May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
fliFflhB
Genes: A B A+B
Length: 560 211 751
Sequences: 1496 1992 793
Seq/Len: 2.67 9.44 1.06
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.71
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.00
5 0.00 0.01 0.06
10 0.00 0.01 0.26
20 0.00 0.02 1.03
100 0.01 0.03 1.39
∞ 0.03 0.07 1.67
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
469_Q 64_Q 1.47 0.76 0.02
99_M 16_K 1.38 0.70 0.01
122_F 187_R 1.34 0.67 0.01
75_N 125_K 1.29 0.62 0.01
213_I 28_K 1.29 0.62 0.01
414_V 99_M 1.28 0.61 0.01
460_Y 40_I 1.28 0.61 0.01
298_E 31_D 1.22 0.56 0.01
138_E 110_F 1.22 0.55 0.01
495_A 147_I 1.21 0.55 0.01
206_L 26_V 1.20 0.54 0.01
331_D 31_D 1.19 0.53 0.01
451_I 34_A 1.18 0.52 0.01
153_S 13_T 1.17 0.51 0.01
200_S 152_G 1.16 0.50 0.01
179_V 75_I 1.16 0.50 0.01
141_L 103_V 1.15 0.49 0.01
407_S 22_K 1.15 0.48 0.01
452_A 36_V 1.14 0.48 0.01
237_K 134_N 1.13 0.47 0.01
147_T 119_I 1.13 0.47 0.01
124_A 134_N 1.12 0.46 0.01
154_A 43_T 1.11 0.45 0.01
377_E 26_V 1.10 0.45 0.01
65_S 19_D 1.10 0.44 0.01
105_G 143_E 1.10 0.44 0.01
536_D 31_D 1.08 0.43 0.01
534_V 31_D 1.07 0.42 0.01
521_I 12_P 1.06 0.41 0.01
32_V 12_P 1.04 0.39 0.01
200_S 94_I 1.04 0.39 0.01
307_E 204_V 1.03 0.38 0.01
151_I 20_A 1.03 0.38 0.01
173_P 26_V 1.03 0.38 0.01
25_I 125_K 1.02 0.37 0.01
454_I 132_L 1.02 0.37 0.01
483_Q 125_K 1.01 0.36 0.01
32_V 152_G 1.01 0.36 0.01
68_I 141_I 1.00 0.36 0.01
480_E 103_V 1.00 0.35 0.01
111_R 27_P 1.00 0.35 0.01
360_R 41_G 0.99 0.35 0.01
202_A 154_V 0.99 0.35 0.01
463_V 187_R 0.99 0.34 0.01
194_G 156_T 0.99 0.34 0.01
28_S 32_A 0.99 0.34 0.01
151_I 58_N 0.98 0.34 0.01
210_N 14_S 0.98 0.33 0.00
358_V 119_I 0.97 0.33 0.00
25_I 33_A 0.97 0.33 0.00
361_T 167_Q 0.96 0.32 0.00
138_E 72_D 0.96 0.32 0.00
463_V 121_P 0.96 0.32 0.00
80_I 140_K 0.96 0.32 0.00
117_F 102_G 0.96 0.32 0.00
352_K 8_K 0.95 0.32 0.00
153_S 125_K 0.95 0.32 0.00
477_A 80_M 0.95 0.31 0.00
538_S 210_V 0.95 0.31 0.00
302_G 97_S 0.95 0.31 0.00
496_L 60_Y 0.95 0.31 0.00
342_N 203_A 0.95 0.31 0.00
327_K 74_R 0.94 0.31 0.00
27_A 16_K 0.94 0.30 0.00
390_K 15_K 0.94 0.30 0.00
454_I 94_I 0.94 0.30 0.00
458_I 52_M 0.94 0.30 0.00
327_K 100_I 0.94 0.30 0.00
158_I 34_A 0.93 0.30 0.00
33_V 189_I 0.93 0.30 0.00
262_D 108_M 0.93 0.30 0.00
125_T 110_F 0.93 0.29 0.00
66_A 94_I 0.93 0.29 0.00
179_V 117_K 0.92 0.29 0.00
253_T 140_K 0.92 0.29 0.00
334_K 123_L 0.92 0.29 0.00
194_G 108_M 0.92 0.29 0.00
273_D 31_D 0.92 0.28 0.00
479_E 16_K 0.92 0.28 0.00
390_K 116_T 0.92 0.28 0.00
350_N 125_K 0.91 0.28 0.00
125_T 109_Q 0.91 0.28 0.00
90_P 142_V 0.91 0.28 0.00
142_A 104_L 0.91 0.28 0.00
224_Q 39_I 0.91 0.28 0.00
258_A 201_I 0.91 0.28 0.00
394_A 96_L 0.90 0.27 0.00
87_I 211_R 0.90 0.27 0.00
17_L 195_V 0.89 0.27 0.00
542_A 14_S 0.89 0.27 0.00
55_V 123_L 0.89 0.27 0.00
546_Q 6_Q 0.89 0.27 0.00
454_I 152_G 0.89 0.27 0.00
460_Y 200_L 0.89 0.27 0.00
180_N 129_L 0.89 0.26 0.00
494_D 99_M 0.89 0.26 0.00
173_P 160_I 0.89 0.26 0.00
545_L 84_I 0.89 0.26 0.00
399_I 141_I 0.89 0.26 0.00
408_A 16_K 0.89 0.26 0.00
456_L 115_T 0.88 0.26 0.00
365_V 124_G 0.88 0.26 0.00
158_I 62_Y 0.88 0.26 0.00
308_I 91_L 0.88 0.26 0.00
314_A 19_D 0.88 0.26 0.00
326_N 97_S 0.88 0.26 0.00
136_A 140_K 0.88 0.26 0.00
407_S 138_L 0.88 0.26 0.00
138_E 207_V 0.88 0.26 0.00
287_N 14_S 0.88 0.25 0.00
534_V 126_I 0.87 0.25 0.00
74_Q 133_K 0.87 0.25 0.00
105_G 7_E 0.87 0.25 0.00
29_I 85_F 0.87 0.25 0.00
477_A 125_K 0.87 0.25 0.00
553_T 26_V 0.87 0.25 0.00
202_A 57_V 0.87 0.25 0.00
93_Q 52_M 0.86 0.25 0.00
544_L 191_L 0.86 0.25 0.00
205_K 126_I 0.86 0.24 0.00
522_Q 114_F 0.86 0.24 0.00
358_V 97_S 0.86 0.24 0.00
92_D 96_L 0.86 0.24 0.00
180_N 126_I 0.86 0.24 0.00
193_D 144_S 0.86 0.24 0.00
503_R 26_V 0.86 0.24 0.00
68_I 50_S 0.86 0.24 0.00
213_I 81_I 0.85 0.24 0.00
274_F 131_G 0.85 0.24 0.00
68_I 101_A 0.85 0.24 0.00
179_V 31_D 0.85 0.24 0.00
99_M 27_P 0.85 0.24 0.00
266_V 59_L 0.85 0.24 0.00
29_I 195_V 0.85 0.24 0.00
23_I 12_P 0.85 0.24 0.00
134_Q 32_A 0.85 0.24 0.00
363_A 150_K 0.85 0.24 0.00
239_K 202_I 0.85 0.23 0.00
303_R 105_G 0.85 0.23 0.00
512_F 100_I 0.85 0.23 0.00
462_K 181_L 0.85 0.23 0.00
290_V 15_K 0.85 0.23 0.00
242_Q 134_N 0.85 0.23 0.00
450_I 169_L 0.85 0.23 0.00
53_Y 159_F 0.85 0.23 0.00
203_I 87_V 0.85 0.23 0.00
416_V 105_G 0.85 0.23 0.00
390_K 201_I 0.84 0.23 0.00
199_V 103_V 0.84 0.23 0.00
358_V 120_M 0.84 0.23 0.00
129_Q 210_V 0.84 0.23 0.00
77_V 176_T 0.84 0.23 0.00
24_V 126_I 0.84 0.23 0.00
178_V 151_V 0.84 0.23 0.00
53_Y 136_F 0.84 0.23 0.00
26_A 124_G 0.84 0.23 0.00
344_L 94_I 0.84 0.23 0.00
31_V 40_I 0.84 0.23 0.00
87_I 135_L 0.84 0.23 0.00
344_L 180_Q 0.84 0.23 0.00
182_R 169_L 0.83 0.23 0.00
32_V 126_I 0.83 0.22 0.00
242_Q 137_S 0.83 0.22 0.00
151_I 11_E 0.83 0.22 0.00
143_R 129_L 0.83 0.22 0.00
14_Y 35_I 0.83 0.22 0.00
313_G 12_P 0.83 0.22 0.00
287_N 48_M 0.83 0.22 0.00
459_F 19_D 0.83 0.22 0.00
282_E 110_F 0.83 0.22 0.00
526_L 31_D 0.83 0.22 0.00
416_V 37_T 0.82 0.22 0.00
73_E 50_S 0.82 0.22 0.00
142_A 136_F 0.82 0.22 0.00
35_F 184_L 0.82 0.22 0.00
81_L 161_V 0.82 0.22 0.00
531_R 32_A 0.82 0.22 0.00
145_I 103_V 0.82 0.22 0.00
303_R 13_T 0.82 0.22 0.00
366_T 147_I 0.82 0.22 0.00
343_E 130_K 0.82 0.22 0.00
179_V 40_I 0.82 0.22 0.00
263_K 106_N 0.82 0.22 0.00
238_Y 137_S 0.82 0.22 0.00
276_K 107_I 0.82 0.22 0.00
344_L 25_N 0.82 0.22 0.00
34_G 205_L 0.82 0.22 0.00
27_A 96_L 0.82 0.21 0.00
345_S 107_I 0.82 0.21 0.00
424_E 145_I 0.82 0.21 0.00
320_P 110_F 0.82 0.21 0.00
469_Q 167_Q 0.81 0.21 0.00
468_T 17_I 0.81 0.21 0.00
274_F 125_K 0.81 0.21 0.00
256_P 110_F 0.81 0.21 0.00
58_D 133_K 0.81 0.21 0.00
266_V 104_L 0.81 0.21 0.00
414_V 15_K 0.81 0.21 0.00
400_V 204_V 0.81 0.21 0.00
137_I 137_S 0.81 0.21 0.00
173_P 76_I 0.81 0.21 0.00
10_I 57_V 0.81 0.21 0.00
218_G 150_K 0.80 0.21 0.00
406_Y 172_V 0.80 0.21 0.00
93_Q 152_G 0.80 0.21 0.00
23_I 132_L 0.80 0.21 0.00
194_G 17_I 0.80 0.21 0.00
29_I 153_I 0.80 0.20 0.00
493_E 100_I 0.80 0.20 0.00
121_S 140_K 0.80 0.20 0.00
469_Q 138_L 0.80 0.20 0.00
479_E 129_L 0.80 0.20 0.00
451_I 115_T 0.80 0.20 0.00
133_Y 20_A 0.80 0.20 0.00
471_M 32_A 0.80 0.20 0.00
203_I 193_A 0.80 0.20 0.00
297_N 138_L 0.80 0.20 0.00
370_K 12_P 0.79 0.20 0.00
90_P 72_D 0.79 0.20 0.00
338_V 147_I 0.79 0.20 0.00
215_D 195_V 0.79 0.20 0.00
549_I 83_S 0.79 0.20 0.00
164_S 15_K 0.79 0.20 0.00
449_Y 103_V 0.79 0.20 0.00
49_A 45_T 0.79 0.20 0.00
452_A 25_N 0.79 0.20 0.00
400_V 157_I 0.79 0.20 0.00
183_E 127_N 0.79 0.20 0.00
480_E 197_V 0.79 0.20 0.00
304_K 103_V 0.79 0.20 0.00
194_G 88_L 0.79 0.20 0.00
544_L 128_P 0.79 0.20 0.00
510_L 16_K 0.79 0.20 0.00
250_I 203_A 0.79 0.20 0.00
148_L 103_V 0.79 0.20 0.00
315_V 28_K 0.79 0.20 0.00
83_S 22_K 0.79 0.20 0.00
478_Q 31_D 0.79 0.20 0.00
469_Q 27_P 0.79 0.20 0.00
453_A 189_I 0.79 0.20 0.00
454_I 142_V 0.79 0.20 0.00
77_V 85_F 0.79 0.20 0.00
437_G 195_V 0.79 0.20 0.00
145_I 177_M 0.79 0.20 0.00
88_L 115_T 0.78 0.20 0.00
342_N 84_I 0.78 0.20 0.00
427_R 100_I 0.78 0.20 0.00
320_P 7_E 0.78 0.19 0.00
121_S 176_T 0.78 0.19 0.00
225_E 23_E 0.78 0.19 0.00
543_A 209_L 0.78 0.19 0.00
271_D 169_L 0.78 0.19 0.00
200_S 173_E 0.78 0.19 0.00
272_F 139_K 0.78 0.19 0.00
95_Y 198_A 0.78 0.19 0.00
492_A 119_I 0.78 0.19 0.00
284_Y 126_I 0.78 0.19 0.00
163_D 31_D 0.78 0.19 0.00
225_E 13_T 0.78 0.19 0.00
151_I 177_M 0.78 0.19 0.00
416_V 148_I 0.78 0.19 0.00
481_V 96_L 0.77 0.19 0.00
203_I 114_F 0.77 0.19 0.00
473_E 148_I 0.77 0.19 0.00
312_P 20_A 0.77 0.19 0.00
399_I 105_G 0.77 0.19 0.00
120_Q 31_D 0.77 0.19 0.00
78_P 181_L 0.77 0.19 0.00
145_I 96_L 0.77 0.18 0.00
248_D 84_I 0.77 0.18 0.00
200_S 168_E 0.77 0.18 0.00
328_G 5_D 0.77 0.18 0.00
481_V 103_V 0.77 0.18 0.00
167_T 87_V 0.77 0.18 0.00
396_V 154_V 0.76 0.18 0.00
87_I 99_M 0.76 0.18 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.1219 seconds.