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OPENSEQ.org
FxP
Genes: A B A+B
Length: 560 244 772
Sequences: 1492 1471 1075
Seq/Len: 2.66 6.03 1.39
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.70
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.03
5 0.00 0.01 0.22
10 0.00 0.01 0.64
20 0.00 0.02 1.24
100 0.01 0.03 1.34
∞ 0.03 0.07 1.54
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
264_V 79_T 1.59 0.89 0.27
90_P 77_M 1.38 0.77 0.15
101_I 71_S 1.37 0.76 0.15
203_V 194_V 1.34 0.74 0.14
205_K 239_V 1.21 0.63 0.09
416_V 184_I 1.19 0.61 0.09
397_E 200_S 1.17 0.59 0.08
61_S 77_M 1.17 0.59 0.08
152_R 129_G 1.16 0.58 0.08
123_G 183_E 1.16 0.58 0.08
197_N 217_S 1.16 0.58 0.08
26_A 124_E 1.14 0.56 0.07
85_N 241_S 1.12 0.54 0.07
117_F 158_P 1.11 0.53 0.07
334_K 205_A 1.10 0.52 0.07
57_V 166_L 1.10 0.52 0.07
27_A 188_I 1.09 0.51 0.06
22_R 120_I 1.08 0.50 0.06
242_Q 68_V 1.07 0.49 0.06
87_I 128_K 1.07 0.49 0.06
246_L 89_V 1.05 0.47 0.06
301_T 173_F 1.04 0.46 0.05
30_I 202_V 1.03 0.45 0.05
345_S 190_L 1.02 0.44 0.05
81_L 184_I 1.02 0.44 0.05
365_V 51_A 1.01 0.43 0.05
232_V 205_A 1.01 0.43 0.05
23_I 194_V 1.01 0.43 0.05
407_S 101_E 1.01 0.43 0.05
209_E 101_E 1.01 0.43 0.05
120_Q 194_V 1.00 0.42 0.04
443_F 103_V 1.00 0.42 0.04
172_P 51_A 1.00 0.42 0.04
263_K 59_V 0.99 0.41 0.04
368_D 59_V 0.99 0.41 0.04
368_D 234_L 0.99 0.41 0.04
345_S 68_V 0.98 0.40 0.04
216_Q 189_Y 0.97 0.40 0.04
358_V 34_P 0.97 0.39 0.04
326_N 88_L 0.97 0.39 0.04
32_V 188_I 0.97 0.39 0.04
319_G 42_N 0.96 0.39 0.04
314_A 52_L 0.96 0.38 0.04
28_S 226_V 0.96 0.38 0.04
266_V 142_R 0.96 0.38 0.04
77_I 120_I 0.96 0.38 0.04
274_F 190_L 0.95 0.38 0.04
69_V 103_V 0.95 0.37 0.04
128_E 72_F 0.94 0.37 0.04
483_Q 107_S 0.94 0.36 0.04
145_I 173_F 0.94 0.36 0.04
157_H 183_E 0.94 0.36 0.04
387_P 194_V 0.94 0.36 0.04
136_A 52_L 0.93 0.36 0.04
419_L 81_S 0.93 0.36 0.04
446_P 99_I 0.93 0.35 0.04
232_V 194_V 0.93 0.35 0.04
220_P 37_L 0.92 0.35 0.03
264_V 72_F 0.92 0.35 0.03
327_K 184_I 0.92 0.34 0.03
416_V 228_V 0.92 0.34 0.03
544_L 72_F 0.92 0.34 0.03
148_L 40_T 0.92 0.34 0.03
394_A 119_K 0.92 0.34 0.03
549_I 154_N 0.92 0.34 0.03
267_S 227_L 0.92 0.34 0.03
286_P 223_L 0.92 0.34 0.03
533_L 80_Q 0.91 0.34 0.03
469_Q 163_D 0.91 0.34 0.03
413_S 87_I 0.91 0.34 0.03
406_F 200_S 0.91 0.34 0.03
290_V 233_L 0.91 0.34 0.03
262_D 127_I 0.91 0.33 0.03
88_L 218_L 0.91 0.33 0.03
76_N 199_V 0.91 0.33 0.03
386_V 234_L 0.91 0.33 0.03
177_V 194_V 0.90 0.33 0.03
535_S 188_I 0.90 0.33 0.03
487_A 124_E 0.90 0.33 0.03
64_S 148_L 0.90 0.32 0.03
8_H 38_V 0.89 0.32 0.03
24_V 194_V 0.89 0.32 0.03
466_P 236_Q 0.89 0.32 0.03
162_K 179_K 0.89 0.32 0.03
126_N 72_F 0.89 0.32 0.03
414_V 216_I 0.89 0.31 0.03
164_S 180_T 0.89 0.31 0.03
386_V 121_G 0.89 0.31 0.03
57_V 115_Y 0.88 0.31 0.03
243_E 226_V 0.88 0.31 0.03
74_Q 200_S 0.88 0.31 0.03
389_T 97_F 0.88 0.31 0.03
256_P 78_G 0.88 0.31 0.03
394_A 106_K 0.88 0.31 0.03
362_S 101_E 0.88 0.30 0.03
416_V 33_T 0.87 0.30 0.03
90_P 70_F 0.87 0.30 0.03
415_V 93_L 0.87 0.30 0.03
224_Q 222_L 0.87 0.30 0.03
105_G 153_R 0.87 0.30 0.03
273_D 197_M 0.87 0.30 0.03
358_V 159_K 0.86 0.29 0.03
541_I 134_K 0.86 0.29 0.03
397_E 154_N 0.86 0.29 0.03
123_G 180_T 0.86 0.29 0.03
10_I 77_M 0.86 0.29 0.03
248_D 197_M 0.85 0.29 0.03
125_T 58_F 0.85 0.29 0.03
286_P 132_P 0.85 0.28 0.03
23_I 110_E 0.85 0.28 0.03
210_N 106_K 0.85 0.28 0.03
66_A 97_F 0.85 0.28 0.03
165_V 40_T 0.85 0.28 0.03
283_I 119_K 0.85 0.28 0.03
258_A 81_S 0.85 0.28 0.03
378_N 88_L 0.85 0.28 0.03
243_E 66_L 0.85 0.28 0.03
530_L 62_S 0.84 0.28 0.02
549_I 59_V 0.84 0.28 0.02
211_V 134_K 0.84 0.28 0.02
546_Q 206_M 0.84 0.28 0.02
291_R 42_N 0.84 0.28 0.02
301_T 35_N 0.84 0.28 0.02
338_V 200_S 0.84 0.28 0.02
21_Q 215_M 0.84 0.27 0.02
471_M 42_N 0.84 0.27 0.02
422_H 228_V 0.84 0.27 0.02
158_I 38_V 0.84 0.27 0.02
15_Q 117_A 0.83 0.27 0.02
253_N 233_L 0.83 0.27 0.02
192_I 200_S 0.83 0.27 0.02
76_N 154_N 0.83 0.27 0.02
81_L 92_A 0.83 0.27 0.02
471_M 212_P 0.83 0.27 0.02
174_T 56_I 0.83 0.26 0.02
482_Q 44_V 0.83 0.26 0.02
174_T 200_S 0.82 0.26 0.02
83_S 222_L 0.82 0.26 0.02
88_L 128_K 0.82 0.26 0.02
469_Q 178_L 0.82 0.26 0.02
522_Q 188_I 0.82 0.26 0.02
270_I 99_I 0.82 0.26 0.02
454_I 124_E 0.82 0.26 0.02
481_M 119_K 0.82 0.26 0.02
212_K 57_V 0.82 0.26 0.02
110_S 212_P 0.82 0.26 0.02
393_L 197_M 0.82 0.26 0.02
216_Q 180_T 0.82 0.26 0.02
543_A 206_M 0.82 0.26 0.02
341_N 94_I 0.82 0.26 0.02
93_Q 121_G 0.82 0.26 0.02
144_T 28_L 0.82 0.26 0.02
136_A 217_S 0.82 0.26 0.02
126_N 187_L 0.81 0.26 0.02
546_Q 53_A 0.81 0.25 0.02
266_V 106_K 0.81 0.25 0.02
94_V 87_I 0.81 0.25 0.02
142_A 181_A 0.81 0.25 0.02
179_V 123_E 0.81 0.25 0.02
350_N 223_L 0.81 0.25 0.02
161_P 145_D 0.81 0.25 0.02
361_T 120_I 0.81 0.25 0.02
81_L 235_V 0.81 0.25 0.02
255_A 81_S 0.81 0.25 0.02
149_E 163_D 0.81 0.25 0.02
79_Y 55_S 0.81 0.25 0.02
164_S 143_E 0.81 0.25 0.02
239_K 64_L 0.81 0.25 0.02
274_F 180_T 0.81 0.25 0.02
377_E 120_I 0.81 0.25 0.02
464_I 117_A 0.80 0.25 0.02
262_D 166_L 0.80 0.25 0.02
534_V 112_I 0.80 0.24 0.02
213_I 33_T 0.80 0.24 0.02
80_K 66_L 0.80 0.24 0.02
330_I 139_K 0.79 0.24 0.02
447_V 121_G 0.79 0.24 0.02
370_K 198_V 0.79 0.24 0.02
327_K 95_L 0.79 0.24 0.02
538_G 86_T 0.79 0.24 0.02
474_D 133_F 0.79 0.24 0.02
21_Q 82_M 0.79 0.24 0.02
258_A 92_A 0.79 0.24 0.02
174_T 75_Q 0.79 0.24 0.02
343_E 42_N 0.79 0.23 0.02
468_T 222_L 0.79 0.23 0.02
138_E 34_P 0.78 0.23 0.02
231_L 160_T 0.78 0.23 0.02
409_T 217_S 0.78 0.23 0.02
342_N 73_L 0.78 0.23 0.02
82_E 81_S 0.78 0.23 0.02
97_Q 216_I 0.78 0.23 0.02
384_E 168_V 0.78 0.23 0.02
171_I 189_Y 0.78 0.23 0.02
145_I 222_L 0.78 0.23 0.02
152_R 188_I 0.78 0.23 0.02
319_G 175_I 0.78 0.23 0.02
303_R 99_I 0.78 0.23 0.02
136_A 134_K 0.78 0.23 0.02
351_T 184_I 0.78 0.23 0.02
161_P 110_E 0.78 0.23 0.02
549_I 163_D 0.77 0.23 0.02
276_K 168_V 0.77 0.23 0.02
70_A 159_K 0.77 0.23 0.02
450_F 129_G 0.77 0.22 0.02
110_S 115_Y 0.77 0.22 0.02
345_S 212_P 0.77 0.22 0.02
161_P 41_L 0.77 0.22 0.02
524_E 205_A 0.77 0.22 0.02
3_F 107_S 0.77 0.22 0.02
221_L 194_V 0.77 0.22 0.02
148_L 46_V 0.77 0.22 0.02
125_T 72_F 0.77 0.22 0.02
73_E 187_L 0.77 0.22 0.02
249_K 40_T 0.77 0.22 0.02
526_L 91_L 0.77 0.22 0.02
366_T 139_K 0.77 0.22 0.02
368_D 108_Y 0.77 0.22 0.02
130_K 242_F 0.77 0.22 0.02
41_L 103_V 0.77 0.22 0.02
317_N 168_V 0.77 0.22 0.02
401_K 89_V 0.77 0.22 0.02
149_E 52_L 0.77 0.22 0.02
278_E 79_T 0.77 0.22 0.02
135_R 41_L 0.77 0.22 0.02
30_I 198_V 0.76 0.22 0.02
167_T 153_R 0.76 0.22 0.02
530_L 55_S 0.76 0.22 0.02
280_Q 187_L 0.76 0.22 0.02
398_S 124_E 0.76 0.22 0.02
367_I 120_I 0.76 0.22 0.02
65_S 58_F 0.76 0.22 0.02
445_P 227_L 0.76 0.21 0.02
213_I 215_M 0.76 0.21 0.02
272_F 178_L 0.76 0.21 0.02
361_T 125_A 0.76 0.21 0.02
346_K 201_S 0.76 0.21 0.02
102_A 147_A 0.76 0.21 0.02
194_G 35_N 0.76 0.21 0.02
400_V 205_A 0.76 0.21 0.02
342_N 59_V 0.76 0.21 0.02
173_P 55_S 0.76 0.21 0.02
66_A 70_F 0.76 0.21 0.02
414_V 228_V 0.76 0.21 0.02
99_M 81_S 0.75 0.21 0.02
243_E 127_I 0.75 0.21 0.02
539_E 211_L 0.75 0.21 0.02
132_K 180_T 0.75 0.21 0.02
486_N 129_G 0.75 0.21 0.02
162_K 103_V 0.75 0.21 0.02
339_T 153_R 0.75 0.21 0.02
15_Q 33_T 0.75 0.21 0.02
463_V 195_I 0.75 0.21 0.02
217_S 71_S 0.75 0.21 0.02
463_V 31_P 0.75 0.21 0.02
261_M 92_A 0.75 0.21 0.02
419_L 175_I 0.75 0.21 0.02
186_K 67_I 0.75 0.21 0.02
265_K 53_A 0.75 0.21 0.02
106_L 46_V 0.75 0.21 0.02
138_E 226_V 0.75 0.21 0.02
470_K 232_N 0.75 0.21 0.02
85_N 57_V 0.75 0.21 0.02
256_P 212_P 0.74 0.20 0.02
450_F 127_I 0.74 0.20 0.02
99_M 124_E 0.74 0.20 0.02
94_V 198_V 0.74 0.20 0.02
375_V 92_A 0.74 0.20 0.02
331_D 120_I 0.74 0.20 0.02
138_E 108_Y 0.74 0.20 0.02
530_L 212_P 0.74 0.20 0.02
249_K 240_E 0.74 0.20 0.02
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
6833 1.22 flif_flip_camju Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.62 Done
3573 1.39 FxP Δgene:(1, 100) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.27 Done - Shared
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