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OPENSEQ.org
fliFfliR
Genes: A B A+B
Length: 560 255 790
Sequences: 1496 1842 970
Seq/Len: 2.67 7.22 1.23
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.81
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.00
5 0.00 0.01 0.01
10 0.00 0.01 0.22
20 0.00 0.02 1.19
100 0.01 0.03 1.35
∞ 0.03 0.07 1.57
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
125_T 180_I 1.42 0.77 0.02
203_I 204_K 1.34 0.71 0.02
317_N 106_F 1.32 0.69 0.02
81_L 19_L 1.27 0.65 0.01
396_V 139_D 1.19 0.58 0.01
177_V 134_F 1.19 0.57 0.01
200_S 209_F 1.18 0.56 0.01
351_T 100_I 1.18 0.56 0.01
125_T 75_E 1.17 0.55 0.01
362_S 29_F 1.16 0.55 0.01
76_N 33_S 1.15 0.54 0.01
469_Q 139_D 1.14 0.52 0.01
118_D 107_T 1.14 0.52 0.01
107_I 214_I 1.14 0.52 0.01
58_D 126_I 1.13 0.51 0.01
60_V 130_L 1.11 0.50 0.01
226_A 82_A 1.10 0.49 0.01
358_V 95_M 1.10 0.49 0.01
328_G 145_L 1.10 0.49 0.01
328_G 148_L 1.09 0.48 0.01
142_A 145_L 1.09 0.48 0.01
272_F 69_V 1.08 0.47 0.01
173_P 86_L 1.06 0.45 0.01
77_V 57_A 1.05 0.44 0.01
414_V 26_I 1.04 0.43 0.01
550_Q 170_L 1.04 0.43 0.01
151_I 179_I 1.04 0.42 0.01
10_I 12_V 1.03 0.42 0.01
125_T 65_D 1.03 0.41 0.01
211_V 209_F 1.02 0.41 0.01
179_V 59_L 1.02 0.41 0.01
450_I 52_Y 1.01 0.40 0.01
194_G 103_T 1.01 0.40 0.01
496_L 57_A 1.01 0.40 0.01
312_P 215_G 1.00 0.39 0.01
213_I 116_S 1.00 0.39 0.01
35_F 171_N 1.00 0.39 0.01
211_V 157_L 1.00 0.39 0.01
203_I 87_Q 1.00 0.39 0.01
33_V 222_L 0.99 0.38 0.01
179_V 62_L 0.98 0.37 0.01
457_F 51_M 0.98 0.37 0.01
341_N 178_F 0.98 0.37 0.01
31_V 128_N 0.98 0.37 0.01
477_A 148_L 0.97 0.36 0.01
450_I 50_T 0.97 0.36 0.01
92_D 47_L 0.97 0.36 0.01
400_V 145_L 0.97 0.36 0.01
213_I 160_F 0.97 0.36 0.01
189_R 179_I 0.97 0.36 0.01
453_A 175_F 0.97 0.36 0.01
292_S 178_F 0.96 0.36 0.01
324_L 78_F 0.96 0.36 0.01
453_A 15_F 0.96 0.35 0.01
189_R 151_S 0.96 0.35 0.01
39_L 52_Y 0.96 0.35 0.01
343_E 178_F 0.95 0.35 0.01
125_T 68_F 0.95 0.34 0.01
105_G 178_F 0.95 0.34 0.01
42_F 216_Y 0.95 0.34 0.01
244_R 144_M 0.94 0.34 0.01
141_L 204_K 0.94 0.34 0.01
240_S 170_L 0.94 0.34 0.01
250_I 221_A 0.94 0.34 0.01
362_S 31_F 0.94 0.33 0.01
33_V 225_V 0.94 0.33 0.01
545_L 154_Y 0.93 0.33 0.01
272_F 232_L 0.93 0.33 0.01
76_N 135_F 0.93 0.33 0.01
343_E 235_M 0.93 0.33 0.01
546_Q 181_G 0.93 0.32 0.01
530_L 81_I 0.93 0.32 0.01
14_Y 148_L 0.93 0.32 0.01
414_V 35_N 0.92 0.32 0.01
346_K 45_I 0.92 0.32 0.01
39_L 43_S 0.92 0.32 0.01
519_D 224_F 0.92 0.32 0.01
326_N 46_V 0.92 0.32 0.01
431_K 44_T 0.92 0.32 0.01
60_V 155_I 0.92 0.31 0.01
169_R 45_I 0.92 0.31 0.01
296_L 181_G 0.91 0.31 0.01
140_E 217_P 0.91 0.31 0.01
312_P 104_M 0.91 0.31 0.01
427_R 182_F 0.91 0.31 0.01
337_Q 202_L 0.91 0.31 0.01
157_H 141_H 0.91 0.31 0.01
103_S 210_N 0.91 0.31 0.01
212_R 126_I 0.91 0.31 0.01
477_A 222_L 0.91 0.30 0.01
477_A 188_I 0.90 0.30 0.01
161_P 84_L 0.90 0.30 0.01
531_R 194_L 0.90 0.30 0.01
201_A 214_I 0.90 0.30 0.01
125_T 110_S 0.90 0.30 0.01
92_D 22_M 0.90 0.30 0.01
123_G 117_G 0.90 0.30 0.01
246_L 95_M 0.90 0.30 0.01
160_F 222_L 0.90 0.30 0.01
250_I 33_S 0.90 0.30 0.01
140_E 204_K 0.90 0.30 0.01
321_V 132_L 0.90 0.30 0.01
155_V 204_K 0.90 0.30 0.01
313_G 133_M 0.89 0.30 0.01
416_V 147_F 0.89 0.30 0.01
69_V 92_I 0.89 0.29 0.01
292_S 181_G 0.89 0.29 0.01
217_S 42_K 0.89 0.29 0.01
484_G 179_I 0.89 0.29 0.01
38_F 116_S 0.89 0.29 0.01
258_A 129_L 0.89 0.29 0.01
416_V 12_V 0.89 0.29 0.01
487_A 234_M 0.89 0.29 0.01
141_L 32_F 0.88 0.29 0.01
247_E 213_V 0.88 0.29 0.01
497_E 123_T 0.88 0.28 0.01
418_N 106_F 0.88 0.28 0.01
151_I 57_A 0.88 0.28 0.01
541_I 50_T 0.88 0.28 0.01
448_K 84_L 0.88 0.28 0.01
277_Q 71_Q 0.88 0.28 0.01
303_R 42_K 0.88 0.28 0.01
549_I 125_Q 0.88 0.28 0.01
224_Q 127_L 0.88 0.28 0.01
57_V 84_L 0.88 0.28 0.01
176_S 30_P 0.87 0.28 0.01
320_P 206_M 0.87 0.28 0.01
212_R 33_S 0.87 0.28 0.01
78_P 186_F 0.87 0.28 0.01
497_E 246_F 0.87 0.28 0.01
194_G 253_F 0.87 0.28 0.01
417_Q 131_A 0.87 0.28 0.01
355_F 232_L 0.87 0.28 0.01
202_A 210_N 0.87 0.28 0.01
450_I 197_V 0.87 0.28 0.01
151_I 182_F 0.87 0.28 0.00
149_E 50_T 0.86 0.27 0.00
242_Q 159_G 0.86 0.27 0.00
142_A 129_L 0.86 0.27 0.00
202_A 238_F 0.86 0.27 0.00
138_E 142_H 0.86 0.27 0.00
418_N 181_G 0.86 0.27 0.00
549_I 176_N 0.86 0.27 0.00
313_G 114_P 0.86 0.27 0.00
477_A 126_I 0.86 0.27 0.00
273_D 200_G 0.86 0.27 0.00
453_A 47_L 0.85 0.27 0.00
364_A 124_S 0.85 0.26 0.00
358_V 71_Q 0.85 0.26 0.00
102_A 217_P 0.85 0.26 0.00
161_P 33_S 0.85 0.26 0.00
315_V 215_G 0.85 0.26 0.00
16_N 88_I 0.84 0.26 0.00
549_I 80_M 0.84 0.26 0.00
407_S 185_S 0.84 0.25 0.00
546_Q 202_L 0.84 0.25 0.00
244_R 100_I 0.84 0.25 0.00
455_L 47_L 0.84 0.25 0.00
262_D 211_L 0.84 0.25 0.00
240_S 120_M 0.84 0.25 0.00
207_T 139_D 0.84 0.25 0.00
399_I 40_V 0.84 0.25 0.00
199_V 35_N 0.84 0.25 0.00
364_A 214_I 0.84 0.25 0.00
363_A 41_I 0.83 0.25 0.00
400_V 150_H 0.83 0.25 0.00
194_G 203_M 0.83 0.25 0.00
359_V 153_G 0.83 0.25 0.00
42_F 152_L 0.83 0.25 0.00
462_K 31_F 0.83 0.25 0.00
177_V 170_L 0.83 0.25 0.00
137_I 135_F 0.83 0.25 0.00
136_A 203_M 0.83 0.25 0.00
67_A 253_F 0.83 0.25 0.00
409_N 18_L 0.83 0.25 0.00
346_K 139_D 0.83 0.25 0.00
129_Q 206_M 0.83 0.25 0.00
258_A 76_V 0.83 0.24 0.00
117_F 102_F 0.83 0.24 0.00
404_I 202_L 0.83 0.24 0.00
243_E 109_A 0.83 0.24 0.00
262_D 158_G 0.83 0.24 0.00
450_I 85_M 0.82 0.24 0.00
149_E 224_F 0.82 0.24 0.00
239_K 75_E 0.82 0.24 0.00
494_D 35_N 0.82 0.24 0.00
457_F 188_I 0.82 0.24 0.00
151_I 11_N 0.82 0.24 0.00
216_Q 117_G 0.82 0.24 0.00
407_S 169_Y 0.82 0.24 0.00
119_T 100_I 0.82 0.24 0.00
401_K 18_L 0.82 0.24 0.00
161_P 196_D 0.82 0.24 0.00
122_F 194_L 0.82 0.24 0.00
31_V 23_S 0.82 0.24 0.00
166_F 91_A 0.82 0.24 0.00
378_N 22_M 0.82 0.24 0.00
182_R 89_I 0.82 0.24 0.00
371_Y 181_G 0.82 0.24 0.00
342_N 171_N 0.81 0.23 0.00
552_D 49_L 0.81 0.23 0.00
211_V 98_E 0.81 0.23 0.00
312_P 136_L 0.81 0.23 0.00
102_A 157_L 0.81 0.23 0.00
77_V 241_L 0.81 0.23 0.00
180_N 139_D 0.81 0.23 0.00
220_P 66_S 0.81 0.23 0.00
168_E 196_D 0.81 0.23 0.00
465_A 93_I 0.81 0.23 0.00
18_T 124_S 0.81 0.23 0.00
543_A 189_L 0.81 0.23 0.00
362_S 222_L 0.81 0.23 0.00
15_Q 242_I 0.81 0.23 0.00
33_V 168_H 0.81 0.23 0.00
496_L 85_M 0.81 0.23 0.00
352_K 75_E 0.81 0.23 0.00
478_Q 73_I 0.81 0.23 0.00
122_F 246_F 0.81 0.23 0.00
107_I 30_P 0.81 0.23 0.00
310_G 114_P 0.81 0.23 0.00
29_I 151_S 0.81 0.23 0.00
77_V 170_L 0.81 0.23 0.00
74_Q 183_T 0.81 0.23 0.00
409_N 37_I 0.81 0.23 0.00
349_T 84_L 0.81 0.23 0.00
325_D 240_N 0.81 0.23 0.00
15_Q 144_M 0.81 0.23 0.00
363_A 134_F 0.80 0.23 0.00
192_I 175_F 0.80 0.23 0.00
296_L 93_I 0.80 0.23 0.00
310_G 113_D 0.80 0.23 0.00
275_S 12_V 0.80 0.23 0.00
117_F 53_L 0.80 0.23 0.00
461_K 70_L 0.80 0.23 0.00
358_V 211_L 0.80 0.23 0.00
300_R 224_F 0.80 0.23 0.00
513_G 32_F 0.80 0.23 0.00
213_I 117_G 0.80 0.23 0.00
386_V 77_I 0.80 0.23 0.00
130_R 183_T 0.80 0.23 0.00
178_V 184_M 0.80 0.23 0.00
396_V 89_I 0.80 0.22 0.00
17_L 16_M 0.80 0.22 0.00
220_P 117_G 0.80 0.22 0.00
293_E 209_F 0.80 0.22 0.00
451_I 76_V 0.80 0.22 0.00
440_I 145_L 0.80 0.22 0.00
190_K 73_I 0.80 0.22 0.00
396_V 31_F 0.80 0.22 0.00
323_G 185_S 0.80 0.22 0.00
548_L 19_L 0.80 0.22 0.00
193_D 194_L 0.79 0.22 0.00
530_L 238_F 0.79 0.22 0.00
290_V 47_L 0.79 0.22 0.00
301_T 28_F 0.79 0.22 0.00
200_S 88_I 0.79 0.22 0.00
165_V 136_L 0.79 0.22 0.00
342_N 223_G 0.79 0.22 0.00
343_E 141_H 0.79 0.22 0.00
77_V 45_I 0.79 0.22 0.00
344_L 39_M 0.79 0.22 0.00
85_S 212_L 0.79 0.22 0.00
498_K 51_M 0.79 0.22 0.00
307_E 38_P 0.79 0.22 0.00
483_Q 148_L 0.79 0.21 0.00
552_D 19_L 0.78 0.21 0.00
211_V 158_G 0.78 0.21 0.00
213_I 221_A 0.78 0.21 0.00
12_Q 43_S 0.78 0.21 0.00
257_Y 216_Y 0.78 0.21 0.00
341_N 208_Q 0.78 0.21 0.00
450_I 227_L 0.78 0.21 0.00
241_D 171_N 0.78 0.21 0.00
307_E 85_M 0.78 0.21 0.00
331_D 28_F 0.78 0.21 0.00
181_V 135_F 0.78 0.21 0.00
171_I 224_F 0.78 0.21 0.00
273_D 197_V 0.78 0.21 0.00
16_N 157_L 0.78 0.21 0.00
447_V 41_I 0.77 0.21 0.00
352_K 68_F 0.77 0.21 0.00
180_N 36_S 0.77 0.21 0.00
153_S 35_N 0.77 0.21 0.00
163_D 152_L 0.77 0.21 0.00
75_N 126_I 0.77 0.21 0.00
238_Y 52_Y 0.77 0.21 0.00
245_A 99_Q 0.77 0.21 0.00
290_V 223_G 0.77 0.21 0.00
129_Q 98_E 0.77 0.21 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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