May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
AtmxB
Genes: A B A+B
Length: 339 362 672
Sequences: 1350 1858 1391
Seq/Len: 3.98 5.13 2.07
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.72
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 1.36
2 0.01 0.00 1.52
5 0.01 0.01 1.56
10 0.01 0.01 1.73
20 0.02 0.02 1.86
100 0.03 0.03 1.98
∞ 0.07 0.07 2.13
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
40_I 311_Y 1.50 0.92 0.46
233_S 13_T 1.31 0.82 0.31
151_T 5_D 1.10 0.64 0.17
132_V 219_R 1.05 0.58 0.14
129_V 224_E 1.04 0.58 0.14
140_L 235_D 1.04 0.58 0.14
154_S 309_V 1.02 0.56 0.13
202_A 247_M 1.01 0.55 0.12
122_F 320_L 1.01 0.55 0.12
264_I 5_D 0.99 0.52 0.11
136_C 13_T 0.98 0.51 0.11
247_Y 104_L 0.98 0.51 0.11
150_S 275_I 0.96 0.49 0.10
251_T 263_V 0.96 0.49 0.10
95_I 180_Q 0.95 0.48 0.10
242_D 248_E 0.95 0.47 0.10
215_V 14_S 0.94 0.47 0.09
222_I 204_V 0.94 0.46 0.09
223_I 114_F 0.93 0.46 0.09
243_A 126_I 0.93 0.45 0.09
187_R 14_S 0.93 0.45 0.09
153_V 185_R 0.92 0.45 0.09
218_I 92_A 0.92 0.44 0.09
269_T 311_Y 0.90 0.42 0.08
268_A 84_I 0.90 0.42 0.08
235_Q 143_E 0.90 0.42 0.08
282_N 117_K 0.90 0.42 0.08
238_M 298_R 0.90 0.42 0.08
247_Y 43_T 0.89 0.41 0.08
74_T 335_F 0.89 0.41 0.08
137_I 216_K 0.88 0.40 0.07
308_F 328_D 0.87 0.39 0.07
51_F 202_I 0.87 0.39 0.07
312_P 192_A 0.87 0.39 0.07
193_V 262_D 0.87 0.39 0.07
60_S 26_V 0.87 0.38 0.07
191_Q 108_M 0.86 0.38 0.07
285_E 200_L 0.86 0.38 0.07
26_S 266_T 0.86 0.38 0.07
139_V 227_D 0.86 0.38 0.07
242_D 330_I 0.86 0.38 0.07
151_T 11_E 0.85 0.37 0.07
130_I 208_F 0.85 0.36 0.07
61_V 94_I 0.84 0.36 0.06
31_G 127_N 0.84 0.36 0.06
161_T 277_Y 0.84 0.36 0.06
220_I 136_F 0.84 0.36 0.06
124_V 46_L 0.84 0.36 0.06
141_I 246_Q 0.84 0.36 0.06
37_L 331_P 0.84 0.35 0.06
33_L 35_I 0.84 0.35 0.06
211_K 30_Q 0.84 0.35 0.06
133_I 10_E 0.83 0.35 0.06
54_A 202_I 0.83 0.35 0.06
242_D 273_V 0.83 0.35 0.06
335_Q 84_I 0.83 0.34 0.06
237_D 90_I 0.83 0.34 0.06
86_I 140_K 0.82 0.34 0.06
311_V 103_V 0.82 0.34 0.06
36_I 8_K 0.82 0.34 0.06
62_L 240_G 0.82 0.34 0.06
182_D 196_I 0.82 0.33 0.06
148_K 262_D 0.81 0.32 0.05
217_G 170_P 0.81 0.32 0.05
233_S 265_I 0.80 0.32 0.05
225_I 26_V 0.80 0.32 0.05
329_L 145_I 0.80 0.32 0.05
95_I 179_A 0.80 0.31 0.05
146_V 235_D 0.80 0.31 0.05
262_G 209_L 0.79 0.31 0.05
136_C 239_K 0.79 0.30 0.05
304_V 31_D 0.78 0.30 0.05
273_I 134_N 0.78 0.30 0.05
187_R 193_A 0.78 0.30 0.05
68_I 235_D 0.78 0.30 0.05
81_T 227_D 0.78 0.30 0.05
243_A 16_K 0.78 0.30 0.05
234_F 232_M 0.78 0.30 0.05
252_I 216_K 0.78 0.30 0.05
262_G 224_E 0.78 0.29 0.05
83_I 136_F 0.78 0.29 0.05
284_A 309_V 0.77 0.29 0.05
153_V 19_D 0.77 0.29 0.05
72_K 35_I 0.77 0.29 0.05
59_L 135_L 0.77 0.29 0.05
187_R 90_I 0.77 0.29 0.05
193_V 246_Q 0.77 0.29 0.05
95_I 78_A 0.77 0.29 0.05
140_L 43_T 0.77 0.29 0.05
133_I 247_M 0.77 0.29 0.05
259_Q 143_E 0.77 0.29 0.05
219_I 235_D 0.77 0.28 0.05
325_V 350_N 0.77 0.28 0.04
59_L 259_A 0.76 0.28 0.04
314_L 335_F 0.76 0.28 0.04
239_A 240_G 0.76 0.28 0.04
39_I 210_V 0.76 0.28 0.04
242_D 103_V 0.75 0.27 0.04
180_L 198_A 0.75 0.27 0.04
335_Q 186_D 0.75 0.27 0.04
307_I 188_A 0.75 0.27 0.04
144_M 19_D 0.75 0.27 0.04
184_Q 226_K 0.75 0.27 0.04
324_L 59_L 0.75 0.27 0.04
306_F 152_G 0.75 0.27 0.04
79_F 10_E 0.75 0.27 0.04
286_G 218_L 0.74 0.26 0.04
53_L 109_Q 0.74 0.26 0.04
54_A 208_F 0.74 0.26 0.04
304_V 95_V 0.74 0.26 0.04
215_V 341_V 0.74 0.26 0.04
262_G 155_F 0.74 0.26 0.04
96_A 161_V 0.74 0.26 0.04
199_F 284_A 0.74 0.26 0.04
230_L 78_A 0.74 0.26 0.04
322_M 219_R 0.74 0.26 0.04
271_I 145_I 0.74 0.26 0.04
214_A 131_G 0.74 0.26 0.04
326_F 149_L 0.74 0.26 0.04
92_S 157_I 0.74 0.26 0.04
154_S 320_L 0.74 0.26 0.04
165_M 241_R 0.74 0.26 0.04
200_Y 249_A 0.74 0.26 0.04
178_A 337_A 0.73 0.26 0.04
75_D 260_G 0.73 0.26 0.04
325_V 148_I 0.73 0.26 0.04
265_T 239_K 0.73 0.26 0.04
202_A 129_L 0.73 0.26 0.04
291_L 311_Y 0.73 0.26 0.04
70_I 31_D 0.73 0.26 0.04
203_M 277_Y 0.73 0.26 0.04
37_L 20_A 0.73 0.25 0.04
324_L 200_L 0.73 0.25 0.04
134_V 121_P 0.73 0.25 0.04
193_V 33_A 0.73 0.25 0.04
260_I 3_G 0.73 0.25 0.04
215_V 99_M 0.73 0.25 0.04
133_I 93_P 0.72 0.25 0.04
211_K 335_F 0.72 0.25 0.04
51_F 264_V 0.72 0.25 0.04
82_L 32_A 0.72 0.25 0.04
194_I 231_Q 0.72 0.25 0.04
279_D 38_L 0.72 0.25 0.04
63_I 255_V 0.72 0.25 0.04
218_I 84_I 0.72 0.25 0.04
42_V 311_Y 0.72 0.24 0.04
303_F 101_A 0.72 0.24 0.04
230_L 197_V 0.72 0.24 0.04
133_I 170_P 0.72 0.24 0.04
103_S 308_V 0.72 0.24 0.04
175_D 253_R 0.72 0.24 0.04
66_I 84_I 0.72 0.24 0.04
52_F 193_A 0.72 0.24 0.04
174_A 238_V 0.72 0.24 0.04
260_I 101_A 0.72 0.24 0.04
95_I 189_I 0.71 0.24 0.04
310_L 56_I 0.71 0.24 0.04
150_S 227_D 0.71 0.24 0.04
189_R 108_M 0.71 0.24 0.04
227_G 169_L 0.71 0.24 0.04
118_A 287_V 0.71 0.24 0.04
41_I 210_V 0.71 0.24 0.04
73_P 161_V 0.71 0.24 0.04
154_S 306_N 0.71 0.24 0.04
218_I 36_V 0.71 0.23 0.04
178_A 147_I 0.71 0.23 0.04
225_I 142_V 0.71 0.23 0.04
255_G 31_D 0.71 0.23 0.04
142_N 127_N 0.71 0.23 0.04
140_L 162_L 0.70 0.23 0.03
134_V 156_T 0.70 0.23 0.03
65_L 185_R 0.70 0.23 0.03
218_I 145_I 0.70 0.23 0.03
153_V 313_N 0.70 0.23 0.03
268_A 264_V 0.70 0.23 0.03
199_F 253_R 0.70 0.23 0.03
144_M 161_V 0.70 0.23 0.03
29_I 41_G 0.70 0.23 0.03
215_V 107_I 0.70 0.23 0.03
223_I 38_L 0.70 0.23 0.03
292_L 137_S 0.70 0.23 0.03
24_A 13_T 0.70 0.23 0.03
251_T 214_Y 0.70 0.23 0.03
36_I 221_S 0.70 0.23 0.03
148_K 120_M 0.70 0.23 0.03
329_L 243_R 0.69 0.22 0.03
269_T 150_K 0.69 0.22 0.03
130_I 26_V 0.69 0.22 0.03
234_F 89_I 0.69 0.22 0.03
187_R 22_K 0.69 0.22 0.03
234_F 45_T 0.69 0.22 0.03
197_A 56_I 0.69 0.22 0.03
65_L 262_D 0.69 0.22 0.03
203_M 331_P 0.69 0.22 0.03
245_S 32_A 0.69 0.22 0.03
329_L 350_N 0.69 0.22 0.03
235_Q 35_I 0.69 0.22 0.03
298_L 315_P 0.69 0.22 0.03
188_A 84_I 0.69 0.22 0.03
330_G 319_E 0.69 0.22 0.03
123_V 323_A 0.69 0.22 0.03
311_V 201_I 0.68 0.22 0.03
141_I 343_G 0.68 0.21 0.03
129_V 243_R 0.68 0.21 0.03
86_I 333_E 0.68 0.21 0.03
119_F 337_A 0.68 0.21 0.03
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.1139 seconds.