202_A 238_F 0.78 0.23 0.02
193_D 145_L 0.78 0.23 0.02
341_N 151_S 0.78 0.23 0.02
142_A 145_L 0.78 0.23 0.02
211_V 98_E 0.77 0.23 0.02
145_I 12_V 0.77 0.23 0.02
450_F 227_L 0.77 0.23 0.02
481_M 84_L 0.77 0.22 0.02
404_I 202_L 0.77 0.22 0.02
206_L 174_M 0.77 0.22 0.02
415_V 100_I 0.77 0.22 0.02
206_L 127_L 0.77 0.22 0.02
458_I 241_L 0.77 0.22 0.02
451_I 172_M 0.77 0.22 0.02
158_I 100_I 0.77 0.22 0.02
328_G 171_N 0.77 0.22 0.02
453_A 175_F 0.77 0.22 0.02
352_K 68_F 0.77 0.22 0.02
358_V 117_G 0.77 0.22 0.02
409_T 38_P 0.77 0.22 0.02
151_I 61_S 0.77 0.22 0.02
357_T 43_S 0.77 0.22 0.02
358_V 225_V 0.77 0.22 0.02
78_P 186_F 0.77 0.22 0.02
413_S 48_F 0.77 0.22 0.02
79_Y 237_Y 0.77 0.22 0.02
349_T 234_M 0.77 0.22 0.02
125_T 65_D 0.77 0.22 0.02
179_V 194_L 0.77 0.22 0.02
33_V 123_T 0.77 0.22 0.02
362_S 222_L 0.76 0.22 0.02
513_G 32_F 0.76 0.22 0.02
136_A 203_M 0.76 0.22 0.02
496_L 127_L 0.76 0.22 0.02
142_A 24_G 0.76 0.22 0.02
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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