May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
AtmxH
Genes: A B A+B
Length: 339 276 554
Sequences: 1350 457 294
Seq/Len: 3.98 1.66 0.53
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.70
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.01
2 0.01 0.00 0.01
5 0.01 0.00 0.02
10 0.01 0.00 0.03
20 0.02 0.00 0.43
100 0.03 0.00 0.48
∞ 0.07 0.00 0.57
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
154_S 207_E 1.41 0.51 0.00
330_G 183_E 1.32 0.44 0.00
130_I 251_I 1.30 0.43 0.00
286_G 265_R 1.27 0.40 0.00
52_F 74_I 1.20 0.35 0.00
151_T 265_R 1.20 0.35 0.00
68_I 189_L 1.19 0.35 0.00
300_I 133_A 1.19 0.34 0.00
50_D 110_F 1.19 0.34 0.00
245_S 58_E 1.17 0.33 0.00
185_T 253_S 1.16 0.32 0.00
53_L 149_L 1.16 0.32 0.00
247_Y 222_D 1.15 0.32 0.00
67_S 245_S 1.14 0.31 0.00
34_V 164_N 1.12 0.29 0.00
312_P 171_K 1.11 0.29 0.00
50_D 196_I 1.10 0.29 0.00
86_I 110_F 1.09 0.28 0.00
239_A 73_Q 1.09 0.27 0.00
32_F 231_D 1.08 0.27 0.00
308_F 87_K 1.08 0.27 0.00
247_Y 233_N 1.07 0.26 0.00
157_Q 181_A 1.07 0.26 0.00
105_G 132_K 1.06 0.26 0.00
217_G 219_N 1.06 0.26 0.00
133_I 217_K 1.05 0.25 0.00
252_I 234_A 1.04 0.25 0.00
225_I 247_G 1.04 0.25 0.00
63_I 104_E 1.04 0.25 0.00
250_L 256_G 1.04 0.25 0.00
27_L 160_E 1.03 0.24 0.00
230_L 83_E 1.03 0.24 0.00
235_Q 177_A 1.03 0.24 0.00
248_T 241_D 1.03 0.24 0.00
40_I 261_N 1.03 0.24 0.00
32_F 253_S 1.02 0.23 0.00
81_T 124_K 1.01 0.23 0.00
295_Y 273_V 1.01 0.23 0.00
242_D 226_L 1.01 0.23 0.00
324_L 163_E 1.01 0.23 0.00
148_K 265_R 1.01 0.23 0.00
248_T 269_I 1.00 0.23 0.00
183_E 94_S 1.00 0.23 0.00
325_V 111_N 1.00 0.22 0.00
39_I 268_K 1.00 0.22 0.00
75_D 184_V 1.00 0.22 0.00
252_I 168_K 1.00 0.22 0.00
146_V 183_E 0.99 0.22 0.00
256_L 262_L 0.99 0.22 0.00
89_F 209_K 0.99 0.22 0.00
61_V 238_I 0.99 0.22 0.00
335_Q 96_I 0.99 0.22 0.00
252_I 132_K 0.99 0.22 0.00
323_A 95_N 0.99 0.22 0.00
223_I 126_T 0.98 0.22 0.00
239_A 136_E 0.98 0.21 0.00
229_F 261_N 0.98 0.21 0.00
246_T 163_E 0.98 0.21 0.00
61_V 170_E 0.97 0.21 0.00
171_A 130_Y 0.97 0.21 0.00
140_L 191_L 0.97 0.21 0.00
325_V 103_I 0.97 0.21 0.00
272_I 168_K 0.96 0.20 0.00
225_I 102_Q 0.96 0.20 0.00
77_T 99_L 0.95 0.20 0.00
319_L 214_I 0.95 0.20 0.00
116_I 188_E 0.95 0.20 0.00
183_E 132_K 0.95 0.20 0.00
150_S 251_I 0.95 0.20 0.00
136_C 91_E 0.95 0.20 0.00
222_I 178_I 0.94 0.19 0.00
161_T 170_E 0.94 0.19 0.00
324_L 101_M 0.94 0.19 0.00
73_P 115_N 0.94 0.19 0.00
289_T 123_E 0.94 0.19 0.00
64_I 119_E 0.94 0.19 0.00
185_T 218_V 0.94 0.19 0.00
55_L 182_K 0.93 0.19 0.00
59_L 201_A 0.93 0.19 0.00
207_S 241_D 0.93 0.19 0.00
227_G 207_E 0.93 0.19 0.00
209_F 256_G 0.93 0.19 0.00
107_N 173_L 0.92 0.18 0.00
53_L 151_S 0.92 0.18 0.00
227_G 257_N 0.92 0.18 0.00
305_L 196_I 0.92 0.18 0.00
288_L 251_I 0.92 0.18 0.00
33_L 101_M 0.91 0.18 0.00
136_C 224_E 0.91 0.18 0.00
197_A 65_S 0.91 0.18 0.00
67_S 210_G 0.91 0.18 0.00
180_L 90_D 0.91 0.18 0.00
227_G 259_E 0.91 0.18 0.00
323_A 202_K 0.91 0.18 0.00
148_K 249_V 0.91 0.18 0.00
129_V 271_K 0.91 0.18 0.00
31_G 126_T 0.91 0.18 0.00
276_A 215_E 0.91 0.18 0.00
222_I 190_E 0.90 0.18 0.00
65_L 258_I 0.90 0.18 0.00
310_L 94_S 0.90 0.17 0.00
330_G 90_D 0.90 0.17 0.00
252_I 266_L 0.90 0.17 0.00
53_L 128_E 0.90 0.17 0.00
43_P 133_A 0.90 0.17 0.00
239_A 105_S 0.90 0.17 0.00
250_L 241_D 0.89 0.17 0.00
315_P 247_G 0.89 0.17 0.00
260_I 273_V 0.89 0.17 0.00
49_L 226_L 0.89 0.17 0.00
269_T 177_A 0.89 0.17 0.00
134_V 252_I 0.89 0.17 0.00
272_I 174_A 0.89 0.17 0.00
183_E 114_L 0.89 0.17 0.00
150_S 243_A 0.89 0.17 0.00
66_I 258_I 0.88 0.17 0.00
281_E 268_K 0.88 0.17 0.00
92_S 170_E 0.88 0.17 0.00
287_T 99_L 0.88 0.17 0.00
324_L 176_T 0.88 0.17 0.00
130_I 242_D 0.88 0.16 0.00
142_N 157_N 0.88 0.16 0.00
100_M 239_S 0.88 0.16 0.00
51_F 118_L 0.88 0.16 0.00
92_S 261_N 0.88 0.16 0.00
202_A 161_N 0.88 0.16 0.00
138_L 220_A 0.88 0.16 0.00
50_D 114_L 0.88 0.16 0.00
300_I 262_L 0.87 0.16 0.00
249_I 137_F 0.87 0.16 0.00
330_G 226_L 0.87 0.16 0.00
71_P 101_M 0.87 0.16 0.00
320_G 163_E 0.87 0.16 0.00
216_A 256_G 0.87 0.16 0.00
268_A 69_V 0.87 0.16 0.00
314_L 266_L 0.87 0.16 0.00
105_G 163_E 0.87 0.16 0.00
34_V 260_S 0.86 0.16 0.00
132_V 265_R 0.86 0.16 0.00
76_L 153_A 0.86 0.16 0.00
285_E 185_I 0.86 0.16 0.00
124_V 238_I 0.86 0.16 0.00
41_I 200_L 0.86 0.16 0.00
241_S 164_N 0.85 0.15 0.00
59_L 60_N 0.85 0.15 0.00
67_S 225_Y 0.85 0.15 0.00
95_I 152_I 0.85 0.15 0.00
147_T 260_S 0.85 0.15 0.00
310_L 178_I 0.85 0.15 0.00
75_D 231_D 0.85 0.15 0.00
171_A 222_D 0.85 0.15 0.00
177_N 241_D 0.85 0.15 0.00
231_I 258_I 0.84 0.15 0.00
293_S 273_V 0.84 0.15 0.00
81_T 203_D 0.84 0.15 0.00
293_S 85_L 0.84 0.15 0.00
37_L 183_E 0.84 0.15 0.00
211_K 266_L 0.84 0.15 0.00
279_D 142_S 0.84 0.15 0.00
139_V 216_L 0.84 0.15 0.00
331_Y 130_Y 0.84 0.15 0.00
130_I 224_E 0.84 0.15 0.00
124_V 200_L 0.84 0.15 0.00
60_S 174_A 0.84 0.15 0.00
243_A 244_I 0.83 0.15 0.00
180_L 206_G 0.83 0.14 0.00
55_L 55_K 0.83 0.14 0.00
218_I 177_A 0.83 0.14 0.00
194_I 268_K 0.83 0.14 0.00
304_V 203_D 0.83 0.14 0.00
136_C 46_N 0.83 0.14 0.00
331_Y 96_I 0.82 0.14 0.00
154_S 212_S 0.82 0.14 0.00
129_V 217_K 0.82 0.14 0.00
298_L 266_L 0.82 0.14 0.00
284_A 244_I 0.82 0.14 0.00
185_T 79_P 0.82 0.14 0.00
313_G 247_G 0.82 0.14 0.00
150_S 170_E 0.82 0.14 0.00
75_D 222_D 0.82 0.14 0.00
293_S 266_L 0.82 0.14 0.00
312_P 218_V 0.82 0.14 0.00
122_F 79_P 0.82 0.14 0.00
242_D 59_E 0.81 0.14 0.00
279_D 154_K 0.81 0.14 0.00
250_L 244_I 0.81 0.14 0.00
310_L 135_E 0.81 0.14 0.00
67_S 134_K 0.81 0.14 0.00
58_A 246_K 0.81 0.14 0.00
230_L 168_K 0.81 0.14 0.00
308_F 178_I 0.81 0.14 0.00
116_I 162_L 0.81 0.14 0.00
216_A 241_D 0.81 0.14 0.00
219_I 153_A 0.81 0.14 0.00
252_I 232_Q 0.81 0.14 0.00
211_K 250_V 0.81 0.14 0.00
95_I 154_K 0.81 0.14 0.00
310_L 120_N 0.81 0.14 0.00
227_G 274_N 0.81 0.14 0.00
139_V 173_L 0.81 0.14 0.00
285_E 58_E 0.80 0.13 0.00
33_L 91_E 0.80 0.13 0.00
310_L 226_L 0.80 0.13 0.00
58_A 184_V 0.80 0.13 0.00
150_S 217_K 0.80 0.13 0.00
116_I 212_S 0.80 0.13 0.00
258_S 78_Q 0.80 0.13 0.00
219_I 179_D 0.80 0.13 0.00
103_S 120_N 0.80 0.13 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.1056 seconds.